HsaINT0108747 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000071909 | MYO3B
Description
myosin IIIB [Source:HGNC Symbol;Acc:15576]
Coordinates
chr2:171225732-171238622:+
Coord C1 exon
chr2:171225732-171225887
Coord A exon
chr2:171225888-171238525
Coord C2 exon
chr2:171238526-171238622
Length
12638 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
CTCTCTTGATAAATTTCTAGGCA
3' ss Score
6.1
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTCTTATTAAGGATTTTGAAAGGCGACCTTCCGTCACACATCTCCTTGACCACCCATTTATTAAAGGAGTACATGGAAAAGTTCTGTTTCTGCAAAAACAGCTGGCCAAGGTTCTCCAAGACCAGAAGCATCAAAATCCTGTTGCTAAAACCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCATGAGAGGATGCATACCAGAAGACCTTATCATGTGGAAGATGCTGAAAAATACTGCCTTGAGGATGATTTGGTCAACCTAGAGGTTCTGGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000071909-MYO3B:NM_001083615:9
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.206 A=NA C2=0.271
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=PD(7.9=39.6)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=PU(1.6=33.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)