GgaINT0045780 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009602 | MYO3B
Description
NA
Coordinates
chr7:19834382-19847746:-
Coord C1 exon
chr7:19847591-19847746
Coord A exon
chr7:19834479-19847590
Coord C2 exon
chr7:19834382-19834478
Length
13112 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTG
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
GTGCTTTGTTAAACTTCCAGGCA
3' ss Score
6.56
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCATGAACGAATACATACCAGAAGACCCTACCATGTGGATGGAGCTGACAAGTACTCTCAAGATGACGATCTGGTAAATCTAGAAGTTCTTGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009602:ENSGALT00000015648:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.075 A=NA C2=0.333
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=PD(7.9=39.6)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=PU(1.6=33.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]