DreINT0171887 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061541 | unc5db
Description
unc-5 homolog Db (C. elegans) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060531-162]
Coordinates
chr5:26792027-26797459:+
Coord C1 exon
chr5:26792027-26792205
Coord A exon
chr5:26792206-26797275
Coord C2 exon
chr5:26797276-26797459
Length
5070 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
CTCCATTTCTGTCTGCACAGGAA
3' ss Score
7.93
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGAGAAAGAGACAGTCCCATTTTTTATGCAGGCAGATTGCACGGTGACTTCACAGACAGGGGCCAAAGCCTTCAAAATCCCCCTGTCCATTCGTCAGCGGATCTGCACCACCTTCGATACTGCCAACGCCAAGGGCAAGGACTGGCAGCTCTTAGCTCAGAAACTCCACATTCAGAG
Seq A exon
GTGAGCACTGGAGAGAGATGTAGCCAAGGCAACACCGCTGATTGAAACTTATTGCGGCAGTGCTCACTTTGTTAACAATGCCCTTGAATAATAAGCTGACACCGCGCTCCACTTTGCTTCATCATTTCACTCAGAACTCATACTCCTCGGGCTTTTCATCTTTATTGAATTCAGTTTCTGCAAAGGTTAGATGTTAAAGAACCACTAGAGAGTCAAGAGATGTGAGAGCCACCTTCCCTTTATCTGTGAAGTGATTTTACAGCACATTGATATAGCTTATGTATTTCTGTGGAGATAATCTTTGAACCGGACTTCATCCAAACTTCTTTTTAATCGGAATCTTGCATTTGGATCTGAAGTGGTGTTTATTATTATATAAGACTTACAAGTCAAGTGTCTAAGTAAAAGAAAGGATGCACCAAAGGAGAGAGAACTGATGACAACTAAAAATGTGGTATTCATTTTTCGTAGTAGTACATCGCAAATACTGATACTTAAATGCATCATTTATGAGATAACACAGTTATGAAGATGTGAAGTGGCATTGCAGCTCTGTAAATTGTGCCGTTTGATATAAATGGCTTGTTTTCCCCAAAGAAAACGTCTTGTTACCTTTTTTTGAACTTGTGTCACATGACCGTTTGAGTTTGCTATTATATTACAACACTGCCATCTATTGGTACACCACAGGTACCAGCACACATCATGTGTTTAGTTCAATTGCAGTACAGATTCAGAACAACACATGGATGTGTTATTCATACAAAGTGTACAAGCATACAAATATAATTGCATTTTTCAAAACTGATCCAGTTGTGATCATTTATACCAGTGGTCTCAAACTCAATTCCTGGAGGGCCACGGCTCTGCACAGTTTAGCTCCAACCACCTCCAACTCACACCTGCTTAATACTCTAGTAGTCTTGAACACCTTGGTTATTTGGATCAGCTGTGTTTGATTATGGTTGGAGGAAAACTGTGCAGAGCTGCGGCCCTCCAGGAATCCAGTTTGAAAGCCAAGATTTATACACTTAAGAAATGTATACAAATAATTCAATACTTATTACTTACTTTTTTTTTTTTTTTGTCTTGATTAAAATGAATGAAGTACAATTTTACAAATCGTCACCTTGGAATTATAAGGTTCTATCTGCTTTCTAAATGATTTTGAAATATTGAGTTTCAAAGTTTTTGCATTCCATTTACAGTGCATCCGGAAATTATTCATAACGCTTCACTTTTCCCACTATTTTTATGTTGCAGATATTTTGAAATTGTTGCAAATTTAGTAACAATAAAAAAACCTGAAAAATCACATGCAGATGAAAAGTGAAGCACATTGAATACTCTCCGGATGCACTGTAGCAAACAATATGTGTGTAACAGCTCTCTTTCATATATTAACATGACAGAGACCCTAAATGTACTCTAAATGTACATTATCAAAATTCTCTTAAATTTGAAAATTGGGGTAAAACAAACATTGAGCCTTCTAATTCTAAACAGTCATTTTCCGCTTTGAATTATCAAGGTTCTGTCTGGCAGATCATTAATTGAAGCATTACTTTTCAACAAATACAATCAGTCTGCTTATTAATTTAAGTAAAAAACTCAACAACAATATGTTGATGTTTGAGAAAGCTACATTTTTGCTTTCTATAACATTTATTGAATGTTTTAGGTTAAATCTTTTTTTTCTAGTTCAAATTAAGCATACAAGGCTGTACTAAATATTTTGTCCAGTGCAGATGCTAATTTTATGTAATTAATATGGCAATATTTTTTGAATTATATGCTTCATATGAATTAAAAAGAAATTTAAAGACTTTAAAAGAAAACAGACAATAAGCAAATGAGTTTTATCAACACTGAAAAAAAAATTCACTGACTACATATACACAAATAAAATTGTTTCACATGTAATATATTACATTTTTTAAATAACTGTTTCTTTTACAACCATGTAAAATTAAACATTTCATCTCAATGTCAAAAAATGCTTCTAAATCGTCACATTAACACACATATTTTAATTTCAGGTTTCTTCTTAGTATTGTGTGGTGCGGCATTATTTAGTCAACTCTGATTTTGTGTTTCTCTCTTGTCTTTTTCTGCTGTCAACAGAGTAGTCTGGTGAAATGACAAAGAAAGCTAATTCTAATTGGTCTTCGTGCTTGCATTTGGAATGCTGATTGGCTCACAGAAAGAACCTTATATAGAGCCAAGCTAGAATTCGACTGTGTAGATAAAACCTTTTTTGTTTTTTAAACAAAGATCTTAAAATGTAATCACTTATAAAAATATCACATAATGTAAATAAGCTGTCATTTAATAAGAATGTCAATAACGTCATTTTGACAAAAATGTCAGATAGAACCTTAAAATTCTAAGATGACAAAATGTACTTCAAGCTACAATCGTTTGTGCTTTAAATATATATTCAAGGTGACCCAATGGCTCAGTGGTTAGCACTGTCACCTCACAGAAAGAAGGTCGCTGGTTTGAGTTGAGCCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGGTTGCATGTTCTCCCTTTGTTAATGTGAGTTTCTTCTAGGTGCTTGGTTTTTCCCCACATCGCTATATGAGATATAGATTGACAAAATTGGCCATAGTGTATGAGTGTGCGTAAAACATATGCTGGATAGGTTGGCGGTTCATTCTGCTGTGGCGACCCTGATAAATAAGGCACAAAGCCAAAGGAAAATGAATGAATGAATAAATATTCAATTCTCATTTCTGGACATCCACTTCAATCTGACTGCTCTGATCAAATGTTGTGTTGCTTATGCCAATGTGACTCTGTAATGCTCATTATAATGTAAATGAGCATCAGAACAGCGGTCTCATTTATAAAAGTGCACAAAATGGGGAAAATGTTCATATGCCCTTCACAATGCAATATTTGTGATCTATAAATGTGAGCAGCTACAAGTAAACTTTAAGTAAAAATATTTAAATTAATTATTGACTTAAATTAACCACTTTAAATAATCATATGAGCCATAATCTTTAAAAAATAAAGAACTAATTATTCTGCTGTATGTTTACTTATGAAGGTTTTACACAAAATTTGATAAATGAGACATCAGGTCTTTGCTGAAGTAAAAGTCAGGCTCATGTGTTTTTACATCAAAAATATTTGTAAATTATTAACTCAAATCATTGATTTTCGACAGCTGCCGAATGCGTATTCTCAACTTTACAGCTAAGTCAGCGTATGATACATTCGTAGCGGAATTTCTGGGAAAAGACATGTCTCAACAATTTGCAATTGACATTACATTTAGCATGCGCTTTTATCTAAATTGATTCACAAACACACATTGTGCAGTTTGGTGTTCATTGCCTTGCTCAAGTGACTGAGGAAGGGTGGAAGACAGGTTTGGCTATTCTCTTCCTTAAGAAAAAAGAAAGTAAGTACTTACCCCAAAGTTTGTTTACCCCAATGTTTGTAAACAAACTGTGTGCTAAACGGTTCCTGTGAGACGCATCTATTTCAGGAAATTCCACTATGAATGCGTCTTTCAAGACGTGTGTAACCCAGTTTGTTTATGGGAGCGTTTTATGATGGATTTACAGCCCAAATTTGACATTATTTCTCAAACTTATTTAGAAGTATAACCTAACCTTGCATGATATTTACAGGGTTTCCGCTGGTTTCCACAGTAAAATTTAAGACTTTTTAAGACCATGAAGAATAAAATTTCAAATTTTTTAACAACCCATGAGAAAAAAAATGCACTTGCCGTATTTAATATGATTTGCCTATAATTCTTATTAGTTATTTCTTAGCCACATATTTTAAATAATGTGTCAAAACAAGCAGCTCCTAGTTATATACATATATTTTTAAGTGACAACATAAAAAAACCCTTGTAAATGTATACACAATGCTGTTCTAAAAGTTTTATTCACTTGTATTTGTTAGTGATTGGATGTGTGTTGGATCAATTGGGAAGCTTTACATAAAAAAAGGAAAATTAAGACCCTTTTAAAATGATATTAGACCTACAATACTATATTTCAGTCAATGTAAGACTTTTTAACGCCTAAAATTTAGTTTTTGAAATGTAAGACCCCGTGGATACCCTGCATTTAATGACAAATGTCTTTGGCAAACTTACGCTTATGCTTACAACTTCCATCAATACATATATGGTAATTAAGCAGCATGTTAAGTTGATGTTCAAGAAAGCCAGCCCTGATCTATGCACTGTTTCAAATGTTGAAACTGGTGGAGATGATAGCACTATTACAGTTCCCATCCCTGCCACATAATGGTATGCAATTTTGGATTATCTTGAAAGATAGATGACTAATGTGAAACAACTGTGCTGATTTGCTTTGGCATGGATCATAAATGGTGGTCCTACGCTGTACTATGAAAGAGGCCAAAATTGAAGGTCTTGTGACCAAAAATATTCTGAAAAAACTACTGACATTCTTATGATTTATGATCATCTCACTATGTCTTTGTCTGCTATGACCTATATCTAATGATTAGCCAATAAAAATGGAAATAACATCAATGGAACGTGGCATTATAACTAAATACCAAGTTCCTTTTGCAAAAATGGCATATGAAGTTAACCACATTTCCCTATCCATGTTCTTTCCTCTTCTCTTCTGCACATAAAAAGCGTAATTTATTTTGCTGTATTTGTTTAACATTTAAGCACACTGATAATGTTAACTAGCTGTGTAGCCTACAATTTAATAGTGATTATCATCATATAGTACCAACGTGTATTATTGAACACAGTAGTTTGTAAAAATGCTTAAATTGCAGTCTATAGAAGGCTTAAAAGTCAACATATTGTAACATTGGCGTGTTGAAAGTATCTGTCTTACAAACTCATTTTAATTTTATGCAAGTAACACCAAAGTGCACCATTTACAAAAATGGATCTACACAATGTGGACAGTCAATTATTTACAAGAGATTCCAGTCAGATTCGGCCGGACAGTGTGAATGGAACCTAAAATGAGTGTGAATGTAGCTTAAAAAGCCTTTTCTGTGTTCTCAAAAATCTCCATTTCTGTCTGCACAG
Seq C2 exon
GAATCTGTCCTACTTCACCAAACAGAAGAGTCCCTCTGCTGTCATTCTCAGTCTCTGGGAAGCCAGACATCAGGACAGTGGAGATCTTGACTCGCTCGCAAGTGCTTTGGAGGAGATTGGAAAGATTCACTGTAAAAGTCTGCCTCAGAGTCCAGATGAGAACGAAACAGACTTTACGTTTTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061541:ENSDART00000087857:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.131
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053117=Death=PU(34.2=45.0)
A:
NA
C2:
PF0053117=Death=PD(64.6=82.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]