GgaINT0037532 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005683 | ARHGAP29
Description
rho GTPase-activating protein 29 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001231811]
Coordinates
chr8:12568335-12577613:+
Coord C1 exon
chr8:12568335-12568478
Coord A exon
chr8:12568479-12577516
Coord C2 exon
chr8:12577517-12577613
Length
9038 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
GTTTTGTTTTTTTTCCTTAGCGG
3' ss Score
8.76
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAACCAAGATGGCCTGCATCAAGTAGTACACGAACGCTTAGGAGAGTTGCTGCGCGTTTTAAAAGCGGTGATAAATAAACATCAGACTCTGAACTCTGTTGATATTCTTAGCGCTGCCGGAACAGTTATTGCGAAAGTAAAAG
Seq A exon
GTAAGGAGATTTTTATTCTCAAACCTTGGAAAATTGCAGTGAGTCACCTGACTGGCTGTGTCTTGCAGTTGTCAGGGGGGCAGGGGGGATTCCATGTTTACAGAAGTAGTACATTTTTTAAGAGTAGAACACTAACATACCTTCTCAAAATGAAATTTAATATTGAAAAAAACTTATGTTGCTGTAATAAAATCCTGTCTATAGAAAGCTAGCTGCAAAACCACACTGAATTCTAAAAGCACAAGCTTTTGATCTAGATCTTTATCTGTCTATCTCAGGATAATATCATAGAATCATAACCTTGTGTTTATCCACATAGAGATTAATTCTTTTTTTTTGTAAGTTCGCTTAGTTCTGTGAATTTGTAGGGATGGTGTTAGATTTATATAAAGCGAAGAATTATTCAAGCGAGCAATCCAAATTTGAGCAGTCTTAATGCTTTTCTATAGATTCCTTCAAATAGATCATATGCATGGTTAAGGTGTAAACAAAAAAGGGCTTGGAGGCATATACGTCAGTGCTCTCTGTTGCTGGCTTTTACTGTTGCAGTTCTTTGTGTGTCAGACAAATACAAATGGCGAAGCACACAGTTGTTCCAGCCCAATAAATCATAGCTGTTTCTTCTTTGTGTAGCCTTTGACTGCAGCTCTCGCTGTTCTGGAGTAAGGCCAGTGTATTCCTGTGGAACGAGTGATTTCTTCCATGTGGCATGGGTAATGCTTTGAGAAGGGTTAAACATACCTTTTGCCTGTCTTAAATCATGTGGAGTATCCTTTGTAAGAGAAACCTAGTTTAGGTTCTCTCCTTGTTCTAGCTTTCTTCCCATTTCCTATTTAATTTAGCATGCCTGAATACATTGCCAATTCAGTGAACACAATTCTACAGCCACCTTAGACAAACTCTTTTCAAGCTTAAATTCTGTGTCTTCCACTACTCTCTAATTTCATTGAACAAAGGGAATGTTCAGCTGTTCTTTATTATGTTGGGAAACCATTGAAACCTGACTCAAGGGGGAACGGTTTTAAGCTCAAGGTGGGAAAGTTTATATTGGATGTGAGGGGGACATGCTTCACAGAAGGGGTGGTGAGGTGCTGGAACAGGCTGCCCAGAGAGGTTGTGGATGCTCCGTCCCTGGAGGTGTTCAAGGCCAGGTTGGATGGGGCCCAGGGCTACGTGGTCCTGTACCAGTTCTTTGATTTCAAGTCTGTTCTTAGCACTATGCTACTTTCTACAGAACCATTTATCCAGATCTTAAGTATTTTTCTCCAATACCCTTTGCCTCCTGAAGTGGAGAATTAATATTCTGAAATACATAATTTTGAGTGAGCATGTTCTGGATGTAAGATGTTTTGAATTCTAATTTCTTCAGAGTATTTGCAGCCTTCCTGAACCTGGCACCATTCATGTTTCTTTCGTTCTTGTGCACTCTGTTCCATCATTTAATTTCAATAGCACTGGCTGTGTTGGTGCTTCTTATGTTCATCTGTTTCTTCCTGGTTTGATGAATGGCTGCCCTGAATAGTTATTTTATGATTCAATCATTTCTCTGGATAATGAGTAAAAAAACAATAACTTCTGCTAAGCTGTTTTTTGGCAACGCAGATACTTAAAAACAGTCTTTCTCATGCTGATAAGGTTTTACACTTCAAATAAAAAAACTAGCTACAAACATTTATTTTGGGTTATAGAGTTCACTTACTGTTAATATGTTGAGTTTGTCAGGAGCTATAGTCATGTAGGATTGCATTATTTCCTAGGTGGAAAGAAAACTGCTGTTAGAAAAACACTGTGTATTGTATAAATATAGAATTCTGAAATAACTCTATTCTAAGAATGCCACTTGAAACAAAGGCAGTACAGTTGTGTCATTCAGTTTTCTGACGAATGTGTTTATGTGGGTCAAGTTGTAAGACACTACTTTAGGTATGTCTGAAGAATCTGTGCTGAGCTGTAGCATGCTTGGGCTTTCTTAAATACAAATATCATGTATGATGACAAACCCCAGAAAAAAAGCATGGTAGGATATGATTTTGCTACAGTTGGTCTTTGTCCTTGAGCTGGAATTGAGTGCAAGTTTTGACTTGTTTTCCCCTTGTTTGTTTTACTTTGAATAATTTTTCATAGGCAGTGGTTTGACACTGCAAATCTAATTTTGAGATACCTCCTAAGTGATTGCATGGTGCACAGTGCTAATCTGACTCAAATGTGTTCTTTCACTTAGGCTGGATAAATAGGTAGATGGTGTTATCTGATGAAACAAAACACTGTGGTATGAAATTACTGTTAGTAGAATTCTAAATAGTTTCTCATGGAGTTATTCATCTGTTTTATAAGCAGTGTACATTCAATTAGCCTAGAATTTAGAGGCTAGCTTAAATGATCTGATCATTCTTTGGCTAAAGCAGACAAAAACTCACTGTGGTGAATCGTAATTCTTCTGATTCAGTGCTGTGTGACCTGGCGCTGTGGAGTTCCCAAGTTAATTGTCAAGGAAACAGAGCTTCAGGTGAAACTGAAGTCCATGGTTTCAGTCAGTCCTGCCTCTGTTTTTGTAGCCTTTGATACAGATTGTGTGTGTATATATATGTGTGTGTGTGTGTATATACACATTCATATATGAATATGATATATGAATATATATATACACACATTCATATATGAAGACTTCGTATCACTTATTACTGTTTGTGTTTACATTTACGCACACTTATGGTATCCGTCACATCCAGTGGTAGAAATGGAGAGTTACATGGCTTCAGCTCTTATCAGTTACTTCAGTCTTCTCTGAGAACAGCAGAACTTGCCATATGAAAAAGGCCTACCTCCCCCATAGCATCATCTGTAGCAAGTAAATGTAAGGGCAGTTTGTCTTCAGTACCTGTTTGATTTTTACAGCAGGTTTTTGTAAGTATTGTATTACTCTGTTTTTGTATTCAAACTGAAGTAAGCTACTGCTGGAACTGAGGAAGTAAAATACAGCATGTTGCGGTGAATAATGATTGTATCAGACCTCGTGTTTGCTTACAGTGGCCTGTCAGTAACACACAAGTTCACAGATTTTTCAGCTGTGGTTATTTCACTAGAAGTAATGTTCCTTTTGAATAAACAGGAAGTTACAAGAATGTGAGACTCAGTTGGTTAGAAGTAGTATCCTTTTTCCTGTGTCTTCTCAGGCTGTGTTAGTGTGACACTATGGAATAAGTTCATCTGGATAATCTGCTTCTTGTTACTGTAGGACAGAACTATAAAAAGATGTGGAAGCACTCTGGAGTCAGATTTATGACCAGGAAGTTTAACCTGCAATGGAAAATTTCTGATGCTTATTTAGGGGACTGTGAAATAGCAATGGCCTGGAATTTACACAGATTTTTTTCCCTCTTCAGAAATAGGAACATAACTGTTTTAGGTTTGATAAACATGTCTGAGAATCTCTGCAGAATGCCAGGTTTGCAAATCCAGTTTGTATTTGAAGCTTCATCTAGGATCAGCTGATGATTTTAGCAAATGACTGCCTTTGCTCTGAATGTGTAACTTTAGAAACAGTGGCTATGAGAAGACTTGAAGATCTGGCTTGTGATGCATTCTCTTAAGTCTGAGAAGTTGCACTATGATTTAGATGTAGTGTCCTGTGCAGACATACCACCTCCTTTAAACTATTGCAAGTAGGAATGTTTTGAGTGTTGGTGAAAATTAGAGTGCTTGTGCATCCTCATTCAAGGCTGTCTCAGATCCTCTGCTGGGAATGGCATGAATGTGCTGGAGTTGCAGGATTCTGCTTTGATTGATCATGTTTGCAGTTCTGTTCTTTTGCTATCTAATGCTTTTTCTCTGAGTTTGAAAGAAAAATTAGCTATAGCTTGTTACCTTAATCTTGATACAGAGAATGAAGTTCAGCAGAATAAGTATGTCTGATTTGACTATTTTAAACTGAGCTTGCAGGAAAATATGGAGGAAGAAAATGTCACTTGATTTCTCTGGCTATACCTTTAATTGAATATAATAATTGACTTGGATGGAACTTACAAAGATGAGCCCAACTGCCTGATCACTTCAGGGCTAATAACAAGTTAATGCATGTTACTGAGGGCATTGTCCAAATGCTTCTTGAACACTGACAGGCGTGGGGCAACCCATCAACCACTCTCTAGGAAGATTGTTCCAGTTAGTAGCATTTTCCAGTTCAGTATTTTCAGTGAACTTGCTAAGGACACATTCAACTGCTGTATCCAGGCTATTAACTAAAAATGTTGAACAGGACTGGCCTGTTGAACAAGAGTTGAGCCATGGGGAACATCACTAGTGACCTGCAAGCAGCCAGATGTAGCTCTGTTCACTGCAATTCTTTAAGCTCTGCCTGATCTCCCAGCATAGCTTGTGCCTGCTCATCTCTGGTTTGGGCAATTTGTCTGGAAGGGTACTGTGAGGGATGATGTCAAAGGCCTTACTAAAATCCAGAAAGATCACATCCTCTGCCTTCGCTTCATCCACTAAGTAACCTTACTGTAGTAGGATATCAAATCGATAAGACAGGATTTGTCTTTCCTCAGTCCATGTTTACTATGCCTGATAATAGCTTAGTTATTTAAATGTCTTTCAATAGCACCCATAGTAATCTCTCTAACTTTTCAAGGACAGAGGTTAGGCTAACAATTCTGAGGCTTCCTAGGTCTTCTCTCATGCTCTTCTTGTAGTGATTGGTATAACTTTGACGGGCTTCCAGTCAGCAGGGTGCTTTCCGGGCTCCCGAGACCTGTGGTAAATTGTTGAGATAGGTCCAGCTATATAATGTCTGTTAACTCTCAGTGCTTTGGGGTGAATCCTGCCAGGCCCCATGAACTTTTAGCTAATACAGTTTGGACATTACTTGATTCACTATGTCTCTCTGCTTGGACTGTACTCCTCATCCGTGCTTACTTGTGTGCTTTTTGAAGAGTGTCTTTTTAAATGACATCTCACTCAATCTGGAAAAACAGAGACTCACTGAAGCTTCTTACTTGGAA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Seq C2 exon
CGGTGAACTTCAAAGAAGTTAATGAAGAAAACAAAAGAGAACTCTTCAGTGAAGTATTTTCTTCCATTGAAGCATTGGCATTCACATTTGGAAACGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005683:ENSGALT00000009113:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]