MmuINT1009366 @ mm10
Intron Retention
Gene
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Description
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Length
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Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
AGACAGACCCCTGTGCAGGTGCAAATGGATGTGCTCACCTATGTCAAACTGAAAATGGCATGGCCAGGTGTGCCTGCCACGCTGGGTACCAGCTGTCTGAAGACAAAAAGGCCTGCGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000063600:ENSMUST00000119598:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF146701=FXa_inhibition=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
PF146701=FXa_inhibition=WD(100=85.4),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types