DreINT0165557 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000021948 | tnc
Description
tenascin C [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-980526-104]
Coordinates
chr5:27995300-28000545:-
Coord C1 exon
chr5:28000392-28000545
Coord A exon
chr5:27995570-28000391
Coord C2 exon
chr5:27995300-27995569
Length
4822 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGC
5' ss Score
7.47
3' ss Seq
TTCTCTCCTCTCATCTGCAGTGA
3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGAAGAAGATGGAGAGATTTTGAACTCTCTCGCTCCTCCTGAGACCACCTTTGAGCAGTCTGGACTTGGACCTGGACAAGAGTATGAAGTTAAGCTTGAAGTCGTAAAGAACAACACCCGTGGACCCCCAGCCAGCAAGAACGTTGTCACAA
Seq A exon
GTAAGCAGCTGCCGACTGTAACTAAACTAGTCTGCTGTTTTTCAGAAACTATTTTAGACATTTTAAAGAGACAGGATGTCTTACCAGAAATGAGAAAGTTCAGTCAGCGGTTTACACAAATTAGCAGTTATTTTTTTATATTTTGAACCAGTGCTCAGTCCTGGCCTAGTTTATGTCCAACCTGACAAAACACGTTTGCTTGGAGGGTTTTAGTAAACCTGAAGCCATTGATTAGCTGGTTTTGATGTGTAGAAATTGAGCAGGAGCTGAGCTCTCGAGGACGATTGCTTTCAAGGATTGAACACCTCTAATTCAGTGACTAGCAATGTATTTTATAAGATTTTACATCTTTACCATGTGTTTTACTACACTTTATCAACTAAAACTTATAAGCCTACACAAAATGTCAGACATTAGGAGTGTTAATTTGACTGACTTACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACTTTGGTGAGGTTTTGCAACTACCAGAGCAGAAACAAAAGGCTTCTGATCACTACATAATACAGTTAAAATTTTACTAACTTATTACAGAATATTAGATAAACAGATGAGAAAAGTCCCGTAAATAAACACGCCTATTGATTCTTCCCTCAAAGAAATCAGCAAAGTAGTCAAAAGTAAGCAAAAAAAATAATAAATAAATTACAACACCTTATGTAAACATGAATGTGTCTCTCTCATCTAAAATCAGGAACCTTAACCAAATCAGGTGTACAGGTAAGGCAGTGCCTTAGTTGCCCCCTGACAATATACTGGAACAAAGTATTTCTCTCTTCAAAATGTCAGACATTAGGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTTTACAAAATGAGGGATATAACAAATGATTCATGATAAAGAGGTAAATAATTATGAAACATGCTAGATGTGTAGAGTATGTTTAGAGAGCTAAAGTTAGAGTAAAAATGACCAGAAAAATACATTTAAAATAAATAAAAAATGTTACAATATTAAATGGGTAATAAAGTATATGTAAAAATGTAATTATTAAACATTTAATAATGTATGTTTTAATAGTTTTTAAACGTCCTGTTTAATAGTAGCTTAAATATCATCTTTAAGGTCTTACTGATAAAATTTATTCATATCTTTTTCATTTGATAATTGTATATTGGAATGCATCAAATTCCTATATAAATATGAAAGTTTTTATTTATTTATTTTAATATGGACATCACAAGTACACTGGACAACCAAATGCATTTGTTTACGTGTTTTAGCAGACTTGCTAATTCTCAACACCTGTTCACAGAAGGCTTGACCTAAAATAAAAATAAAATAGACACATATACACTATTATAAACATTAAAACACATTATAAACACATTAACATTATAATGATTTACATACAATTGCTATAAGTAAAAAGCAAAGGCGGCATGATCAACAAACTTATACACTTTATAACCCAAAAAGTTAAGCCAACTTAAACCATTTGAGAAAACCGATTGCAATAAACCATTTCAGTTCAAAAACTAATCCTAACTAGTACTGTGAACTTAATCCATTTGAGTAAAAGAAGCAATATGAGCACAAAAACCCAATAAATGAAGAGAACTCAAACAAACTGAGTACTGTAAAACCCAATAAGTTATGGAAACTCAAACCGTTTGAGGAAACAGATTGCTACAAACCATTTGAGTTAAAGAACTGATCTATATGAGTACTGTAAACTAAGGTATTTAATTAAATCTTTACTTTGAAGACTGAGTTCAAAACTCTTTTCAAATGAGTAGAATTAACTTTCAATAGATTTTGAGTTAACTACACTCATTTCATTTGATAAATTTGACTGTTGTGTTTTAAAGTGTAGCAAACTATTTGTGTAAACATTGCTGTTTTGTTTTTAACCACTTTTTAATACACTACTAAAAACATTTATATTACTTTCTAATTTTAGGCTAACAGGTAAATCATCCACAATTTGGTTCCCTCAACAGAGAAAACACAACAGTCAACATTAGCAGTTGCTCATGTGACTCTGTGAGAGGTTTGATGCCTACTGATTTGATCTGAAAACAGCATTAGAGAATGATTATTTAAACATTTCAAAAAACTAAAAAGGTTATGTTTACATAAAACCTCACAATGATGCCATCGCATAGGCTTTAAGTCCATAGTTTTAATTGCTTGTTTATATTACTATAAATTTCCAAATATCAGCTGCATGCAGAAAGAATCATTAAAAGCTTTTTTCCCAAACTTGTACTTGATTGTATGAAAGTGATATTTCCCTTAAATGTTACACTTCAAATATCTTCAATGATTTTCTGAAGAGCCTATTACCCTTGTGACATTTCCTAAACATCCATTTACTTTTATCGCCAGCTTCGTACAGAACATGCTATAGATTATATAGGGAAAAAAGACAAGATTTTCCTCTTATGCTGTCAATTCAAGTAACCAGAGTTCCTTTTCACAACAAGCTGCTCTTGCTGTCTTACAAATGTCTAAAGAGAAATCTCCCAGCATGCTTCTAACGCTCCATCTCCTCCATTTCTTCGACTTGTGCCACATAGGATTTGCATTAAAGGGGGACTAATTGCTGAAAGTGAGTTCTCAGTGTGTGGGAGGCAGCACTCAGAAACATGAGAGATCACTGGTGTTTCCAGCATCTCACATGCACAGATCTGCTCTGAGCTGGAGTGCATTATCTTCAGCTCACATATGTCCTATCAGTTCACGATGCTCCTCCAATTGTGACAAACTGATTTTAGCATTAAAATGAAGACATAAATAGCTGTTTGTATTTTTTGCTCATAAAGAAGCAAGTGTTATTTTAAAATAATACTCTAACGACTTTAATGTTGAAATGTACATTTTATAAAATGTAGATTATAAATGAGTGGTCATCATATTTAGAGGTCTGTGACAACAAAAAGTCTAAAACAGCTATTTATTTACTTTATTGACTTTATGATTACGTTTAACGTTTGACTTAATTTACTTTACTATTTAACAACAAAGTTACAATATAAAAAATAACGCAATTTAATAATAATATTAACAACAACATATTATTATTATTATTATTATTATTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTCATTCATTCATTCATTTTCCTTCGGCTAAGTCCCTTTGTTTTATAAGGGGATGCCACAGCGGAATGAACCACAAGTTATCCAACATATGTTTTACGTAGCAGATGACCTTCCAGCTTTTTTTACCCAACATTGGGAAAAACCCATATACTTTCGCATTCACACAAACATACACTTTGGCCAATTTAGGTTATTCAATTCACTTATAGCGCATATCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGGGAACCCATGCAAACACAGGGAGAACACGCAGACTCCACACAGAAATATTACAACCTAAGTTATTTAGAAGTATAAGAAGTGGTTTAACTTAAATCAATAATAATAATAATAATAATAATAATAACTGTTATTTATAATTATTATAATTATTATTATTGTTGTTGTTGTAATGGTAACATATAGTATATTGATCTATATATACAAAAATTTAGATTATGATATTTTAGGCTGGTAATTATCATATTTAGAGGTTCTTAACATCAGAAAAATGTACAAAAGCTTTTTGTTAGACATTATTTACATTATTTGCAAAAAAAAAATATTTACACTTATTTACTCTTTAATAGAAAAATAGAAAGAGTAATTAACTGAAGAAAATGAATAAAAAATATTAACACTTATTTACAAAAAATATTTATATTTTTAGCTGAGGCTACAGTTAAGTCAAATAATCATCATATTTAGATCTGCTTGACATCAAAGAATGCATTCCAGTTAGATCATTATTTATAATAGATATTTTATAAATAAAATTATTATTATTATTTACTAACAATAAATATAAATAAACAAATACATATAAATAAATTTAGTGCATCAATACAAAAATATATATAATACAATATTTTATATTATATATAAATTTATTTATGGGTGGTACGGTGGCGCAGTGGGTCGTACTGTCGCCTCACAGCAAGGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTTCACGTGGATTTCTTCCAGGTGCTCCAGTTTGCCCCACAGGTCCAAAACACATGCACCATAGGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGGTTGTAGAGTATGTGTGTGAATGCATGAGTGTATGGGTGTTTCCCAGTACTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCAATTCATTCTGCTTGTGGCGACCCCTGATTAATTAAGGGACTAAGCCAAAAAGAAAATGAATGAATGAATGAATGATAGTTTTTATTTTACTTATTTTACTATTTACCAGCTCAGAGACAATATGAAATAAAACCTATTTAATAATGTCTGTATTTAAGTTCAAATTAAGTTAATAATACTGCACTTAGTAATAGTAATATGTATTATGTATTAAAAGTAATATGCGTCTTGCATAGCATAAATGTGTGTGCGTGGTTTTTTTAAATAAGCTATAGGGTAAATGAAGGTGATTGGCATGCATGGAGGTTTTTCCATCTAAAAGTATGCAGCAGCTGTTTTGAGCTCACCTGCTTTTCTATTCTGTGTAATTCTGTGTTTTCCCAGCTGTCTCACACTCTTCTCTCCTCTCATCTGCAG
Seq C2 exon
TGATTGATGCTCCTAGCCAGGTGGATGTGCGTGACGTGACGGACACAACAGCCCTGGTCACGTGGCTTCAGCCTGTCGCTCAGGTGGACGGCATCTCTGTTTCCTATGGCCCAAACACAGACTCCTCCGACAGGAACACAATCGAGCTTTCCTCCATAGAAACCCAGTACCATCTGGCTGAGCTGTCTCCTGACACTGAGTATGAGGTCTCTCTTATGGCCCGCCGGGGAGAGATGAGCAGCTTCCCCATCTATGAGACCTTCACAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000021948:ENSDART00000131729:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.769 A=NA C2=0.363
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=PD(53.7=84.6)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=WD(100=87.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]