GgaINT0039586 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002246 | DENND1B
Description
NA
Coordinates
chr8:2344861-2375916:+
Coord C1 exon
chr8:2344861-2344931
Coord A exon
chr8:2344932-2375872
Coord C2 exon
chr8:2375873-2375916
Length
30941 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATA
5' ss Score
8.49
3' ss Seq
TGTCTGTCAATTATTTACAGATC
3' ss Score
8.4
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCCAGTGGTACTGTGGAAGTTCCCGGAGGACTTTGGAGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002246:ENSGALT00000003516:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]