DreINT0181136 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000068400 | znf131
Description
zinc finger protein 131 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1563]
Coordinates
chr8:31402522-31406359:-
Coord C1 exon
chr8:31406258-31406359
Coord A exon
chr8:31402667-31406257
Coord C2 exon
chr8:31402522-31402666
Length
3591 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TGTCTTATTACCTCAAACAGGTG
3' ss Score
7.64
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCATCAGTTTAGAGCCCACAAAGCTGTTCTGGCTGCCTGCAGTCAGTTTTTCCACAAATTCTTTCAGGACTTCACTCAAGAGCCTCTAGTGGAGATTGAAG
Seq A exon
GTATGTTATGATGTATACAAATGCATGTAGCCAAAATGTGGATTTATATTATTTCCTTAATGTCCTCTTTACCTTTCCTGGATAATGGCAGGTGTGAGCGGTGTTGACACTGTGTTGTCAGGTTTGGTATGACTAAAACAGCCTCTAGTGTGATTGCTCTGTTAAAGTGACATTTGTTTAAAAGTTCTGTTAACATTACTTGTTTCAAACATTTATAAACTTCTTTCTCCTGTTAAAAACAAAATTAGATTCTTTGATAAATGTTTGAAACTGATAACCATTGACGTCCATCGTATTTGTTTTTCCTATTTTGGAAGTAAGCCAATACAGGTTTTCAGCTTTCTTCAAATTTTCTTCTTTTTTGTTCAACAGAAGAAAGAAACTCATAAAGGTTTGAAACTACTTGAGGGGAAGTTAATATTAAGTACATTTTTAATTTGGTGTGAAGTTTGTTTGAATCATTGTAAAAGCTGAACATTGGTGCATGCCAAACATGTGGACCAAGACACCTCAAAAGAAGGGTCTGTTTTTTTAAATGTACTCTTGGTACAAATGTCAGCTAAGAATCATCATGATAAGGTGTGATTTAAAAAATATGCACACCATCCTACCTTGCCACAATGTTGCCAGTTATTTAAGTATATTAAAATGTAAGATTTTTTTATTTTTTCATCAATTGTTTCACCTATTGATTCATCTGAGGAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGCATTTTGCATAGGATTTGGTTGATTGGTTTGGCTTTATAAGATTGTTATAGTTATTACACTTAGGCAAAAATATTCCAAGTGGATATGCACAAGTTAATATATCTGTACTGGGTTCAATGCTAAGGATTTTTTCTGTGGTTCAAATTTTTACTTGCCCTGCCAATTGTTTTTAGCCACATATTTTAAATAACGTGCCAAAAGCCAAACTTAATTGTATACACACACTTTTTGTCAGCATAACTTTTCTGTAAATAAATACATTAGTTGTAAAGTTTTGTAAAAAATCTGTTTATTCAATTAATTAATCTATTAAAATAATGTTGGATAAAATTATGCATTATAGGCTTAAATTATAGAGAGCAATAACAGAAAACCAAGACTGCTGTCAGATCATGAAGCAGATCAATGTTCAGTTTTCTTTCAAGGTGTCAGTGCAGAAATGAACAAAACAATTGGCCAAATACAAAATATTATAGGAATAAAATATGGAAACATCATCAGATGGTAATATTTTATATTTCAATATCAATCAACAATATTTTTAATATCACTCAGTAAATAATAATATTTAAATAATATTTCAACATGCTTTCATTTTCGCATTCGACATGAAACGCACATTAGACAGTAGGAATGACATCCTGCCCTACTCATAATTCTCTCTTCATATAGCTGTATATTTGGCTATTACACAACAATAATACACTGTGATATAGCCTCGTTCATTAGTTTGCTGGATAGTTTTGATTTGTCAGTACAATCGATTCACCCTAGAGTTTGTTTCAACTGGTCAGAGCGCTTATTGTTAAGTCCTGCTGTATGTAGATATATTCATATTAATAGCAAAATCTCTTGAATGGCTTATGTTTAGCAGTGGTTAGTCTGAATCCAGTTACTAATAGCCCTTAGGTTTGGTCATTTTAAGCTGAGTAGAAGAGGAATAATTACATTGTTATCGAGGGTAACTCTAGTGAAATTTCTGTTATTAATTACTTCATATTGTTACTTACTTTTGAGACCTTAGTTCACCTTTAGAACACAAAAATTAAGATATTTTAGATAAAAATATCCGAGAGCTCTCTCATCCTCACAATAGTCCTGAGATGTTAAAAGTCCAGAAAAGGAACCAAAAACATTGTGTATTTTCAGTGGTTCACTTGTAATCATCCAAAGCTCCAAAAACACTTTTGTGTGCCCAAAATGTGAAAACTACTTTGTTCATCAATGTCTTTTGCATCAGATCAGGGTGTGTGTTTACTATGGGCAACACGATGCTTACATGTTCTACTGCTGACTCTAATGGCAATTAGGGTTGTAACGGTATGAATTTTTCACGGTATGATAATCGTCTAAAACAATACCACGGTTTGGCGGTTTCGCGGTATACGGTATGTTACAAATGTTACAAAATAATAGAACAGTGAAGCAAATTTGACTTTTTCCAAATAACATATTTTTAGTTACTATAAACAACACCACTTACAATGAACAAATAAAAATAAGAAAATAATAAATAATGTGTCAAAGTTCAAATAAAGTCCAAATAAACATTAAAAAATAGATATAAATATTTACTATTTTAGGTTTTATGTGCCAGCATGGATATGGTTGTCTATCGATATGGATTTGGATATGGTTGTCTGCAATGCAGACAAACAGCTGCATCTTCATTTGCGTCTTTTGAAAACAGCAAGAGCAGCAGTTCGTCTTTGCTGTGTCACTGTTTTGTCATGTTTCTGTGCTGCTGTGCATGCAAAAGTACTTAGTATGGGAATTATTTCATGCAAAACTTTTTTTTTGCGTTTTATTTAGCCGCGCATAAATGTATGCCTTTCTCTCATTCCGTGTTGTTCAAAAAGCTTGGTCCACAAACAAAAGCGAAACCTATGCTTATTGGTTGTGATATAGCGAGTTTGAACCAATCTGGGCATGGAGGAGGGATAATGCATCAATGTATCATGTCTGATTTGTCCGGAGACACAGTGACGAGCGTTTCTTTGTCAAATCAGCGTTATCAAATGTTGATGACGTAACCGCACTGATTCCGGAGCCTCTGAAAGTCCGCGAATGTTATGTGAGTTATTAAAAGTCAAAAGTTATCAAAAGTTATTAAACATTTAAGAGCAATACTTATTTTTAGCCGCGGGCGGCTGTCTCGGTCTTTAAGGGTTAAAACCGTTGATATGCAATTGTTCATGGTATGATAATCGTGCACGTTCAAATCGTGGTAAACCGTCATACCGGTATATTGTTACAACCCTAATGGCAATATGTCATACTGCCCATAGTAAATGCGCCCCCTGATGACCTAACTATAGAAATTGGTGGTTTTCAGTCTTTACAAGTATTATTTACGATTTTTTAGTACACACATGTTTTTGTTTTTGGAGCTTGATTTGATTACAGTTTAGTATAACCACTAAAGTCACATGTAATGTCTTGACTGCTTTTGGTTCCTTTTTTGGACTTGGAATGTCTCAGGATCATTGCTTTCTATGGATAACGAGAGAGATTTTAAATAGCTAATGTTTGTTTTTTGGGTTAAATAAACTTTAATTCACATTTCTACTTGCTGAAATCAAGTTTGTAAACAAGCATCTGCATGTAATGTACAAATGTAGATTTATTAGCATAAACGCATCTTAATTAAAGCTTTAAAATGTAAATATATCACAATAACTAATTTTATCAACTGAAACATAAACTAAAACAAAAAACATTCTAAAGTGTCGCTGTTTATTTGATTTGATGAAATGCGTAAAATGAACATTTAACTGACTGTATGTTGTCTCAGTTCAACTGGATACAATCTTTGTCTTATTACCTCAAACAG
Seq C2 exon
GTGTTAGCAACTCTGCCTTTCGCCATCTAATGGAGTTCACTTATACAGCTACATTAGCTGTGAATGGTGAGGAGGAAGTCAGTGATGTCTGGCGAGCTGCAGAATACCTTCAAATGCAGGAGGCAATCAAAGCCTTAAACAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000068400:ENSDART00000098912:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.061
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0065126=BTB=FE(32.4=100)
A:
NA
C2:
PF0065126=BTB=FE(45.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]