GgaINT0039591 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002246 | DENND1B
Description
NA
Coordinates
chr8:2405852-2410370:+
Coord C1 exon
chr8:2405852-2405932
Coord A exon
chr8:2405933-2410316
Coord C2 exon
chr8:2410317-2410370
Length
4384 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
TTTTTTTTCCCATGGATTAGCAC
3' ss Score
3.75
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAAATGACTCAAATGATTTGTTAAAGTCATTGTATAGCCACCCTGTGCCAAAGGCAAATGCTTTAGTCAGTTTAAGTGTG
Seq A exon
GTAAGTATTCTCTGCGTTATTCCTTGTTCTATCGCCTAATTCAAAATGCCTAACTATAGTCGAAACAAACCTTTTGTATACATTAAGCTTATATTGTTTTCCATCATTAGCTGGCTTAGATAATCTTTTTAACCTTTCATTTTTTTCTGTGCAGAATAGTTTCTCTCTATCTGGAGTTGTACTCTTAAAGTCAGTCAAAAAGAAACAAATTGCATTTTTGCTCTATGAATGGAAAAGGAATCTGAAGTGAGATCATGGGATCTAGCATTAGTAGAACTACTTGTTTGTGTTTCTGTCTCTTTCTTGTAGATAGTTTTAGTTTCTCCAACTGTAAATTAGGATACACTGACTTTTATTGCTTCTTATGCCAGAGTAGGTAGCCTTAGAGAACTGGAAACAAGTTTGTGTAAGCTTTTCCATCTTCCTACTCCGTCTTCCCAGTTTTGCTTGATTTGATAATCTCTAGGAAAGATAAGAGTATACTGCATTGCATAAAGCTTATAGCACAAGTAGAGATGAAAATGAGTGTCTGCCACAGTGCTTGGTGCACTGATGCTTTGTTATGTGGCACTACATGCTCTCAGTATGGAACGTTGGTTTTGCCATAGAAACATCAGTGAGCCTGTTGCAGTTATAGTTCCTGATGATCTTAACAGAAGAAGCGTATGAAAGTATGCTTATATATATCTTATATCTGTAGAGGCCATATCAAATATAAAGCTGGCATCAGTTTGCAAGACAGAGAAAGAAATGATACGAAGTCTTCTATTACTTACTGAAGGCTCGATAAATTGTTTATCTTGACCTTGCTTGTGACATTTTCCTGTTACTTTTAACCCATTTATTTTGGAATTGGGCCCTGAACTTCAAGTGAAGTAAGAGCAGATTTGGAAGAAACATGAGACCCTCTTAGAAGGGCACACAAAAATAAAGAAGGAACCACTGCCCGTAGTTATTTACTTTTGCTCCTTAAAATAACACTGCCTTCATTTTGATTTCTTTTCAGATTTCACTTTCATTGTTATACTTCTGTTCAATAGTCTGTACAACCCTAATATTTTTATTCTTTGGACAATAATAATCCACTGTGTCTTGAAGGCCTTCCAGTCTTGCATGGTGTTTTTCACCAGAACATACTGCTGTTTTTTGAGGCTACAGTTTGATTTTTGTTTCTGTTGCTTTGCTGTATGTGTGTGTATATATGTACATAAGTATATTCATTTGTTGTTGTCATTATAACAAATGTTTATTTTTCAGTAAGTAACAGAAATTAAAATTATTTTTTCAGAATGACATATTATATTCTATCAACCTGCAGTAGTACCCTCTTGTATATGAAATAATATTTTGCCATGGCTAACTACTGCAGTGTTATAACCAATTCTAATTTGGAAATTGTAAAACCCTTTGTAACATCCTTTAAAAATTCTCCTGTGTTTCAGTGGGACATAAATTTTTAAGCTTTTTTTCCTTTTGTTTCCTGGAAAGCTTTGCTGTCTATTGCTGTCAGTGCTGTGTTTCATCTTGTAGAGCTTTCCTATCTCAGACTGAATGTTGTGGTGAACTTTGGAGTGGAGGATACAACCAGCAACACTGGGATGACAAATTGCTTGCAATTAAGTTGATGCTTGCTGGTTTTATTTCAATACTAGTTGACGTTTGAATTTATTTTTTCTCAGCTGTCTCTTGTTCCCAGTAGTTTGTTCCATGAAAGAGTTTTGTTATCTTTTTAGCTGAAAAATGATTATCCAAATGCAGGCTGGTTGCCAAATGCTTGGCTGCAGGCGCATTTGAGCAAGTACTGTGGGTTCCGGCAGGAAAAAGCAGGATGGAGTAGGTTCCCTTGAATCAAAATGTGTTTCGGATCTTCAGGCATCTATTTTCATAAGCTCAGTGCTGCAGGGAGTAGGGAAATGTTTGTGGCCACTTTCAACTCTAACTTTGTAAGTCAAGCTTTTTATATCGGTGTCTTTTTCTGGCTTCTTGTGTATTGTAAATAGGCTTGAGTGGAACAGTCAGTGGTCAAAGAAACTACAGTCTGAAAAATAATTGTAGGAATAACAGCATGAGGTTGTCTTTCATTGTGCCAGGATGAGTCTAGTTCAAATTTCATGATGCAGAATTAAAAAGATTCATCCACTTTACTCAGATATGTAGAGTAAAGCTCATAGACATTTAACTGGGGTTTAAATGGCAGACCACATTGGTACTTACAATTACATGTATAAAATCATGCATAAAATATGGCATGTATCCAGATACATGATTTTTCCCAGTAATCTTTGGTAAGTAGGACACCAAAATACCTTGATCCCGTTAAGGACCGTGTTCTTTTCTTGCACCTCTGTCTTGTTATGAGCAATCACTGATTCTATGAAACCTGAGCTTTCTATCTCTTCCATTTAACCCACGGAGGGCCAACAAAAGTGCTTTTGTTGGAAGAGTTAACTAAGTCAAGACTGACTTCAGATGGGGATGAAACATAAAATAGAGCATATTTTTAGAACAGATTTTAGACATAGGAAGCATTGGAGTCATCTTTGCTCTACTGGTTGAAAAGCTAAACAAATCAATTCAATCTTTCTCTCATATTGCATAAGAACCAAGAGATGATTTTTGCAAGTAAGCAAGTTTTGAAAAAACAGCCTTGCCTTGTGTCGGTGAGTTTAAAAGGCATTATCTAAAACCTATTGTAATTAAAGTAGTAATTACTTGCTGTAGGATATGTCTTCTGATTTCAGGCTTATTTATACTTATCCTTTTGGAAATTCTGCTATTGTCTATAGCCTAAAAGAGCAGTATTAACCTACCTCTTCTGTTCGAACAAATCTAATTTCAGAGCATAACCAAAATCAAACTTCAACTTAACAAGATTTGCATTTTCTAGTTTTCCTTTTTATAGACTTTATACAGGACAGCCACTATTAATTTAGTATGTCTTTCACGGTCATATACATCTTCCTAAGGGCATTCTCAAAGATGTACAAGGACTCCATACCACGTTATTTTTGCTGCTTTACAGTTCTTAATGGCTTCAGTAATGTCTTTGCTTCTCATAGCTCTAACTTCCTTTTCTGTTCAGTGACTGAAATATTACTAACTTCTTAATTATGAATAGTTACTACTCCAAGTTATTAAATTCATTAATCAGAAAATCTGTTAAATTTTCTGCAATCTTATTACGTATAGAAAACAATTTTCTCATCATACTCTTTAAGAATGTACTGCGTTAATCTGAGTATTTTCCTATTCCCGACTACAGAAAAGACTTGACTTTTTTTCTTGTCGATGCAAAAGAATATCCTGGAATGTCTTGTGCAAATGCAATGATGTCTTTTTTTTACAGTCAGTGATGTTTTTTTTTTTAAGCTGTTGCCCAGTGACCTAGTACGTGGAGAGTATTTTCTATTAAATGCATCAAACTGGTTTAATAAGAGCTTCCTACACTGGGTATACAGCATTAACATATTTTTTTTTGCTTGAACACAAGACGCAATATCTTACTACTTTTTTGTTGTCTTTTTCAAGTTTGACTTGAAAAAAAACTGTTTTAGTTGCTAATAATAATAAAAATATACAGTATAAAAGTAGACATCTTAAGAAAAATGATAAAAAAAAAAAACCCTTGAAGTAACAAAAGCTAAAAATTCAGTAATTATTGCATTTACTTAATATGTACTTCAAGGTTTTTTTTGTCCTTCAAGATTTAGACTAATTATGAAAAATATCTTAAAATTACTGAGTTAAATCCGTATTTGACTACTAAAAGCACCGGATAAAGGAGAACAATTTAAACTACATCTGTTTTCAGTTTAGTGCATTTTACGTTTACATTCTAAATGGCCTCAAACATAAGATTATAAAATTGCAAATGCTTTTCATAAATGATTGTGGAATGTTGAGCTGTCAGACCTTGCATTTCTGTTAGCATTTTTGATTTGAAGATGTTTGGACAGAGGCGAGGCTGTATATTAAGCAATAATATTGCTGTTCTCGTTAATTGTCATGTAAATGATTTTTCCTTACTCATTCAAAATTTACATTTTGTCCTTTAACATTTATTTTTGTGCTTGAAATTTTAAAACCAATACTGAAGCCAATGAATGCTGCTCTGACATGAGACAACATTTAAAACTGGCTTAATTTCATTTTAGCGGCAGTACAGTGATTTGTTTACTTGGTTTGTGTGCTGTAGTACACCAGAAATTGTGATTTCATGATGTGATCTGCTTAGTTCTTTGTCTGGTAATGGTAAGAGTCCTGTTGGAAACATGGTTATTTGCTTAAACAAAGATGGGGTTGGAAATTCTAAATGTGGGATATTTTAAAAATAATTTTAGTTGCCGTGTACATAAATTATTCATTTTTTTTTCCCATGGATTAG
Seq C2 exon
CACTTGTATTTCATTACTCCTGATATAACTGGATTGCCAACAATCCCTGAAAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002246:ENSGALT00000003516:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0214116=DENN=FE(14.4=100)
A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=FE(9.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]