HsaINT0177906 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000156687 | UNC5D
Description
unc-5 netrin receptor D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18634]
Coordinates
chr8:35774299-35794662:+
Coord C1 exon
chr8:35774299-35774477
Coord A exon
chr8:35774478-35790358
Coord C2 exon
chr8:35790359-35794662
Length
15881 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATT
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATTTATCTTATTTCGCTACACAAAGTAGCCCATCTGCTGTCATTTTGAACCTGTGGGAAGCTCGTCATCAGCATGATGGTGATCTTGACTCCCTGGCCTGTGCCCTTGAAGAGATTGGGAGGACACACACGAAACTCTCAAACATTTCAGAATCCCAGCTTGATGAAGCCGACTTCAACTACAGCAGGCAAAATGGACTCTAGTCCACTTCCTCCCATGAGACAGAGTGATGGCCAGCTTGGGGACATTTGCTTTAAATGGGAAAGAGGCCGCTTTCTGCCCAGTGGCGTTGGGGGAATTCAGCCTTCATTTATAATCAGTGAGATTCCCCTGTTGAAGAAACTAAATTTTATATAGGTAAAACATGTTAATAGGGAAGAGTACAAGCTCTCTTACATATAAGAGGGCTCTACTATCTCCTTGGAATCCACATTTGGGTTAACTCCTCAGATTTGGAGTGGCAAGGATAAAAGTGAGGGCAGAAGTAGCTGTGGGAAAAGATGAGCTATGATAATGCTGGGAAGGCAGAGATTGATTAAGTGCATGCTTTGAAATAGGTTTTTAATGATGTGCCCCAAAGGGCCAGCTGATTCTGGTACTAGATTGTCAGAGTTTTCTACCAACTGGCATCTGTGATGTCAGAGATCATTGTAAAAATGGCTTTTAGACGTGAAACAGGGTTGCCAACCCATTTGTATGACTTCAACAACGTCAAGGAGGGCATTTAGAATTTAGAATCTGAGCACATCACACCAGCACCAGCTCCCTGTCTCTTCTAGCCACTTAATGGAGACACAATGGAGAGGTAAGACAGACCACAAACTAGTTCTTATAGTGTACTCCACCTTTTACTTTTTTCCTGAGACAAATCTACCCTTATTCTTTCTTCCTCTTCCTTACCCCTTGCAGTAGGGAGGTATCAAGGAGCATAATTAAACTTGTCAATACGGAAAGTTGTTTTTTCTAACACAACAAAGTGGGACCATCTCTATTCCCATCTAAGCCACTCAAATTGCTGAGTGCTATTAGAACACAGCTTATTACATGGATATGGGGACAGGAGAGATTAAAGCAGGTTCAAAAACACATGAACTGCAGATGCCATAGGCCTCAAATCAGCTGTAATTCTAGGAGACACGTGTTGATCTAGTTATCTAACATTGTTGTTATAAGAAAATGAGTTTACTGCATTTTTCAATCCAGATTCTTGAAATTGTCTAACATGTGGGTACTGTGTCATCACAAAATCTCTCAGTAAGGCTATATGTGATCCTCATTTTGCCTCTTGGGAAATTAGCAGATAGTCTTTGCTCTAAATGATATCTGAGTAAATAGACTTGAGGAATCCTCTACCACAGTGTCCCTGAAACCACATGCATCATTCAGGAAGCCTTCACCCTGTGACTATTCAGCCTCCCTGAATATGCTTTCTCTATAGAACCACTAACATATGGCTATTGCTCTATGATTTTTTTTTTTACATTAGGAGGCAGTGATATTGTGGAAGATTGAAATCCACAGATAATTCATGACCCTCATCTTATCACTTTACTCCATCTTTTTATCCTATTAAATTATTTTTGACAAGATGTCCTGGTAGACTAAAGGTGAACAGATTTGCTCTTGCTCATCTTCTGGTGGATATTTTAACTTGCTATTCACAATCAGGACAACCAAAGTCAAGGACCCAGATGAACCACAAGGCAGCTAGTCAGCTACTTAGAGGTTGGTTACATTCGAATAAAAAGTAGTCAGGGAATGGGGGAGGTGGGGAGTTGGGGAGTACTTGGCAGTTGGGATATGATCCATTTTTTTAAACAAGTTTTTTGTAGATCCCTTGTAAAATAATAATAATAATGTTGTGAATCTCCATGCCAAGTGAAAAAGGCCTAAAGATGAGTTGAATTTGTGATACCATGGGTAAGGCATGGAAGAACTCTTGAATGTGTTGGCCATTTTCTCTAACTAACATGTGGTATGTATGGTCCCCTATATTAGATAGAAGTCTTTGCTACATGTAATTCAAAAGCATCTCGCTTTTCTCAGGAACCAAAGGCTTATGATGTAGGACAAAGAAATCATCTTAGAACTGTCAAGCATATTTTCACAATACCATGTCAAGATCAGGAAAACACCCTTTTGCTAGTGTGCTTAACTTATTTATTTCTTCTAGGAAACAATAGATAAACAGCATGAAAATGTAAATCATCTGGCATCACTGATAGAATTTCTGAAAGAGAAAGAGAAGTAGATGGTCAACCAGTCACTAGTTGGTTGGCATGAGGTGGTGTGCAGAGGAAAGCTGCATTCACTATTGAGTAAAAACTTGTAGAAAGCACATTATAGAGCTTATGTTGGAATCCATCTTGGAGGATTTTTGTTTTAAACTGTCTTTAGCATTTTCCCTCTTCCCTTCTAATGGGCATTATAATTGTTTCATCTACTCTGTGAATCTACATAGGTCTTTTTTTTTAGATGTTTGATACATTTTAAGTATTTTTAAATAGATGAAAATTCTAAATGATTTTCCCTCAAATCTATCTAGATTATTTTAAGATGAGACAAGATTATTGTCAATCCCTGAATGTCTGGAGTTACCTCCCATGGATTTTTTTTTCCTTTGGCCTGGGTTTTATAAACAACTTGAACATCATATCATATAGGATAACAAAGGAGGAAGTTAACTTAATTCACCTCAGACTTCAGCCTAAGATTCAATCAAATTCATCCTTCAGCCTGTCTTGTTTCTTCTTTATGTTTCTTTTACTTATTGCTGCTAGGATCCTACATAGGATTTCTATAGAAATGTATGAAATTCTGTGGTCACTGCATGTCAGGATTGCACAGTATGTTACAATACAATTTCAAAGAGAACCCACATTTGTGAGATTTACAGACCAAGGTGTGGTGGAGGAGGTAGAATTGCAGATCAGATAAAAAGTGAGCTTACACTTGAACTTAGTTATTCACTGTGACCTAAATTTAGTCCTATTGTAATATGTGCCTGTCACAACACAAATACCCCTCTTGAAAGAGATTTACTCATCTATCCAAGCACTTAATTTGGAAATTTTATTGTCCTATTGCAAAATGAAACAAAATTAAAAGTGGCCTCGAGTACTTGGTAAGTTACTTAAAATTTTTACAAAAATATCCCACTCAATGCCAAATCTTTCAGTCCTCAAAGGCATTTAAGTCCAATAGTCATGCTTTAAATATGGCTTTAAATTATGCCACCAAAATGGTGCACTTCACAGATTCACCAGACTGTAGCATCATAAAGTTAATTTACAGTTTTTACAACATTGCTTCTACATTCTTACTGGTTTACATTAAAATCCTTTAAGCCAAAAGGAAGCTTGCTCTATGGATTTAAATGCAAACTTCATTTACCAGTGCAGGAAGTCTCATAAAACTCAGATGTACTCCCACAAAAATTTTATTGGCCTTTTTGTAAGAGATGAAAAAGAATTGACACAGTTCTCTTTAAAGAGAAGAACTTTTTTATTATTATTTTTATCTCCAACTGCAGGTGGTGTCTTTTGCCAAGGTCTCTGTATTTTTCTTTCAGTTGTCTTTGGGAGGGGATGTTAAGTCAAATCACTAAAACAGGGTTCTCTTTGGATTAAAAGTTCTGGATTTATTGCAACTATTTTCCTTGAGAAACATTCTCAGCATCAGGATTGATAAACAAATGTAGATGATTAAAATAGGATAATTGGTTTTAGATAATATCTTCTACTGCCAAACTTCTGGCAAATTTACCTGTGAATTTCAAAATGTTATAAAATCTCTTGATATGCTTTTGTTTTTCCTTTTAGCCATTTTCTCTTCAATTTCTTAGTCCCTCTGCCCTCTGTAAATGTGTTGAGTGATATAGCTATCAGATGTATTGAAGGCAAAGTTCTCGCAGAGGTCTCTGTTCCAGCTCTGTAAAGGTCACAGGAATCGTGAAGGAGCTGAGAAATCTTCCTCTCCGGCCCACTGTCTGTGGCCCATTGTCATTGTTTCCTCATGAAACATTGCAGAGTTTGAATCCTCAGTAACTCTCATTGACTGGATTAGAGGTGATGGCCACAGCAAATGGGAGAGCAAAATGTTGGCCTACAGAGAATGACACAATTTTATTCGCCTTTGGTGTTAGTTGCCATAGTGCTGTATTTGAAAATCGATGCTTTAGCCAAAAGCTGAATGACCACCGTTTCCGTAGTTTCCACTGTTTTGTCTGCATAGAATTTTCCTGAACTACAAGCAAAAATGTATTTTGTCCAATGTCACAAAAGTGAAAATGTTACTAATCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000156687:ENST00000453357:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.044 A=NA C2=0.029
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053117=Death=PU(34.6=45.0)
A:
NA
C2:
PF0053117=Death=PD(64.1=72.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains