GgaINT0028087 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1NIC1]
Coordinates
chr10:7119478-7127541:+
Coord C1 exon
chr10:7119478-7119514
Coord A exon
chr10:7119515-7127506
Coord C2 exon
chr10:7127507-7127541
Length
7992 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTAAGT
5' ss Score
8.82
3' ss Seq
CTTAATTCATTGTCCACTAGGTT
3' ss Score
6.67
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCTGTAGATTTACCAACTGCTGAACAAGTATCTGA
Seq A exon
GTAAGTTTTCTTTTGCCACTCAGTATTTCTTCTTTTCCTACTAATTCAGTGACAGATGGTCAAAAATTGTACTTTGAACTTGGATTTCTTCCAAATTCATTAGAACTGAAAATGTATGGAATGTACACTTAATGTGTTTTTACTCTTGACTATGTCCAGAATCCCAAGAAGGGGGAGATAAATGGCCTAGGTCATAAAACACAATTCTTGCAGTATTAAAATTTCTCGGTTCTAATTACAAAGTCTAGGCCTAGAGAGACTGTTATTTCAAGTCAGTTTTAATATTAGCAATATTAAATGAGTGTTGAATGTTCTTTACACAGTGTTGATATAAATACAAAAAGAAAATAAAAACTTTTACTTGACATAGGATACATTATTTAGAAATAATTTTCCAAGTAATGTCATTTATTTGACAAAATTGTATACTAATTAATGTCGAATTTTTTTTAAATGCAAAGAAAAATTTGAAAAGAAAAATAAGTATGGAAATCTTGGCTTTTGGTTTAAAGATTTGAAAAAGAACCTGCAAAACTGTAGAGGCCATTTTTATAGAATTTGTGTTTTTTTTAAATACTAGACTCAAATATGCTAAAACTTTCCCTGATTGTACTAGAACAGTATCTGAGACTTTACAATGTAGTTTATAAACCTACTTGTGCCTTAACTGAAGGTTCTGAGGTATGCCAGTTGAAACAAACATTTGAGTTCTCTCTGAAGCTCGTTTGAAAGTGGGAATAAAGATGTCAATTATACTGCAAAGAAGGAAGTTTTCAGAAGGTGGAAGAATATAGCTTAACCCAGATTTAACAGCAGAGTGTCATTGAATCCATATTACCTATAGCAGGATTCTAAAGGAGACTGGAGATTCTCAAGCATGATGAGGACTTCAGCAGAGAGAGCAGTCTTCACTGGGTGTTGGAACTATTCCCAATAGGTTATTTCTGATATAGTGAAAGATGTCATGTTCATGCCAAGTAGCTTGGAGTTAGATGACCTTAAGAGGTCTTTTCCAACCCCAAGTATTCTATGATTTCATTACTTTCTATTAATATTTCTTATTTATAATATTGTTATATACTTGTCTGTATAATTGTCTTGTAACTTTAAGTTTCGAATGCAGTGGCCAGTAAGAGGACATGCTGGAATCATCTCTCAACTGATCCAAACATGGAAATACATTTGTTTGATTATGAGTAATAATAGCATAAAAAGTATGCTGTGAACTTCAAACCTCTAGTAGTAACTGCTTAGCGTTTGGTGTAGTTGAATAGAACTTGTGGTTTGATAAGATAAATAACAGACATTAAAAAAGAATTGAAGTTGTTTTGTAAGGAGCAGACGGGAAGGAAGTTAATTTGGGAAACCATTCCAAAAAAAAAACATTTAAGAATGAAGTTTCTCTTCCTGGAGCACTGAATGTTAAGATCTGACAAAATACTAAGAAAAGTCACTTAAGAGGGTGAGCTGTGTATTCCCTTCGTTAATCTAGGGTGGCTTGTGTTCTTCAACTATTTGGATTTCAGTGAAACTCAAACAATGGAAAAATAAATGTTGAGCTGTCATAACTTCAGTAGCTGAATGTATGTGTTTGGAATTTGTATCTGCTGGACTATATGTGAGGAAAGGTTACAGGTTTATGGTGGGTACAGATGTGTATTTGTGGCAGGCTGTTGTCAGTACTGCACAAGTATCTTAAAAATATTGCACAGATGTCATTAAAAATACTTTAAGAATGTTGGATATGCTAAATATCTACTATACATAAACAGGGGTAAACACTGAAGGAGTAGATGTGAAATACAGTCAAGAATACGTGCAGATTTGTTTCCACAAGCTGTTAGTGTCTTACATTAGGATAGCTGGAGATAGCCATTATTTTTGAGAGCCTTGGTTTTGCTGTTAGATTACTTACTGGTTCCATGTGAGGTAGTATAAGCTGTTACTAAAAAAAAAAGAACAAAAAGCTGCCATAATGATGGACCTGGTTAATCTCACAAATCTTGTCCTTTTCCATGTAATAGTTTGCTGATACTTGGGACAAGAATTTAATTGCAGGATCTAATAGCACAAGTGCATCTATGTAGTGGACCATTTAGTCATTATTTGCAGTACAGAGTACACACAAATACTTACCTTCATTGTGCTCTGTGTTTAGTTTTGCAAGAAGAGGTACCTGTAGACAGTGCTCACAACTTTCACCGTGTAGTTTCTCTGTGATATATGAATGTATCTTCTCATTCTTTGACCTGTAATTTGGTGAAGTGTGGGTTGCTTATGGATTTCTGCAGCATTGGCCACAGTGACTCACAATTAGACTCTTGGATGGTTTTGGATCTTCTCTTGCACCTTTCAGACCATGGTATCTTCTGTGGTCTATAAGACTGACTGTATGTGTTATAAAACTCATCTTTATTGCTAATGACCAGACGTGTTCTACAAGCTCTGTTCAGTATTGACGAGACTTGTCTTAGGACCAAGATTCTGTCATTAGTAGTACAGATAACCTAGCTGGAGATGTTTGAGCAGGATTTTCTTTTGAAATTGCTCCTTTACCAAAGTTGCCTTGTTTTGTTGTTTGGTGATCCACCTTGTGCTGAGGGAACGAGCCTTGATAACTATTCCAGTACTCTTCTAATGCTCTACTCTCTGCTTTGCGCAACATTAACATATTTTTAAATGAACTGACAGTAGACATTTTTGTTGCAGGGGAGTTGAAAGTGAGCAGGTATCCTATGCTGCTTTGGCTCACTGATACATCATTGTGGAGCAGCAAATTGAACCCAGTCGAGCTTGGGATTATTTTGGTATGTAAGCGAACAAGCATCTGACCAGACCTTTTCTTTTTTCTTCATGCATTGAAGCTGTGGGGTATTCTCTTTTTACATCTTCTAGGCAGCAGGTCTGGTCTTTTCTCCAATACTGTAGTCTGGCAAAGGCTCTTCTGTGTTACTGTTCTCTGCTTTGCAGCATTAATTTACAGCTTTTGGGGGCTATAATCCATGGAAGAGAGACTTACCAGTAGTTTCACTTATGTGATGTAGTGTTTCTTTGCTGCTCGTTGTCCCCTTGAGTCTGTCAGTATCATCCAGAGCTAGAGTAGTGTATAAATGAGGGCACATACTTAATAGCTCCAAGGCCCATTTTGTTCTGAACTTGATCTTGGCTTTTGAAAGTTGAGGGATTTGTCATTCTCTTTGGGTATTCACTAAAATATGCAAGTCCTTATCTGTTTAACAATAAAGTTGCATTTTATCTAGCAATGTCTTTACAGTACAGCAGTAAATATGCTTTGGACGACTTGTATCATGTGTAACTGCTTAAACTGAATCTTGGTCAAAGGAATTTGTTAGCTTTACTTTAGTGGCTAAGCTTCTTTTTGCTCCTAAATACTATAGGAGGAATGCGTGTGATGGAAACAGATGTATTTGTTGAGCCTTGATTCTGAGAGTGCAGCAGCCACGGTTCATTCATACCTTGTTCTTTTGGTATCATCTCTCATCTTCAAAGATGCTCTACTCAAGCTGCTAAGACATCTGCCAATTTTGATTTCACTGCTTCTGATTTCATCTGTAGTTCTAAATAATCTGTGGCGAGTTTATCCATCAACAAGATGTCTAAATATATGATGAGCTTTTGTTTTGTCATGATGAACATCTGGTGTTCCTCCAGACTCAACCTCTGCTTACAGTGGATATATTTCTTGGTTGAACCTCACATTTACCAGCTTCCAAGCAACTTAATCAATAATCTTACTCTGTGGTCAGTCACTGTTATCTCTTCCTGGTTATAAGAGATCTGATGAATGATCTGATAAACACAAACTATTCTTGATTTGCAACGCTTGCTTTTTCTGCATAATCAAATTCTACAAAGTTAATCTGTTTTGGCTGATATTTTTGTCCTATTCCCTTTTCATGTAGAAACGGCAAGAATTTTGATTGAGCTTTTGCAGCCACTGTGTTGTTGCTGTTAACAGCAAAGATCATGTCATCCATTGTCTTTGATGCATATTTTGTGAATGAGCATCTACACAGTCAAAACTCTTAAGTCTTGTTCTTTTTGCTCCTTTTTATTCTGACAGAAAGTGTGTTCTGTCCCACGTGCTGTTGTTCAATTTCAATCATCAGCTAAGTACTATGAGTTTTTCCTACAGGACTTGTTTCTGTTTTGACACAATAGCATTCAGTAAGTGGGATCATTTTTTCATTATGAACATGCTTTTGTAATTCAGAGGAAGCTGAATCTGTGATATTTCACTTGCATTCAGGTTTCTGTCAGCAACCAGAATCAAGAGTACGATTACAGATTTTCATGACTTTGAAAATTTTTCTATAAGAATTTAATGCAAATTACACTGGATTGGTACTTCACTTTGAAGTTAGATGATCTGGAAGATTATCATTTAGTTCTTTTACAGTTTTGCTATGGAAATTGTGTAAGTACGGGTAGCAAAACAGTTTATGTAGAAACAAGTTGTATCATGGCATCCTGTTTCCATTTGCATTAAGTTTGGAGAAGTTACTTAAGTGGAAAACTTGCAATATAAAAACAGTACTAAATCATGTAGATAAACCTGCATGACTCATGCTTTACTATCCTTGGTAGTCCTAATTGCTACCAACTGACATGAATAATGCAGCATATTGGACCACATCTGGGAAGACAGAGTGAAAGTCTTTCTGACAGGATAGTGAAAGTTTGTTTCAGGCTGTAGGGGTGATGAAAATATTTGTGACTGTTCAACTTTGCATGTAGTTACACTTATTTATTCATAATGATAGTAAGTTAATTTGTAGCTGTATCCATTGCTAACCCTTTTTTTTTTACAAGTGAGAAACTGGAGACAGTATCAAGTAATATGAATGTTACCATCTTTCCTTTTCCATTCATTCATTACCAGTGTTAAATGCCTCAGCATGGGAACACCTTTTTCTTCTAATTGTACATTCATGTGTACCATACCATAGAAACATTTCTTCAAAGTAAATTCTTTTGCAAGGAGTAGTAAGGGAAAATTGAGCCTTATTGAATCCCTTGCCCTGTTTAAAATTACAGGATTTTTCTACTAAAAAGTCTGGGTTTATTTAAATGGCAAACAGTATATAGCTAATAAAAAATATACACCCCCCCCCCCCCCCCAAACGAAACAATCAAAAAATAACAAAACAAGATGAAGACTCTTAGTTGGTTGCAAACAGTTTGTTCATAATTCTTGGGTATGGTGGAGCTGAGTAGCTGGAAAGTACTTTAAAGCCGTTCAGTTAATACAGAGATGTTAGCTGGAGATAATTGTCCTAGAAAAGGCTACTTCTGATTAGGAATGAACAGAAAATGGATGTTTGAAAGATTCCAGCTGATTTGCAGTACTGCTCAACCTAAATATGTTATGGGAACAACTATGTGGCTGTAGGAGTAACGTGGCAGATCCCTGGGAATGTTATTCATGATTTAAGCTCTGTGTGTGCACAGATATACACACATTTCATAATGTGAAAGCAAGCAAAGCTGTAACTGCATGAATTCCAGAAATGATGATAATAGTTCTGTGTTTGGACCATGCATCTAAATGTTTGCTTCTTTCATTGACTTCAAATCTGTTCCTTTAGCCCAACATGGCTCCTTGTGTAGCAAACAAAGTTTCAGATCAACCTGAATTCAGATTTAAAGCATCTAAAGGAATGCTCTTAATAGGCCAGCTTTTATTCTATACTTAAAGCCTGAGTCTCTTTGGTTTTGTGGCCAGTACTTCCTACTAAGTATCTCAGCCTGAGAGATTGAAACCTGAAAATTTTTCTTCAGCTGTTCCATTTTGTCTGAATTTTTATTGAAGATTGACAATTAGGGGTTGCTTTTCACTGTTCTTAACTGAAAGTTTATGTACAGTAAAGAATCTTTTGGGAGCTGTAGTAAGATTTCAAAATTGTGGACCAACAGGCTGTATTTACCAGAGAATATCACAATTTTGGTATTGTTTTCATAAGATTATGTGCAGAAGTACTGTAGCTCCAGTTACATAAGAAAGTAATTTGCCTATGTTGCTTTTTGAAAACATGTGTTGGAGCTCTTTGAAAACTGAACTATTGGACCCAAAGATTTAAGGTTATGTTCCTAACACTTTTACGGTAAGAAACATCATAGAGTGACTGTCTTCTCTGATGCAGAATCCACTTATGAAACTATTGCTAATTATGAATTAGAGCTGCGTTCTAAAACCTATTCTGAAATAGAAACAAGGTTGAGAATATATATCAATAATCCAAGTTGAACTGTATTAACCAAGAGGTGGTTATCACAAAATCTTATTCATCTTTTTTGCTTTCAATACGCTGTAACCTATCCCATGCATTTGAAACAATGGAGAGGTATTGGATTCAGTTCATAGCTGGTGAATTTTTATGACAAAGCTTAGATTTACTCATTCAACAAGAACAACGTTTTATCCTTTAGTGTCTGATTTGTCTAGGTTGTTTTGCCCTTTCCAGAGTGATTAGTGATTGGTTTTAGACAAATTACAATTTTGAACGTATTTGTTTAAATTTTTGCATAGAAATTATTAAATCAGTGAAGTTAAGCTAAATATCTTTTGCTACATTATCTTCTACTGATATTGCTACTCATGATTAAACACTTCAGAGTATTTTAAATCCCTAACCCAAAAAAGTGTTACCATTTGATTTACCCTGACACTTTTTCTTCCCATTAATTAGATGAGTGTTGTTACTGTGCTGAAATGCCAGTTAAGAAAAAAAAAAGTATTTTCCTAGTTACTTCTGCCATGGTTTGTTCCAAATTAAGGTATAATAATAAATGGTTGTTTACCTGCTAGAATGTTAATGTTACTAGAAGGTGTACATGGTGTGCTGGAAGAGTGTGCTAAAATTCTTGAAAAGACCTGCTTTTAGCACTATTTTAAAAATTAATTTAGGAATTTAGGAAAACAGATGTGGTTGCATATCAACCTAGTATTAGTATACTTTTTCATAAAATTTAAGTTGATGAAGCTTTTCTTCTGTCAAGTGTGTTGTACCCTGCAGACAGCCATTAAGGCTCAGTAAGATCATGAGTCATTTAATTTGTGATTAATAACATCATTTAAATATAACGGACAGCACCATACTCGAGCAGAATAAATTTGCCTTTAGTGCAGCATCAACAAAGAAGATACAGATATAAGCAATTTTAAGGTGCTTGTGCAGGTTTTTTTTATAGGCAACTTTTGAAAGCTTAGCTTTTATATTAGAACAAGGCTTTGTTAGCCTGCTTAAGATAGCTCTTGCTATCTCTACAACAGCATTTTCTTTTCTAAATACAGAAAATCAATGTTAGTGATATTGTGATAAGCTGTTTAATTAATGTGGTTTAAAAAGTCAATAGATCTTAATAATTTATAACTCATCTAATGCATGGACTGTGCCAATATTTTGAAGGAAGTGTCTCCTCCAAGTTGTACTTGGAGGTCAGTTGCAATGTTTTACAATTGCCCTCAAGTAAACCACAACTTTGTCTCTAGTAATTGGGTAATGGTAGATATTTTAAATAAATAAATATACATTGTTGACCAGAATATAGTTCTGTGTACTTTAAAAAAAATACATTTCAGCAGATTTGTCATTTCAGATCTTAAATACTTGAATTGTTGTTTAAAAGGCCATTATGGTAAGAGGATTATTCTTGTAGTGCTAGAATAGAAGTACCAGTAGCAGTCTGAAGACTGTTGATTGCTGCTTTTCATGAGATTAAATAACTGGAACAGGTTACACAGAAGAAATGTATATCATGGTTTCTGTATAACCAATAATATGTTTTAGAATCCTTAAATATTCTCCCAGAACCCTGAAGTACATTTAAGCTCAAAATTAAGTATGAACTTTGGAAATTGATTTCAAATTACGGAGTTACTTTCTTAGTTGCTGTAAATATCTTCATCTTTTGTCTCAGTTTTGACCATACAGTATTGAAAATATTGAATCTTAATTCATTGTCCACTAG
Seq C2 exon
GTTAAAGACTGAAATCTCCATTAGAGAGAAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000014375:ENSGALT00000023225:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.077 A=NA C2=0.231
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]