DreINT0032337 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000017748 | arhgap29b
Description
Rho GTPase activating protein 29b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-031010-44]
Coordinates
chr2:15485662-15495163:+
Coord C1 exon
chr2:15485662-15485805
Coord A exon
chr2:15485806-15495066
Coord C2 exon
chr2:15495067-15495163
Length
9261 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TGGTTTATCACTTCCCACAGGCG
3' ss Score
8.44
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGTCAAGAGTGCTCGCAGCACGTGGTGAATGAGCGTCTTGGGGAGTTGGTCCACGTGTTGAAGGCCGTCATTGGCAAACACCAGGCACTGAACTCATCCGAAATCCTTGGTGCCGCGGGGACTGTTATTGCTAAAGTCAAAG
Seq A exon
GTGAGCATTCATCCTCTCTTTTAAGAAAATTTCTTGCATTGCTCTTGCATTTACAGTTTTCAGTCACATTGCTAGAACAAAGTTTGTTAACACTGTACTTAAAGGGGCGTTGACACGTCATGAATATAAATGAGACAACTGTCATTTGCTCAGTTATGTTATTTTAAGGTGACATTGTTTTAGATGTCTTCATGGCAGCTTGAAGTAATACAACAATCTGTCTTTGTCCTGACATTATCAAGACAACATAACGTGTGATATATCTGTCATAAACATGATTGTCATGAGGCCATTAAAACTGTGTTGTGCATTTTATGTTTTTATTTATGTCATTAAAGTCTTTCTTGACCTCAACTACAGTTTTCAGGGTTCCTGTGGGTTATGAAAGTTCTGGAATATCGTGAAATTTTAAGTTTAATTCCAGACATTGGAAGTCAGGAAATGTTATATATTTATTTCCAAGTTATGGAATGTCAAGGATTTTTTATCAGTTTTATTAATTAAAATGTAATGTTTTTTACAGTATTTTTTTGTCATGTTGTTTTTTCGTCATATCGTTTTCCGTGTTTTGACTATTGTTATGATTTGTCTCTGCCTTTTTTTATTGCCATCTTTTCTTTTATTGCTTGTCAACTGTCAGTCGATTATATTGAAACAATATGATGAAAAATGACAGTTTATACAATCAAGCAGCTCAAAAGAGATTTGACTCTTTTAATGATAAATTCAGTTTAATCTACTATAAATGTGATCAGAAAAATATCGGCAGCACAATTATAATGGTCTCATTACAATAATGTTTATGAGAGATTTATAAAAAGATATGTTGTAATGTCAAGTTGTCATTACAAAGAAAAAGACTGATTGTAATGGTATGCATTTCGATTTATTTAAAGGACAACCCCTTCAGCTGCTGTCAAAAGCATGAAAAAATCTCTTTATGACATACTGTATGTTTCATATTACGATTATTAAGGCGTCATGTCAGTCTTATTAACAACTCTTTCAAGTACAGTGTTACTCAAAGTTCTGTACAAAAACCATAACGTCTGCACAGCTCTTTAAATTTCCCATCTGGCATGAATATCACCACTGAAAAGAACAAAAACCAAGATATGTGATCAAGCTGCACATTTTGGACACTTGTGGTCCAAATACCAGTAATACCTCAGCAGTTGCTGCAATCACCAAAAACAATGAGACATTATATAACAGTTGGCATAAAATGCACTTAAAGGGAAAGATCACCAAAATTTAACATTTGCTGTAAATTTACCCACACTCAGTTAAGATCATTAAGGTCATTTAAGATATAGGTCACTTTCTTCTTCATAAAAAAAAAAAATATATTATTTTAAAGTACAGTACAATGTACAATGACGTACAGTAAGGTAATAAAAATATCCAGCTGTGGTTTAAATCTAAAAATGCCCAAAACCACTTACAGGGGTCTGGTGCAATGCTAGCCCTTTCAATCTTAAAGCGAAAGTCAATGAAAGTCTGTGACATCATCAACTTTCGCTTTAAGATTTAAAGGGCTGGCATTACACCAGCCCCCCTAGGTGGTTTCGTTTGAAAGTGTAGAATCTATATTTTATGCACATATGCATCACTTTTTATTGTACTGTACAAAAGTTATTTACACTTAAATACACAGTATTTTGGATACCCAAAATGTTCATTATTATATTTTTCATATGACACATGTACAAGTTATTGCTCAAATGAAAGCTCTTGCCGGTGCTCATACGGTTCAAGCATTCTTTTTACCGAATTATATTCACATATCAAACAGTTGCCGAATGAATCATGTTGTTTCCATGGCGCAGAAGTGAAAACAATACATTTATGATCACTGAGCAACCCCAGGTAGCACAGACAGCTGTCATCTCTTACCTTATGCTGTTCGCTTCAGGGCCATTTCTCCGTTTTTGAGGTGATGTGCATAAGTAATCCTTTTATATGTCTGACATGGTCCAAACACAGTGAATTATGTTTGATCAAACAAAAGAATAGTGAAATATGAAAACAATGATCGGTCCCTGTGGCTTGTATAGCACCTCTCATTAGTTGGAATACAATAACTTTTGCATAGATTATGGTAGAGACATTTTTGTGTGCGATACACCTGAAGAGTGGTGGGGGTGAGTTGTGTGCAACGTACTTGTAGAGTGGTGGGTGTGAGTTGCGTGCTGAAGAGCGAGTGGGGTTGAGTTGCGCCTGACGTACCTGAAGAGCTGGGAGGGATGCGTTGGAGACTATTTAAGGAGACGCACTATTTCCGGGAGATTATCATTCGTTTGCGGGCATCCGGGAGTCTCCATGCATTTTCAGGAGACTCCCTGAACTTCTGGGAGACTTGGGATGTCTGACTAAGGAGGGCTTTGGAAACAAATGAATAGCTAAATAAATCAAATGGGAGTCAATTGGATAATTATGTAAAAATAAATGCATATTATACGACAATGAACGTGTTTTTGACCTCGCATGCATATCGGCCTGCTTTTGGAGACCCCAAAATCCAAAATACGACTTCTTAATTACATAATAGGGGCTATTTAATAACATTAAAATGTTAGCTGACCCAGCAATGCTTTGAGATTGATAAAAAAAGAAACTCAACACTGTAAAAAATGCTGGGTTCCACACAATTCCTTCATGTTGTTCCAACATAAATCGATTAAGTTAATTTAATTGTTTTTACAAATTCAATTGGATTGAATATAAAACAACAACAAAAACAGTTATCAAAAATACCTCAAAAATTGTGTTGATCAAGCTCATTTTGAATAAGTAGTTTGAACAAGCACTGAAAGAGTGCCCCCACTTTAACACGTAACAATCATATAAAGGCAAAACAACATTCATACCCATGACTTCTGAGGATACATTGCGGGATGCATCTTATGAAGTAAAACATTTAAACTCTCTAAGAAACAGACCTTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTTGTTCAATGACTACAAATTTGTGTTCTGCTCAAAAAAATTCTTGTCTTTTTTTTAACTTTTGTGTGAACTGTCCCTTTAATCTATTAAGTATTATTTCTCCACCTCTTCAAAAGCAGTCGGTTACATAAATCCATAATTTTTTATCTCAAGGGTTTTATAATGCGAAGCAGTTGTTTTTATTCTGACAGCAGATGTATTATCCATTTGTTTTTAATATTCCTTTTTTTTGTACCCATCAAGTTTGAAAACAACAACAGAAAAAAAGTTCAAATTCTTTACACGTTTAAACACTAAAGATTTAAAACAAATCAATATTTCTACATGGCTGTATAATACTCATAGCATGATATTAATTCAGCTCATACCACCCACTGCCGGTCTAAAATATCATGCTCATTTGTCTGGCTCAAGCACAGAAATATCCACATCAGTGTCCATCAGCCAGATTTGCAGACTTAAAACAGGAACAGATGACTTCTGCTCTTAACTGACATACTGAAAGTGTTTCTTTTTGGGTATCCACGCTATTTGTGCTTTTTTCAAAAGTTTCAAGTGGTCACTAGAGTATCATCTTTTGCCACTAGAGGGCCAGTGACCGCTCTTGAGCTCCCATGTGTCCTGCACTGGGCCAGATTCTTCATTGTTTCTGTCAAAGGAAAGTCTGAAGAGCTTAACAGTGGAAGATAATGTGGGTTGTGTCTTTTCTGACACGCTCGAGGCCTTTTTTCAATGGGGAAGTGGAGTAGAAAGGCCAGTCGCCTCAGATGCCTGCCTCAAGTTACCTGCAAGGCTGACATTCCACCATGCGCGTCCATTTTAACACCCTGCAACCATGTCAGCCGTCTGTCTTTCTTTTGATAGAATGCGGTGAACATCAGGAAATCAGATTCACATTTCTCCCCTCCTCTGTCACATTGAAAAATGCTGCATAGTTTGCTGAGGAATCTCTCAGGGGCGCAGCAATAAAAGTGTCAAGTGTCTCAAGTTATTGAAATTCTTTCTTCCCCCGCCTACGTCTAGAGCGAGTCAGTGGCATCCGACTCGAGGTATTATTATCTTTGCTTCTGATCTGGATGAGACTCTGTTATCTCAGGTATTTTATCCTATCTTTTGACTCATTGCACCTGACAAACTCTGCATGTGTTTTTTTTAAAGCCACCAATATATGGGACGAATCATAGTTGTTTGTGGACCTATGCCAATATTCCAGAATTTAATATTTCATGATAATGAAAAAGCACAATATTGATATCATCGGCACTTCAAAATACCTCAAATAATTATTTATTATATACATTTTAGAGTGCTTTTATAAGAACATTGACATGGATTTTCATTACCAGCACCAAATTCTTTTAGACTTCAATTTATTTATGTATTAAAAGTAAAGCTTAATAGTTAGTTAATCACACTAATGTAGTCTATTAAATGCTGAAATACTGAATGGAAATTCTGTGGTAGTCTTATTGTTGATGCCTAATAAGCAGTGTTGAGGAAAGTTACTTTTGAAAGTAATGCATGCTCCCAAAAAGTAACTAACTACATTACTTTGTTACTCTTTATGGTAAGTAATGGTTTACATTGCTTTTAAGTTGCTTTTGCGTTAGTTTTTCTTACCAGACTGAGGCTTGATCTCTTTCATAGATATTTACATTAGATGTCGCCTACGCTGTTGCTGTCTATTGGAAGGAATGCGTCAATACTGCTGACATTTTAGTACAGGGTAGTGCTCCTTCGTAATGAATGTGGGACCAAGGTGCAGTGGAGCACTGGCAACCCGGAGCCCTAGATATATAAACGTTTTTCTCTTTCTGTCATGACTTTCGGGATTTAGTATGGTAATGAATATTTATACGGCAATGTTGGTAGATTTGGTCTTGACGGTATAGATCTGCTACGCTGCTGCTGTTGCTACTTCGATTATTATAGCAGAGCAAGAACCAATACCAGCTACTGCCAGTATAGACACAGGCATGCCGACTGAGAATATAACACACTTCTGCTGCTGCTGCAAACATAAAATATGTAACCTT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Seq C2 exon
GCGTGAACTTCAAGGAAGTTAATAACGAAAATAAAAGCACAATATTTGGCGAGATACACACGTCGATTGACACTTTGGCATTCACCTTTGGCAATGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000017748:ENSDART00000141921:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]