HsaINT0054559 @ hg19
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr3:168427052-168510109:+
Coord C1 exon
chr3:168427052-168427174
Coord A exon
chr3:168427175-168509989
Coord C2 exon
chr3:168509990-168510109
Length
82815 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTGAGT
5' ss Score
6.43
3' ss Seq
TGCTGCTTAATTGCTTTCAGAAA
3' ss Score
7.24
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTCGATGAACGTGCAGTGGTGAATGGAGGCTGCCAGCAGCGCTGTATTAACACTCTGGGCACCTTCCACTGTGAATGTGATACGGGATAGAGACTGCATGCTGATGAACGCACCTGCATAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATGGACCCCTGCACAGGTGGGAATGGATGTGTTCACATATGTCAGAGTGAGAATGGCACGGCCAGGTGTGCCTGTCATGCAGGGTACCAGCTGCCTGAAGATAAAAACATTTGTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-EGFEM1P:NR_021485:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)