Special

RnoINT0124498 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
RAS protein activator like 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1307566]
Coordinates
chr13:74861060-74923402:-
Coord C1 exon
chr13:74923279-74923402
Coord A exon
chr13:74861167-74923278
Coord C2 exon
chr13:74861060-74861166
Length
62112 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGC
5' ss Score
8.89
3' ss Seq
TATTTCCTCCACTTTTCCAGAGG
3' ss Score
7.2
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACCTGTGGATGGACAGGATCAACAGGCAGATTCCACCAAAGGGCGATGCCTGAGGAGAACGGTCAGTGTTCCTTCAGAGGGTCAGTTTCCAGAGTACCCACCAGAGGGCACCGCTAAACTAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGGTACCAGCAGAAAGGTCCCCCCGCAGACGGAGCATCTCAGGGACCAGCACATCAGAGAAACCCAACTCCATGGACACTGCGAATACCTCTCCTTTTAAAGTACCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004917:ENSRNOT00000033324:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.917 A=NA C2=0.742
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0016924=PH=FE(17.7=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(15.2=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]