DreINT0177290 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079547 | zbtb47b
Description
zinc finger and BTB domain containing 47b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091118-34]
Coordinates
chr24:20447768-20452306:-
Coord C1 exon
chr24:20452159-20452306
Coord A exon
chr24:20447884-20452158
Coord C2 exon
chr24:20447768-20447883
Length
4275 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
TGTCTGTTATTTAATTGCAGCTC
3' ss Score
8.72
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCGTGACTTGTGGAAAAGCTTTTAAAAAGCTGTGGTCTTTACACGAACACAACAAGATTGTCCATGGATACGCCGAGAAGAAGTTCTCTTGTGAAATCTGTGAAAAGAAGTTTTACACCATGGCACATGTCCGGAAACACATGGTTG
Seq A exon
GTGAGTACTGTTTGAATTTATTTAATTTGATCTGAAATCAGTAATGCAAAAGGGGACTTTTTTAAAAAGAATTTTCTGGAACGCATGCTCTTTTACAGTATCATGAAATTAAATTAAGATTTAGACTGTTACTATTTAAAATGATTATTAAAGTTGATATAATGTGTGTACTTTATTCTAGTCTCTGTTTTCTAGTTGATGCCATTTTGAAGTTTTGCATTAATGTTGGTAGAGGTTGTTGACTTGACTTAACTTAAGTTGACTTGACTTGACTTCACCTGACCTGACTGGACTTTACTTGATTTGATTTGACTTACTGTATTGATGTCAATTTGAAGTTTTACATAATTATTGGTAGAGGTTATTGACTTGACTTGACCTGACTTGTATTTATGCAAGTTTTGCATAAATGTTGGCAGAGGTTTTTGACTTGACATGACTTGACCTGGCTTAATGTATTGATGCCATATTTATGCAAGTTTTACAAAAATATTGGCAGAGGTTCTTGACTTGACAACCTGACTTGACTTGACTTAATGTATTGATGCCATTTTGAAGTTTTACATTAATATTGGTAGAGGTTGTTGACTTGACTTGACCTGACTTGATTGGACTTTACCTGACTTGACTTGACTTGACTTGACTTGACTTGATTTGAACTGACTTGACCTGACTTGATTAGACTTCACCTGACCTGGCTTGACTTGACTTAAGTTAATGTATTGACACCATTTTTAAGTTGCATAAATATTGGCAGAGGTTCTTGACTTGACTTGACTTGACTTGACTTGACTTGACTTGACTTGACTTGACTTGACTTGATTTGACTTGACTTTACCAGACTGGACTTCACCTGACCTGACTTGACTTAACGTATTGATGCCATTTTTGCATAAATGTTGGTAGAGGTTTTTGACTTGATTTGACTTGACCTGACTTGATGCCATTTTTAAGTTTTGCATAAATGTTTGAAGAGGCTCCAGTTATTTCACTGAGTTAGGTTGCAGCTTTACTTACAATTTTAACTGTTTCTTAATTTTTAAAAAATTAACATGTATAAATATTTTTTTTGATTCAGTTGTTTTTTTTGTGTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAACGAATCAGTTACCTAGAATCAGTTACGAATCAGTTACCTAGATTCAACCTCAAACTCTCAGTTTAAGAGCCTTGTTTGCAGGCAACAGGCCACACCTTTAAACTTGATCCTTCTCAATATTGTGCATTACATCTCACAGATCAGTTTTAGCATAACAAATCTAGTTGGTAGTCAAGACACAACAAAATCCAGCAGTCTGGTCATACACACAAAGACATGTTGTGTAAATTATCCTTCAGGCAGAGGTAACACAGCACACTCTGGCCTTTGTACTGGACAGTACTTTCATCTCCTGAAGCCTGATCTTCCCAGAGCTTGGTTCGGCACAATAGTGAAATACCCAGCTCTGTTTTGAACTGGGAAAAGAGTTGCTGTGACCTTGCTTTGCCATCCAGAACAGACTAAGTCGAGGACAGAGGCTGTATTGTTTAATCTGCCCTGACAGCAGAGAGGAAATATCTTATCTCGAAGTGCTTCCTTCTACCAGAACCTACTCGATTGTCTGCAGGGCAACAAGTTACACTTGCTCATCTGAAACGGGCTATTGAGTATGTGGAGTAATATTGCAGGGTCTTATTATACACTAAACTGTCTTGCTAACTTTAAAGAGCTTATATTTTGTTTTGGATGTGCACTGGAAAAGGTTTACTGGAATGTAAGAAGATGTCTGAAATTGTCTCGTGTTTATTCAAAGATTTGGCCTCGAAACTCTTCTGATCATCTGGTCATATGTTCCAGTCTGTTGTGATTAATTGACTTCTTACAGCACACTTCAGAAACCACATGCACAAACAGTAACAATAGCATTGTTGTTGTTTTGTTTTGAAGCTACAGCATGCAAATTAGCGTCTAATATTATGCCGTGTCTTCTATAACTGCATGATTCAAATTATAGTTTTCCTAATAAGGACTCAGAAACTCTGAAAAATCCCAAAAACTTTAATTGAGAGATAAAAACTTTCTTACTCTCACACCATTTAATCTACAATCACCCAGTTCAAGACCTTAAAACCTATTAATAGTAAATAGACTACTAATAGCTATTAATATAAACTAAAGCCTAACAACTGGCTTAAAACATGCTAGCAACATGCTGATTCATGTTAACAACATGATAAAGATGCTAGAAACATGCTAACCATGAAATAAACTTTGCTAGAAATGTTTATGTAGCACTATCATACTAATCCATGCTCAATATGTGCTAACATAATTCTTGCTTGAAACATGCTAACAGCATGAACATTCTTGGAAGAAACATATAAACAGCCTGCTAGTTCACATTTGAAACATTTTTGAAACATACTGGCAACATGTTAGGCTATGCTAGCAACATGCAAAGCCATATGGCTTTCAAGAGTTCACACTTAGCTGATGATTGATTATAAGCAAGTTTGGCATGCTGTCCCGGGAGAGAGCCCTGAGCTCGAAGGTTCTTGAGCCCTGGGCTCCCTCCCGTTTGGAGGAAGAGAGGGGAGCCTCGAGCTCAGGTAGATCTCGACAACTCCCCTTTTTATAATAGCTAAAGATTAAGATTGAAGGCTATTAAAATATATGCTGCATTATTAGATTACCTGTATTGAAATTTAGATTTAACGATTAACTTGTTGTACATGTTTTTGGAATGTGGGAGGAAACCGGAAAACCCGGGGAAAACCCACGCAAGCACGGGAAGAACATGCAAACTACACACAGAAACGACCACCGGCCTGTTAAGGAACTAGAACCGGTGACGTTCTTGCTGTGAGGCGACAGTGCTAGTCACTGAGCCACCGTGCTGCCCTATGGAGGGAAAGGTGAAAAGGTAGCGGTGGAAGGGGGGATTCTTCAAATCGAAGATGACTGTAGTGAGAAAACCCTGGCTCTTTATAGTGGTTAGGAATGGCCTGATTGGTGGATCAAGCATGCTAATGCAGAACCAGCCGTGTTCAATCATATTCACGTGCTCCTCTCGAAATTAGTTTATGAATAAACTTCACTTATCAAGCAACACCAACTTTTATCATCAAATTTAACACATCTATGGATACACCTTAATGAAATGGGAATGGTTGGTGATAGTAACCTCTTGTTTGTGGCACATTAGTATATGAGAGGGGGCAAACTTTTCAAGATGGGTGGTGGCCATTTGGTGGTCATTTGACACATAAAACTTGTTGGGAATTTCACAAGAAAAACAATGGTGTGCTTGGTTTTAACGTAACTTTATTCTTTATGAGTTATTGACAAGTTTCTGACCACTTATTAAATGTGTTCAATGTGCTGCCCATTGTGTTGGATAGTCAATGCAACCCTCTTCTCCCACTCTTCACACACTGGTAGCAACACCGCAGGAGAAATGCCATCACAGGCTTCCAGTATCCGTAGTTTCAGGTATCTTCACACCGTAGACAATTGCCTTCAGATGACCCCAAAGATAAAAGTCTAAGGGGGTCAGATCGGGAGACCTTGAGGGCCATTCAACTGGCCCATGATGACCAATCCACTTTTCAGGCAACTGTTCATCTAGGAATGCTTGACACCCATAATGTTGTGGTGCACCATCTTGCTGGAAAAACTCTGTAACATGCCAGCTGCAGTGAATAAAGAGAGAAACACGTCATCATGTAGCAATTTCAAATATACTGTGTGGGGTTTCCATTGATGAAGAATGGCCCCACTATCTTTGTTGTCTATGGTGTGAAGATACAAGATGTGCAGCACCTGAAACTACGGTAACTGGAAGTCTGTGCTGGCATTTTTCCTGCGGTATTGCTATCAGTGTGTGTAGAGTGGGAGAAGAGGGTTGCATTGACAATCCAACACAAATTGTTTTTCTTGCAAAATTCCCAATAAGTTTGATGTGTAAATGACCCTCTTTCTATTGAAAAAACAAAAGTTTGATTCAAAATGGCCGACCTTAAAATGGCCACCATGGTCACCATCCATCTTGAAAAGTTTTCTCCCTCACATATACTGATTTGCCACAAACAGGACGTTAATATCACCAACCATTCCCATTTTATTAAGGTGTATCCATAAAAAATGGCCCACCCTGTAGTTAATTTTGCTCACAGTTTTTACAATGAAAGTGTTCTGGTGATACAAAAAAAGAAGTAGATGCCATTGTTAATTTTTAAATAATAATAATTTTTTGTCTGTTATTTAATTGCAG
Seq C2 exon
CTCACACTAAGGACATGCCGTTTACCTGTGAGACATGTGGGAAGTCCTTCAAACGCAGCATGTCTCTTAAAGTGCACTCGCTTCAGCACTCTGGAGAAAAGCCCTTCAAGTGTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079547:ENSDART00000141823:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0009621=zf-C2H2=PD(87.5=42.0),PF134651=zf-H2C2_2=PU(26.9=14.0),PF0013017=C1_1=PU(5.9=6.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(69.2=46.2),PF0013017=C1_1=FE(74.5=100),PF134651=zf-H2C2_2=PU(65.4=43.6),PF054957=zf-CHY=PU(11.3=20.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]