GgaINT0038827 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004323 | RASAL2
Description
RAS protein activator like 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9874]
Coordinates
chr8:6473292-6505795:-
Coord C1 exon
chr8:6505672-6505795
Coord A exon
chr8:6473399-6505671
Coord C2 exon
chr8:6473292-6473398
Length
32273 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGT
5' ss Score
10.24
3' ss Seq
CTTTTTCTGTTCCTCCTTAGAGG
3' ss Score
10.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCCCACCGAGGGGTTGCAGGAGCCGCAGGATGCAACCAAAGGCCGCTGTCTGCGCCGCACGGTGAGCGTGCCCTCCGAGGGCCAGTTCCCCGAGTACCCACCAGATGGGGCCGCCAAGCTGG
Seq A exon
GTAAGTGAACCGCGGCGGATGGCTTTTAACTTCTAGCCGCACGCTTCCCAGGCATCGTCTCTATGCAGCAGCCCGCGGAGGTCGGCACCTTGCAGCCAGGTGCTGTCTGTGATTGCCTGCCTGCCTCCAAAAGGTTAACAGCAGGGTTAATGTCACTGTGCAGGGTGCTGGAGAAGCTGGGCTGCTGTGGGACACGTGGAGGCTTGTAATTGTGTGTGAGGGTACTGATAGTGCTGGGGCAGCGCAATAAGAATACAACTTCTGCTGTTAGCTTGAAGGTGTTTTTGCTGTGACGAAAGCTTTGTAGCATTGTTTTCCCAAGTCCAGGGTTTTTCTCCCTTCTTTATTCCACCCCGTGTCTGGCTGCATAAAGCATCGTTGCAGCTCTTCCCAAGGCACTGAGTTAGGGGAGGCAGCAGCCACGCACAGAGGAATTCTTCTTTTCATTCCTCATTCATGCGAGAAATTGCCCAGGCATAAGCTGTGAGCTACTGATAGAGGCTAGGAGCAATCCCTCTTTAGTTCATCTCTGAAATATCAATCCTCAGAGAGAGAGGGAGCCGTAACAAAAACGATTGTACACATCTAAACAGTAAACCACCTGCGATTGCATTGTTATCAGGGGTGAAGAGCAGGTAAGGTATTTTTCATTTCATAGGCTCATGTGTGTTTTATGCCGAAGAATTTTACTCTCTAAGTGTATTACACTCAAGTCATTAGAAGAGGAACTGCTGTGAAGCTAAACATAGAAAATCCCACTCTTCTGGATAGTTAATTAACAGATTGCAAATGTAGCACTCATTTGTTGGTGCGTGCTTGTAGCACCACCTAACCCTTCCTTATCTGGGGGAGGAAGACAGGACTGTGTTTTTTGGTTTTGTTTGACTCATGGATTAGGAGTCTGAGAAGAAAGAGGCAGGTCAGTGATTTTAGGGAGGACAGTTGCAAAACACTTGGGGATGAGAGAGGTAAACATAACTCCCATTGGATTTGTTTGTGGCATTTCAAATGCATCTTGTTCTGTCGTATGAACAAATACTCATTCTTGTTTGGAAGTAAAAACAGCATTAAGCACATTTACAATGTGCTCCAGGCAAAGTACCTGCTCCAGGTGTGTGGCTGGTGGGATGGCAGGGGAATCACACCTTGCACGGCTGTGCTAGACAACAAGCATTGTTTATAGCTTTGCAAGTTAGACAGAACTCTAAAATCCAGGGGATTCCAGTGCTTAATTTTTCTATGCTATGTGCAAAAAACATGGAGAAGAATGTATAGGCCTTACTGAGTGTCAGAACAGCTGGAAATTCAAGTGTTACGTTTTAGCATGTAACTTTGCAACCTTCATTTTTCTTCAGATGCTGTAGGGAATGGGGTGGCTGTGCTGTTTGGGTGCATGCATTACAGTGTATTTTGTGACTACTTTAGATGCATGCTGCATCTTGTAGTGTGCTATTCAATGAATGCCTGGCAGGAATCTATTAAAAGCACAAGGGAAACCTATATCCACATCATCTACTCCATATGAGAATATTAGCAAATAGAAGCATCAACAAAGCATGTAACTAAAGGAAGGGGAGGTGCAGTGGGTGGGGAGGAAGAAAGGCATGAGCTGGAGAAAAATGCAGCAATGTCCTATCTGTGAGAAGGGATGAGAGTAAGTGGGAGGGATGGCTATGCATAATCTGATAGCAGCACCCTAAGTGAGGTTTTCTTGTCTTCACATCCTGGTTAGAAGTGCCTCATACCGTCATTATGGCTTGCTAATGAAGAATGTGGGTTGGTAGGGAGAGCAGTGGGAGTAGCTTTGTGTCAAGGTGTGGAGCCAGAGGGCAGACCAGTGCGGGAAACCACTGGACATCTTTATAGGGAAAGAAGGGGATAGTGGCAGCCAGGATGTATCGCCAGCAGTACAGATGACAACAGAGCTAAAATAGCTTTGAAATGCACACCAAAACCTGAAAGCATAGCAGAGGCTGATAAAATACGTAGTAGAGAAAATGCTATGCAGAGCTGATAAGAATATCTTGCATGTCCTAGGAAGGCATGTGCATGACATGGCAAGAGCAGGCCGTGCATCCTTGAGTGATATCAGGAATTCCTACCTGCAGGTGAGTTTCTAGGGGCTGGCACTAATGCAGAGGTTAACACATAGCAATGACATTTGTTTTTTTTCTCCTGGTAAGGTTCCTGTACCTCTCTTGCCATTAAAAAAAAACAAAAACAAAACAAAACAAAAAAAAACCCACAGGTGATTATTTTCTTTATCTGTAGCACCTTTATGAAACATGAAGAGTATCATTATCAGATCAATCAAGTTTTTTTTAATGGAGCAGTTGGAACAGTGTGTGGCAATGCTTAATTAACAGCAATACCCATTCTGCCAATGTGCAGCATTCTTTTATAGCCATGTGCACACATCCTTGCAGCACCGTTCCTAGGAAGTGTGTGGGAGAGGAACTACCCACGTTACAGCACAGAGGTTGAAGCAAGAGATGTATAACTCACCGAAGGTCAACACTAAGTCAAGTGTGCCTTACCCAAGGGCTGCTGGAGTCATTCTTGCCATCTCTTTCATTGCTACCCTTGCTGCAGGGTTGGCTCAGCTGTTTGTGCAGCAGCTGCTGACCCACCACGGTTTGCAGTCCTGCATACTAAGATAGGCACCAATTTCCACATACTTCAACGCAGTAAGCTGTAATTTGTGATGGTTCAGCAGCTGCTGGAGGAGCAGCTGAGCCATCCCTTCTGTGCAGGCAGGAACCACTGTAGTCACCCCTGTACAAGAGCCAGAGGGACGGGCACACAGATTACACACAAGATAGAAGGCAACTTCTTTCAACAGCAAAAACTTGCAAGATCATTCTAAAAAATGCAGCTCTGGAGGATGCTCACTGCCTACTAGCTTAAGAGCTTGCCCTCTGCTCCCAGGCAGAGGAGAGATTGTTTCCAGTGTTGAAACTCTTAATTCCTGTCTGGAAGGGACGTTGTACACACAGCTGTGTAATCCAGCTCTCTGTTAAATATATGCCATGAAATTTCCTTGGTAAGTAATCTCTATCATTGCAGTAATACCTATCTGAGGGTGAATAGGCACGCTCTTAACTATCTCATTTTCTTGGTAGGGTTTTGTCATGGCAGTTCTTATTGTCAGAATTGCTTCCATTCAGAGAAGCTAAAAATGGAGCTGTAATTTATCCCAGGCTCCAGCTTGACAGCCTCTTTCCTTTTGCTTTCAAGCATTACTTTCCGTGGGCTCATTTTTTTTATGAAGTGTGTTATGGGCCCTGGAGACCAGAACCTGAGTGTTGGAGGAAGGGTTAGCACAAAACTCAAGTGAATGCATCCGTCGTGCTTGCCACCACGTCTGATTCAGATCCTGCTCTTTTTCAACAGGTGTATGCTTTTTGTTAGGGGGATTGCAGTCTTGAGATGCAGAGGGAGAGGATCATTGTTTATAATGGCATATTGGAATTAACCATTCGTACAGCAAAAGCATGATTCAGATTTCCACCATTCATGCTACTTAATAGAGTAGTAGCACAGTTATTGCTTCCTTACCCAAAATAGTGCTCTTCCTTCTTGCTCTGCTTCCTTCTCACCACCTGCTCATACTAAATGAGAGCTGTTAAAGAGAATACGTAGTGAAAGTTTGATTGTGGCATCTGGGCACATCTCTGTGGCACAAGGAAGGGATTTTTTGCTTGCATATATGGAAATAGCAAGGGGGATTGCAAGTGAGGAAATGGATTTTTTTTTTTTATTATTTTAATATTATTAGGAAAGAACATCACTGGGGAGTCTTTTGAGATTCTCTGTTGCTGATGGTGATGCAAATGGATTGCAGAGGGCTAATGATGTAGAGAGCTAATGTTGATGCAAACGGATTTTCTGTTCATATTTGGAGACAAAGGCATCTGAGAAGAAAGTGAAGACTTTCACTTGTTGAAGCAAGTCAACCTTGTGCTTTCTCAGTCACATCTCACATGAAGGTTCTTGAGAAAAGACTGCGAGTGCTAAATGAAAGCAGGTCAAAGAACGATGCTCTGTCTTCATCTTTCTTCTGTCCTCATTGTGAGTCACCAGCACTGGAAATTTTTGTTTTCTCTCCAGTTGCTGGGTCTAAAATAATGGGGAAATACAGTTTGTACCCTCCATACACGTTAAATGCTAGTGTGCTGGTTCTTGCCTTCGCTCATCTAATTGCTGTAAACAAAATTAACTTGGAGTATAGATGAGGAGCTCTGGCATAGAGGAGCAGTGGTCTGACTGACACTTCACTTGGCAGCAACGCTGATTTAGGCTTTTTCCATCTCCCTTCTCCTGTGCCAGTAAGTTCGTCTCCCTGCACTGTGCAGTCATTTATTTCTGCAGCTATTTTTTAATCCAAATCACTGCCCTGCCTTGTAGATGGCCGTGCCAGCACAACCTGGGGAATGGTTCTGCAAGAGCAAATATGAAAGGAGAGGAGGAGGGGACTCCTTCAGCTAGTGTTGTTGCTGACAAGTGTCTGGAAACACCAATTCAAAGTGGTTTTTTTTTTTCTGGAGTTTCTTGGCTGGAGGGAGGTAGAATCGTCACCAAGGCTGAGGATGGTCTGGGTAGGCAAGCTGTGTATGCCTTGTAGGAGCTTCTATACAGACAGCTCTGTATACCCAGTGTCTGCTCCCCTTGCATCGTACCCTGGCTCATCTTCCAAACTTTTGGGCTGAATGCACCTTCTTTTGTCAGAGAACCAGAAGGCTTTCAGTGCCTCAGCTCTGTCTGTGTAGTTTAATAGCTGCCATGCAGCTGCTGATCTCCCCTTCACTGCTCTGCAGCTCCCCATCCTTTCCAGTCTAGTGTCAGCATCTACTCTTCTTCCTTGGGACAAATAACCATGCCCTCTAGAGTTGCTATTCTCTGAGCATTGCTGTAGAGATTGTCTTTGCAACCAGGAACATGACAACAGAAGATCAGTTGTGCTGATTTCCTCTCCTCAGCACTACTGATGTACTGGGAAT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]