GgaINT0017176 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001916 | SLIT3
Description
slit homolog 3 protein precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001183971]
Coordinates
chr13:3980460-3996522:+
Coord C1 exon
chr13:3980460-3980584
Coord A exon
chr13:3980585-3996424
Coord C2 exon
chr13:3996425-3996522
Length
15840 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGA
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TTTTAAATTTTCTCAAATAGGGT
3' ss Score
9.46
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCCGGTAGATATCAGCGTTGTGTCCAAGTGTAACCCCTGCCTCTCCAATCCATGTAAGAACAATGGGACATGCAGCAATGATCCAGTGGAGTTTTATCAGTGCACCTGCCCTTTTGGCTTCAAG
Seq A exon
GTATGACTACAAATGAACTACACGAAAAGCAATAAAGTATTCTTCATCCCTTCTGCTTTCTAATTGTTGTACCATGAGAAGTCAATTTTACAGGCAGCTGAGTTCAACAGATGCCTTACTCAAACAGATTGTGTGTGACCTTTCAGCTGTTATCCAGATTTTTATCCTGTGTAATAGAAAAGGCATTTCTTCTTGTGCCATGACTGTACAGATGTACCATGACCAATATGCTCTAGCTGACCTTGCTTTGAGCACAACTAGATGATCTCCAGAGGTTCCTTCCAACCTTGGGCATTCTCTGGTTCTGTGATGCAGACATACATATGATATGGCCAGTTGATTTTATCTTCCTTTTCTTTATTTGCAAACCCCACGATAACTGTTTCACAGGCTGCCATGCTAAAGGGAATGCAAATCAGATGAGAATTAAGGACCAGTTTCATCCACAGTGACAGAGTGGATCCATCTCACACAGATCAATGAGCAATAAAGTGGTAATTGATCAGACACATTGCTACAAGCTCAACTGTCTCTGACTTCTGAGTACTGTCTGTAGAGTGATCTGAAAATGTGGAATTCTGTAGATGCTAAGTGTTGTGAGTGTGCATTGTCAGTTTCTAGATGACAGATATGAAAAATGGAAAACTATGCCAATGAGTAATGTCATTCCTTCGGTAGTGATATATAAATCCCTTTGTTAACACTGCACCATGAGAGCTTAAGGCTACCAAAACTTTTTTTCAGAATTGATAACTTTAGAAACCTAGCTCAATAGTAAGTAGCTGAGGGATTAAATATAAGTAATAAATGAGGCATATGATGTGTTCACAGGCTCTGGATAGGATGTTATGGGCAGAGAAGTAGGTTTCATCTTGTAAACTGTGATTTTATTTACCTCATTGGGTATTTCTTCCAGAGTCTTGGTTAGTTAAAGCAGATGTTCATAAAACAGAGTAATGAGAACTATAGAAAAGAAAGGTCATAACCAGACATATATAAGGAAAGTAGGCGCAAATACCATGGCATACATTCCAAGTAGGATTTACGAATTAGTTGGAGCTGATGATATCACCATTTCCCTTCTGTATCTGCTTAGGGTACAGTGCTGATGGTAGAGTCATTGTGGTGGATTCCAGCTGAAACAGTGGAAGAGGGAAGATGGGAAGCTCATTTCTTTCTCATTCTAGTGCCCCCGTGTCTAGTACTCAAGAAAATACAAATTCTCTTAAATTGAAATATCCATTGATAATTTCCTCTCCTTAAAAATCCTTCTACCTATTGGCACGTCAACCTGCAGTTTTTCCAGGACATTAAAAGACCACATTGTCAAAAATTCATTCATCTAAAACTAACTAGTCAGCAACAATCGATTTGTCTTTACGATGGGGAAGCTGTCTGTTTACTCTCCAGAGGTTTGTAAACTAATGGTCATTCTAATTTGATGTTTAACATGAACTAGGTTAAATTCTTCATGTGGTGCTAAGCGACTGTTAGGATAACTTCAAAAGTAAGTTTTCTAAACTAGCAGGAAAATACATAAATCTTTGTTTATCTCTTACTCTGTAATGCACACATGGCTGGAAGAGGTACGAGGGTTATTCAGAGTAGAATTGCGTTGGTTATGAGAATATCTTTCCTTTGCCCTTATTTTATCTTTTTAATATATTCCTGTATTAGCAAATCCACTAGTACATATGCATTTATATTAATAGAAGACATGTTTATAAAGGAAGGATTTATTAGCAAAGAATAATCAAGAAAAATCCCCTAGTTTTATTCGTAGTAATTTTCTAATGTACATTAGACCTCAGTACATCATTTTACTTAGAAAGGTTTTGATAAACTCTTGAACTCAGTTTAAACATCTCATAGAGCATCCAACTTTTCTGCTTCTTCATGCACTTTCTTAGGTGACGTTCAGTGTGTGAATGGAAAACCCAAAACCACTTGTGTGTTTGTAAGCACCGGGTTATCATCCAAGCATGGCATGGAGCAAACAGACCCAGGCATGGCACTTAGCACAGAGTTTAAAAATAGAGTCTGGATAACAGCATAGGGAGAATCGGGGGAAATTCAATAAGCAAAAATGAACTCTTTGTCTTTACCACAGGTTTTTGAGTAAAAATGAAATTTGACAGGTCCAAATGCAAACCATATGAAAGGAGCACTCTATCTACCACGCAGTTCTCCACCAGAGATTCATGCTAATTCAATAACAATACCTTGCTTCCTTCTCACCAGCCAGCAGCAAACAACTCTCTCCATCTGGAAGCCATTTCCCAAACCTTGATAAATTGCCCTAAATCTGCCCTCTCAGCATTTGTTTTTCCTTGTTTGATGTAGACTTTTAAAAAATCCTGTGTGGAGGAGTTTATATCAATAATGTGAGAAACCCACCTTTTTTTTTTTCTTTTTTCCAAATGTAAGCTCATTCAAATAAGATAAAGGCTTTATAATGTTCTCTGGGAAGGGATAGATAGCTACAGACTGTTCTCTGGGGTCCCTGTCCTCATGCAAGCCTTCAGAAAAAAACAGTTGGCCAGCTAGGAGAAGGCGGCTTGAGCAACCGGATACCAAATGAGTGCCTGATGGGATCGGGAACTTCTGCCATTTACCGGGATAGTAAAAGTGCATAGTGCTGTTTTTTACTATTACACTGAAGATGGTCTGATCTCTGAATGCATACTTTATGGGGCTTGTAGCGCTGTGTCATGCTGCCTGCCATAGGTTTGAGTAAACGTCAAAGTGAGGTAACTGATGGACCACCTGAGCTGAGAGGCCAGTGGCCAGGTGGTTGTGTCTGATGAGGACAGAAGGAACCGTTTGCTCCCTTAGGAATGGGGCTGGCTAGTGCTGACAGCTATAGATAAGCCATGGTCGAACAGTGTTTTTACAGTTCTCCTTTGGGAACAGAGCCCCAAAGCTAGTGGGAGAGTGCCACCTGAGGTGAGTGTGGGCTGTGCCGCCTGGAGCCATGGGTGCTCTGGCAGGAAATGTCTGTTAGTGTTACCAAACTTGTGTTTTCAGATTAAACACAGGTGTAGGTGTAATTATCCAGTCTTGTGTGGGTTTTCTTTTTTTGGTTTTTTTTTTCTCCATAGCATTCTTTGAATGATTATTTAAATAGTGTGTGTGGTTTAGATTGTGTAGTATGATTACAAGTGGAGAAGTGAAGCTTACTTTTGCTTTGAATGCTTCTGGCCACCTGCACCATGAGTGTATATGAGTGCAGCTGGTGAATAGATAGCAGCACCGTGCTAATTCATGATAAATGTGTTTTTTCTGTACAGCATGTGGTTTTTCTGTAACTTCACTGATATTGATGAGTATATGGGTGTCAGAATTCAACAGAGTAATCAAAGCTGCAATCAATAAGCCATTGAGAAAGGATTTACTTGGATAGCTATAGTAAAATCTAAGGTGAGCAAAACAAATGTGGTGTTTTGCCACTGTACTCAGAAAATTCCCTTTGGGTTTGTTGTTTTTTTTAACTATTATTTTGGTGGAGGGGCTGATTTTTATTCACACTTTTTTTTTCACACTTACTTTCTTAAAACATTGGTAACAACAAATGAAGGAAAATATTTCCATTCTTCAACACAGAGTTATTTGTAGAAATGGGGAATGAGAGTTAAAAATACATCTGTATTTTATCTGAAATGAAAGAACATTGTCAACCTGGGACACAGCATGAATTGCCTGAACAGGCATTGCCACAGCCTCTTTGGTTCCTCAGGTAAATGGGAGCCTGAGCTGCTGGGATGCAGAGATTTTTGTCATCTCTGGGTTCTGGTATTGCTGACAGCTGTCTGAAATGGAAAGTGAAGAGACGTAAAATCAGTACTGCACATGGCCCACACTTTGGGCAACAGATGATGGTGTGTCTGTGGTAGAGCTGCTCTGTAAATTTCACTCAGCTTTATTCTCTTCCCTGGTGAGCTCAGCCAGTGTCCTGGCTTCTCTAGCAGTACTGCAGTATCCTGAGGATTCAAGCAATTTCTCCAGTCATCCAGAGTGACAGATACAATTGGAAAAATTCTGGGTAAAGCTCTTGGGCTTTGGAAAGACAGTATGCTTTGCAGCCAGACTCTTGTGGTGGGAGGCATGACAGTGAAGCCAGAATGATAGTGAGGAAGCTGGCTCCAAACTTCTGCTAAGAATTTGGCTCTTCTTCCCCCCAACCCTCCGTGCCAAGATTTTGTCCCTGCAAATAGGGTTAGAAATTGAGATTCTCAGAGCAGAAGAGCATCTGTGGGATATGTGAGATCTGTGTCTGTCACTTGTTGTACACAGATACGACTGAGGTGCCAGCAGATGTAGCCAGGCAAAGGCTGTGACTGCTCAGCACAGGGCTGATAGGCAGATAACATCAGTACAGACCTCTCACTGTTAGCATGGGCTCAGTGCTGCACTGACCATGTCATTCTCTCATGAGGCTGCACATGGCCCTGCATTTGCTTGGAGCATAGGCAAACAATGTTTGCTGTACTTGCTCTTCACCCTATTGATGTTATGTGAATAACCTCTTGGAGCCCAAGGATAGTAATGATTGTTTTAGTAATATTAACATAAAATGGGTTTTAAAATGTAGCTTTCATATGTTATTTCATGTCCAGCTGTTCTGGACAGCTCTTACACCATAAGGCTGAGGCTGTGCAAGGTTTTTCCAGTGGGCCAGTTTCTCAGTAATACTGATTCGATTGGGGTTCTGTGAAACTAACCTAGTGCAGCGTTTTGCTTCTGATGCATGCCAGCTACGTGAGAGTCCATGTCAGCCCTCGTTTGTTAGGCTAATGCTGGTTGGAAATGTATGTCCTTGCTTTTGTTTCTTTGGAGCTATTATCATGCATATAAATCCCCATATACATCATTCAGCGCACAGATAAAAACCACGAGTTGCAATTGCAGATGGAGGGAAAATTGGAAGGAACTCATAAACCAGCCTGCCCTCATCCATGTGGGATGGGAGAGCAAACATCTTTCCTTTCACGTATTGCTTA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Seq C2 exon
GGTCGGGACTGCAGTGTGCCCATTAATTCTTGCATTCAAAATCCATGTCAGAATGGAGGGACCTGCCACCTCACCGAGGCAAATAAAGATGGATTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001916:ENSGALT00000002967:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000822=EGF=PU(87.5=66.7)
A:
NA
C2:
PF0000822=EGF=PD(6.2=6.1),PF0000822=EGF=PU(64.7=66.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]