MmuINT0132042 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000070565 | Rasal2
Description
RAS protein activator like 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443881]
Coordinates
chr1:157230039-157286854:-
Coord C1 exon
chr1:157286731-157286854
Coord A exon
chr1:157230146-157286730
Coord C2 exon
chr1:157230039-157230145
Length
56585 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGC
5' ss Score
8.89
3' ss Seq
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3' ss Score
8.54
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGGTGCCAGCAGAAAGGTCCCCCCGCAGACGGAGCATCTCAGGGACCAGCACATCAGAGAAACCCAACTCCATGGACACTGCGAATACCTCTCCTTTTAAAGTACCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000070565:ENSMUST00000078308:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.972 A=NA C2=0.873
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=FE(17.7=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(15.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types