GgaINT0031283 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1NXF9]
Coordinates
chr9:19834307-19843060:-
Coord C1 exon
chr9:19842938-19843060
Coord A exon
chr9:19834430-19842937
Coord C2 exon
chr9:19834307-19834429
Length
8508 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTGAGT
5' ss Score
6.51
3' ss Seq
TGTGCTCTAATTGGTTTCAGTGA
3' ss Score
6.72
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATAGATGAGTGTGCAGAGGTGAATGGAGGCTGCCAGCAGGGCTGCATCAACACCCACAGCTCTTTCCACTGCCACTGTTGGGCAGGATACAGGCTGCACTCTGATGGGCGCACGTGCTTGA
Seq A exon
GTGAGTATATGCTGCAAGACATGGTTATATGTTTTTCTCCTATGTTCTTGTATAAGTGCAAGGGTTTGTAGATGGGCTTTTCTGCCCCAATTTCTCCTACTCTTTCTTCGTCTTTTTTCCTATTTTTTCTGAAGAGACACAAACAGCAGATAGAAAGCTCTTTTGGTGCTGTTCTTCTGACCAATCAGTCCCAGAACAGATCTTGTGTATTTGATGACAAAAACAAAATAAAAGAGTGGGATTGCCACCCTAAAGTTGACTTCAACTTGACCCACAGTAGGTGAGATCTCCATTAGACTGAACAGGCTGTGGATCCTGTGGGTTTCCCAGGTGTTTCCATGATCAGAGGGAAACCATCAGCTCTGCTGGGAACTATTGACAATGAAGGAAAATCTCTGACATTTTGAATCTGTTTTCCTGAATCTCTGAATCTGTTTTCCAGTGAGTAGAGCAGAAAATCTCCTTTGGAGGACCCAGAGCAGAGGCTAAACTTGTGAATTATGAAAATACTTCTAGAAATATGGTGCTATGGGCTGGTAGCTGCAGAGGGAGTGTAAAAGGCTAACGAAATACTGACGTATTGTCAAGTTTGCACACAGAGGTCTTCTCTGTTTTCAGAAACTGCTTGGAAAGAAACCTTTCCCATTGCCACTTCTCTTCAATCTTTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGGTAAAGCAGTAGCACAAATCTGTCTGCTTTTCATTTAGTTATTAGGCAAAACGAGAAGTATGCATGGGGTGAGCTGGAAAGTCTCCTCCAAGGCATATCACAGGAATGTTTAGCTTGTGCTAATCATTTTAGCTCACACAGGAGGTTCTCACACATACGAAGATGAGAGTTTAGAGCTTGTTGGTTCTGCTTTTTGCTGCAGGTTGATAATTTGGGTGCTATAGATTTGTGATAACTCCTCATTCCTACAGTAGGTCTGTCTCCTTTGATCCATTCTTGCATTTAAATATGTCTTAAAGGTTTACATCATTCCTGTTTGTCAGAAATATGTCTTAATCTGCTGCAGTCGTGTTTGTAGTGGCTCTGTTACAAGCCATACTGAATTCCTCTTTCTTTGCTCAGTGAGAAAAAGCCATGCTGTATTTCTCTACGGCACAAAAAACAATAAATGAAAGTCAACAACAGAAGTTGCAAAGCAAACCAATTTGTTCTGTTTACATCATATGGAAGATCTCTCCTCTTGATCAGAAGAATCCCATTCCAAGCATTAAGGAGTGAAAAACAGTAGGGAGAGGGATTATATGGTCCTAATGATGTAGAGCAATGGTCATTTCTGTGTTTGTTGAAAAGACAAGCAGTTATGTCATTAGCAATAAATGTTTTGCTTCTTACATTGGACTCTGAGCCCTGAAATGAGAGAGGAAGAGTTAGTTCTGCATCTTGCTTAGAAAATGCATATGCATATACATACTCTCATTGTATTGCATTTAAAACGGTACAGAAGTCAAGTTGTCAAGTTCTGCAAAAAGAATGAAAATATTCTGCCACTTCAGCAGAAGAAAAGAGCGTCATTTGTTTGAATTTTGAAGCCTGATTTCAGGTAATTTGAGTACAGTCAAGTGTAGTCAGACCACATCTGCAGAATCAGTTCACTCACAGTTTTGCCATTGTTTCTGTACTGGAGTGAATTCCCTTGGTTGTGCTTAAATTCAGCCAAATATGTCATTCATCATTTCTTGTATTATCACAGCAATAAATTTACTGATGCACCCAGAACACAAAATGAACTCACGTTCAGACTGCGGTCATAGCATTTTTTTCTTAATTTAAGGAACTTACCATTTCAGGTTTGTTGGGTTTACTGCATACAAAGAATTGCAGCATTTTGATAATGAACTGCAATTAAAAATATGGCCAAGTCTGAATCTTTTCTTTACTCTCGCAGTCGGGGAGAGAATGCGTGAGAAAACACAAAGGTGTGAGAAATAAATTAATTTAAGGCAAAAGCAAAATGCCTCATATTTACCTAGAAGCAGATTTGTTTTCCTATGAATTACAAGAAAAGAGAGAAATTCATCTCTCTCTGATCAGATATGATTAGGTATGACACAAAACTGAAAGATGGGATGTTTGAATTGCTTTGCTCTCTCTGAATAGTCTAATTTTCAGCAGTGGTGGAGAGGGAATTTCATACTAAAAATGACTTAGGTGGCTTAGGGGGAGAAGTGATAGAGAAGTGAACGATAAATACAAAAAGTAGAGATTGAGGGGATTAAATGAGTTTACCTTTATGATACTCATAGCCTTCTGTGGACAGTCTATAGAGGTTTGCTCTTGGCACCAATCGTAAAGCTTAGTTTTACGTTTTCCTAGCTATGAACATTAACAGAAAGTGAGTTTTCATTTTGGGAATGTAAGCATTGGAAAGCAGTTATTAAAACTACTTAACACAGTGTTCAATTCAGTATCTCTGAAATTATCAAAGAGAAACAGAAATAAATCCTGAGAGGAGAGACAGAAGGAAGTTACAGACAGTTGCTATCATGGTAATGGATGTACACAGTACCGAGCAGGGAATATTGAGTTCCATTTCAGCTATTTAGACAGGAAACGAAAATAAACGGATATAATAAACTCTCATGTGTTGGAGCACAAGACAGATGCTAGCTGACGAGGACAGGGAGAAGCATTTCATATAAAACCATTTTACAGCCTGGGGATTTGGGCATGAACAGCTCATGCTGCCCAGGTGCAGGTGGGGATGGGGCTGGCATGGCCTCCTGCTTTGGTTTCTACATTTTGAGCACTCATCTGATCAAGGGGTATAAGGAGAAGTGTACATCTCCTTCAACCTAGTGCAGCTGAGCAGAACATCTAACATTTCCAATGGGGCTCATAATAGTAAGAGTATCTGTTCGAAGAATGCTTTAGAGGATGTAACAGCCTCTCAAACAGACAAAGAATAAAAAGGGTCTACGTTCTGGAAGCGAGCTGTTTATTGGAGATTATTATCTCTGCTACAGAAATTAGAAGCAAGCATCCCTTTAGACAGGATTTCAGATGCACCCAGCTCAGATTTCTGTTTTGTTCATTCCTTCCATTTTTAGAAATCCTATGTTTCGGGGAGCAGTGTCCCAAAAAATTTTGTTCAATACTAAATTAATTTTTAGTTATATGTGCCAGGCTGTGCATTCAGTGCCAATTAGGCAATTAAAATAACCAAAGGTAACAGTGTCCATTTCTTCTGTTTGGTTGTCAGTGTCTTGACTATGCTAATGTCACAAATTTAACTTCATTAAAGTTTAACCAGCTGGTGTCTGGAAAGCAGAAACTCAGACAGAAAACATATTTATTGCAGCACCAGGCTGTGCTTTTGGACTGATGTAAATTCATTGTTTTCACTGGAATTTATTCTTGTTTGAACTCCAAGAAGAGAAAGCAGAACACAGGTTTTGGAGCCCAATTCATCTCTGGTGCCAGCTGTTATCTTTGATGTCTGCCTTGTGTAGGAAAGCTGTTGGGATGCAGGTTTTGTGGAGGCTTTCACACACTGTGACTCCTAATAGGGAAAGTAACAAAGAAGATAACTCTACAAATCTATAACCTTTGTTTTACTACACAGGTAGAAGTACAGCATGTCTGGTTACGTTCTTGTTATAATTTGAGTTGGTGAAAAACACAGGCAGAAGGAGGCTGCGTGCTCTGACTCCATCGTTGCTATTTGTCTTCTAACAAGAGTTCCATGCTCAAGGTTTTTTTACATTTTTTAGCATTATTTTAGGCAATAACATGTTGAGAAATGTATATTACAGGTCAAAGCTTGGCTTTTCTGCCATGCAGAAACTAATAGTCTGTTAATGGATAGCATAGGGTGAAATGCCTCCTGCGGCAGCTTTTGTGGCTAACATTTTCTGAATATCTATGACAGATAACTGAATTTATACTAATATTAGTAATAGAAATGTCAAAGATCTTTGCTGGCATCAGTGAGTCCAGAGTTTGATGCCTTCCATGGAGGACAAAATAGCCTTTCCAGCCACTGATGGAGAGCATAATACATCCCTGCTGTTAGTATGGATAGATGCAGCCCGGCACACGCTCACACGTACGTGTGTGCAGCACAATAACGGGTTCAGAGTACCGATCTTATTTTTATATGCAATGTGCAGATAGGTGTGGGTGTGTGCTAACATATTTTGGCAGGAAGAGAAATGTTTCTCCAGAGGCTGGGGGTCTATGCTGAACAGAAAGAATATTAATTTGTCTGGGTGAAGGGAGCGGTATCTTCAGAGATGCTCAAGTCCACCTCAGTCCTTGTTGTTTATTCCATGTGTCTGTGCTACAGTACTTCAGAGCCTGAAAAAATACCAATGGACAATGTCAGTGGGGCTGCTCTGACTTTCCCCCTCCTTCCACCGACAGACCCTTGGGCCCTTTGCTGCCGTGAGATCAAAGGGTGGCTGCACTTCAGTCACATCTTCCTCAACTCGCTGCTTTTGGCCAATGCTATGGTGCCAGGCAGCCCTGTGTGTGCCAATGGAGTGATGCAGGGGATAGGATAGGTGCTGCAGTGAAAGCTTGGTGAGGATGTAGGAAGCATACGACTGTGTGCATTCATCCCATTTTGTGTAACCAATGGTAAAAAGATTACATGTAGCTGAGGTGTGAAGTTTGCCTTTGTTCACGATCACAGAGCTTCTGCCCTCATGGACTCCTGGCCACTTGTACTCTGACAGCAAAGGCATAAGTGAGGAACAGTCACGTTTTAATCCTAACATTTCATTACTCATCAAGTTGTATATAGAGTTGGCCTCTCAATTTTCTGCTACATGATGTCTTTTCTGTATCTGATTTTGGCTTATCTTGCTCCTAATCACAGCCTGATTCATTCCTCCCCTTCAGGCTACAAAGCACTTGCAAACAGAATAGCAATGCTACCTTTGAATTTGATCATTGCCTTTTATTTTTTAACAAATCCATCGTTTTTTTAAATCAAACCTCCCCCCACATCACGACAATCT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Seq C2 exon
TGATAGACCCCTGCACAAGTGGGAATGGAGGATGCTCACAAATCTGTCAAAATGAGAGAGGAACTGCCAAATGTGACTGTCACCCAGGGCATTATCTTTCTACAGATGAGAAGTCCTGCTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009458:ENSGALT00000015394:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF146701=FXa_inhibition=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
PF146701=FXa_inhibition=WD(100=85.7),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]