GgaINT0027383 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr10:20361403-20374642:-
Coord C1 exon
chr10:20374540-20374642
Coord A exon
chr10:20361550-20374539
Coord C2 exon
chr10:20361403-20361549
Length
12990 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
AGTGCCGTTGTGTTCTTCAGGCA
3' ss Score
7.96
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCATCCACTGTGACAATATGTGCACCCAGGGCCGCTGGGGACCGAACTGCTCCATCTCCTGTAGCTGTGAGAACGGGGGATCCTGTGCTCCGGAGGACGGCACCTGTGACTGTGCACCTGGCTACAGAGGACCCCTGTGCCAAAGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007631:ENSGALT00000012349:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PU(61.7=58.0)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]