DreINT0165540 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000021948 | tnc
Description
tenascin C [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-980526-104]
Coordinates
chr5:27983190-27987453:-
Coord C1 exon
chr5:27987190-27987453
Coord A exon
chr5:27983466-27987189
Coord C2 exon
chr5:27983190-27983465
Length
3724 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
CTGATCTGTTTGTCATCCAGATG
3' ss Score
9.01
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTTGATCCTCCCAAAGACCTTCAAGTAAGTGAGACCACAGAGACCACCCTGGCACTGGTTTGGAGAAGGCCGGTTGCTAAAATCGACACCTATAGTCTAGTGTTTATACCTGCGGATGGAGATAAAACGGAACTGAAGATACCTGGTGCTGCAAATACCTACATCCTGACTGGCCTGAACCCTGGCATGCTGCACACCATTACCCTGACCGCTGAGAGAGGAAGAAAGATGAGTGCGCCAGCCACTCTATCAGCATCCACAG
Seq A exon
GTTAGTCTGCATCACTACATTTTCATTTATATGTTTTATGAATGCGTCTTCACATCCACTTTTCTCCTGCTTCTAGAGTGGAAAAAAGCAATAGTGCTTTGGATTGTGAAATCAGCTTTAAAAATTGGTTTTAAATCTGATGGTTTCAGCCATAAACTTTGAAGATGTGAAGGCAGCTCAGGAATATAATATAATATCTTTATTTTCCCTCCTGATGTGTCAATATTTCTTTTGGAGTTTGAAGATACTGTAGTCTTTGTTCTATGACTTGAATGAATCATTTTTAGCTTCCTATCTTGAGGAAACCTCCAAAAAAATCTGAAAAATATTCATATTGTCAGAATGCCACCGTACACGGGAAATGGGTGGCTAATATCCTTATTCTCTGCCCTCAATTGTGGCATGTGGGTTTATTTTATAGCCAAAATCTCTGTGGTTAGGATACATCCACAGTTACCAAATGTTCTTGCTTGGTAATCATTTACTAAAGCCAAAAAGCTATAAAAAATATAGCATCAGTTGTTTGCTTTGGTCGCCAAGGCAAGACAACAGATATAGTGTTTCTCAAGATCCCAAACACACACACACACACACAAACGCACAGAAAGCTCATTCATGTGATAATCGTCAGAGTGAGCCCACTCCCCTTTTGGATTTGCGTGATTTGACCACAATGAACTGTGGGGCGGACTGATAAATAGGACACATGCTGAGCCGCCTGTTAAAATGTTGTCTCTGAAATCACCAGCACTATAATCCCAATGCATTTATTTCAGCAACCATTATCGGCCTTAGACACGGCACACAAACATGGGCATACACTTCCCTCAGACCCAATGGAAACGGGAAGGTGGGGGGCAGGGAGACCTTTAGGTTTGGGGTTTCTTCTGTTCTCTGAATGTCTCTCTGGCATCATTATAAGTGTTTCAGCTTGTAATATGTAGATGTGGAGACTAGAAGGCTGAGACCCTCTCAATGAAAACTCATGAGGATACAACTAGATGGAAAAGAGAGAAAAAAATAAAGTAAAATTATATATATATATATATATATATATATATGCACTAAGCACTAAGTTTCATTTTGTTAAGGTATAGTCACATTTACAGAATTAGGTTGAAAAAAAGTGTATTGTAAACAGTCAAGCCAGGCAGTTTTATGTTGATATTTTGTAGGTTGTAAAGAACCAACAAGTTATTGTGGTAAAACTTCATATTAAAGAACACATATTCACTAATAACATTAATTATGTAATTACATTTCAAAAAATTTTTGCTTGTAATTTGAGTACAGAAATGACAGTAAAATATTCACAATTTTCCCTAAAGCTGCGGTCACACTAGAGTTTGAGCATGCAAAATTCTGTTATACAGAGCTGCAAAAAGAGGCGGTATTAAACAAGATGGTTTGACATTAAAAAAATCCAGCGATTGGTCCATATTTTACATTTCTGCCCAGAGAGGTCATGTTTTAAACTTGAATGGTCTCACACTGTCATGTGATACCATTTGGCAGGTCAGAGTTCACCAAGCTTGAATTTTGTAACGCAGCGAACTGTGAAACTTGACACATGAGCTTGCAATTCCGGTCTGATGCATTTGCGTTTGTATCAATAGAAGTCCATGGGGTGAAAAGTCCAGTGTGACCACGGCTGAATTCGAATTTTTCCTCTCTCTTTTAGATTTTGCTTTCTGAACCTTCTGATATGTGTCTTATCACTTAGCTTTAAATGTTCACAATACAGAATGACCATGTAAATTGACCTTTTGACACTATAGTTTAATTCATGCTTCAAAACTTGTTCGGGACCAATCAAAATAAAATAAAAAGTTATCTCCAAAGTAATCTAAAAGCAATCCATACATAATCAGAATATGTTACCTTAAATAAGAAATCTGGCTTTTGTTATTGACTACAACTGTCATCTTAATTATTATCAGTAAGAGACTGCCATATGTAAGATCTCCACCCAGCACAGCTGATAACAGCTAGAGTTTTCTCTCAAAAATAATATATGCAAATGAGCAACTAGTTAATTGAGAATATGTGTTTTAAGTTTTACAATTTTATTAGAGTTTTGCATTCCTTTTAAAGCTGGAAAACTATTTCCAATTCATTGTCAGTTTACCTTGCTTAGTTTTCTATTGAAACGAATTCACCTTTGACGACTGTAAATATGACCAAACATTCATGGTTAGAAGAACCTGCATGTTTTAAAGCTCACATACAGAGGTGAAAAACACAAATGGTTTGCATGCATCTAAAAACAGCTTTATTCATACACCCTTGAGATGTTTGTGGCCTGAGGTCCTCCAAACAATAAAGCCGTTCTTTTATTGTATTTCCTCCGATTTCCATTTGCATGCAGTGAAGGCCACCCCTCAGACATACATGGAGCGCTTGCAGTTAAAGGAACTCTATTGGATAAGTGTACAAAATGAATCAATTTAGCTAAATTTAAGTTCCCATGAATGGCGCGAGATGATCAATGAGTTGTTTTGCTGTTTGACAGCTCAGTATTGTTTCATCTCCAGGTTTCAAAAGCAACAAGCGGCCCTAATGCCTGGGAAGGTCATTCACTTCATCCGCATTGTCTCTCACCCTATTTGCACGCCACGTTTCTCCTCTCTTGAATGTGCATAGACAGGATAATGGTTAGCCCACCGTGCATCTCCAAGCTTTCTGCCCCCTCTTTCCCTGTGAATGCTGACAATGCACAATGATGTTCAATTATAGGTTGCACTGCGCCGCGCTGCATGGCTGCCTCCCATGTTTGAAGTGTTCTGCGTACCTCTGCTCAGGCAGGCTAAGCAGGACCTTCAAAAATTAATGGCTTTTCTCAGGGCCATTAATACCAAAGCTGTCTCAGCAAGCTGGTGCTTGGATGTTAATAGGTTGCGTAGAGAAATGATTGCAGATTTGTTTGTTTATCACTACAACTTTCTGAAAGTTAATCATCTGTTTTCTTTTTCACCATTGCATGAACAGATGTTCAGTTTTAAACAGATGGAGATGAAATTGGTGAAATTAACAAATTGCTTTTTTGTAATTGTAAGAAAGATTATCTGTTTTTTAATTTAATTTAATTTAATTTATTTAATTAATTTAATTTAATTTAATTTAGTTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTATTTATTAATCTGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCTTCGTAGCGGATGCCCTTCCAGCCGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCACACACACTCATTCACACACACTCATACACTACGGACAATTAAGCCTACCTAATTCAACTGTACCACATGTCTTTGAACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCGAACGCAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAACGCCATCTGACCCAGCCGAGGCTCGAACCAGCAACCCAGTGACCTTCTTGCTGTGAGGTCACAGCACAACGTACTGCGCCACTGCGTCACCTTTTATTTATTATTTTATTTTATTTTATTCAGCTATGCAGTGAAGATTTCATAAATACCTCTTTGTGCCTACGTTTATACATTTGCCTTTAAGCAATGAACACAAACTTAAAAAGAGAATGTCTTAGAAACCAGCCATAGTTTGTTCTTCTCCTGAATGTACCTGTCAAATTAATTATCTTCTGATCTGTTTGTCATCCAG
Seq C2 exon
ATGAGGAGAAGCCTCAGGTGGGCAACATCACCATCTCTGATGTGTCTTGGGACAGCTTCAGTATGTCCTGGGATCTGGACAGAGGAGAGGTTGAGGGATTTCTGATTGAAGTGTCTGACCCAGATGGCTTATCTGATGGCCAGAACCACACACTGTCTGGCCAGGAGTTCAGCCTGGCTGTCACTGACCTCTCTCCTAGTACTTTCTACAGGGTCACACTGTACGGGCTGTACAAGGGAGAGCTCTTAGACCCTGTCTTTGCCGAAGCCATCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000021948:ENSDART00000131729:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.270 A=NA C2=0.151
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=WD(100=88.8)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=WD(100=86.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]