Special

GgaINT0027383 @ galGal3

Intron Retention

Description
NA
Coordinates
chr10:20361403-20374642:-
Coord C1 exon
chr10:20374540-20374642
Coord A exon
chr10:20361550-20374539
Coord C2 exon
chr10:20361403-20361549
Length
12990 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
AGTGCCGTTGTGTTCTTCAGGCA
3' ss Score
7.96
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCATCCACTGTGACAATATGTGCACCCAGGGCCGCTGGGGACCGAACTGCTCCATCTCCTGTAGCTGTGAGAACGGGGGATCCTGTGCTCCGGAGGACGGCACCTGTGACTGTGCACCTGGCTACAGAGGACCCCTGTGCCAAAGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007631:ENSGALT00000012349:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PU(61.7=58.0)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]