Special

HsaINT0186740 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000137871 | ZNF280D
Description
zinc finger protein 280D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25953]
Coordinates
chr15:56642952-56654234:-
Coord C1 exon
chr15:56654198-56654234
Coord A exon
chr15:56642998-56654197
Coord C2 exon
chr15:56642952-56642997
Length
11200 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTAAGT
5' ss Score
8.82
3' ss Seq
ATACTTATCTTGTTTTCAAGATT
3' ss Score
6.58
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCTGTTTGTATCCCAACTTCTGAGCACCTTTCTGA
Seq A exon
GTAAGTTTAATTTTTATTCAGTGCATTTTACTTTGATGGATTTTAGCACTATTGCATTTTTAAATGTATCATTAATACGAATGAAAAGTATTAAAGTATGTTGTTGTTTTTTTGTTTTTTTTTTAAAGCTGCTTGTTGAAATAGGTTCCTGCTCTATGGAGCTCGTGACCTGGTGCAAGACAAGTTGGAATTTCCTAAGTTCAAAGTTCTGAGATGTTTTCTTACACAAAGGCAGTTGAGCAGCCAAGTTCATGACACTAGCTCTCATTATTCAGCTCTTTTCAGCTTTCAAATGGGACTAGATTCTTATTCCACCTTATCTTTGTGTCAGGTTGACATATCTTAACATATTTTTTTTTCTCCAGTTTGCGCTGTCTAAAAATAACATTTGTTGCTATGGTCTTTTCTTTGCTTACAATAATTTTTGTTTTTCTCTGCTGTACTTGCCTTCAGAATAATAGATTCCAAATTATATGGCTGTTTGTCTTTTGTCTGTTTGTCTGCTTTCTTAATTTCTTATACGTCTTAAGTTTTAGGCCAGATAATTGTCTTTTTCTCATTCGTTGTCTGTCATTGTGCTATTTTTCTTATTTTTCAGATGCAGAAGCAGCCCAGAGATTTCAAAAAATATCCAGGGTATACCTGGACAGTGTCCCCCTTCGATGGACACAACTGATGCCTGTTCTCTCTTTCCAAGGAATGTGAATAATTTGACTGTGGGACCTGCTCTTAGGTTGTGGCCTCAAGAAATCAGATCTTGGGGAGACTCCCTTTCTACATGGCTGGCCTCCCATAAGGCTGATGTTGTTTGGCCAGAGATGGCTTTAAGGCCCACCAAATTGAGCATACTTCCCACTGGGGGCTTTGGCTTATGATCTTAAGCTTATGAGTCAGTTATGACCAAGAAAAGCCCATCAAACCACTGCTTCAGCATCCAAGTTGAAGTTTAGTCATTTTGGCTGCTGCCTTTAAATCTTTCTCTAGCATGAATGCAGTCCAAGGAATATAAAAACTCTAGTTGTTAGGAAACCATGGCTACTTTCATATCCTTGGAACAACAGGTCTCCACAATTAAGTTCCAAAATTGCAGTTATTTTTACTGACATATAAAATCTATTAACCAGTATTAATTCTGTAATTTTTTAACAATACCGATTCTTGCATTTTGATTTTTTAAAAATTAATTTAATAGCTTGGTTTTATGTTCTCAAAATTTATTAATGTCTATTTTATGATGTCTATTTTTATATTATATTATTTAAAATTTGTTTAGTGTTTGTTTTAAGAACTCCAAGAGATTTCTTAGAATTCTCTACAGATTTTGTGTAGCTGCCTATTTGTAGATTTTAAATTTGGCTGTTACTAAGCCCATTAAACATTATTAGATACTCTGTCCTATTGGGATTATTATTAATATTACCTTAATTGTGAGTTCTTAGGTGTAAAGAATTGGCAATACTACTTGCAGACCTTAAGAGCCAGTTTTAAAGTTACGTATTTGTGCGTCTAAGATGTAATGTCTACTTAGCCATTAATGTAGCTCCTTTGGGTAAAGGTAACATGTTAAAAAACATACATATGGTGACCAGTAATGCATGTATTTCTTTCCTTTATATATTTTAAATTTGTCATGTGTTTATTTTAGTTACATTGAATATAGATCTAAACTTTTTATACTATTATCCTTTTAATAAAAATTATATTGTTTAAGTGCCTCAGGAATTATTTGCTAATGAATAAAGGGTGTAGATTTTATCTTATAAATAGGAACATTGCTCTCATTGTTATATGGAAGCCTTGTTACTTGGCTGCAGACAGTGCTATATCTAGTTAGTATACCTTGCATTTTTTTCTTGCAGCACAATGAAAAGGTTACTATACTAATTTCTTAAATTTTAAAGACTAGCAAAATGCCTTTTGTGATCTTAATAGCCATAAGGATAGGCAGGCCGGTTTAGATGACCAGTTAAAGCCGGTTTAGATGACCACCTATTATATGACGTGTTTCTTGCAATTAATTATCAAAAGAGTTGAATCTAATAGTTCTGAATTTCCAAACTAATTTATATTTTAAGTGAAAGGTTTTCCAAAATCTCCGCAAGTAGTTTGTTTCTTAGTAGTGGACTTAGTGATATACTAGTTGTTTTTTTTTTTTTCTTATTTGTCTCTAGGAATTTTTGTTATCTCCTCTCTCTACCCAGTTTTTAAAAGTTTATCCAGAAACAATAACTTTTTCCATTTTTAACATTAGTTCATTTACAGATATTCACCTTACCTTGGTCATAGGTCAAAAGCAGGATAAACCACATTGTTAATATAGTAATGTAGGAGTACAGTCAATCCTTCATATCCTTGGGTTTTGTGTCTGCAGATTCAGCCAACCATGGATTGAAAATATTTGGGGGGAAAAACAATAACAAATAACAATATAACAATAAAAAATACAAATAAAAAACAATACAATATAACAACTATTTACATAGCATTTACATTGTATAAGTGATCTGAGCATCTGAGGATTTTGTTATTCCTGGTGGAGGTTTGGGGAGGTAGGGGCGACCTGTGGGGTGGGGGCAGGTTCTGTAACCAATCCCCTACCAATACCAGGGAATGACTGTACTGCTTTGTGGTCTTACATAGACTTTTTTTTTATAGTATGTATCAAATTCATTTTCTTAAAGTATGAATTCTTAAAGTTCTTTCCCAGTAAATTCATTTTTAAAAAAAGGTTCAAATAAAACACTTGGCAGTCAGTACAAAGTTTGCTTATTGTAAGCAATTAGTTGAATTTTCAGTTTAGTGCTAATGAGTTTTAGTTTGAGTCTAATCCCTCCTTACCATCATTTTATTCTAGTTTATTCATCTGGTCAGATAGCCATTTCATGCATATGTGCTTTTTGGTTACTGTTGAATAAAATATGTGATTGGTTCAGTTTGAGTCCATCATCATTCTTAGAAAAATAATTATTAAACTACAGAGGCTCAGATTCTTGCCCTGTTTTTGTCACATTTTGGCAAAACACTTTGCCTCTTTGGGCATCATGTATTTATTCAGCGAATATTTATTGAGCATCTACTTTGTGCCTGGCATTGTCCTAGTTTCTAGAAATATAGACTAATCTCTGCTCTTATGGAACTTACATTATATTTGTGAAAGACAATAAAAGTAAATAAAACATATAATATGTTAGATGATGATCAATACTATGGAGAAATATGAATCAGAGAAGGGTGATAAAGGAGTATGGGGTAGGTGTTGGAAGGCTGCCATTTTTAATTTAGTGAGGCCTCACTGAGAGATGACATTTGAGTGAAGACATGAAACAGGCAAAGTCAAACTCAGTCATGAAATTGTTCTTTTCTGTTTCTCCCTTACCTCCATTTCTCCCCTCCTCTGTTTTCTTGTATATCTACCTGGATGGATGAATTATAACAAAATAGAAGTAAAGGTTTGAGTTTTGTAAGTTTCTTTTTCTTGACAAAAAGTTGAGAATAGAATGATAATTTCCTCTAACAGATCTTGAGAGTGTAAGAATCTGTGGTAAATACATAATAACTCAAGTTTGCTAAACTAGGCTACTTAACTGGTTGCCTATTTTATTGTTGAATCAAATATCCTAAAAGCCACAATTTCAAGAGATTTTAAAAGTTGATTTAGTTCTCTGAGTGACATCCATGTTTGTTCTAAGCAAAGTACAATGGGAAAGACATTGACAGTCAAAATATTAGAGTTAAAGGACCCAGCTGCCTCACTAACTTTATTTAAGGTACAGTTACTTCAGTTTCTTTTTCTGTGAAATCGAGTTGAAAATATCTTTGTTTTGAAGATGTTAGAAATATGTAAAATGTGTTTTACAGATGTTAATGTGTGTATTATACTTTATTAAATCCCCCTAATTTAATGAGCTTTATACTTAGCACCAGTAGTAACTACATGGCTCATTCACAGTATGATATAGACAACCTTCCCATATATTCTTTGTCACTGAACATTGACACCCTACTTTTTATGTGTGCAAGATTCTGTGTCAGGTGTTGGAAACATGAATAAAACATGGTTTATAGCACCAAAGCAATTACAGAATAAGGGAATTAGAAATGTAGACACTGAATCCACATTTTTTACAGGGACTATAGTCAACTGATTTCATAATCAATTAAACCACTAATATCATGTATATATTGCATTATGGGATTTTTTTTGTGAAATGCTGTATCAGAAGAGAATCTGGACCTATTCTCAAGGTGAAATAGCACTTTATTCTGCTATTCTCAAACCAGTAAGTCATTAATTATCTTTCATAAATGTAAGCAGTAAGTAAACTCTTAGGAACAGAATGGCAGCCTTTTTCTATAAATCTTATATTTTAAAATATTATTTCTGTTAAGAGATACTTACTGTCATTGAACCTGTGACCATTGAAGATATATAAGGGTTCATTCCATTATTTTCCTGTGAAATTTTGAACTTACTTGGAGGAATTATTGGCTCTGGTCATAATCCTAAATTATAACTCTGTAGCTCTTATGTGTTCAAAATTGTTGGGAGACTTCATTTCATTAATTTAGCAAGATTAAAAAAAAAAAACAAACTGATCTATTGAGTTCATTTTGGGCTTGTTTCCTTCTTTAAACTTTTGAAATGTGACCGGGATTTTAGCCCCTAGATTCTCTCATCCTACCATAGACATTAATATCTCAAACCGATCTTTAGGAACTGTAAAATAGTTCTTCCTTTTCAAAATAGACTTAATATATTTGCTCCTGGTATGTAATTGCAAGTGGTTTCTGGCAATTTGGACTTCTGCCTTTGATATCTGGTAAGCAGGGAGAATTTGAGACCCAGTGAGATGGAAAAATAAATGAAACTTTAGTGTAGTCTTTCATTTAGGACAAACTGTACCAATCTCTACCAGTGATTCTGAGGTTACTACCATTTTTTTCAGTCTCTGGTTCCTGAGGGTTGTTGCTTATAGATTATAAATTAAATATCCAGGGTA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Seq C2 exon
ATTAAAAAAAGAAGCTCCCGCAAAGGAACAAGAACCTGTGTCTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137871:ENST00000559237:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.922
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
([1])
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains