DreINT0165319 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100969 | tmprss13a
Description
transmembrane protease, serine 13a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090309-3]
Coordinates
chr15:12395009-12399964:-
Coord C1 exon
chr15:12399822-12399964
Coord A exon
chr15:12395165-12399821
Coord C2 exon
chr15:12395009-12395164
Length
4657 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
ACGTCTGTGTTTGGTATCAGGGT
3' ss Score
7.83
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCGTGCCTCGAGCAGCCTCATGAGTGTGAGTGTGAACATCATAGACTCCAGTGTGTGCAACAGCTGTCAGATTTATTGTGGCCTCATCACCAATAATATGATCTGTGCTGGAGATCTGAAGGGAGGACGAGACTCCTGTCAG
Seq A exon
GTGGGTTTATTCAGCCAGACACTGTCCCAATAATACTAGACCTGATGTAAATACATTATTTACTGGCTAAAACTGGTCCAGTGTATCTCTGTATTATGTCACTGATTTATTCGAGTGTTTGGTTCAAGCTGATGCAACTATGTTTTGTTCAACCAAGTATCTACATCCATTATAACCTTTGCATTAAGAAGAACTTTTGAAAGTATGGGTAAATCAGAATTTTTTTACATGTTCCAATTTAGTGACCACACTGTGTAAAATTGGTGTAAAAAGTACTAAATAAATAATTGAAGTAAAAAAATTATGTCTCAAAACAGTATTAATTAAACAGCATTAATCTTCCTAGAAACTTTATTTTATTAGAACAATTATACAATGTTATCATAAAAAGTCATGAAGATTTATTGTTCTAGTAAAAAAAAAAGATGATTGGCATCATAATTTACTACTTTTCATTGTATTTATTAATAAATTGTGTTATTTAGAATTTTTGTAAAATTATTATACAAACAATATATTAATATTTTTATTAAAATATGTTTATATTACTTTTAACGGCGAAGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTTGCCTCACAGCAAGAAGGTTGCTGGGTCGCTGGTTCGAGCCTCGGCTCAGTTGGCGTTTTTGTGTGGAATTTGCATGTTTTCCCCGCGTTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTAGGCTAAACTGTCCGTAGTGTATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGAAAGTGTGTGTAGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGTGGCTGGAAGAGCATCCGCTGCGTAAAATCTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCAACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGACGACAAGAAAATGAATCAATGAATGAATTACTTTTAACTTTAATATTAATTTCAGAAATAACCATTACTTTCTCTGCATTAATAAACCATTAGGGGCCCTATCATACACCCGGCGCAATAAAGCTCAAGTTGTGTAGGGTGCGATTTGTTGCCATTTTTGTGCCAGACTGTTTAAATAGGAAATTCATTTGCACCACTTTGTCATGGTGTGCTGGTCTATAAAAGAGATGTGTTAGGCGTATTGTTGGCATGTTATTGGGCCTGTTTCAGTAAGGAGGTTCAAACAACTAGCAGTTTAAACTTGAACTCTGAGTTGATTTACCAAAAGATTAAAAACTCAGCGTTTTCGGTTTCAGAATAACTGATCTGAGTTAGGTCAATCAACTTTATATAAACCAACTCAGAGTTTAGCACGCACACCGCAACTATAAAAAGGCATTATCAATGGAGCGCAGATACTACAAGTGACCATAGCAACATTTAAAAAAAAAAGAGATCAGCATTTCTTTCTCCAGCTGAACTTGATGTGTTCATGCAGAGTTACAAAAGATATGACCATTTTAAAAAGCAACACCCCTGCATCAGTGAAACAGAGACCGTAAGCATGGGATTACAGCTGTTAATGCTTAATTTTACATCTAAAGTAAATATTTTAGTATATTAAAAAAGTAATGTAATGTGTGACGTTTATAAAAAAATTACACACGTTCCCACTTTTACACTCGTTGATCAGTTTTAATAGATTTAACAGGGCAATTGTGTGTCAGCCTCTATATTGATCAAATGGTAGAGGTTGATATGACATTTAGAATGTAAGCAGAACTAAACAATAGGCTTTAGAAATAATAATAATCCCAATAATTTAGTAACAGTACATGTCTAAGGTCAGTGAATTGAAGCTAATTATTTAAAAAAAACAAGCCATTCTCATACATGGTTTTGTTCTGTGTGTGACTAAAATGTAAGCAATAGCTGTGTTTACATCCAAAAATATAAATTAAATTTATGTGAAAAACTGGAATAAAAGATTCCATCCAATGAATCAAAAAGAACAAAATCATCACTTCCTGATTAACTGGCGTCAAATATCAACAGTAAAAACTTACTGAACTTACTGCAGTGGTAGAAGCTTTGTCAATCTTTTCTTTATTTAATAAATTTATTTTATTTTATAAATGTAAATGCCTCAAAAGACAATGTTGATACACAATGAACACATGGGGGCGTTTGAAGCCATGAGACGCAAAGAACAGATGGCCTTGATACTCTGGACGTAATTAATAATATACAATACATTAATACTGAAACAGTTAAGCCATTTAAGAATGACCAAAACAACATTTAAGATGTTTTACAATGCTCTTAGCCTGCTGGTTTGTCTATTTACACACATTTCCATCATCATCTCTTATAACAAACCATTTTTTAATGCACACACAGGAATTTGTTAATCAAGTGTTTCCATCTCACTTTATGTGCATCTTTTCTAAACGAATAAAAGTTAATCCTACTCAGTATTGAGCATGTTTTATTATGCATATTTTCAAAAGTTATGTGCATCATGACAGTTCGTTTTTATGCGAATCTCCAAAATGAGCATTAAAATAGATGGGTGGACATGTAAGGCTAAGGAGAGAAATACCACTTTGGGCCCTATCATACACCTTGCGAAATGTGGCGCAAGACGCAGCGCAATAGTCTTTTACTACTTTAAGCTTGGCGCAATTTTGAGATGTTGCGCCATGCTGTTTAAATAGCAAAGGCATTTGCGCTCAAATGTGCGCCCATAGGCGTTCTGGTCTAAAAAAGCAGGTGTGTTTTGGCACGTTGCTATTTAGAGAGACTGTAAATAGTTTGTTCTTTAGACCAGAACAAAGTCGCTCTATTGTCTGGCGCAAAGTGCGCCTGGCTTACACACTACACACAAGATGCAATACACAAATATCTTTACATATGAAAAAGATATAATATATTAAGGATATATATAGAATATAATAAGGATATATATAGGAAATAAATATAAATGATTAAAATATTACAAAACATATAAATGTCTAGCCTACATGAATTTAAAAACCACTGCCTTCATACTTTCTTCATCTCGGGAGGCTTTTTCAGTTCATTCAATTTGCTTTTGTATAATGTTATTATTATTAGCAGTATTATTTATGATATCCATATTTATATTTGTTTTATTAAAAACAAGCTTAGATTTGTCCACTTGTCAGGTTTTAGACCATATGGGGTATAGCAGGTGTATTTGGAAATAACTCAGTATTTTGACCACACTTTGTTATTATTAATCATTTATTCGTTTGCTGGAAATTAGAACTGAATTTAGAAATAGTTTTGAATTAAATCTTTGCACTTAACAAACTAAATTAATTATTTATAGGCTAATTGATGTCTGTGCGGTAAGGTTTCCCTATCCACGAGAGCAAAAGTGAAAGTGAACTTACTTTACGTCATGTTAATAGCAATGTGCTTATGGCGCGACGCAGCTGGCTCTTAAAGGTAATGGAAGATGAGACTCTGATTGGTTTATTCTCAAAACAAACCTATAACTCATTAAGAAAATAAACTCAACCCTTTTAGACCATGCGCCATGGCGCAAAGCGGATTTTCCCGTCCTTAAGTTAGCAAAAATGCGTTCTGACACGCCCTGAAAGCGTTTGCGCCCTGTGTTTTGCGCTCTGTGCATGGACCGTCAAAATAGAGCCCTTTGTCTTTAAAAAAGGGAGGAGACTGACAGAAACTCAGAGTTTAGAGAACAAAACCTGCTCCTGACCAGGCTAGGTTCACAGAGAACTGTACGTTACCACGGTACTCAGAAACAGGCTAGACTTACCCTGCTTTCTCGAGTTTGATAAACCTGCCATTTTGAAACGGAAAACCCAGAGTTTCTCTCATTTTAGGGTTAAAATACTCTGAGTTTTCACTTAACCTACTTTCTGAAACAGGCCCATTATCTTAAGCATCTGAAACAGACCGCACCATTGACCAACAAAAATCTGATCTAAAGTCTAGCGCAGAGTGCGTTACTTATGCACCTATGCAGGTCCAAACGTTTACACATTGCTTAAAACACAAAGGATGTACAGCAATACACAAATATCTTTACATATGAAATGCCTTTATCATGTCAGGGGGCTTTTTTCAGTTTATTCATGACAATTTGTATGCGTATAATGTTATTATTATTAGCACTATTATTTATCATATGCATATTTATATTTGTTTTAATAAAACTAAGTTTAGATTTGTCCACCTGTGTGGTTTAGGAAAAGTATGCATCATCATATGGGTGACAACACTGGTTCCTTATCCATGAAATTAAAGGAGTAAAATAAAGAGTAAAAGTAAAGTACAGAGAAAAAGTTCGAATGGAGGAGGCTTGTTCTTTATCCTTGTGCAGCAGATGGTTTGTTTAACTGTTTTCTCGCTAGTGAACCATTCAGTTTTTTCCAATTACAAAGTCTGCCATGTAAATAGCAAATGTGCCATGGCATGAAGCAACTGACTCTTAAATGGAATAGGAGATGAGACTCTGATTGATTTATTGCAAGTTAAGCTCAAAACACAGCCAAAACTCATTAAGAGAACTGATTTTTTAAACCAAACAATATCAAATGAATACAAGTAATGTTCTAAGCAATGTCTGCTGAAATAAATGTAAGATTTTTTTTTTATTCACTATTTAACAAAATGCTATTTGAAGTTCCCTCTCTGTGTGTTTTACGTCTGTGTTTGGTATCAG
Seq C2 exon
GGTGACAGTGGAGGCCCACTGGTGTGCAAAGATGATAATAATCGCTGGTATCTGGTTGGAATCACAAGCTGGGGAGCAGGTTGTGGACAAAAACAAAAACCAGGAGTATATAGCAGAGTGACCAGCTTTCTGCCCTGGATCTACACTAAGATGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100969:ENSDART00000164596:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=FE(20.5=100)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=PD(20.1=88.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]