DreINT0166286 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000024829 | tnw
Description
tenascin W [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-262]
Coordinates
chr2:35541899-35545999:-
Coord C1 exon
chr2:35545736-35545999
Coord A exon
chr2:35542163-35545735
Coord C2 exon
chr2:35541899-35542162
Length
3573 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGC
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
TTGTGCAACTGGCTTTTTAGACA
3' ss Score
5.16
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATCGATGCCCCAACAAATCTAGCAACCAGGGAGGTGACGGAAAACTCTGCGACTGTGACATGGGACGGTGTCCGCGCTGAAATCGATGGCTACATGCTGACTTACAGCTCGGCAGAGGGCACCAGCCGAGAAATTAAAGTGGCAGCGGGTGCCACATCTTACCAGCTGACCTCTCTGAAGCCAGGAGTCCTGTACACAGTTTTCCTCTGGGCCTATAAGGGCTCTCGTTCCAGCAGGAAGAGCATGACTGAGGCTGAGACGG
Seq A exon
GTAAGCTGTTCACCTTCTGGGTGAGGATGTGAGGCTTTACTTTCCTTTTTATTTCCTCATCTCAAGCGTTTCCTCAAGGGATTTCGCCACTATGCTTTGATCTTTTCAGCTTCTCACTGGATGGAAGAGTGGCTGTTCTCATTCTCAGATGTTCTTGTGCATCAAAGCAGTCATTTCCTTGATCATTTTATTGCTTTTAACTGAGATTTTGTCTCTCCAGTAAAGCTTCTGCAGGCAGTCCTTGCAGAAATATTTACATCTGCGCATTTGGCAGACGTACAGAGCATATTATTACGCGTGTTATCTGCCAGTCAGACTGTGACCTTGGTGTTGCAACCAGTGTATTGTGGAGCTATAATGTTCCGGTATTTTCCATTTTCCATAAAACAAAGCGTCATTAACAGCTCTTTTAAATGAAAGCCAACACTGTAATAATAAGACTCCTCCATACAGTAGCAACTGAAATTCAAAAGAGTGAACAAGAGCACTATTTCTCCAGTGGGTGCTGTTGTAGATGGTAAACCAGATGGTCTAAATGCATTACCAGCTGACTGTCAGAGACAGGAAACACAACCCAAACAGAAGCACTTGGATTTATAACAAATGTACCCATGCGTATCCTCTGTTGGGTTTCCATGAGCATTTATCACTGTCCCACATTACAGCGTCCAAGAGCATTAGAAGAAATCTGTGCAATGTTGTGTGAATTTCTGTTTACAGTGTTTAGAAAAACAAGGGACTGGTTCAGCATTTCAGATTATATTGGTTTAATCTTTATTTACTCACCCTGGTGATTGTTCATCGCTGTATGACCATTAGGCATGGGCTGGTATAAGATTCTGACAGTATAATAACCTTGGATAAAAATACATGGTTTCACGGTATTGTGATTACTGCTCTAAAATAAGTTATTTTTAAATGTCTGGGTAATAAAAAACTTTTCCCCCAATTGAGCACAATATATTTTATTTTAAGAAACATTTCAAATATTTTGGACCAGTAACCTTTGATTTAGAGTTTCCTTTTCTGCTGGAGATACTGTTGCCCTCAAAATCTAAATAAAGTAAAGTTGTATAAAACGTAAAAAAAACATTAAAAAAAACATAAACCTTAAGAATGATATATGGGAAAATGTTGGTATTTTCAAAACCTTGACTTTTCCATACCGCGGTAAACCTTAAAACTGGTTATCGTCTCATGCCTAATGCCCATCTTTTATTTTTTAATACCCCAAATGGAAAAAAAAAAATACTTGTTGTTCCTTATGGTGGAAGTGAATAGCTCGCACCCATCATTAAACGGTTCACAGAATAATCCCATACCCAATATTATTATTTTTAACATATTTTTTAGTATTTACGTAATATGAAATATTATTTTAAAATATTATTTATTATATATTTTAATATTACAACTTGTTTAAACAACGTATTTAAAATGAGCTGAAACAACACAATTTTTTAGATTTTTTTTAGGAAAACTTAATTGTTTTATGTTTAATCCATTTAAATTGTTAGGTTAACTTAATCATTTGTGTTGGGACAACAGGAATGAGCAGTGCATGTGACACATATTCTGGTGTTTAAGCAAAAAAAAAAAGAAATAATTAATTAATGTAAATCCCGATAATTTGTCTTGAAATTCCAATAGTTTACATCAATCCTGGAAAAATATTAAGATTGTGTGAAATTAACATTAATTGAAACATGGTCCAAAATAAAATCCATGCATTTTTTTCTCTGAAGTTTATATACATGCTGTTTTTATCAAAACAGCAAAAGATCACATTCATCTATCAATCCAGACGTTCATCTGACACCTGAGTTACAATCCAGATTTACTGTTGACTGCCATTACGTGATCAAGCTTGAGCTGGACATTGTTTTTTTTTTTTAAATATGCCATGAGGGCATATGGCAGTAGGAAATCACCAGTCTGAGTACAAAATTAATTTTCATAGTTGGCTGAATTGGAATCAAGAAACTTAAATCAAGAAAACTAAATATTTGGTATAATATTTGCTATCTCAATATTTGCTACTGTAGTTGACTTAATTAGCTTCAGATGTTAATATGCAATGTTGTAATGCAGATTTTTTCCCTCAAAATTAGTTTGCTGCATTATATGTGCAACTGTTAATCCACACTAGGGCTGCACAATATTGGAAAAATCTGAAATTGTAACATTTATAGCAGAAAAATAAAATATCCCAATATGAATACAGTTACACAAGATTTGAATAGCTCTATTTGACAGTTTTCTGGGGAGTCTAACAGCATTCAAGTACAAAAAATTGCATAATCACAACATAAAATATGCTTTTCTTACTTTGCTTTATTTCGTTTTCAACCTAAATTTGAAAACGATCCTTAGATCAAAAGAGTTTTTCCTTAAAACAAGCAAAATTATCATCTGCCAATAGGGTAAGGTAAAGTAATCTTGTTTTTACTTTGAAATGTGGTTATTTAGAATCACAAGATATAAATTATAAATTCTTTAGTATACCTTCAAACATCATACATTTTTGTGTACAAATATTTTAAACTCTCTTGAAATGCGAAGTCCCAGGGCTTAAAATGTCCCTCTATTATTGTTAAACTTAGCAGTGACTCTATCAATCACATTTTCTGAGGCTCCTGGTCAACTATAATTCAGACTCAACATTGCATGTCTTGTGATGTGACTATTGAGGATGTGCACATTGCGATATCGATGCCAAAATTGATATATTGTGCAGCTCTAAATATTAGTAAAAAATGTATTATTATTATTAAAACTATTTTAGAGTATGTTGCATTTAAAAGGAGCTTTGTCTTCACTTTTAGTGCTTAAATCTTTAATTTAAATGCAAATCAAATATCTGGTAAACTCTCAGTATATGACTGTAGTTGTCATTGCTTTGTTGCTACTTATTCAAGTGCAAAAGACAGCATACATATTATGAATATTTTGTATTCACACAGCATGCACAGTGCTCTCACATATGACAGAAAGCATGATTCCACCTGGCCACATTTGTGTTGATTTAGTTCAATCGGCATTAACAAATTCTTATTTGCTTTTATACATCCCTTTTTAAATATTTACACGCATTTATTTTTAAAAACGTGTAAAGGATTCTTTTATATAGCGTGCAGTGCAGTGTTGTCCTCGGTCTCTGTGCTGTAGTGATGAATTGTGGTGTTCTAACAAAACCTGCTGGCTCCATTAATCAAGCCTAACGCTAATTTGAGAAAATTGAACTTTTCATAAGTACCGAGTGTTTTCAGATTTACATAATTAAACTCGTTAATTTCCACTCAACTTTTTTTAGAAGCACCCAACATCAGATAAGATAAAAATCTTTACTGATCCAAGAGGGAAATTAAATCAAACTGTGAAGGGAAATAATAGTGTTTGCTATCTGCATCTTGGATTTATAGCTCATTAAATCAGCATGAAAAGGATAAATTGTCTATCTTCATGGTTCAATGATGCATTGCCTCACATGGTCATGCATCGTCTCCAGTACAGCTTTGTGTATATCTGCATGCAACGCTGTGCATTAACACTGTTGTGCAACTGGCTTTTTAG
Seq C2 exon
ACATAGATGCTCCTACTAACCTCATGACCAGGGAAGTGACAGAGGACTCAGCTTCGGTGACGTGGAACAAGGTGCAGGCTGACATTGATGGCTACATGCTGAAATACAGCTCTCTAGACGGCTCCGGCCAGGAGGTTCGAGTAGGAGCTGACAGCACCTCCTACAGGTTCACGGGTCTCAAGCCTGGTGTTCTCTACACAGTCTATGTGTGGGCCATCAAAGGCGCTCGCTCTAGCAAAAAGAGTTCAACAGAAGCGGAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000024829:ENSDART00000077178:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.192 A=NA C2=0.232
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=WD(100=89.9)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=WD(100=89.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]