HsaINT0176429 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000140367 | UBE2Q2
Description
ubiquitin conjugating enzyme E2 Q2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19248]
Coordinates
chr15:75883366-75890483:+
Coord C1 exon
chr15:75883366-75883424
Coord A exon
chr15:75883425-75890434
Coord C2 exon
chr15:75890435-75890483
Length
7010 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
ACTCCTTTTTTCTTTTTAAGGTA
3' ss Score
12.83
Exon sequences
Seq C1 exon
GATAACTTTCCATTTGATCCTCCATTTGTTCGAGTGGTGTTACCTGTTCTCTCAGGAGG
Seq A exon
GTAAGTTTAAGTGACTACTTAAAAAGAAATTTTTTTCAGTTAAAAAAAATTTTTTTTTATAGGGACGAGATCTCACTATGTTGCCCTGGCTGGTCTTGAATTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGGCCACTGTGCCTGGCCTGCATTTTTTTTTTTTCTTCTAAATATAGTGTGCACCAGAAACATTTGGAGAGCTAGTCCCAGGGTTTCTGATTCAGTAGGTCTGTGGTGGGGCCTGAGTATTTACATTTTTAAGAAGTTTCCAGGTGAAGTTGATGCTGTTGTTCTGGGGCCCACACCTAGAACCATTAGTTGTAAAGCATTATGTTGTTGATAGGTAAAGTTTTTAATGATTCATACACACATGTATTTATACATACACACACACACACACACACACACACGTATATATACGCACATACTTTTTACCATAAAAAAGCTAATGTTTTCAAATGTAAATTGTGATTGAGGGTTTAGAGAATGTTACGATTAGAGAATGGTCCCCACATGCCTGTGATCCTAATTGGTACTTTTAGGGATAATCATGGGAAAATCTCATGGACCTATGGAACTGGCTAATTACTCCTAGAGGTAATACTTGCAGTTTATTAGGGTCAAATGGTAATTGTATTGCTTCTTTTTATGGTTGGAAGTCTTACAGAAGGTGGGGAAAAGATCACAATTTGTTAGGTTAGTTATGAAATGTTCAGTAGGCCCTCAAAGTATGAGCAGTTTAACTTGAGAATGTTCCAACACTCGGGTGACTAATTCTATTATGTGACATAATCTACATTATGGTGGTTAAAATCTAAATATATCCAGCCTTTCCTTTGATCATTTCTATGGTTGAGATAGTAATAGTTGCATTTAGGGTAAAAATATGAGTGACTGCTTCAGACTTCAGAACTTTCTCCAGAAGAGCTTTGTTCCTACAGTTATTTTTAGTTATATTTGCTTTACATGCTTATATATGTGTTTTGGGGGCTAAAATCCTGTTAAGAATCATTTCTGTGTAGTCAGAATACATACTAACTTTGGTGTTGATACTACAGAATAGTTATTTGGGCATGGTGTCCATCTGTAAAGCTCAGAGAAACAAAAAGTGTGTGTTTGTTTGTTTTTTTAACCTTTCGTATTACATATGGATATGCTGAGCTCATTTTGAGTTCTGCCACATGGTAAAGCAATATAATTTATTTTTACTTATTTATTTATTGAGATAGGTTCTCGCTTTGTTGCTCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCTGTCATGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCTGGGCTCAAGATATCTTCCCACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATGGTGTTTTGCCATATTGCTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTGAAGCCATCTTACCCGCCTCAGCCTTGCAAAGTACTGGGATTACAAGTCTAAGCCACTGTGCCTGGCCCAATATTGTTTTTCAAAATTATTTTATTATTTTTTGTCCTTTTTTGTTTTTAAATATTTCTTAATTTTATTTTTTTCAGTATTGTTTCTTAAGAGTTTACTTACCTGACACCTGCAACCTAATCTTTGCCATAGCTCTCAAAATGTTCTGTAAGCACTAATAGTAGTGGGGTTTTTTTTTATTTGTTTTTTGAGACGGGGTCTCACTGTCACCAGGCTGAAATGCAGTGGCGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCCTGGGTTCAAACAATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCGAGTAAGGACTACAGGCGTGCGCCACCATGTCCAGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTGGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCTATCTCTTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACACGCATGAGCTACCGCACCCCACCTAGTGGTTTGTTAATAGATGTTTGTTTTGAGGGGACTGCAAGGTTTTGGGAAACCAGGTTCAGAATATCTTTTACCAAAGGACTTCTTGGAGGCTTAATGCTGTTTTCTATTTTTCCCAAATTTGTTTAATAATTTACACGATAGCATCTCAGAGGACGGTGTCCTCTGGCTTACTCTCTGGGAAAGGCTGTTCTTTTGGAAATCTGGAGTTCTGAGTGATTCCCATGTGTTTTCTGCTGCAGAGCAGGAAATGCTGAAGGATTCCTTCGTGAGCAGATGTTAGAGGTTTCCTTTTGACAGGTGGTTACAAAGTTGATCACAAATATACTATCACAGTGAGTGGAAATCCCAGGTTGGGTGTGAAATAGTTGTTTAGAATTGTGTACAGTTTTCTTTTGTTACCTTTAAAGCTTCCGTAGACTGTTTTTGGATCAGGCAGTAAAATTGCTATAAAAAGTACTTCTTTTGTCATAAAACCTCATGATCAGTTTTGGAAGTGGAATGTTAGGTAACCCAGCCAAATATTTACATATACAAAATAAACACAAGACTGAAAAATAGTAAATTTTTAACCTTTCTCTTGCTGACACCACCAGTCTTTTACTAGCCACCAAGTCATAGTTCTTACGTTTTTCATAGTTTAATGTTAAAATATCTTTAACGAAGCCTTTACTGATTGGGGAGAAATGACATAACTATTGTGTTTTAGTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTATGCCTCCCGGGTTCAAGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTATAGGCATGCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGCCTGAAGTGATCCACCCACCTGGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTATGGCATGAGCCACTGCCTGGCCAACTATTGTGCTTTAGTTTTATGTGCTTGTTTATAAAATTGTGATGTTTACTCAGTATTCCCATAAGCATGGGAAAAGGAAGACAGGTCATTTTTTGTTCAAAATCTTATTTGAGAGAAAAAAAAGATCAAGGAAAAGATTTGGAAGAAATTTGCAAATTCAGAATAAATATATAAAAACATTTTTATCAGCCAGATGTGGTTGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTCGGAGGCCAAGGCAGGTGGATCATCTGAGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCAAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTGGGTGCCTGTAATCCCAGCTCATCGGGAAGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTCCAGCCTGGGCAATAGGGCGAGAGTCCGTCTCAAATTTTTTTTTTTTTTAATCAGAACATTTTAAAATGTGATTATAAAATTGGCCAGTATAGCTTTTCAACATTTTATTGTAAGAATTCTAAGAATTTAAGTTCATGACCTTAGTTTACCACCTAGAATAGAGACAAATATTTTATGCATAATGCCATTTTCAGTTTTAAAATCTGTTACGTAGTTTCTTAATTGATTCTTTTTTGCCACAGTGTTATTGTTCTCATTATTCAAATGAGTAATTTGAATAAGTCAGCTTGTGACCTACTCAAATAAATCTTCTGATTCCTAATAAAGTGTCTTTCATTATACCAAAGCCAGCTATATAAGAGGGGATTAAAAGTACTAAGTACTCCATTGATTATCAAATGCTAACCATGGACTTAATTTATCAGAGGTTTAAAGCAGCAAAGAGTTGCTGTGGCAATAGTGACCTGAAGACTTCATGAAGTAGGTGAGATCCCAGCTGGGCAGTGAAATGTGAGTGTCGGGTTTGGTCAGCTGGTGGAGGTTGAAGGAAAATGATTTACATAGGTGAAAAGTAAACACAATCAGTTATCTAGGAAAGAGAATGAGATACTCAGAGTATACCAGACCAGTTTGAGCTATAACACAAGGAGGGTAGGACTCATGTAGAAGAGTTTTAGGAAATAGTGCTGATGTAATATCTTGTACTTAAACAGGTCTGTGGACTGGCCACAGATCTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCTCTGCTAAGTAGACTATCACCCTGGCTATTCATCTTTCTGTATAACTGGTTGAGGAACAGGGGAGTGACAGTAAAGAAACTATTGTAAAGTAAATCTGGTGACAGCAGAAGAGAATATGAGACACATTGTGCTCACAGAGCCTAGAAGAGTGTGACAGTAGTTGAGGGCCACGCTGTTGTCTTAGAGTGAAGTGAGGAGAACCTACATTGGTTTGGTAGTCATGGGAGTGGAAGGAGGAATGAAATGTGAAAGCTCATTGGAGGCAAAATCAAAATGGCTTGCTCTTCATAGTCAACTATTAAGTGAGGAGGAGGAATTATTTGCTGACTTGGGAAGAAGTAAAAGCTTGCCATCTCAATCAGGGTAAAGCTTAAGCATTGTGTGATTCTAGATAGATTATTGAGCAGTTTTGTTCTATGTATTTCATATCCCATATCTTCTAGTTATGACCCTACTTCTTTATTTCTTGACATAGCCAAACATTTTTTAAATTAACAGCTTTATTGTGATACAGTTTATATATGATAAAACGCTTCGAAGTGTACAATTTGGTGGTTGTTAGTATATTCACAGAGTTGTGCAGTCATTACTACTACCTAATTTCAGAACATTTTCATGACTTCAAAAAGAAACCCCGTACTGATTAGCAGTCACTCCCTGTACCCGTTTCCCCCACCATTGATCCTGGCAACCTCTCATCTAATTTTTATCTCTGTAGATTTGCCTATCTTGGACATTTCATATAAATAGAATCATATAAAATGTGGCTTTTTGTGACTGGTGTTTTTTACAGTGATTTTTAAATCAAATATCTGAAGAGGCTAAGCTTAGGATAGTGTTTGCTGTACAACTTTGGCAACTGAACTTTTTTAAAGTTGAAAATACAGTATTACTGTGTCCATATATATGGCATGTTATCCTTAGATGACCCTTACTTAGATCATTAATGTTTTTTTCCTTAGTATTCTTGAACTGTCTCAGTATTCAGCAGGAACCCTTTGGAGGCAAAGAGCAGTAAGAATTTGGAACACTTGTTGACAAAATGAATGTAATTTAATACAGAAGTAGAATCGGCCACTTTTAGGTGTCGATGCTGCTGAAAGTGTATATTAAGGAAAAGTTTAGTTATCTTACTTTTTGTATAGGTACTAGAACTACTTGTCTTGTGTTCAACAAACATTTGTGTAGTTATTACGTACTTGTACAAATGCACTTTTTGACCTGAAAATCCAAAAACTCCCTTTCTTCCCCCCACCTCTTAAGACTCTGCATCCTCAAAGGAAGAGTGGGGTACCTTAAAGGAAAGGTGGTTGTGACTGGATAACAGGTAAAATGTCTACTGTAGACTTCCTTTTCCCGAAACAAGTTCCTGTCTACCATCAGCATTTCCAAAATTTGAAGATTGTGTTTGATGTTAACTCATCAACCGATTATTAAGCTTTCAGCAATTGTGGAACCAAAATCTAAATGAGTACCTGGATCTTCTAATTCTGTTAAATCAGTGAGTGCACATTATATACAATACTCTTTTAGCCCAGTAGGAGAGTTAAAGAGTGGAAGATAGATTTCTATGTTTCAGAAATAGAATACACAAAAAAAAATTTAATCCCATGAACCTTCGCCTGAATTTAAATTTTTGGAGAGTTTTTCTTTTAGATTTTCTTTCACTTTTAGATTAATCTTTCACTTTGAAAGGTCCCAGGGTTTGGGCAAAGCAAGTGGGGAGAGACACTTGCTTGGATTCTCCAGGATGGGGGAGATGAAAAGGACTTCTTTCCCTTATTTTATTATTAAATATTGTCACTGTAACAATTATTAATGTTAGTGGTCTACAGTAAAAGTTTTTAGATGCCTTGTCTGCAAAGTAATTTGGTTAGTTGACACAAAGATGCCTTTGGTTAACTGGAATGGAAGATGTGCAGGCTAGAGTGGTCTTGGCAAGTCTTCTGGGGGGAAATACAGCATTTGGAAGGGTAGGAAGCAGTAGGAATCTCAAGCAAGGGAAAGGCATGGGCAGAGCCCCGGAGGACAGAACAATTTGTGGTGGACTTGGTGTCCACACAGACCTAATCAGTGGTCTTAGCTTTTGTGTTTTCAAAATTACCACAGTTTTTGTTCTAAAACTATCATTCCCTTGATTTTTTAAGGCATGATATTTATGTATTTTGAAATTTAAAATAACATTGAAGGAGAAATGAAATTTTGTTTGAGAAAGATAAAGGTTAAAAATCGTTATCTAAGTAATGATTTTCTAATGGGAGATTTGGTACATCCCCAGAAGTTATCTTTTGTTCAGAGAATAGTCTTCAGGCCTAGAAAGAGCTTAAGGGAGTCCCAGAGAGAAGCTCCATGGTCAGAACCATTTGATTCTCACAACAGAATGGGTAAAAACAATTTGAACCATAAAACCATACAGATCTTCATAGCATGGATAGGGTAAGGTCAGTGTCATTGTCAGGGGAAAAACTCATGGCTGTAACATGGTAGAGAAAGTTTCAGATGTAAAGAACACGTGAACGCCATTTAAGGAAACTGATTCTTCTGCCCCTATTCTTTGGAATATTTAGGGCTAAGTTCTTAATTACTGATATCATACAAATCTGAAAGTATTATGTTCTAAGAACCATTAGAAAAAATTGACTAGAATTTCAGAGGGATTACATTAGCATGATAACATTAGAATTTTTAAATTACCCATAGTCCTGTATCCCTAACAACTGTTGTCATGTTTGCATGTTATTTTCTCATCCTTACTTGTGTGCATATTTTCTTGGTAATGGCACTTAGAAATTGTTTAAGGAGGAATAATTCTCGAGAATTTTGTATGACTCCTTTTTTCTTTTTAAG
Seq C2 exon
GTATGTATTGGGTGGAGGAGCATTATGTATGGAACTTCTCACAAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000140367:ENST00000267938:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.019 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0017921=UQ_con=FE(12.2=100)
A:
NA
C2:
PF0017921=UQ_con=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains