HsaINT0011495 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000137962 | ARHGAP29
Description
Rho GTPase activating protein 29 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30207]
Coordinates
chr1:94209254-94220392:-
Coord C1 exon
chr1:94220258-94220392
Coord A exon
chr1:94209351-94220257
Coord C2 exon
chr1:94209254-94209350
Length
10907 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TAACCAACTTTTCCTTACAGCTG
3' ss Score
9.67
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTGTTTTAAAGAAGTTATTCATATACGTCTAGAGGAACTGCTCCGTGTTTTAAAGTCTATAATGAATAAACATCAGAACCTCAATTCTGTTGATCTTCAAAATGCTGCAGAAATGCTCACTGCAAAAGTGAAAG
Seq A exon
GTAAGGAAGATATAGTAAAAGTGGGTTGCTGTGGGCAAAAAGGAGCCAAGTGATATATTTTGGTCTATAGTGAATATATAGCCAATTCCTCTCATTGCATTTGTGTGATGTATGTTAATAAGGAGTTATATATACTTTGATATTGAAATATTCCCACTAAGTCACACCTAAAGCTTTCTTCCTTTTAAAAACTAACTTTATTTGGCAGTGAATACTTTAAAAAGACTTAACTTTAACCAAACAACTGATGTTTAAAATTTGAGTTTTTTATGAATGAGTGCACGCTCTTTCGAGGTGATTGGTGTACAAGAAGTCTTTGTTAGGTGAGGACAAATTGAAATTGGAGAGTGGTAATGTGCAGTGACTACTTAAAAGAGGGAATCAAATGGAGAAAAAGAAGGCTTAATTGGGACCTTATCTAAAATGTGAAAATGAAATTAAAATTGTAAAATAAGTTTATCATATATGTATGGGTGTGTGTGTATCTATAGCATATATGTGCTAAAACTTAGCATGAAGAATTGGACCATTATCCTCTGATGAAATGACTTGCCATTCAAAGTTGTGAATTATTCTGGGTTGCAGTATATAAAAGAAGGATTGAGAGCGAAGTGAGTATTTGAGAAGAAATGAGACAGGAGGCAGGGAAATAGGAGATTGTTAGGAATAATGGGCTAGATGAGGGTTGAAGCTGAGGGCTTAAATGAGCGGAAGCTGGGGTGTGGTAGTGGTAGAATGTGATTTGTTAAATAAGAAGGAATGGATGTCAGTTTGACAGAACGACACAGGTTGAATGTTAGTGGTTATGGAGAAGTTCGGTGTTGAAGATGTGGACTTGGGAATTGTTGATGTATAGGTAATGGAAAAGGATGACATCAGCTGAGTGTGCAGAGTAAGTAGAGGACTGATGTGAGATCCCAGGGACAGAGAGAAGATACAGAGGAATTGGAGAAACACCTAACAGGTAGGGAGATGGACCTGCAAGGAGGTGACATGGATTTTAAGAAGTGATTATCAGTGTTAAATGCTACCGATAAGGTAAATGGATTCAAAGTAATAAAACTACAGAAAGTGACCTTTAGGGAGCAGTGATGTAGCAATCAGAGACAGACAAGGTAACAGCAATCCTGTGATCAATTCTGTGATAGAAGTACGCCTAGGCACCATGGGAGCACAGAGTGAGGAACTCACTCTAGGCTGAATGAGGAAAGGAAACTCTTCTTTGGGGAAAGGGATTGCCGGTCCTGAGTCGAAAAGGTCAAGTAGGCATTAACTGGGCTGGACTTGGTGGGGATGGGGCTGTAATACAAGAACTCTGGGTGAGAAGAACATGATGAGATTGGTGAACAGGATCATATTTGGAGAGGCTAAAGGGCATGTGTTAAGGGATGAAGCAGGAAAGGAAAATAAAAACCTTGTCTACAAAATATAGTTCATATACTTAAGGAAACCACCCCTACCAGCACTTTTTGACATAGATTTATCATGTTTGTGTGGTTTCCTTTTTTCTGTATTTCAAACACTGAAAAAAATGTAGATGATTTTTAAATGGGAAACATGGATAGCTTCTTCTGTCCTGACTTTTAAAAATGTGCTTAGTAACCAAATTTGTTTCTAAATAGATTGTTTACAAGTACCATTTAACTTTACTTAGATAGGGAAATTTGTGTCTATAGATAGTAAAATTTCCATGCTTGGAAATAGCGACCTAGTTCAATTGTTGTCAGTAGCTATTGTGTGCAGTCAGGATGTCCTGGGGAAGGAGTGCGCCTGTGTATAGTTGGTGTCCACATTCCAGAAACAAACTTGAAGAGAGTGCTCTCTCAGATACCTTGAAGATCTTTCTGTCTTTGAGGAAAAGCAATCTTCTGAATATTATTTTCCACTATTACTATCTTTATACTTGGGATTATTGTAACTGTTTTACTTTTGTGCTGGATGACATTTAAAAGGGGAAGATTATTTTGTTGTTGGGAAACTTCCTCTGTTTGGTAGAACTCTATGAGACTAGAACACTTTAAATATTGTGTTTTCTTTGTGTTAAGTTTATATGGTTTATAATAAAACCTCTTTCCCTGCCCCAACTCTCACTTTTGAGGCCATTTAAAAATATAATTGATACCCCAATTGAAAAATATTCAGCAACTTGAAAAATTGAGGTCAAATCAACTTAATTAATGGTTTCATTTAATGGTAATTTAGTTTTCAAAACCTGGAAAGGCAGAGGGTAAGTAGAAACCATTTTGAGTATCTGTTCAGTGCCAGCCAGTCTAAGTGCTTTAAAACCTATAAATGTACAGTAGTAGCTATTTCAGAAAGGAAAAGTTTCTGGGACAGAAAGCTGTCTGGAGTATGGAGATCCTTTATATTATTTGAGGTTTCAGTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTAAGAGATAGGGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGCAGTGCAGTAGCATGTTCATAGCTCACTGTAATCTTAAACTCCGGAACGCAAGCAATCCTCCCACCTCAGTGTCTCAAGTAGCTGGGGCTACAGATGTGAGCTGTCACTCTCCCAGCTGATTTTTAAATTTCTAAAATTTTTCACAGGGACAGGGTCTTGCTTTGTTGCCTAGGCTGATCCTGAACTCCTGGCCTCAAGCAATCCTCCCACCTTGGCCTCTAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACACCTAGTCCATCATTGAGTGTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGTGTCTCTGTCACACCGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAGCCTCAGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTAGCTAGGATTACAGGTATGTGCCACCACACCCACCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGAGATTTTACCATTTTGGCCAGACAAGTCTCAAACTCTTGACCTCAAGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCTCCCGGCCCCATCATTTAATTTTAACTCTGACTATGTTTAAAAAACAGCAGTGACCTAGGTATATGACTTACTTTGGAGACCTTAAGTATGAAATGCATTTTTTCAAATCTACCAAACAATAGAAAAAAAATACAGAATAACTTTAGAATCAGGGATGTGTAATCTTACTTGTATTACCACAGGTTTGAATGCATGAAGGGTGCCTGCTTCCTCTGTATAAGAAGTGAGAAATTGGAATCTTTACCCATATTTTTTATTTTAAATGTGGAGTTTACCTTTTAATAACTTTAAAAGAAAAATCTTTAATTTTTTTCCCATTCATTCTAATAGTGATTTGTATTTCCTGTGTGTTCTCATGTTTCCAAGCAGGAAATTCAGTCTGACAAAATATTTGCAATATGGTAAGAGAGATATAGCCTATTTTTAAAGGAGATAAAGGTATCTTCAGAACTCAGTAATTTATTATGTACTATTTGTTTTCATTATTTTCAGTTATTTTGGTCAATCTTATTTCTAATATAAATGAAAATAACCCTTAATTTAGGTTTTTTATGTTCTGCATTTTACCCTATATTTAAAAATTGGTAAACAAAAAAGAAAAATAAGTCTTAATTATGCCTCCAAGATTGTAGAAGCCTTGTATTTGTTTTGAAAACTTAATTTTATTAATAGGCAGTTCACACAGAATCCAAATGGTATAAAAGGGTATTGAACGATGATGAAGTTTCTTTGTTGCTTTTGACTATTAGTCACTCATTCCTTTACCTAGATAAGTAACAACCTTTATTGGTCTCTTGTGTGTTTTTTCAGAGATACACATATACAAGCAAATACACGGATGTGTTCTCTTTTTTAACCTCCTTTTTGCACAGATGGTAGCGTTCTGCTCCTTGCTCATTGTCATGAGTTACCTGCACATAAAGGGTTTCCTCATTCTTTTGTTATTGTTTCTTCAAAGCTGTATGGTAATCCCTTATATTGATGTACTATAATTTATTTAATCAGTTAACTACTAATAGATGTTTGGATCATTTCCAGTTTTTTTCCTATTACAAACAGTGCTTCAATAAATAGTCATGCAAATTCCTAGATGAATAATTGCTGAATCAGCAAGCATGTGTGTTTATATTTTTTGATATTACCAGATGCCTTCAGTATAGGTTCTGCCCTTCTGATAGCAGTGCTGAAGAGGCTGATTTCCTGCACCTTTGCCAACAGAACTGGTTACAAAGCTCTGTTATCCAGTATGATAGTGAAAAGTGGTATCAGCCTAGGTTTGATTTGCATTTCACTCATTTTGAGTACAGTTGAATATCTTTTGTTTCAATAACGTTTTTACATCCTTTTATGTTAATTGACCTTTTATCTGCTTTTCTTTTGCTGGTAGGTCTCCTTTTAGTATTGATTTGTAGAAACTCTGTATAAGTAAAATTAGCCTTTAGTCTTTGATTAATGTTGAAAAATTTTTTTTACTTCATTTTTTGTCTTTTATTTTTGCATTAACATTTTTCAGTCTTTTATGGTTTCTGGGTTTTGAGTATTAGGAAAGGCTTCTCTGCTCTGAGATTATAATAGAATTCTTGAATGTTTTTTCTTCTGATGTTTCATGGTTTCATTTGTTGAATTTAAGTCTTCAGAAACATTGTAAAGTATCTAAGTGTCTAGTAAATTTATCAGGTAATTCATATTTTCGCCACTAATTTGAGATGTCACCTTTATCATAAATACACTACATTCTCACATATATCTATTTATGGACCTTAATTCTGTTCCACTGATTTGTTTAGTTGTATGCCCAGGCCACACTGTTTTTATTATAGTTTTTATGACATTTTAGTATCTGGTAGGGATAGCTTGTTCAGAATTTTATTTTTTCCATGAAGATTTTTGAATTGGCTGTTTGGTTCTAAAAAATATCTACTGGTTTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGATGATTTGAGTTAAATTTATAGATTAAATTAAGGAAAATATACATATTT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Seq C2 exon
CTGTGAACTTCACAGAAGTTAATGAAGAAAACAAAAACGATCTCTTCCAGGAAGTGTTTTCTTCTATTGAAACTTTGGCATTTACCTTTGGAAATAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137962:ENST00000260526:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development