GgaINT0007711 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002040 | ARVCF
Description
NA
Coordinates
chr15:1138408-1191278:-
Coord C1 exon
chr15:1191063-1191278
Coord A exon
chr15:1138567-1191062
Coord C2 exon
chr15:1138408-1138566
Length
52496 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TTTTTTGCTTGCTTCTTTAGGAA
3' ss Score
11.5
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAACAAAGCCCCAGTAACCAGACATCTATAGCAATGATGCAAGAACCTCAGGAAATGGTGGAAGAAACAGTTACTGTGGAGGAGGATCCAGGAACCCCCACTTCCCACGTGTCTATTGTCACTTCTGAGGATGGAACAACAAGGAGAACTGAAACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002040:ENSGALT00000003170:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.562 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]