BtaINT0098145 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000003626 | MYO3B
Description
myosin IIIB [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15576]
Coordinates
chr2:26076454-26097247:-
Coord C1 exon
chr2:26097092-26097247
Coord A exon
chr2:26076551-26097091
Coord C2 exon
chr2:26076454-26076550
Length
20541 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGG
5' ss Score
9.99
3' ss Seq
ATTCTCTGGATAAACTCTAGGCA
3' ss Score
4.68
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCATGAAAGGATGCACACCAAAAGACCCTATCATGTGGAAGATGCTGAAAAATACTGCCTTGAGGATGACTTGGTCAATATGGAGGTCCTGGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000003626:ENSBTAT00000061222:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.075 A=NA C2=0.152
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=PD(7.9=39.6)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=PU(1.6=33.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]