GgaINT0039586 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002246 | DENND1B
Description
DENN/MADD domain containing 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28404]
Coordinates
chr8:2324374-2355429:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
chr8:2355386-2355429
Length
30941 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATA
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ATCCAGTGGTACTGTGGAAGTTCCCGGAGGACTTTGGAGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002246:ENSGALT00000003516:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]