HsaINT0046707 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000213047 | DENND1B
Description
DENN/MADD domain containing 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:28404]
Coordinates
chr1:197684161-197742062:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Length
57793 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
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Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ATCCTGTGGTATTGTGGAAATTCCCAGAGGACTTTGGAGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213047-DENND1B:NM_144977:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345613=uDENN=PU(7.7=66.7)
A:
NA
C2:
PF0345613=uDENN=PU(22.6=93.3)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)