RnoINT0020077 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000012563 | Arhgap29
Description
Rho GTPase activating protein 29 [Source:RGD Symbol;Acc:1306185]
Coordinates
chr2:225578381-225586291:+
Coord C1 exon
chr2:225578381-225578515
Coord A exon
chr2:225578516-225586194
Coord C2 exon
chr2:225586195-225586291
Length
7679 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
CAACTGATCTTTACTTATAGCTG
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTGTTTTAAAGAAGTCATTCATATCCGTCTGGATGAACTTCTTCATGTTTTAAAGTCTGTAATGAGTAAGCATCAGAACCTCAATTCTGTAGACCTTCAGAACGCTGCAGAAACGCTCGCTTCGAAAGTGAAAG
Seq A exon
GTAAGGGAGGGTTATCAGGGGGGTCAGGCGCTGTATGGGGGGGGGGCGCTGAGGGTGAGAAGGGCCCAGTGACGCTGACTGCAGTCACCTCCTCAGAGTTTGTAGGATTTATTTGAAAAAGAATTTTGTATATTTTGATAAATATTCCCACCAAATCACACATAAAGATTTCTTCTCTTAAAAATAAAAACTGTTAGGGATGGCCCAGTAGTTAGGAGCATTGCCAGAGGTCCTGAGTTTGATTCCCAGAAACTGCATGGTGGCTCACAACCAACTGTGATGGGATCTGATGCCTTCTGATGTTTCTGAAGACAGCTGCAGTGTACTCCTATGCATAAGATAAATAAATAAATAAATAAATCTATTTTTACAAAACTGTTGGACGTGGTAAAAATCAAACAGCCAGTGTTTAAAATTTTAGTTTTGTGCTTGAGTTCATCCCCCTTTAAGGTTGTTTATTACTGTCTAAGTATTCTTCGCTATGTGAAGACAGTGGTATTGGAAAATGGTCATTTGTAGTGACTCCAAATGGGAAAAAAACAAGGCTCAGTTTAGTATGTGAAAATGAAATTCAATTTTAATTTTATCAGGTATGTGTGGAGATATATTTTAGTATGCATATATTATATATGTACTAAACCGTATAGGGAATTAGGACATTGGCCTCTGGAGTGACAGCCACTTGAAATTGTTACAGATTATTCTGGGATACAATATGTAAGAAAGACCTAGTAAGTGAAGGGATTACTAGATTTGAACCATGAGAAATAATGCACCAGATTAAAATGGAAGGTGTGAGCCTGAGTAGAAGGTGGGAAATGGTAACTGCTGTGGGCCAGGACTACGGAGATGCTTGAAGATAGAGACCCGTGGTCAGGGAAGGGTGGCCCCATCACAGAATAGAGGCTGACAAGAAATCAGGGTCAAAGAAGAAAGACAAACTGGAGGAGTGTTTGCCAAACAGGAAGAGAAATCATGGAGTTAGAGAGGTGCAGGATTTTAAGAAAAAAAGGGGGAAAAGGTACTTATCAGAGTAAAATGTCACTGACAAGACAATGTCACTTCAGTAATGGCACCATAAAAAGTGGTAGCAGTGATGTGTGGAAAGTCAGAGGCACACAAGTGACAGAGATGTCACAAGCACCAAAGTGGCACAGTAAGCTCCCTGCTGTGATGAAGGACAGACTTACCAGAAGGAAAGGTTACCTGTCCAGAAGGTGGACAGGTCAGGCATGGGCATTAACTGAGCTGTCAAAGGGAAGGCTGTACTGTAGGTGAATCCCTGTGTGAGCACTCTGGACGGGAACCTGGCAATAAAAGTGGAGCTTATATCCTACCCCACCCTACCCCTCACGCCCCCTACAACATCTCTTCTCTGACTTAAGACTTTTCCTGTTTTCGTGGTTTCCTTTTTTCTATTTGAAGCACTGAGAGGGAAAAGGTGCTATAGACAGTTTTAAGTGGGAAACAGGTAGCTTGTTCTGTGACTCTTAAAAATGTGCTTAGTAACCAGATTTGTTTTTAAGTAGATTGTTTACAAGTACCGTTTAACTTTACTTAGATAGGGAAATTTGTGTCTATAGATAGTAAAATTTCCATGCTTGGAAATAGCAACTTAGTGCGATTGTTGTCCGTGACTATTGTGTGCAGTCAGGATGTCCTGGGGAAGGAGCACACCAGCATGTGGCTGGTGTCCACATTCCAGAGGCAGACCTCAAGAGTGGGCGCGAGCTGCCTCCAAGATCTTTTTAACCTTGAGGTAAAGCAATCTTTTAACTATTAATTAGCACTATGGCTGTTGTATACTCAGAAGTATTGTCACAGTGTTACTTTGGTGTTGGATGCAATTGGAAAGAGGAAGATAGGATTGATTTGTTGGTGGAAAACTGTCTGCTTTTGTTCTTGAGACCCTCCAGAAATAGTGACCTGCACAGTTGAGGCTAAATTAGAGGCTAGATTTAATAGCAGTTTAATTTTCAGAACCTAAGAAGGCAAGCTGTAGGTAGAAACCACTTGTGAATGTAGGAGCCAAACCGTCTAAATGTGTCGATCCTTCCATCTTTGGGAAAGGGAGTTCCTGTTTTCTTCATTTTGGGGAGAAACTTAAAGAAAACTTGTATAGGATCAGCCGCAGGAATGGAGGAGCCACCGAGACTGTCCTCACAGCCCTAGCCCCTCATTCCATTTTAAACAGCAGGGACTAGAGCAGCTAGCTCTCTTTGGATCATTAACTGCCAAAGGCAATTCTCAAAATTGCCAAACTGTTCAAAACAAAATTAAGACAAAAAACATGATACAGAATAACTTCAGAACTGTAAAATCTCTTATGTCACTACACTACACCTAGATTTTATACATGAAACAGAATCTGTTGCCTTAAAAAAAAAAAAAAAGGAAACATGGAATTTACCTTGTGATAACTTTAAAGTCCGTAGCTTTCTCCTGTTCATCTGGCAGTGATTTGTAGTTCCTGTGTCTCTTTCCATTTCCAAACAGGAAGTTGAGCTGACAAAATATTTGCAATATGGTAAGAGAGATACAGCCTATTTTTGAAGCAGATAAAGACATCCTCAGTTGTGTTATTTATGACATACTTAGTATTTTCAACTGTTTAAGTCAGTTTTATTTGTATAAATGAAAAAGTGTGGTTTTTTTAATATCTATATATCTATATTTCACAGTATTCATAAATTGGCAAATAGAAAAAGAAAAACAAGCCTTAATCACACAACGAAAGATGTTAAAACCTCATCTTTCTTTCTGTTCTGCAAACCTGGCTTTTCAACATGCAGCCATTCGTTCCGGTCCTGTGATAAACAGTGACTGCCTCTGATTTCCTTTGCATCTTTCTAGAGATACATCACACACATACAAGGGAATGCAGGTGCAGTCTCCTTTTTAACAAACTCTTTCCTATACAAATGATAGTATTCTCCTTCTTGCTCATTTATTCGCACATAAAGCATTTCTCAGTTCTTTGGCTTTTATTTGGTATTTTTCAAAGCTGTTTGGTGATACATAATGTCGATGTGCTTTAGCCAGTTCAAGTTTAAACCAGTAGAAGTTTAAATTACTTTTCCTGCTGATGCTTCTTCTGCATAGCCAGGCAAATTCCTAGTGACTTGGGTGTTGAGAGAAGTTGTGCTTTTTGATGTTGTCAGATATCCTCTCTCAGGCCCTGCCCTCCGATAGTGTAAAAGGAATTGGTTTACCCACCTCTGTCAGCAGTGCTAGCTATCAAGATTTGTCACCCTGGCTCATAGCAAAAACCATTGTCTTGGGGTAGTTTGATCTGCATTCTCCATTTTTAGTGCAATTGAGTATGTTTCAGATTCATTTGTATCCTTTTATTTGAGTTGGCTCATTACCTGATTTTTCTCTTGGCATTTGATATTTTTAATATAATTTGATAATTTTAATATAATTAACTTATAGTATTATATTTTGTATTTCTAACATTAGCTTTTTGATATAGTTTATAACTTTATTCTCTTTTTATTTATTTTTACACTTGAAAGTATCTTAAAGTATCAGTCTTTTTTTGTGTTTTGAATCTGAGTTATTAGGATGGCCTTCCATACCCTGAAGTTTCACCATTCTCTAGATCTTTTTTCCTAAAGTTTTCATTTTTAATGTTTTCATTTTTAAGTTTAAGTCTAAAATTTAGAGAAACACAATGTGTTTTTTTCAATCAGTGGTTCTCAACCTGTGGGCCACAGCCCCTTTTGGGGTTGCATATCGGATATTCTTCATATCAGGTATTAACACTGTGATTCATAACACTAGCAAAATTACAGTTATGAAGTAGCAATGAAAATGGTTTTATGGTTTTGAGTCACCACAACATGAGAAACTTTATTAAAGAGTCATACGGTTAGGAAAGTTGAGAACCATTGCGTTAGAGAAAGCCAGCAGTAGTAGGAGTGGGAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAACATTTTAGAAGCAAATTTCTGGGCTGAGCAATGGATAGGAAACAGCAAGTGGAACGTAGAAGGAACATGTGAAAGAGGCTCTTGTAAGGGTTGGTCTGCAGCAGACAGCACATGGACAAGCAGTTCCTTGGTAGGATGGAGGGGATGAGGTTCTGTGGGGTTAGTAAGGAATAGAGGAGCAACTTAAATGAGCTCTGTACAAGGTGAAAATGTCTACACCATAGTACAGAACTGAGGCGTTGCACATATCTACTGAATTCCAGCCACTGTATCCTAGAGACTCATTCCATCCTTGATATGCGACTTTGCATGTAAAAAAAGTAAATTTAGATTTGCGTTGACATGAGAAGTGGTCAAGGTCAGACTTGAACCATTTCTGGAACTCCAAAGCCTTACTTCTTCCATATATTTCAACAAATAGCTTTTACAAAAGTAGAGTATTTTATGATGGAAGAAAGTGGTTAATTCTGTAATTAGTAAGTATAGCTGATATCATTTAGGATTGACTGCTGTTTGGCAGACATTGTTAGACTCTTCGCAGGGATGACCTCCCTTAATCATCCCAGCTCCGGTGAAGAATAAACCTGTGGGATCAGCTTCCCCTCAGTAAATGTGGAAGCTGAAGTGAGAGGTTTGACCAGGGTTGTACTCATATTAACTGGTAGAAAGTGGAGATGAGTCAAGGAGATTGAAGACCTGGGTAGGGAAGCCTCAGTTTCCCTGACGGAAAGCTGGTGCGAGAGTGCTGTCTGATGATAGTGTCCCAGCGCCCTATAATTCCCACAGCTGTGGAGCTTGTAATTGCTCCCACTGAGTAAATGAGGAAACTGACTAGAGGTGTTAATGTTTTCTGTAGACACAAAGCCTGCGCAGGCTGTTTGTAGAACCTGTCTTCTGTCTCAGGAGTCAGCCAGGCGAGCTGGGGGGCCAAATGGAGTTTGATGGGAACCCAGGCATCTTACCCTGTTCTATGGTCTGTAGCTTCTTCAGAGTGTTAACCCAGACATTTCCTAGAGATTGTACTCATTCACTACCTGGCTCTCTATAGAAAAAGTTAACATTGAACTGGGTTAAAAAGCCCAATCTTGGTGAATTCTAGGTAAATCACAGTGAAAGTAAAGCAGGCATTACCTATTATAGAGATTTGGTAGAGAGAAATGGAAATTAGATTAGATTAAGAAGAAACATGGTAAAACAAAATTTTTCTTTCACATAGCAAGGATATTGAACATTTTCTTGGGAAAAATGTTAATTGGATGAGATCTAGTGAAAGAGGGAAGGGGGACCAGGGCTCAGGGTTTCAAAGAACAGGATATATTGTTGGAACAAAAAGATGAACCACAGTAGGAGTAAGAGCTGCCCTGACGGGGAAGGAAGGGCACCTACGTGAACTCTCGTTAGGTGACTGAAACCCTGGTCTAGTAGGAATGAAGATGGTTCAAAAGGATGGCCTGTTACTACTTACAGTCATGGTAGTAAATATTTGTCTCCTAATTGTGTTTAATGTCAAGAAAAGATATACCTATAAGAAAGGAAAAATAGTTACAAAAATAGGAGTGGTGTTATGAAGTACTCTGCAGTGGACAATTAAACATGGTCTTACTGAGGTCAGATTGATAGAGAGCGAGCTCCTCTGATCTCAGTGCTACTTTTTAAATGTTCCTACATGCACATTCTGTGACACTGTCGCCAGTCAGGATAATGCTTGCCCTGTCAGGATTCCTACCTCTGCCTGTGTCTTCCTCCCCTTTACAGATTCTGATGGTTTATGTGTTTATTTCCATTCTGTTCAAAGTACTTCTAATTTCACTTTGTGTTTGACCCATAAGTTATATAACAGTATGCTATTTAATTTCCAAGTATTCAAGAACTTTTTCAGAATTTTTTCTGTTAATTTTAATCTAATTCCATGTAATCAGAGGATATACTTTGAATAATTTGAATAGTTTATGCTTATTGAGAGGTAGTTCATATCCTATAATAAGATCTTGCGTCTTCTGCATTTTGCTTCTGGGTAAAGTTGTACAAATATCTGTCTTGTCGGATTAGTTGATGATGTCATTCGGGATTCGCTATCTTGCCTTGTTTTATGTTTTCTGTCACTTATTGAGAGTAATAGTAAAATATCTGTCACTGATAATATATTCACTTTTCACTGTGGTTATTGTCAGTTTTTGCATTGTGAATTTTCCAGCTCTGTACATTTATAAATGTATGTACACAAATTATAAAATTGTTATGCCCTCCTACTACAGTATTAGGATATTTTAAAGATGCCTCTGGACCTGTCCTTGCCTGGGAATCTACTTGTGTAATATTAGGCAGTAAACTCAGGCAACTGTAAGCTATGGTTAGTTTCTTGATAGTCAGAAATTACTGCCTTTTAGCTAGACACATGCTTTTCATCCCAGAACTCAGGAGGTAGAGGTGGGTAGACCTCTGAGTTAGAGGCCACCCTGGTCTGCCAGGAGAGTTCTGGGATAGCCACAGCTACACAGAAAAACCCTGTCTCAAAACAACAGCAACAACAACAACAAAAGATTACTGCCTAATAAGCTAATGTCTTAAAAAATCATGTGTTCTTCAGTTTTGTATAGGTTTTTTTCTTTCTTTGTTTTTAGTTATTTCAGGCAGAAGTATAATCTGTTTCTTCAGTTCGATCAAGGCAAAGGTGTAAAAATATTCTTAAAATTGTTTGCAGTAACTGGTTCTTAAGTTTTTTGTTTTGTTATAAGGGACATTTAGAAGATTTGGATGAAAGCTAGGGATCTAAGTGTCACTAACCCACAGTCTACAGAGGCATATCCATATACAATTCTGGTTGTGACCTCTGGTTCCTGCTTTTCACTGTATTTACATACCCAGTCAACGTCTAAGTAAGGGCAGACCTGTGAGCTCTGAGTCTTTGCTGATAGAGCCGTTTTTCAAACTCCAGCCAAGATAGAAACTGAGGGTGACTTTCTAGCTTCCCCATCTTGCTTCGTAAAGAGATTGGTGCTGCAAGGGACCAGCTGCTTCTTACAGAGTCACAAGACTTACTTAAAGAAAAAGGCCAATTCAAGAAACTAAAATAACCTTTTCAGATTGTATTTAATAATATACAATAGCGAAATGTCAGAATATCCCTACTATAAACAAAAGCATTATGTCAGTTAACATGTACTTCAGAGCCCAAGAACATGCTGATAGGGGGTAAAGCTTTGTGTAACTAGGACTTTAACTTTTCTAAAGCACTGGTTTTTTTATGTGATGCTATGCTATATAGTTTATGATATGCAAAATGTATCTATGACTCCAGTTGTTGAAGTTTATATTAAACTTACACTTCATAGGGACTTCAGTGGACCAGTATCATTAGTTCTCTCTTTTAAAAGCCAGAGAATAGTAAGTGAGGGAAAAACCCTGAACACTCCGTAGAGGTCAGGTACAGACAGCATAGATTTTGTGACTCCAAGATTGATTGAACACTGACTCACCTGGATGTCTTGGATTATGTGACACATATATAACGGACTTGCAATCCCAGCCACTTCTTTGCAAACTGATGTTTTTACATGATTTCCTTAATAAAGAAATTAAATGTTTGTTCATTTTGTATATTAGATTTTAAGTTTCTGAACCTCTTCATGCTTTGAAACAATAGTGATTAAAAGAGTTAGTGATTTTGTATAAATGTAGTGTTAAATGTGTTTTCCTCTACTTACTGCAACTGATCTTTACTTATAG
Seq C2 exon
CTGTGAACTTTACAGAAGTTAATGACGAAAACAAAAACGATCTATTTCGAGAAGTCTTTTCCTCCATTGAAACTTTGGCATTTACCTTTGGAAACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000012563:ENSRNOT00000017076:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.041 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]