MmuINT0048226 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000056268 | Dennd1b
Description
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Coordinates
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Coord C1 exon
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Length
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Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAC
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Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ATCCTGAGGTATTGTGGAAATTCCCAGAGGACTTTGGAGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000056268:ENSMUST00000094505:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0345613=uDENN=PU(22.6=93.3)
Main Inclusion Isoform:
ENSMUST00000168527fB8665
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types