DreINT0170693 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013990 | ube2q2
Description
ubiquitin-conjugating enzyme E2Q family member 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1919]
Coordinates
chr25:28987736-28994714:-
Coord C1 exon
chr25:28994656-28994714
Coord A exon
chr25:28987785-28994655
Coord C2 exon
chr25:28987736-28987784
Length
6871 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGC
5' ss Score
7.75
3' ss Seq
TTTATTCTTCCTCACTCTAGCTA
3' ss Score
8.25
Exon sequences
Seq C1 exon
GATAACTTTCCTTTTGATCCTCCCTTCGTACGGGTTGTGTCTCCTGTCCTGTCTGGAGG
Seq A exon
GTGAGCTTGAGAACTTTGCTGAACCTATCTTGTATAATTATTTCTATATTTAATGGTTGCATTTACTTTGGTGCGAATTTAATGGGAGCATAGTAATATTTTTGATGTTACATAAAATGTCTTGTTTTCATTGCACAAAATATGTAGTAAAATTATGTTTTAGTTGGATAGTTCTCAATACAGTAAAACAGGCTGTCATAGTGAGCATTCAGCTGCAAATTGAAGGAGAGGGGAGTCTGTCAACAACAGCTGCTTTAAATTTATTTATTTTTTGTCACTTTTTTAAAAATTAAAACATCTTTACTTTCTAAAAAAAAAAAAAAGCATTCTGCAAACAAAGAATGAACCACAGCGACAGCTAAAATTTAATACGCAAGTGCAGATCCACTTACATCAAGAATGCATATGAAAGTGTTAGTTTAATAATTTTGTAATGTTTATATAAGTTGTTTGATCAGTTATTTTAAAAAAAATGTTTTGTGATTTGTCCAAGACTTGATGTCTATACAAAATTTAAAGTCCTCCTGAAAATTAAATCAAAGGCGTCCATATGTTAGTTTTCAACTCTGTTCAACTCAAAATGAAAATTGTGATAGTTTCCCTTTACTTGTTCCAAACCACATAAACCGTTTTCTATGATCCATTTTACACAAGATATTTTGTAGAATGTTGAGCATTCTTTTTTCATATTGTTTAAAATGTCGTGTTCAACAAAAGACTAAAATTAACGTCATTAATTACACTTTCTTTGTAATTAATCATGATTAATCACGAAACACCTTATTTATTACAGTAATAAAAGCACATGCATTAAATGCTATTTGAATTTTAAAACAATCAATGCCAATAACAAATAAAAAGGATTTCCATCTTGAATTCTAAGTGAACTACACACACACACACACACACACAACGTGCGCAGTACAGTGGACCCGGTGAGCGAGGGAGGGATCCCTTCAGATTCATCCACACGCACAGTCGCGTTCATCAAATTTGCTTAAACTACGCGCTCTAAAGTATGGCTGTATCTTACAAGCACGGATTCTTGACAGCTTGCGACTTTACCTGCCATTTTCACTGAATATATTTACATTGACACCAACACTCCGTTTTATGATTAAGATAATACTGATTAAGAGTCTACCATGTAAGCATCGATTTTTGATTACTTTAAAGGATCATGCGAGTCCTGAAATGCGGAGGCTTTTCTTTCCGTTTTCCATGCAGTATCAAATTTCATTAAAACATCCTGAATGAAAATATGCTGAATGAGAGTGAACTGCTGAACTGCAGTTAAAGTCGAAAGATTAAAAAGGAAACATCTGAAATTGCATGAAACTCTGGAGGAAACGCAGAATAGCCTTGTGATGCAACATTAATTGTTTTATACTGAAACGTTCGTGCTAAAAGCGCGCCCTTTAGTCTTATCCAAATTTCTTGCATGTTAAACACGCGCAGGGCCGGGGCAAGCTGAACTGGTGCTCTAGGCAAACGACAATCACGCCGCACTCAACCCAAAAGTGAAAAAAGTGACCTTTTTGTTGATGAAAGTGAAGACCGGGGGATTCGCTCAATATTCTGTTGCCTAAGGCGGCCGCTTAGGTTACCTCTATGACGCATGTCCCTGAGCACACGTCGGCCACAACAGGAAGAAACTGCAACTGCGTTTTTTTTTTTTTTTACTTTTTAGAAATTTAAAATTAATCACGCGCATTACCGCGCTAATTTTGACAGCCCCGAAAAGACCGAAACTGGCACAAGCTTTGTAAAAATTGAGTGAGCTGTCCCTTTAAAGTTAAGATTTGCATTTATATATAAGCATTCAAAACTTGTTGTTTATCACCTTTGCTGATATGTCAACCAATCAGATGCACTCTAGAAACTGAATTATCCCACCAGTTACAATACACAATATCTGCAGCTGAAATTAGTAGTTTATTTTAGTTTTAAGTTATAAACAGCCATAGATACTTAAAATATTTATAGCTACAAGGGTTTGACATAATAACAAGGACATTTGGTTTAGTGAGCTCTTGCAGTTAATATTAACTGACTTGTGTATTAACCATTGCTCTCTGAACGCACACAATAGTGTTTTTTTACTGAATGACTCAGCAATTTAAAATGAATAAGGTGAGATGTTGGGTGATTCAGTGACCCATTAAAAAAAGACAGACACTTGTTTCCTTGAATGACTTTGCAGTCTGAGACGATTGGGTGAATCATTGTACTCTCCAAAAAAAACTTACTGCCACCTACTGGCAGGTTTATTTAATGTTTAAAAATATTTCAGTGGTACCTCGTTTTACCGCGGTTAACCTTTTACGGCCTTGCAGTTTTGCGTATTTCTTTTAGTGCAATTAGACATGCTTTTTTTTAACAGCACATTGTGTTCTGCATCCTCCTCGATGTCTCCTTTACAGTACAGAATGCGCTCAGCTTGCCATAGTTACATAAAGCATTGATTGCTAGAAATAGGCATGGGACGATAACCGTGTTTAAGGAATACCACAGTTTGGAAAAGTCAAGGTTATAAAACCGCCAACATTTTCTGCTATACCGTTTCTATATTACGTGTAAGATTAAAAAAAAAAAATTGTAATTGTTTTTTTTAGGACAACAGTATCTCCAGCAGAAAAGATATCCAAAGATCCAAAAAAAAAAAGTGTTTTTGAAACATGAAGGCAGCAGAAGTCAATTTATTTTAAATATTCGAGCTGTGATTTTTACTGCTTCAAAACATTTTAAATGTTCCTCAAGTTGAAATATATTGTGTACATAGGGGGAAATGTTTTGATTTTTACCCAAACAGTTAAAAAGAATTATTTTAGAGCAGTAATCTCAATACCATCATACCCTGAAACCGCGATATTTACATCCAAGGTTATCATACCGTCAGAATCTTATACCGGTCCATGCCTAGTTTATTTATATGTAATTCAGTGTATATAGTTTGCCTAATGCTTGCATATGTAAGATAATAACGAAAGGTACCCAACACAGTGTTGATCTAGATTTGAGTTTTATTAGTTGTAACAACAAGTGGAGAAATGCCAGCATACAGGCATTAATCAACTCATGTTCATTTCTATAGCACTTTTACAATGTAGATTGAGTCAAAGCAGCTTAACACAGAAGTTCTAGTAAGTTGAAACTGTCCGTCCAGTTTTCAAAGTTGAAGTTGTGTTAGTTAATACAGTCAATGAATGAAATATTTCTTTTGAGAAATAAATGCTTACTGAATTTAAGGGTAACTAAAATATTTTGCTGGCCTGACTGGGCATGTAACCTGAATTAAATGCCATGGTAGGAAAGCATTGAAATTCTGACAAGAAGTATTTTAGTTTGAAGTCATAAACAGCCATAGATACTTAAAATATTTATAGCTACAAGGGTTTGACATAATAGAAGCTAGAAGTGTGAGTTCCAACAAGGATGCAAAAAGTGTTGTAACTGTCCGAAGCAAGACCATTATAAAGGGGGTCGCACACCGCATGTGCCAAGCCATGCAGCGCCATGCATTTTAGACTTGTAAACAGGCTTATATCATATTATTGCTGCGCCACAGAGCGAGAATAGTTTCATTTTAAATTGCTGTCATGTGCGTGGCGCATCTGGTGTGTGCGACTCCCTTAAGGCTGGAGTCTGCTAGTTTTGTGGATCAGTGACTCCAGGAAAAAGAGCATTAAACTGGATTCCAACATTATCTGCACAAAAGCTAAAAAGCGTTATGAACCTTTTGCTGACAGTGTTGAATGTTTCCTGACAAAGGGTTTTGATCTTTAGTTTCATTCTATAATCATTCTATAATAAGGTTTGAACTTTGAGAGTGTGTAAACAAAAGAGAAAAATGTGAAAATGTTAATACCAAGTCTGAGAAAAGTGTATAAAGTGTGTAGTGAGGGGGTTTACAGCTTTAAAACACCTAGAGTAGTTGTAAAAAATAAAGCTGACTACTTTGTGGATTTCGCCTATTCAGGGTGTTTTTAGAACAAAACTGCAGCGAATAATGAGGGACCACTGTATTGCATTTTTCCAAGATATCTCCTATGTGCAATATACATTATTCATAGTAATTTAGTAATGGTATGATTTTAGTGTTTCATGTCATGTAAAGGCATTTGAGCTGTGTAAATGCATCTCAATAAATCTTCAAACAGCTTTCTAAAGGTACCTGAAGTGAAAATATTTAATTTGTGCTCATTCAATCGGTAACATTAGCGTCTTTATTATATTTGTTAATTTTATGAATTAGTGATATGATATGAAATGATAGATGACTCTTATGTTAGACAAAAATGCTTTGGAATGAATGTAAGGTGGCTGATATCACAGGTAATGCAGTTTGAAGTTGATAAAAATATACTTTCTGTTAAGTTACATTTGTGCTACAGAAAAATGACTGATTTACTTGAGTACATGTCAAGGGTTCATGTTATACCTAATGCGAACTGATGCATTGTGCGTAATTCATACTTCAGTTACAGTGCTTTTCACAGGTTTGAAATATACTTGCGGTGGTAGCCGGATTGAAACATGTTTTACTTATGGCACATAAATAGTTCAAACTTCATGTAACACAAAAATTTATTATTATTTTTTTTTACAATGTTTTTATTCATTATAACACTGTTATGCACAGTTTCTTTTCAATGGGTTAAAGTAATAGAAAATGCTATTTAAGAGCCATGTGTACACCGCTGCACTCTCTTGAGGTAAATGATTTGATTGACCATTTCTAATGGTGTACATATATTTGCAGCTAGTTTAGATGTCATTTCTGAGTATTTGTTTTTTTATATATATAGTTTAGACTAAAGGATCTGTTATTTACTTTTACTCTGTCTTGTGGCTGTGCGTTCTGTGAGCTGCAAAGCCAAGCGAATAGTCTTTAATAAAAGAGTAATGCAAAAACGCAACAACTTCAGAAAGCGAAAGCAAAAGTGGACTCCAGAAAATTTTAGGAGATTAAAAACAAAGGCCGGAAGCTTTTTTAAGCC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Seq C2 exon
CTATGTTCTTGGAGGAGGAGCCTTGTGCATGGAGCTTCTTACAAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013990:ENSDART00000155506:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0017921=UQ_con=FE(12.2=100)
A:
NA
C2:
PF0017921=UQ_con=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]