GgaINT0007713 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002040 | ARVCF
Description
NA
Coordinates
chr15:1121854-1130184:-
Coord C1 exon
chr15:1129577-1130184
Coord A exon
chr15:1122354-1129576
Coord C2 exon
chr15:1121854-1122353
Length
7223 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
GGGACCGTTGCTTCTTGCAGGGG
3' ss Score
6.29
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTACCAAGATGGTCAAAACAGTCACCACTAGAACAGTGCGTCAGGTCCCGCTCGGACCCGACGGCCTGCCGTCAATGGATGGTTCATCTCCCATGGGCAGCTACACAGATTCAATAGACAGAAGGTATATGAAGAATGGGGAGCGGTACATCACCCCACAGGCGTCGTCCACGTTAACCAGATCTTACAACAGCTACAATGATTCCTACCCTGACGGCCACGAAGGCCAGTATCGTCCTTATATCAGTCACGATGGTTATGGAGATCTAGCAGACAACTATGGCAGCCTGTCACGTGGCGTCAATTACCGTCCTCGCTACGCCTACGTGCCAGGAAACAGCTACCGGCCTGACGACGGGAGCTTCACGTTGCCAAGCAGAAGGGATAACTATGGTCCTGTTGCCCAGCCTCAGGTACCAGTGGGCAGCAGTGTTGACTTGAACCGCTCTCAGCCAGAACGTTTCCAGCCGGAGCCCTATGGGCTAGAGGATGATAACCGCAGCCTTGGAGTCGATGACGAAGGATATGAACTGGATCCTGATTATTCTACTGTGAACCGAAGGACATCTGCAGGTGTGCCGGAGAGAGGAAGACCTCACAAAGGAAG
Seq A exon
GTAAAAATCCATTTGTTTCTTACAGTGCTTTCTGCAGCTGTTTTGCTCGGTTGAACATTTGAACTCTTAATGGTTTGGTAAGGTCACAATTACTTGGCAGGAAAAAAAATGCAGTGGTTGGATTGTGGTTAATGTAATTGTTAGAATGAAATAAACATCTTAAAATCTCCTAAATGGGAAAACTGAGGGGTGGAAGGAGAAAGGTCTTAGACAAGGGACAAAAAACAAACCCGTTTGGGGTTGCAGTGTACTTGTGATTTTTGGCTAGAGAAATAATGAGCATTTCTTGAAAACAACCGTAGGCAAAACCAGCATGTCCTAAACATTGTGGGAAGAGAAAGCTGACCTACGTGGAGAAGAGGGGAGCTGCCTTACTGTGCTGTGAACAAGGCAGAACGCATCATTTCATTAGCCAATAAATAACTGCAAAATGCACGTGAAATACAAAAGAGAGTGATTCTTGTGCTCCAAATCCCTCTTGGTGTGTTTCTGGACCACTTCATTTAGGCTGAATTTAGCAAGAAAAAGATGATTTCCTGAAAGAGGGATAGGTCTTTTTTTCTTCCTCAAGAAGAAGTGTGACCACACTGCATTTTCCCTGTGCTGTCTCACACTGGCAAGGTGAAAAGAGGTCTTGTAATCTTTGAGGTCTGGTTATGTGCACATCTGCCAAACAGTTTTGAACAGCTGGTTGGTTGCAGATGAGCTGATAGCTGGTGATGAAGGGACGCCTCGTTATGGAGGAGCTGCCTGGTGAGGTGCCTGACAGCCTCAGCTCCTGGGCCTGTGCTTATCGTACGCCCTCAGCTGTGTGACAAGGTTGTGCTGAGCCCCAGTGAAGTACTTCAGCGTTTGTAAGATCAGATTGTTATTTTGTCCTGTCAGCCTAAATAAAGGGGAGATAAGAGCATCTGTCTTGAACTAAATGTAACTGAGGAGACCAATCACAAATTACTTCTGGTTCAGTCCCCTTCTGAAGAGACGTGCTATTTTATGCCCTTAGTTGTGCTGTGCTGTCAGCTCTTGCATTGGAAGTGTGTCTGGGCCTCCTGCACGGGAGGGACGTGGAGGTTGGGAACAGGTTCAGAGGGAGCTCTCCTGCTTGGAGAAGTGATGCTGCTTGTGGTTTCGTTCATCCTTCTGTAGCTCAGTCTCCCTTCATGTTTCTGGAAGTTCATTTCAAAGGGAATCAAGCACCTACACATTTTTATCTATATTTAAAAAAATAATAATTAAAAAAATCAAAATAAAGAAGAGGATGACAAGGCGTATCTGCCAGAACCCTCTTGAGGTCCCCCGGCATCTTTTCCTGGCAGCTCACAACCATTGGGACCGCGTCAGGGTTTTATGGGGCTGAAGTGAATGCCAGTGGGTGCCAGGACACTGATCTGCTTATCAGACTGCTGTTTCTGGTCCTCTGCATCTAAGCAAGGTTTGCAGTTCTAGTTAGAGCAGTCAGGCAGCGCTGCTTGTAAAGTTTTATTAACATTCTTCAAACTACATTCATGATAAGTAATTGAATGCATTCTTAGAACCTGCCCATTTGTATTTTTAAAGTGTACTTTTAAGCATCCCTTTGATTTATTGTTCCTTGCAGTTCGGATAGGACCAGTTTACAATTTTTGTTTTACATTCCTTTTGTTGTGAGTTTTCCATATTTAATATGATCAAGAGGATTTGACAAGCAATTAGCCTGACTGCGGCAGCAAACCTTAGCTTGTGAGAGCGGTAAGATTGCGTGAGGGCCTCTTCAGATGTAGCTGCTTTCTGACATTTCAAAGAAACACTTGAGCAACTCAGTAAACCTCTATTTCAGATCTGCTACTGCCAGAAATAATGATAAGAAATAGTGCTTTGAGCTAGATGAGGGTAATTACTACTTCATTACTTCTCTCTAGTTTTGTTTTTTTTTTGAATGAGGTTATTACTTGAGGAAACGATGAAATGAACGTGGTGAATTGATGGCACCTTTGGTTTCACAGTGTTGGTATGTGTGGGACAGGCCTGGTGCTGCAGCCAGCAGGCCTCTGCCTCGCAGCGCTGTGCAGCACGGGCGCCTCCATCACACAGCTGCGGCGGGCAGAGCCCTCACTGACCTGCAGCACGAGCATTATTCCTTCTTCCTCTTTCCTCTCTGTCTGTCTGTTGTACTCATCTCACCCCCAGCCTCCATTTAAGCTACCTATGTTTCCTTTTTAAATGGGAAGAATCATCATCTCCACGTGCATCTCCAGACCAGACAAGTGCAAATACTGCATCTGTTTGCTCTTCCGTGCACATGGATGGGTTTCCTTCTTGTTTTCTTTTGCACTGAGCCTCTGCTGTAGCAGACATTTTCTCCTGAAAGAGGACGACAAATTATGGTGAGGAAAAGGCATTTGGGTGTATTATATTGATCTTACAGTATTCAAATTTATTTGTGATGGTTTTTACATAGCTTTAATTAGCTTTATGTCCCTTTTTCTTCACTGAGTAGGTTGTTTTCATTAAATAATGGTTATTTTTATTATAGTTTCTAAATATATGTGGCCTTATGGTGTTGCTGGGCTTTTTGTATATAGCTCTTTTCAAAGTGAGGCAGGAATTACTGGGTATTTTTCATTTACAAAAGACATGCCAAGTATTATTTGAATATTTATGATCATTACATTGAACTTAACACAAACAAGCAGGAGAAAATGGCCAGTCATAACTAATCCTTTCTTTAAATCATCTTCTGCTCAACACCAACTCTTCTGCTTTCGTAGCGACTTGTTTGCATGGCTCATCTCTATGGTTTGTACTTGTACTAGCATCCATAGGATTTGTTTTTCCCTAAAAACTAAGGAGCAGCTTTTGCTACTGGGTATTCCAGACCAGGCAGGATGTGAATTTTTAATTGTAATGGAATTAACAGCAAAACAGCTTTCTGCTGCTCAATTTTCTATGGCAGAAGCCTGAGTTAAGAGATTGATGCTACATGTTGCTGGTTATTTCATGATCTAAGCAACTGTCACTGGGAAATGGGCTGGGTTTTAGGTAAAGTAGCTGTAAAATTAGGTCTCTCTTGCTTTGTTATGCAGAGACAGCGTGGAAGATTGGTATCACACATTTCTTATTCATGTTCTACTTCAGTTTGACTAATGTTTGCAGACTTTCCATTGGTGCTTCTGGCCTAAGTCTGCTTGCATCGAGTCTGGCCTCCCAGCAGCATGTAGGCTGGCATCCTTAAAGCTGGGGAAAGGTCTGTCCCCAAAAATCAGCCTCTTTGGTTTAGCAGCAAAATGTGAACGTCGTGCCACAGTGTAGCTAGCACTGGGATGCTGGGCAGTTCAGGGCAGGAGTGTACAGACGTGCCTGAGCAGAATGGAGTGAGGCCAAAATGCAATCAGTTTGAAAGCATTGATTGTTGTTTTCTCAGGCTCCTCTGTAGAGTGAATTTACTTGATATGGGTTAGTTGATGTGGATGCAGACAGCAGAAGACTGATGTGTGGCTGAGTTTTTTGTGGCAGTCTGCAGCCTGGGTCAGCTCATCCATTAGTAGCTGTTAGGTGCTTCCAGACGAGGTGATTTCAAGTGTTTTAACCACACAGCTGCTAACTCAGACTTGCCTGAACAGAGAATTCAGTCCAGCCTTTGAATCCCCTTGCACATCCTCCCATCAGAGAGCAGAGGCTGGCAAAAGCAGGACCTCGTTCTGCAAAGTCTTTGCATCTCCTCTTCGTTGGCACAAAGCTCCCTCCTGAAATCCCGAGCCTTTCTGGTCTTGTATCCTAAGCAGACACCAGCTGCAAGCTGTGATGAGTGTAGCTGTTGTATAATTGATGGGGATTAAATGTGGAAATCCTTCACCTGTTTACTCAAACATGCCTGTGCTGAAGCCACAAGTAAGATGATAAATCCGCAAGCATTTTCCCAGATTTTATCTGTGCTAGGATATGATTTGATCAATTCCCTCAGACAGGTGATTAGTGAGACCTACAGCATCCCAAAATCCCAACTGACATGCTGCAGCAGATGGAAGGCAAGATGCTCGCAGTCAGCAACCCTGGCACACCACCAGTCCAAGAGTGAAGAGCCCGTGGCCTCCTGAGCGTGGTGGGCTGTTCCTGGTGAAGTTCTCATCGCTCCTCCTCCTCCTGTGCCAAGCAGCCTGCCTTTCTGAGAGCGGTCAGCTGGGGTGCAGGAAAAACCTCACTTGGCCCTCCCAGACTGGCTCAGATGATTTCTTCACTGCTTGGTTGTCAACGTGCTTCTGATTTTACTCATTTGCTTTCAGAAATGGGATGTGTTTAACTCCTGATAATACTTGTGTATGGCTTCTTGCCCCTTGCCTGGTGTGCGCTTCTCTGGCCCCAGCTCCTCTGTTAAGGGGGAGGAGATGAGGCTTAGCACAGGACAGAGCATCTCACCAGCACTGGGAGCAGGGATCCCTTAGTGCCAGGTCAGCCCAAGGCTTTGTGTTCGTTCTGCATGCCACTGCTGTGCCAGTTACTTTCTTCTTGGCAGACAGTCTCTGTGGGTAACCTGCTTCCTTCCCCTTGAGGCTGCTGAGCGATGGCAGAGTTGACATTTAGACCTTCTCTTGCGAAGTGCTTCAGGATTTTTTGTCCTTAATTTCAGTGTCAGTTGGGTAGTGGTGGTGTTTTACCCTCTCTACTTGACTGCTGTATTGAGTCATGTGAATCTGAACTGGTATGGTGCTTGCTTCCACCAAGCTTTCCTGTACAGCCCTTAAGTTCATGGGGTTTCTAGATACTTATTCCTGGTGTTGAATGGCCAAGTATCCAGCTGTTTGCTTTGCTGCCTCATAAAGCTGTTGGGTTTGCAGCTTGTGCTTTTACCAGTGGTTGGTGAGCTCTTAACACAGTTTTCGTACAGAGGTATGTGGAACCTGACCTGTGCAGGAATGTTTTAGCCGTAGCGTTTCCTATGTTCATCCTCTCTCTAAAAATGCTGTTTAAAAAAACCTGTTTGAATGTAACTGTCTTGGTGAGCTAAAAAGCTCCCGTTAGAGCTG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Seq C2 exon
GGGCTATGATGACCCCATTGAGACAGAGATGGTGGAAGAGAGGATCCCTTACCTCCACGGCAGCTACGCGGCACCGCTGGCACAGCCAGAGCGAGGAAGCATGGCCAGCATCGACCGCCTGGGGAAGCGCTCCCCCTCTATTGACAGCATTCGCAAGGACCCCAGGTGGAGGGACCCTGACCTCCCCGAGGTCATTGCCATGCTCAGCCACCCGATTGACCCGGTCAAGTCTAACGCCGCTGCCTACTTGCAGCACCTGTGCTACGAGAATGATAAAATCAAAAAGGACGTGAGGCACCTTAAGGGGATCCCCATCTTGGTGGGCCTGCTCGATCATCCAAAGCCAGAGGTCCATCGCAAAGCCTGCGGGGCCCTCAGGAACATCTCCTATGGGAAAGATAACGAAAACAAGGTGGCTATAAAGAACTGTGATGGGATCCCTGCTTTGATCAGACTCTTGCGAAAAACAAATGACATGGAAGTCAGAGAGCTAATTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002040:ENSGALT00000003170:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.980 A=NA C2=0.286
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF136461=HEAT_2=PU(97.2=63.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]