RnoINT0167760 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000015925 | Zfp131
Description
zinc finger protein 131 [Source:RGD Symbol;Acc:1307638]
Coordinates
chr2:52521127-52529695:-
Coord C1 exon
chr2:52529594-52529695
Coord A exon
chr2:52521272-52529593
Coord C2 exon
chr2:52521127-52521271
Length
8322 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TAATGTGCATCTTTTTACAGGTG
3' ss Score
10.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GACACCATTTTAAGGCACACAAGGCTGTTCTGGCTGCCTGCAGTAAGTTCTTCTACAAATTCTTTCAGGAGTTCACTCAAGAACCTTTGGTTGAAATTGAAG
Seq A exon
GTAAGTGGTATTTTCCATAGAGTATTTAGCAAAACTAATTGATTAGCAAGGCTTCCTGGGAAATAAATACTAATAGTTACTGGTCGACAACTAGATGCATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTGGTTTTGCAGTTGTTGTTGTCGTTGTTGGTTTTTTTTGCAGTGTTTAAACTCAGCAGGTCCTCACACACATGAAACCACACACTCGGACTTTCAGATCTTGTTGAAAAACTATGGGACGCTTCAAGAATTTGCATGTCCGCCTTTCTAAGAGGGCATGCTAGCTAGTCTTGTCTGCATCATTCCGATTTTAGTATATGTGCTGCCAAAGTGAGCACGATGCATTGTTTATTACTTGAGAATTCCTTCTGGAGAGTATTTGGAGTGATAGATACTGGTTTCTAACAAATCTGGCCCATTGCTGAAACCAGGTTCACTGTCTTTTTCAAAGCATGCATGAATAGAAACTACCATCTTAGTTTTAGTGGCCTTATGTTTTAGGGATATTATAAATGGTAGAGATATTTTTTTTTTTTCAGAGCTGAGGACCAAGCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCAAGATATTTTATTTTACATAAGAGACCTCCATACTATCAGAAGTAGTGATGTATTAGTGGGTACAAATGAAATGGACTGTCATAGTATGGGGGGGGGGTGGCTAGGGAAGATGAACTTAAAAAGAAATTGGTGGTTGTTTAATGCTTCAGAGAGAAGGGGCCATTAGTTTTTAAGTATTACTTTGAAAGCAAATGATTGACATTTTTTCCCCTAAATATTGGGCCAAGTGCCAGGTTTGTGCCTTATCTGGGGCTCATGTTAATCTTTTGAAAAGTAAATGGCGGTATTTTGCATATAGGGATCAGGCTCCTACAGTATGTAATTTAGTTTGTTCTATTAATTGTCATGCTTTTATCTCTTGCTACTACAGTGCTAACCCCCATGCCCCATCAAATTCTAAAAGCAGTTAGAAATTAATACATGTGCCTATTGTGAATCAGAATCTTCTTTCAGAGTTTCTAGGTTTTGTGGGTTTTTTACTTAGTACATAGTCTTTATTGTGGGTGAGTTGCTAAGAAACTTCTCTTAGGGGAAAAATGATACCTAGGAGAGTATAGGAAAGTTATAACTCTCATTTTGGTACATTTCAGTTACTGTATCAGCAGATGAATTACTCTTTATGTATGAGAGACAGCACAGGCCTACTGGACAGACTTAGGGATTGTTAGTGAGACTCTAGCTGCCTAGGTAGCACTGTTTTTGTTGCCTGCCAAGTCAATCAGCTTGAGGCTGGTTAAGTAGCTAAAAAGTTACTTCATCTCAGTTGTGTATTTTTCTTCTCATTTAAAAGCAGGTTAATTGGCTTATAGTGATTAGTTGAAATAATGCGCATAGAAAACCTGTCACCTGGCATATGTGGTGTAGTGCCAAAGCTTACTAAGTGGGAGCTATTTATCATATTGATTACCTATTGTGTTATGTAGTGTGCTAGATCAAGAGCTGAAGGATTTATGAACACAGCATTCCTTGAAGTACTTGAAAATGTAGCAACAGTCTAAAAGAAGGAGTGCAAAACTATTACAGAGACCATTAGTATGGGTGGTGTATTGTGATGAGAATAAGGTTTAGTCTATTTCAGGGAGGAGTCGACTCTATTAGATGAAGGATATCGAGAAAGGGGTGTGGGGGTGTGTGTGTTGGGGGATGGGGGTACTCCTGAGCATTGTCTTTCTTGATGGCTGTCCTCCTTATTCCTTGAGTCAGGGTCTCACAGTGGCTCCCAGAGCTGGCTAGTTGAGCTGGCCCTGCCATTATCTTCCCCGTGCTCTAACCACAGGCAGAATGCTGCATCTACCCAGCATTTGCATAGGTTCTGGGGGTCTGAACTCCAGTCCTCACACCTGTTCAGGCACACTGAGCTGCCTCCCCACACCTAACATTCTAAACCCTGGCCCAGGCTCAAGTACTTGTTGCTAATTGAGAAAGCAGCACCGGAGAAAGGATTTTTCCTTCTGTCTCTCAGTACCTCTGACCTACATCCATTATAGAGCAATACACATACACATTAACTATCTGAGTTGCAAATGGAAAATACCTTTTCTTGTTATTGAGCCAGGTTTAGGTTAGAAAATAAAAAGGTTTTCAATTATCATTTAATCCTTAACTCTGAAATTGCTGTTTTCTCCCTAGGTCACCTGCTGTAAAGTTCTGGGCATGTATTAGAACACTTGAATTTGGGTCTTGGTTTTACTGTTTATTAGAGACCTTGAATGATAGCTGCTTCTTCCTCCTCTTCATGGACATTTGGTGTATGAGTTAGGTGCTCTTATCCTTTAGAGACTGCTTTTGTTTGTGTTTGCTTTAGCATGCAGTCAACCTGTCTGGGTTCAGACACCCTCTTGGCTATGCATCCAATTTGAATTTAGTTTCAAAATCTTTATAGAATAAAGGAAATTTGGGAATAAGGGAAATTTGAGGCCATCCCAGGCTACAACAAGATATCAAACATCAAACATTGTACTGCTGTCAGAGTATAGGACTTAGAATTACAGCTTATTATGAGTGTTGCTGAGAGGAGAAAATAGTACCAAGTACCCCCACACACATACCTCTTATTACCTTTCTTGGTTCTTTAGAAATTTTTCTGGTAGATGTTTTTTGTTTATACCCATTGCTCAGCTGTGAGATTTGGGCTTTCCTTATGTCTAATCCAAGATGTTTGGTAGGAAAAATGAAAGCCTTAAGACTTTGTGCTATTTGAATTTGATTTCCCTTTCTAGTTAACTCTTTTCAGAGTCCTTGTGTTTTCTCCTCAGGAGCCTCAGTTTGAATCAGTGACAAGATGGGGTGGGGTGTGCTTGTGCTTTCTCCGTTCCAGCTGGAACTAGAACCCTGTCTGTACGATGTGAACAGTGACTTGTGGCTTCTTGATAAAAATATCTTTGACTAGAAATACAGCTTCATCCTCCCTTGGCTTTAAATAAAAATTGTTGCTCCTGAAGCCAGTTATATACAAGTTCAGCTTTGTGACTTAGATTTTATCCATATATTATCTTCAGGGACACCCAGTCCCTAATTCAGAAAGACCGACTAATTTTCTAAATTCATTATTTTTCTGCTTTTGAAACTACAGTTCTAAAATTTCTCTTTTGGCAATTCTGTCATATCTGGCAAACTTCATCCCTAACTGTCAAAAACAAGCCAGCAAAGGACCTGTTAAACATTAAAAATTGTAGGGTTTAGTTTGTTTAAAGACAGGATCTCCAAATAGCCTCTGCTATCCTGAACTCACTATATAGATCAGGCTGGCCTCCTAATTGCTAGACATTTGCCACCACACCCAGCCAAAAGTTGTTTTGAGTATGAATTTTTCTTAAAATCCAGACTGGAGGAATGTCAAAATTGTGCCCTCATGAGAAGACTGAGGTTAAGTGCGCTTTAACATTTTCCTTAGATAATCTCTTAGGAAAAATTGCTTTCCCCACTTCTGAATATTTCCACTAAGAGGAATAAAGGATTAGTGAGAATGTTTTAATCCTAAAATACTCGATTATATTTCTCACAACCATATTGTCTGTAGCCTCCTCCCTTACCTGGGCAGGAGTTACCAGGTTGATATATATCAGCTAATTAGTAAGGTGGGTGCTTTGTTCTAGGACTGGTTACCAAAAGCACACAACAAAAACCCTTAAGTGCTTATATTAAGCTAAACAAACAACATTCCTAGGGTTGAGTGTAAAGATCAGGGAGCCATGCTTGAAGCCCATAGGATAGGTGATTCTGATTAATCCAAATTGGGAAGGGCTAGAGAAAGGACTTGCAAGGGTAACAGAAAAACAAAGAAACATTAAACCTTCCAATTTTACTTGTATTTCACTTCAACATTTTCTGATTTTAATCAACCTTTGTTTTTTCTGGATGTTAGTAGTGTGTGTTATGTCTGTAAGTCCAGTTTTCAAGAGGGCAGTGGTCCAAGTTCTAAGTTAGAGTGTGGCTCTTATAGCTTGGTTTTTTTTCCCTAAAAAGACATATTTTTATTTCATATGTATATGAATATTTTACTGTATGTATGTTAGCTACATGTGTGGAATGCCCACAGGAGCCAGAAGAGGGTGTCAGGTCTTCTGAAACAAATTAGAAACAGTTGTGAGCTGCCAATGGGTGCTAGAAATTGAGGCAGGCCAGATGATCTGGAAACAGTGGACCCATCCCTCCAGCCCTCTGAGAGCATGTACCATGTAGAATTTTCTACAGATAGATGGCCAAGGCTTTCATTTAGTAGCGGAAGAATAATTGAGTGTACTTAATAATGTAGACCAGCAGTGAATAAGACCAGGGATGTTCAGAGGAACAGGAAAGTCTGTCTTTTTCATAGACCTGGGAGTCATGCTACTTAGGTTTGCACCTAGCTTTTAATCGTTTAATCACTATATTATAGACATAAAGATCTGTAATTTGATACCATGCCTGATATATGATAAGTGTTATCTATGGGTTTGATTAAAAATAAGTACCTAATTTTATTAGAGAACTATTTAAATATGTTTAGAAAGGACTTTTGTACTTTGGAACTTTTAGTCAAAAATCCTGAAAGACTTCTGTATTTACCTCTGGTATATAGTAGCCAAGTAGCTTTATAGTGTTTCAAGGACATCTGCCATTCAATGCTGGCTCAGGGATGGGGGCAGAACAGACCGACTTTTGACATTCTGTTACTGTTAGTCTTAGATGTCTATCTGGTGATTTTGATTGTAATCCCATAAGGAAATTGCAGTGAGAATATTTCTGTGAATTGGAGGTCAGTTTGAGCTCCAGGATAAAACGAGCCTGAGAAGCAAGATTGAGTTTGAGTGGGTATCCTGGCATGTGAGAGAGAAGCCAACTGCATTTCACCCCTCAGCAAAGCAAAACCAAGGCAGTGAGGAGATGAAAATTAAATTAGGGAGCCTTTGAGTGATCCGGTTACTTTTAGTTTGCTTACATAGTATCATGTATATAGATTATAGGCCACATTTAGATGTATAAAGTTAGATGTGTAAAGGTTAGTGATTAACAGTTTATATTGTTTGCAGTTTAAACTTGGGCATTTGTTCTGGAAATTATTAAATTCTATTAAGTTTTTTCTTTGTACTTTTAAGTATCCTTTTAACTACCTAGTATTAGTGGCAGACAAATAGTATCATTTTGTTATTTAGATTTTAAGCACAAAACTTGAAAGATAAGATTTGTAAAAACAGGGTTTTTTATTTTGAGACAGGCTTCATTATGTCATGTAGTCCTCACTGCCCTGGAATTCACTCTGTTAGACTGGATTGGCCTTTAACTCACAGAGAGGCCCTCCTGCCTGGTAGGTGCTGGAATCAAGGGTGTGAGCCACCATGCATGGACTGAACACTTAAGTGTCAAAAGTAACTTTATTCTTGTATGTCCTGTGTATTTGGAAGCCCTGTTAGACACTCAGAGGTGTACAGATCATAAGTTATCTTTGCAAGTAAGTTACAATGAAAAGAGTTTTATAAAGTAACTTCCCAAAACAGTTGCAGAATTGAGCCTATGGAATATACTGAAGTTTTGTTACTAAATGATGATGAAACAGTGTGAAGAACCTCCTGTGCGGATTGAATTAGTTATCAGAAACCCTCCTAAGAAAGAAAAGTCTAGACTCAGATGGCTTCACTAGTGAAATCAGTCAAGCATTTAAAGAACTCATGCCATCTTTTTAAAAGTAATTGAGTAAAGGCCTGGAGAGATTGATCGTTCAGAGAATGAGTCTGTCTCGTTCCTAGCACCTATGTCAGAGTTTTCTTAGCTGTGTGTACCTCCAGTTCTAGGGGATCTAATAGCTTCTTTAGATCTCTGCAGATACCTGTGTATGTATACACATAAGTAAAAAGTGTTTAAAAACAATTGAACACTTCCAAATTCAGTTGAGACCAGTATGAGTCTGATACCTTGGCAAAATAGACAAATAATTTAAAAAGAAAACTGAACATTAATATCTTTATGAATATGTAAAACATGTCAGTAAAGTATTAGGAAACTAGCCAAGCATTGTGGCTGGCACCTGTCACCCCATTACTTGGAGGTTGAAACAGGAGGGTTAGTCACAGGTTTAAGGCTGGCTGTAGAGTGAGACCTATTTTTTAAAAGTCTAGGGAGATGGCTCAGCAAAGAAACAGCTTGCAAAGAAAGCCTTTCTGAATTTGATTCCTGAAACTCCAGATAGAATAGCAAGCAAGCATCTGTAATCTCTGTGCTTCAAAGTGTGTTGGAATAGAGATTGACCGAAAGCCAGAGAATTGGCCAGCTAGCCTGCCATCCATTCACAGCACAGTGACAGACAAAAGAATGTCTGCTTCAAAACAAGGTGGAAGGAGGACAATGTAAACATTGTCCTGTCCTCCGCACTTGCGTGTGTACTCTCATTCTGTATACACATAAACATGCAGAAACTGGGAAACTGAATCTGCTAGCATGTTAATTAAAAGATCAAGTGAGACATGTTCCTGTGATGCAAGGAGACGTCTGTGCAAGCTCAGTGTGGTGTACCGTGTTGACTAATTACATCTCAGTACAGTGGGACTCAGGCAGAGCGCTCATGAGTATGACATTTGCTGTCACAGGCAACAAGAACATAGACATGGGGAAGGGAGCAGTGAGAACACAAGAAGTGGGATGGAGGAGGTATTTACACACCAAGGATCTATGTGACAAGAACCCAGACAACTCAGTTAAAAGTTTTAAACTATTATTTAAAAACAGAGTAAGACTTTAAGTAGAAATTTCTCAAGAAAGAAATACAAATAAGTGACCATTAAGTATATAAAGCATGTTCCACTCCTTTACTTAAGTCAAATCTAGAAAATATTGCATACATTTGTGAACAGGGCTATCAAGAAAGCAGAAGGCAGGTGCAGGAAGAGAAGTTGGAAATAAGTGTGGCTGCCGTGGAAAACAAGAATAAAAACTTAAAAGTAGAAACACCATATGTGTTAAACAGCTTTCCGAGGAAGATTGGCTTTGGCTCAGAGTTAGAGATTGTGGTAGGACCGAGAACCTTGGCATAGAGAGCAGGTGCTGAAGCAGAAGCCTGTGCTGTAAAGCAAGAAGCACCTTTCTCTGACCAGCCCTTCTTTAAAATCGATTCAACATATATTAAGCCCTTACTCTGCAACTTAAGCCTTTAGCATATAAGTGCTTCCTGTTGATGAATGAGTGTATAATATTTTCATAGAAGCACACCTTGGAGAAGAGTGTAGTGAAGAACAGGTAGGTGTCGTATGTATACAGACAAAAGCTGCACAAAGGCCACAGGATAGAAAAACTTAAGCCCCGTCTCTTTAATATCTTATCCAGCTTTGAATAAGCATTCTCAGGATCCAGCCTAAGTAACATCACCTGCTGGGGTCCAGGCTGTTAACACATGAGCCTTTGGGAGGATTATTTCATCTTTAAGCCATAGCACATAGAATTTAGTAATTTCACATCTGAGCATCTGTGTAACAGAATTGTACTCCTGGGCCAGCAAGCTGCATCAGCATTCAGTGCAAACCTGACAACCTAAGCTCAGTTCCTGGACCCCACAGCTCACCTCTGCAGGCACACTAACAGTAACACGCTAAAGGTTTTCCCTAATTGCATGCCCACATTATTTTAGCACCATAGCGGCCAGCATGTGGAAATGACCGACATGTCATCAGCAAGCTAATGGGTAAGGGACATTTGTGCTTATGCAAAATAGAATACTAGCCTTTAAAAATTCTGCCATATGCAACAATTGTATAAACCTTGAAAATGTTAAATTAAGCCAGTTAAAGATAAATGATAAACTATCCTCATATGACCATCTGAAATTGTCAAATTCATAGTTAAGGGATGGGTGTTGGAAAAGTAGCTCAGCAGTTAAGAGAATATTGCTTTCCAAAGGACCCGAGTTCAAATCCCAGCTCCTATATCAAGTGGCTCACAACCACCTGATAGTTTAGCTCCAGGAGATCCAGGGCTTCTGGCTTATATAGACACATATACATAATTTTAAGTAAATTAAAACCTTAAGGGGATGGGGGCCGGAGTGGGCTTATCAGTCTGCAAAGAAGAACATGAGATCTTAGCTTGATAAGTAGTACTGAAATGTGACAAGGATACTGTGAAAGAATTCTGAAAATTTTCAAAGATGAGAAGAAATCAAATTCCAAGTGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTACTGTGCATTGTGAAGTTTGAATTAATGTGAACTAATAATAATGTGCATCTTTTTACAG
Seq C2 exon
GTGTTAGTAAAATGGCTTTTCGACACTTAATTGAGTTCACATACACAGCAAAGCTAATGATACAAGGGGAAGAAGAAGCCAATGATGTGTGGAAAGCAGCAGAGTTTCTACAAATGCTGGAAGCTATTAAAGCACTTGAAGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000015925:ENSRNOT00000021608:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0065126=BTB=FE(32.1=100)
A:
NA
C2:
PF0065126=BTB=FE(45.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]