Special

HsaINT0180815 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000139722 | VPS37B
Description
vacuolar protein sorting 37 homolog B (S. cerevisiae) [Source:HGNC Symbol;Acc:25754]
Coordinates
chr12:123355437-123380712:-
Coord C1 exon
chr12:123380499-123380712
Coord A exon
chr12:123355609-123380498
Coord C2 exon
chr12:123355437-123355608
Length
24890 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
ATCTTGTGTGTTCCTTGCAGACA
3' ss Score
10.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCACGTGTCCCCCCCGCGGGGGGCGGCCCTTGAGGGCGGCGCTTCCGGTCGGCGGAGCCTGGTGGCCGCAGCGGCGGTGGCGACGACGGCCGAGACGTGGGGATGGCGGGCGCCGGGAGCGAAGCCCGGTTCGCCGGGCTGTCGCTGGTGCAGCTCAACGAGCTGCTGGAGGACGAGGGCCAGCTGACGGAGATGGTGCAGAAGATGGAGGAG
Seq A exon
GTGAGCCGAGCTGGGCTTAAGGCGGCGGCTGTGAGGCCTCGAGCGGGGTTCGCTCCTCGAACGGTGGCCGGAGGCGGAGGCGACCGCGGCGCCTCCGGTCGTGTTGAGGGGACTGGGCTAGAAATGGGGGCGCTTGGGGCGGGGTGCGGGAGCCAGGGAACCGCGACTGGTGCTTAGGCAGGAATAGGGGGCCTGAGAGGGGGTTTGAGGCACTGAGGGGACCGAGACTAGGGCGGAGGCGGGAAAAAGGGTCCTGAGACGGGGCTTGGGGAGCCGATTGGGGGTCCTGAGACAAGGTTTTGTGGGGCTGAGGACTTAAGGCTGGGTCTGAAGACTTAAGGCTGGGTCTGAAGTGGAGATTAGGGAGCCTGGAATGGGAATTTGGGGATTAGAGTGCTATCGTTGGGTCTAGGCGGAAGAGGACGGAACTGGGGGGATCTGAGATTGGTTTGGTCGGAGGAGCGGGGAGAGTAATAAGGGCTGAGTCGGAGGCGAGGATTAGGGGTGACTGAGGGGGACCAAGAGCTAGATCTGGTAGAGGTTGGGGGGTTTCCTTTGAGAGGAAAGGTTGGGGACAACCAGGGGGACTGAGGCAGCTATAGGGGATCAGAGTAGGTTTTGGGGGACTGAGTGGACTATCCAAATAGGACTCTTAGGAGAGGATTGAGGGTTCCAAGATGGGTTCGGGAGGCTGAGGGTCTGTAGCTGAGTCTATGAGGTGGTTCTGAGGCTCTTTAAGGGTTGGGCGAGGGTCCCCAGCCCAGGGTTTGGAGGCAGGAGTCCATGGTCATACCATAGCCAGGGTAAGGTTTGAAGGTTCCATGTATCTAAGGGGTCCCAATAATGCCCCTGGAGTCTGACTTCTTTTGAAGTGGCCCCAGCAGAGTTACGGGAGTTCGTGGATGGGCCTAAGGGTGGCGACAGGATACGTTTTTCTGTAAGGGTTGCCCCCTCCACCGAGGAAGGGAAGGTGGGAAATTTAGTGTGGCTGGCTTTGTACCACTGCGTCCCACGTGTCTGGGACTAAGGAAGGTTCCTGGAGCAGTTTCAGGAAGAAGTTAAAATGGGGGTTTGGGGCTGGCTGCCAACCCTCACCTCTGAGAGTCAAGCCTTGCCCAGCCCCTGGAAGGCATGTGCCAGCTCCTGTTTCTGGTTATCTTCCTTCACACCTTGAGGTGTGGTTTGCTCTCGGGTAACTGACTTCATCCTTGCAGATTTGCAGTGTGTGCTCCCTTTCTCTCAACCCATTTGGACTCATTCTCGGAAAGTCTGATCTTTTGGGTCTGGTTCTCCTCCAGGCAGGTGGGCCCAGGCTAATCCCAGCTCTTCCTGGCCCACCTACCACTCCTTTATGTCTCTGAAGTCTGAGCCTTCCCACGCCTACAGTGCTGAGCCTCTCACCCAGGAGCCCGTGTGGGGGCTTTTGGCTTTCTTTCCGAAGAGGGATTGTTCAGCACCAAGCCAGCCCCCTTAAAAGAGAGCTTGTATGGAGGTTGCACATTCAAAATCCCTGGAAAACCCTCAACAGATCATTGTCCGGAGCTACAGAGAGGCCACTGTAGTAAGATGGTATCAGTCTTTCCATTAATACACCCCTTGTATTCATGGGCTTTGTAACTTGACACATAATAACGTTGCTCCAAGATGCAGTGTACCCCGTTTATGGTCTCCATGTGGCACCTTCCATTTTGGAGAATAATAAGTGATAAAATCCATCCTTCTTAGCTGAATGAGTTTCATGTCTCCAAAGAAAAAATCTTTGCTTAGTTTCTCTGCTTTTCAGTTGCTGGGAGACCTTTTGTTGATTGTCAGCAGGGTTTTTCTGGTTTAATAATAAAATGATAGGTATATTTTTCTAATGTGTAACACTGCCTACAAGTTATTTTGGTATATGTGACTATTCTGTTGCAGTAAGAACTGAGTACTGTAGCTTTGTTGGTGGAACATTAATAGAAATAAACTGCCTTTAGTGGAGGGAAGCTTGTGGAAAGAATCAAGTTCATTCTGTTCACTTGGAGGCTGTTAGGGACAACCTCACCTGTTTCCTCTACCTCAGAACCTGAAGATTATTTTTTAAAGAGAAAGGTAAATTCATCTGGCAGGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTAAAAGTGACCTTCATACCTGAATACCCAAGAGAAGTATTGAGGCCTGAGCGACTCCACTTGATAAGCCTGCATAGTTCACATTAAATTACTCAGCAGTAGTTTGCTTTTCTGGGTGTAGTGCTTTTAAAACAAGGAAACAACTTGAAAACCAAAATACCTTAGCTCACCTAGCGAGGATCACTGTCAATCCTGTCGTCCTGGTCATGTGTGGTGTGCCTTTCTCGGAATGGGTGTAATGTGAACCGAAATTTTTGGTCATGGTAGTTTCACTCATCTGGTAATGCTATGCATTGGCTTATGTTGGGGGTAATTGTGAGACACAATAGAAGAAAATATTTTATGAACTGTTGACCAAATGGAACATTTGTGATGGCGTGTTAAAGAACATTCTGGTTTTGGAATCACACACTCCAGACTGGACTTGGCCGCTTCCCAGCTGTGTGATTGCAGGCAAGTCACTTCACCTGCCTGAGTATCTGTTGGAAAAGGATAATATGACAGTAATACCTATTTCATAGAGTGAGGATCAGGTGAGATGATGCCTATTAGTACTTAACACAGCCCATCAGTAGGGCTCAATAAAAAGTAATTGCAATAATTAATCACTTATATTAATAGTTCTCTTTTTGAAAGATGACTGACAATCATTAATACCAGATCATCCTGAAAGTTACTAGGATCCCATTTCAAGAATGTTGAGTAAATTATGATTTGCAATTAGCCTAAAAAACATTTACCTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTGAGAAAGGATCTTGCTCTGTTGCCCAGCTGGAGTGCAGTAGTACAATCTCAGCGCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCGTGCCTTAGCCTCCTGCGTAGCAGGGCTCACAGGTGTGCGCCATCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGAGTTTCAGCATGTTGGCCAGGCTGGTTTTGAACTCCTAACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTCCCATAGTGCTAGAATTAAAGGCGTGAGCCACCGCACCCCGCTGCCACCGGCTAATTTTTTATTTTTGTTTTTTTGTAGAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCCTCTTGAATTCCTGGCCCTAAACCATCTTCCTGCCTTGATTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGGGCCACCACGCCCAGCCAAACATTGATCTTTCTGTGGTCAAAATGATTATGTATTTGAGTAGGTATAGGGTGAAATGGTAAATATAACAGGCCTTTCCCAGCATAGAATTTCTTAACCTGAACCAAAGGATTTCTTTTTTTTTTTTTTTAATTGGCAGAAGGAAGTGTTTTAAATTGTAGAGTAAGGCTTCTTTAAGCCTGAGGGGATATTTTGTGGAGGCTGGAAAATGTGGCTAGGTTTTGAAGGCATTCACTGTTAGGTTTAAGTGCAGCTGTTCATTATGCGTCACTTACATTGTTTTAATTGTGGCGTGTGAGTTTCAGTGCAGTTTAAGTAGTGAACATGATTTCGGAGCTACGGTCCTCATTTTCTGGGCCTGTGTGTCAGTTTCTCTCTTCCTGTTCCTCCTGTTCATTATGCAATTCCCTAAATGTAGTATATCCTTCATGATCTTATTCTCTTGTCTGTGCTGCAGGCTAATGTTTCATATGCATGTATTTTATTTTTATTTAAAGTTATTTTTACATGGCAGTGGAATGTGCCTTCATCTGTCAACATTAACCCCATTGGACTTGCAGGGCACTCCCTTAAAAGGAACTGTCGCTTAGGGGATTAGGCAACTAAACCGGACCTCTTGAATTACTTCACTGTGCTTTCTGAGGAAATGCTGATTGGTTACTGCTAAAGATTCCACTAACAATTCAAATTGGGGATCTTTGTTCCCATGGCATGAAAATGCCCATGCCCGCATGCAAAAATGCTGAGGGTCTGAAAGACAGGTTGTTTTGTGGAAAGTAAAGAGCTCTGGTCTGGAAGAAGCTGTTTCCCTAAGGCGTGTTCGGGTGTGATTTGTGTGGGGGGCTGAAAGCTACTGCATGAATCATAATGGCTCATTGAAATGTATTGACCTTGCTTTAAATCCAGGGACCGGCTCCCAAACACACTCTGAATGCTGGTGAGACTGTTTTAGAAGCTAAGATTTGCACTCTTGAGTATAATACTACTGGAGTTTGTTTTTATCCATGTTTTATAATCATTATGTACGTGTAAAGGCTTCAACTTTTACGTTTAAATCTTTTCCATGGACCTTTTACATGAGTAAAAAATTACTGTGCCTAGGAATATGTACTGAAATTCAGTTGTATGTCATTTTATCCTTAAGTGAGGCATCAAGATTTCATGGAAAGCACGGAGCTGAGTTGTGTGACTTTAAGTGACTTAAACCCTGTGCTTCAGTTTCCTCAACTGTTAAAGGAAGGATAATATGCCTATCTTTTAGAGTACTTGTAAGGCTAAATGTCACAACAGAAATGGTACAGAGGAAGCATTCAGTAGAGGCCAGCTCCCTTTTATTAAGATGCAATTTTCAGAATATGTAGACTGGCTTAGATGAAATTTGATCAATTTATTTAGTTGCTCTTCTGCGTTTGCTAAAAGTGCAGTGGTGGGTGGCATCACACAGTGGTCGGAGTCAGAACTGGCTTTTGATACCAGTAGTTGACCTTTGACAAGTATTTAGTCTTTTTAATTGTAGTTACCTCACTGGAAATTAAGGAGAAAATAACAATAACCTTTTTCATAGCATTGTTGGGTAGATTAAATGAAATAAGTAAGATGCCTAATATGATACTTAGCACAGAGTGAACACTTGGTAAATAGTTATTGTTAGCTAAAAGGCGTAGTTTCCTTGATGCCCAAAT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Seq C2 exon
ACACAGAATGTTCAGCTTAACAAAGAAATGACACTTGCCAGCAACCGGAGCCTGGCAGAAGGAAACCTTTTGTACCAGCCCCAGCTGGACACGTTGAAAGCACGCTTGACCCAGAAATACCAGGAACTCCAGGTTCTCTTTGAAGCCTATCAGATAAAGAAGACCAAATTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000139722-VPS37B:NM_024667:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.171 A=NA C2=0.095
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF072008=Mod_r=PU(54.0=73.0),PF0127615=OKR_DC_1=PU(36.0=73.0)
A:
NA
C2:
PF072008=Mod_r=FE(37.2=100),PF142471=DUF4344=FE(55.6=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
  • Autistic and control brains