GgaINT0011714 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007786 | DOK5
Description
docking protein 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16173]
Coordinates
chr20:12608287-12616276:-
Coord C1 exon
chr20:12616169-12616276
Coord A exon
chr20:12608402-12616168
Coord C2 exon
chr20:12608287-12608401
Length
7767 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TTGTTTTTCTTTTTTTCCAGGTC
3' ss Score
12.79
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTACCAGAGATGCTGGTTAGTATTCAAAAAAGCTTCAAGCAAAGGGCCAAAGAGGCTGGAGAAATTCTCAGATGAACGAGCTGCTTACTTTAGATGCTATCACAAG
Seq A exon
GTAAGGCCTGATTATATGCTTGTTTATCAAACTTGTTCTACATACAGCCAGGAATAAAATCTGAAGTTGTCGCGTATTAATTGGCCTGACAACTGGAACTTTCATTTTCTGCAGTCAAGGTTCAAAACCCATTTGTATGTTCCTTTAGTAAAGGAAGGGGAGATCAGAAAGTTGGTTACCTAACAGCTTGGGTCTTGTATGTGTGGGAAGGCACTAGACAGCTACAGAAATGATGGGCAACATGCAAATCTTTCTTGCAGCAGTGATGTGAAAACCTTTGCTAAATTCACTGATATTAAAAGAATGCCACTTTCTCTCTAATCGCTTCTCTGGAGTTCTGTGTGCATTCCATACTCATCTGAGAATTTACATGTGTAATTCTCCTGGGCATGGAGATGAAAATGAGAAACCCTTTAATTTATAATCATTGTTGGCAAAAGCTTAATATATTAGAAGATTAGGATTTATGTGCATAAATTGCTGGGAGGCAGCGAGCAGAGCTCAGCTCCAGGCTGATCTGCATTTATTCACTTTGACATACGTTTAGGAGCAACTCTGGGGGGAATACCGAGTCTGAATTCAGGCTTGTCACTCTGCATGCCGTATAATTTGTGACTGATTGATCATAAAACCTGTGGCTATTTGTAGTAAGTCATGCCCATAAATACTCCATCTACATTTTGATTAAGGATCTTTGAGAAGTAATGAGCAGTATGTTTGAGGGTAGCACAGTGTGTATGAGACGATGTCTAGCTTTCTGTGAAATGCTGCATTTATATCAGTGTGGCTCTGTCAATCACATGCAAATGTATGTTTCTTCCATTGTACAAACAGAACGTATCACTGGGTTCAGATGAGGTAATAGATGTGAAATCCAAAAGGAATCTAAATGAGGTTGGATTTCTTTCTCAAGAGAAACTGAGGCTGCCCTGTAGTTCCAAAGCCATCAGCTATGCAAGTTGATTGACCCTGTTTGCTTATAACCAAGCTGACTTGAAAGGAAGCTAATGAATATTAAACAGTGTTCTCTGGCTAAAATGTGTTAACTTACAAAGAGCACACGTGGCTTAGAGTGGCTTTATTCTTTTTAAAAAAGCTTTGTAAATGCGTGACATTCAAAGGTGGGGAATGATGCAACTTCCAGCATGATTAGCTGGGAGGTGTTCAAAGAGAACGTGCCTCTGCTGCTCTGTGGTGCACTGCAGTTGAACTGATCCTTGTAAAAAAACAAAAACATAATAATTAAATGAAAGCAAAAAGAAAAACCATCTTAATATGACAGTCTTCAGCCAGCACTACTTCTCACCTGTTTTTATCTATCTTATTAATGGGCTTTGGTGCTCATCATGTCATCCAGAGCCTGGAATAGTCATTGCTATTGTTACATACCTCTGGTCAGCACGAGCTGTTGAAGGCAGCATCAGATCTAGAAACTGGAGGAGCCCTTGCTCACCCCATCAGTCTTTGTGGAGGTTTAACCCATCGTAAAACTGTGATGGGTAGAAAATGAAAAATGATGAATGCAGCCAATGTTTTAATAGCACCCGTCTCCTTCACTGGAGTGTTAAATTGTTTCTTTATTGTGTGTGTGTGATGAATTAAAGCATAAATATTACTTCAGCTCATTAGTGGAGAGAACCTGGGGCACTTCTTGTGCTGGTCCTGCGGTGGTACCTCTCAATCTGAGCTGGAATGGACTGAGGCGTACATCACCTCGACCCAGCCAAGATTCCTTATCCCTTTGGAGTCTGGGTTGGAAGTTCAGTGTTTCTGTCATACTGGGGGATCCAGTTTGTTCACGTTTGGGAACACGAGGGCTGTGTCCTGCTCTGCAGCCCTGTCCCAAAGGTGGAATTTTGACATCTTTGCCGCTCCCATCTTGCTGATGTGACACCACCTCTTCTCCCTGCCCCACACCTGGGACCTCCCCGGATCATTTTACCGGGGGAAGATTTTCTTGCGTTGCTGCCATCATCTATTGTGGTACCAGTAGTCTGTGGGTTCCTGCAGGAGGTGATAATTAGCTAGCTTGGCTTAGTGGCTGTGTTTTAGAATGAAGAACATTCATTCATTGGTACAGGTGGTTTGGATGTTCAGTTCTTAGACTGCCTTACTTTGTGCTTGCCTGAATCTCACATATGTACTTCTGAAAGAAATGGTGCGCGGGCAAGATGGAACGAGTATTTTTATGTAAACCATTCAAATGATTATAATTTAAGTGCATCTCTGTCTGAATTTCTTATTAAATGTGATCTGAAGGATCCAGACTTGCAGCTAGTGGGCAAAGTCAGAGGCTGAGGAAGTTTAAAACAACAGAAGAAATAATACTTCTGTGTAATATTGAGCTTTAAATACTTTTTAATCTCAATCTTCTGTTGTTTTTTTTTTTTTTAACATGAAAAGGTTAAAGTGCACTAAAGTACAGGTCATCTGAGAACAGTCATATGTAACTTAGGAAGTGAACTGAAACTTTGCATACACAAAGAAAAATACTGTCTTAATTTGGGTCCACGAGAGTGAGAAAATAATCCACATCCAGGGTGCAAAATCTGGGCAGAGAATTGCCTTTCAGGTAACCGCATGGTTTTCATTTGGTAAATAAAAGTAATCATCCACAAGTGACCATAAGCTTTAGCATGGTCATCTTGGAGGAATGAAGGAATTCGTGTTTCTCCAGGTGAGTTTGGACTTTGCAGCATACCAGAATAGTCCTTAATACTTCAACACAAAACCAACTGGTTCCGTACTGCTGACAGGACTGTACTGATTCCTTGAGGGGATCTGAGTTTTCATCCCATTGTACTAATCTTGCCTTGAAACAGCAGAAGCAGTTTAAACAGTCTGTCTGGTTGTGGAATAATCCAGTTGGAAAATTGAATTGTGTCATTTGTAATTGTTTTCCAGGCTTGCTCATGCAAAACCGTACCGGTGGCAAATTAAATGCTTAAAGTATGACCACCCTGCTTATAACTGACTGTTAAACATTTATTTTAATGAATGCTATCACTTAACTCCGAATGAAATGTCTGCTTTGAGGCTTTAAAAGAATTAAAGCAACTCGTTAGGGATGTTTTGGTGCCTTTGCCATGCAAGTGTACATGTGTACCAGCAGATCTTGTGTCATGAATGGAGCTGGGATGGGATGACTGTGCTGTATTTACCAGTGAATATCCCCTGGTGGGACTGCGATGTTCCGCCTACAGCCCTCTGCTGGGTGAGTTTCCAGGCAGCTGAGATGGAAGCATAAAATCCTTAATTAAGATTGAAACCAAGGATAGATCCAAACCACTGAGTGTGGCAGTTGTGTAGGCAATAAATATGATCCCTCGTGTTCTGTTCTGAAAGGCTCTCCGTATTTGAGAATTATGTCCTAATTCAAAGGGCTGTTTGAATTCACAGGGCTGCTAGGGCCATTTTCAGTCAACTGTGCATTTGGCATGTTAGAGGAGGGGATAGAAGAGAGGGAAAATGTTTTCCAGAGTGTTTCTGGCCATGGCGAAGCTCTGTCTGCTTGTGCTGTCAGTCAGGCAGAGAACGTTTAATCCCTCATCCTGATTCAGGATTCCTACAGTACACCTCTGCAAGTTATTTTGGTCTTTAATCAAATGTACTCCAGTTGGTGTGACTGTTGTCACCTTTGATGTAAGGGAGCCCTGAAAGCAAGAGGGAGGAAAGGAGTGTGCCAGGGAAGGGCTGTAACCCTCAATTGAATAACATTCCTCCTCTTTTGCTGTTAAATACTGCTGTGGGCCTGAGATTTATGGCTCATCTGACTTCTTAGAATTAGGTTTATAGATGTACACTAATTTTGGACAAAAAAAACCACCAACACTAAAAAACGAATTAAACTATGACAACACTTTTGCAAGTCTAGCAGGAGGAGAATAGCAGGCTGGAATGCTGGCAGGTGCTTGGTGTCTGCTCCTGACTCCTTTCCAAAGCCCGGGGAGGGGAAATTAGCTGTCTGCCACTTCTTAGTGTGAATTTGGTGCATATGTGCCAGACAATTTGAACCATCTGTTGCATAAGTGAGAGCAACAGGGAGGCTCTTCAGACCACTGGGGTAATGAGGGTGCTCTGTAGCACCTTGCAGGGCGATGCAGCAGGTCAGGCACCAGGCGGTCTTTGACGAGCGCTCCCTTGGGAGCACAGGTGTTCTGTGGAGGCTCTGCAGCAGGGTCTGCTCCTTGGCCAGTGCTGGGCTTTGCAGGAAGGGGCTGTGCCATATCACAGCTCTTCTGAAAGGTGAGGGCAGCTCCAGCAGTGCAGCCCCAATAGGAAGAGAGCTGCTGTGCTTTTGCCAGCTGTAAAAATCAGGTGCTACAGGGTTGTGTTTGGGACCTGAAGCATGTGTGAGCTGAAAGATTGAATTTGGGGATCTTCTGTATTCTATGGCTGCAACCACAGGCTTCAGATGTATTCCCAGTATGCCAGGTTTACTCCATCAGTTCTCCCTGTATCCTGTACTGCGGAGTCTTGGTACGAAAGCAGCCTAGATGAGATTGGGCAGGGTCAGAGGTCAGCCTTGGGGCTGCCTGTCCTGCACACCTGAGGGAGATGTTTTGGTCTCAGCCAGTGCAGTTCTATAGAAACAAATGTCTCCAAGAGGTCTTCAGGTGCACAGGAAGATTTTCAGTCTGTGCTACAAAGTACCATTACATACCATTATAAGCTCCAACAGTCAGCACAGCACCAAATAACCCCAGAGCTGCCAGTTACTGTAGCTAGCATTTCTCCAAACACAGACAGCCATGTTCCCAGCTCATGGCTAAAACATGAGTCACAAATGATTTGACAATCAGTTTAATTAATGAAACAATGCTATTGATTTCAGTACATCCTCAAGATAACACTCAAGGGATGCATCGCATGCAGTGTTATTTGACCAGGCTGTGGAGCAGGGCTCTCAGAAGGAATGTATTCGTAGTATGTGGCAGCTATGCTTTTCAGTACAGCCATCCAGCATTAACAGAGTACACAAGGTGATTCCTGGAAGCACC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Seq C2 exon
GTCACAGAGCTCAATAATGTGAAGAATATATCACGAATGCCGAAGAGCACAAAGAAGCATGCTGTTGGGATTTATTTTAATGATGACACCTCTAAAACTTTTGCTTGTGAGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007786:ENSGALT00000012627:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=FE(33.7=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(36.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]