DreINT0174215 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000039319 | vps37b
Description
vacuolar protein sorting 37 homolog B (S. cerevisiae) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060526-254]
Coordinates
chr5:27409375-27416652:-
Coord C1 exon
chr5:27416548-27416652
Coord A exon
chr5:27409547-27416547
Coord C2 exon
chr5:27409375-27409546
Length
7001 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
ACTATCCTTCCCTTCTTCAGATT
3' ss Score
10.71
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGCTGGCTTCGAGAACAAGTTGGGTTCTTATACTTTAACACAGTTAAACGAACTGCTCGAGGATGACGATAAACTCAACAAATTCATCGACGAGTCAGAGGAG
Seq A exon
GTAAGTTTCTTTTTGTCGTGAAGAGCGTCGCGAAGTTACCGCGGCGAGTTGACTTGTGTTTGAAACGGCACCGTTTATACGAGGTTCTGCATCGTAGGCCGTGTTTACTTTAATACATACATGAGGCTTGTCTCGCAGTTACGACGGCATTTCATTTGGAACTCTTTAAACTGGAACATTTCGGCGCGTGACTTCAGTTTCGTTTGTTTTTAACGTCGCTGACTATGACTCAAGTGTTTGTGATGTCATTCCTTAAAAACAACACATTGTAACTAAGACAAAGTGACCTTGTCACGGAAGCAGAAACCCGTCAACCGTGTGAATAATATCCTTGAGTTAGGGATATACATTTCCCTTATAGAGTATCCTAACGTTATTTATTTGTGTGTCATCCATCAGTTATAGAAGTCATTTACTTTTTGATCTTCTTTTGTAGTCCGTTTGCCTTCATGTATCATTATATCAACACTATTCTATTACAATCTCTCATCTTGACGTTATGAATGTTGTTATGGAAAAAGTGCAGTCGAAAACTGAATGTCTCGAGAATATGTGTCATATTTATTGATAGAACTGAAATGATTGTTGGTTGCGTTATTACAGTTTTAACTTTCAGTGACCTGAATACTTTAATAAATAATGTCACTTAATCTCACCGTCATACTTGTACATTAACAGTAACAATACTATAATACTTTAATTATAGTACTTTAATGTCATCATAATGTTTTAACTGTGATGTCATTTTATTAAAGTTCAGTTTTATTCTTGTCGGTACAGCTCAATTAAAAATGATCTGTTCCCTATAGCCGAGATGTTTGTTGGACTTGTTCCCTTTTTAAAAACAACACACAACTTCACATGTTCTTTCAAGTCAGCTTTTAAAATAGTTTAAATGTATTTGTTTATAAACAAAAATTATAGCCTACATGTTTATAATCTAGCCATACATTTGCAAAACATATAAGTAGTTTGACTATGTATATATTTAACATAAATACTTTGAAATGTTAATAGTACCAGTGCAAATATGCAAAAAAAAAGTAGAGATTTAATGAAGGCAAACAAAATGGTACAAAGTGAATATATGTGTAAAGAGCAGAGTATTACGAATTCTAGTGCACATTTATGCAAAATGGACCAAATACATAGTTGATTAATTTGTGATCAAAGTTGAGCATAAATGTATCCACATTCCACATCTCAGGAGACAACAGACTAAGCAGTGCCAGTGCACACATTATCAGTTCTTCTTTTGCTCACTCTGCAAGTTCAGAGTTTGCTCAGTTCTGTTTGCATATGGTCAATTAGATACTATTCTGGGCATGTTTCACAGCTTTGAGTTGATTTGACCTCCAGATTCACGGAAAGATGTCAACCTTGACTCGGTATGTGTCCTGAGAGCTTGTTTGATCTGGCAACATTGTAACTTGCTTTTTTAACCAGGCCAACTATGTTATTTATAAAGGATATTCATAGCTATGCATGTTGTTGTTGCTATTTAAAAATCCTTTTTAAACCTTATAAATAAATTTTGATGCTGAATTATGTTACTGATTGAAATGGGTTATTGCTGATATTCCTGTTCCGGAAGCTAAATATAGTCACATTTGTAAATGTGGACACAGTAAATATATCTGCCACAGTAATAAAATGTTTGCAGACTACTAAACAAGTCAAAAGGTTGTACGAGTGTCATGTGATGATGAACAGACCTGTCGTTAGTCATGTTTGAAGAGGACGAGCATTGTGTAATCACTTTCCGTCCTTATGTGAAGTGAATCTTTTCAATGTCTCCCCAATGTCCCATGTGCAAATTATTAGGCATGTTTCCATCAAATTGTTAAAGCAGCTGACTGTAGTATTGTACTGTAGTATTGTACTCGGTCTTGTTCAGTAATCAGGACACTGATCAGTCGCAAAATTCTTTAAGTGCACTAAAACTTTTACTGCCTAAAAAGTCCAACAATGCATGGTGAAAATCATGGCGCATTGATGCTTACTGTTTCCTTAATATAATTCTGAACTGCAAAACATGAATCACGTAAACCAAATCATCAAATGAAGACAAAGTTTTTTTGTTTTATTAGATGTAGCTTTTTTTTTTTACTATAAATGAACACATTTAGACAGGAACAGAACAGTCTAGCAAACATTTATAAATTGTTAATGGTTGAAATGTTAGTGGTATATGAAACAATCCTATTTTTTAATTATAATGTACTTTTCAAAAAAACTCTATAAAATTATGTGAAGTAGCCTGGCTTCTTCCCTTCGTCTCTTACGATCGCACTGGTTCACACACACAAATAAACTCACACACATATATGAGCTAGGGAACTGATTGAGATGCATCCTTGGTAATCTAGTTACTAGAGCTGGGCAATATCGCAAAAAACTATCAGGATATCAGCTTACATATCACTCGATATCGATAATTATTGAATATTTTATAACAATCCATTTAGGATTTTTTAAAATTTAACAACATTACCAAGGCAAATAGTTTCAATAGTCAAAAACAAATATATTTAAACAAAATATCTGATCTCTTCATAATAAAGGAAACATAAATGTTAAAGACGCTCTTAAACTTGATGAATAAAATATTACAAAGTGTGTGCAATGGTAAAGTGTAAATGCTTAACAATCAAACATGTGCTTGTCGCTCCCATACGTGTGTCGTGCAAGTCGCACACCTCCCTTGGAAATTATAAACGTACACCCTGGCTTATTGGCACTGCATCCAAGGCATGCGCTTAGCAGCCACATTCTAATAAAACTATAGCACTTCATACCGTATCTTTTTTTTAATCAATATTGACAATAGTGTTCGTCAATACATATCCATACCGATGTTATCACCCAGCCCTACTAGTAACCAATAGTAAACAAGGCAAGCAAAAAGCAGTCGCGCAAATGTAATGTTGACTATCAGAGATTACTCGGAAAATGTGTTTCCATCTCCTGTTTTTTGCATTATACCCGCAAAGTCTGAAATAACCTCAAACAAATTTAAAAACATTCAACACAAATTATGTTATTCACGAAATTTTTATCACTTCTTTCTCAAGCTACACTTCAAAATGCGTATTAACACATGGTGATAGACCCCAAAGTCCCTTTAGGGCAAGTTATTTTACTCATTGCAGCCATCTTTAAAACACCTCTCAGGCAGTATGCTCGAGCATTCTGTTTAAATGAGAAAATGTTTCCCAAGCCTACGATTAAATTTTATATTAGGAAGCACCAATAAAAATAAACAACTGTCTCTTTAGTTTCATTTCTGATTGTTAAACTAAAATCTGCAGAAACTCACGTCTGATCCGAGCTCCTCCCCCAGAGATCTGTCAGCCTACATTGATTGATGATTAGCTCCTTTACTAAAAAGCGGGGCTTAATTTGCCATATGACCGTTACACTTTTCCCCATTTAAAACTATACAAGTGACACATCTTGTGTATTCTATCGTCTTTGTAGAAACCTAGCGGGTGATGAGCTGTTTTTTTTTTACTTTTTACGTTCTAGAGTAGGTGTACTAACTGGTTTCAAAATTATTTGTCAGCAATCGGATGATTTCAGCTCGTTTGATTCAAATTCTGATGTACATATATATTTTAGTGCACATGTTTTGGGTATTTATTTAGTTTTTATCCTAATGTCAGCATCCTGGCAGAGTGTTTAAAAGCTCAGAAGAAAAAATCTGTCCTGACCTGCCAGATGACACATGCAGTTGTTTGAGAAATGTGAAATCTGTCACTTCTTCCTGTTATGCCGTCTGAAACTTGATCTCTGAACTGAAACTCCGAAGTTCACCTGTTGAAAAGGGAGGAGTCTTGATTTCATTTAAATACTGTTATTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTAAATACTGTTATATGTTCTTCTTGGCGGTCATAGGTCCGTGTGTCATGTGGCATTGTATTGTGTGAGGTGAATGACAGTGGAAGGTGAATTCTGAAGACTTTTTTTGTTGTGTGTTTGTGTGTGACTGTTGTGGATAACTTGAACCTCTATTTATAAAGAACTCTTTATTTTGGATCGTAATGTCCTGCCTCTGTTGGAGTAGTAAATACATTGATCATTTGGTTCAAGCTTAAGGCTAGCCACCCCGATATCAAAGGTCAGCTGATTCAAATTAGTTTTGTGATTGACTCATTTTAAACCTCTGCCCCTATTATGGACTAAGAAAAGTCCATATTTTGGTTTTGGGAGTTCCCAAGAACAGTCAACCCAGCAATGTTTGCTATAGGTTCATGCATGCAAAGTCAAAAAATACTTTCATTGTCAAATAATGTGCCTTAATTTTTACCTTATTTGCTCAATGACTCCCAAATGAGTCACTCAAAGGTACACTGTTAATGTTTATTTGTTAATGTTTCACATAGACATCAACATGAAACAACATATACCTCAACAATAGCTTTACATAATACACAGTGTGCACTTTCAGATGTAAATCTTTTCAGACTGTTTTCATTCACTCAGTGCTATCATTCACATCACTGCCTTAAAGGTATTTTTCAGAAATTCATATAATATTGGCACTTTAACCCATTCTTAGTGGTAAATATTATATTTTATGCAATCAACATTGTATTTAACTATCACAATCTTAACTTCTTTCTTATTTTACATGGAAATTACATATTACTCAATGATTGCATTTTCTAACTTAATTATTGCGTTGCATAGATTTCAGATACTTAAAGTCTCTGTGAACTGGAAGTTGCTGCAGACATTTGTTTCACTATGATGTATTTCTATATATAACTTAAACCGTGTACTGAGTAGGAGGAAGAGTTTTATTTTTTATGCTTCTCCTGTCATCTTTCATCTGGAAACTAATGGAGGGAGGGGCGTGGCTAAGCATATTTCGCCCAGTCTGTCGAATTTACCTAAACAGGGAAGGACAGTTACTCCAAAGCAGAATCAGATGGCCAGCTTTTGAT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Seq C2 exon
ATTAAAGGGCTACAGCAAAACAAGGAGACGACTCTAGCTAATAACCGTTTCCTGGCTGAACAGAACCTTTTACTCCAACCCAAACTTGACCACCAAAAGAACGAACTCACCAGACGCTACCGGGGCCTGCAAGAGCTGTATGAGGCTTATCAGCTGCGCAAGTCCACTCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000039319:ENSDART00000078642:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.138
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF072008=Mod_r=PU(18.0=77.1)
A:
NA
C2:
PF072008=Mod_r=FE(38.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]