GgaINT0046144 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011068 | COBLL1
Description
NA
Coordinates
chr7:21580693-21586500:+
Coord C1 exon
chr7:21580693-21580761
Coord A exon
chr7:21580762-21586232
Coord C2 exon
chr7:21586233-21586500
Length
5471 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGT
5' ss Score
8.08
3' ss Seq
TTTTTTTTTCCTTCTCTTTGTGA
3' ss Score
1.35
Exon sequences
Seq C1 exon
TAACAGAGTCAACACAATCAATCCCTACTGAAGTGGAAGGAAGAGCTGCCCAAATGCAGTCTGAAACAG
Seq A exon
GTTGGTTTTTTTTTTTCCCAAATGTATCAGCTAAACGTATGTCATAGTAAACTGTTATAATTCATAATAATAAATTACTACACTGTAGATATAGATGTGTAGATAAGTACGTACCAACTTCAGTGCTTCAAATTAATTAACTTTTCAATTGAAAGACAAGATTTTCTATAATAATGATGTACAGTAAATTTTGTATTGATTTCTGTGCTTCACATTTAAGAAACTAAACATTGTCCTCTCTTTATCCACAACAGGTCAAGGTAAGAACAAGCTAGAATCTTGGTGAACTTTTGTATGTCCCATAACACAACGTTCAAAAGCTAAAATCCAGTCTTGTTTGCAGAATCCCATTGTGCTGCCCTTAATATGCGTAATCTTAGGGGTAGGAGAAAATCTGTGCTTGCTTTTTGGTTTGCATCTGAATAGCCTTTGAAAGCATAAGTTATAAATGTAACTGTCAACTGTGTGCATTCATAGTTCTTTATACATTATTTCATTTGTTGGGTGCTATGGAAAAATGTGATATATAAAAGTATAGCTATTTAAAATACAATTCTTTAGCTGCTAAACTATTTTATTGTAAGGTTTTAGTTTTCTTGTTTGTGCTACTAAGTGCTGCTGTTGGTAAGTAGAGTTCAGATACAAGATAGAGGATTTAAAAGTCTTTTAAAATTTTGTAAAGCATTTGGAATAATCAGTGCCAGTGCAATCTGTAAAAGTTACTCTTCTGTATGTTTCACTAAAGATGAAATACATGAACACTAAGCACGTGGAACTCCATGAGCAGTGTATGAGGTTCATGTATTTACTCAGTTCCTGTGCTAGTTGATAGGCGCTCTGATATATTAGTTTTCCAACTAGTTTATTGGAATTGTCAGTCAAAACGGTGGTTGGAGTGGTTAAGGAGGAAAAAAACCATAAATGCACCACAAGAAGAATAAAAAATGTCACCTGCTTCCATAGGTCTCTGGTGAAGGAAAAAAAATAGAAAGATCAGTCATCAGTAAATTCGGTGTCCACTTGTGACATTTAATAGAAACAATAGCAAGAAAACTCTTTGAAGAATAAAGCATATACTTAATAAATAGAAAGTATTAGCTTCTGTTGTGCAATCTGAATTTGAAAATATGATAAAGACACAAATATTGCCTACCTAGCTGTAGCAGAAGAAAGGTAGCGAATTATAATTCAGTGTATTATTCTTAATATTTATTAGTACTTAGTTTTGTGTTCAAAACCACATTTATCCACATGTGATGGATCTAACATGAAGAGCAAGGTTATCATTTAATATTAAGCTCTTTTGTTGTTTTCTTGAGCTTGTTTCTGTCTTAAGATAAGTAGATTGTTAGAATTTCTGCATTTCCCACAAGTGTAATATCTTAAGTGCTGCACAAATAACCTTTTTTTGAGTCTTGAGCTCAAAAAAGTCTTGAGCTTCTTAGCAATAGCTTGACCACTTTTCCATAGACTTAGTAACCTCTGTTTGAGGTATTTGATTTCTTGTGATTAAATATTTATTATGTAATATAGAAGGAAATGGAAAAAAATAATCGTCCTTATTGGGTTTAGAACAGTCTGTGTGAGGCTTGGGATTTACTTCCACAGTTACTGACATTTTTCATTCTCTAGTTCTGTTTGTGGTATCTTGTATTCCAATAATGTCCTTTGCTAAAGACTTAGTGCAATGCATTTTTTTAATGTAGAGATGAGTTACGTAGCACAGCCTCATTTCTTTTTGTTTGTTATTTCCTCATGGGATACTGCTGCTCTCTGGTGGCATCTCTGAAACTGTCAAGAGGCCCCTTTATAAAGGGTCCTTTTAGTACGTGCTGTGAGAACCAATATTCACCTGCAGCAAAACAAATCTTGCGACTCTTGAGTTAATCCTAGTCTGAAAATCATGTATCAAATTTGGGTGCTTTTTAATAAAGATGAGATAGAATAGTCAGTATCTCTTCAATTGTTAAATTGGATATAATTTTAGCATTAAATTAACTCAGTAGTATCCTCTGTTTTTGTTAATACTACTTGAAGTGTCAGGGTTCCAGAAACATTGAGTTTTTGATCAGCTGTGACTAACATTCTCAAAGCAGTTATGTTACACATTTCTCCTTTAGCAAATAAGTAAGTAAATTTAGGTTATGAAAGTAGAGTTACCTTCTGCCCTATAATGAACTATTGTGAGCATTCAGTAAGGGTTATTTGGTGTCTTAGTATTGCATGGCTACTAGCGCTGTGTACATTAATTGGAACTATGCCGTATAGTTCAGAATAGGCAACATTTGAAAACAGACTGCACCTTGACAAAAGTGGTATGAAGACATCTAACAGAATAAACATTAAAAGAGAATTAATTTGAACATTTGGAATTATAAAGAACAATTTATTCTCAGTTATATTTTTTTGTTCCCCTTCCCAAAGCTTAATGAATACTTTTTCTTTTTTTTTCCTAAGGGAGAAGGTGAAATTTTTAAAAGGAAAAAAGCTAAAGATTTTTACATGGTCTCCCATTAAACAAATCACTTGATATTATGTTCTTGATTACAGATTCTCTTACAAAGCTTTTCAAGGAGTATTGGGCTGAGCAAAACCACTGCCAGATTTACATGATGTAGTCAGGCTTTCTGGCTTTGATATTTACAAGTGTAAAAAGGCATGGACAGAAATGTCATTCTGTTATCTGTTGTATTCTTACAGGCTTAAAGGACACCTTGCAGTTGGTAAAGCAGTCACCAGGTATTCACAGTGCCATCATGTAGATATTAACAATGTTCTTTTAGAACTATTTAAAACTCTGTGACTAATGTTCATAGAGAATAAATTGCACAAGACAAAAATGCAGTTTATGTTATGTACATATTTACATAGAGAATACATAGGCAATAAGGGTGTAATGTGTATCCAGTGTTGCCATAAGTAATTCTTAGTGATATGTTGAATATAAAACTCTAAATGAAGGATTTGGAAAACAAGTCATAAAATCCAAACTGTTCGTATGCGTGATGTAAATGAAGGATGGCTGTCACATGTTGTGAATGAATGCTGCAGCACTGGCGGCCCAGATCTGCTAGTAACAGCTACAGACTTAAAACTGCTAGTTGTAACTAACTCTAAGCAAGTCTGATACTGTGCTGACAATGCGGTAGAGAGAGCACTTTATAATTATAAATTATGTAGGTTTGCTTTTTGTTTTTGTTGTTGTTTGGAATTATACATTTTTAGTTTAGATTTGGAAGTGATCTTAGCACAGCAAGGGATGGACTTTCATGTAAGGTGAAAGTCAATAGGATCTCCTACCCATCCAAGCTAAGTTCCCATCCCATCAGTATAGGAATAGAAACTTAGTGTGCTAACTTCACCTTTGTTATACTTCTTCTGAGCAAGAATGACAGAGGTGACTGCACTGACTAGCCATAAAGCCATAGCAATTCCAGAATTATTCTGTTTGTCTTGTTAGAAGTCCTGGCTGTGCTTTATTGTATAAGTCAAGATTCCACAGAGTATTAGACTGGAGGTCAGTCTTAGTCTTTGTTTTATGGTTCCAACAACATTTTGGTTGTTGATGGCTCAGGGTCCATGGCATTTAGGAGCTAACCTGAGCCTCTCAGATGCTGCAAGGCCACTTACAAATTGTAATAGTTTTCCCTCATTTTCAAGCATAGTAGTTGTCACCTGTGAGGAAGATGTGGTCTTGAGAGCTTGTGAGTTAGTCTCAGCAGATTTGATATTTGCCAGCATTCTGCTGTCACTGAAATCTCCCAGGACATTTGGCTGCTTGTATGATTTTACCCCAATTTAGAGATCAAATAGTTGTGGGTGAGGGAGGGAGGAAGAGAAAAGGGCCTTACTGGTTGTGAACTCTGAAGGAATCCCTTTGCTATCAACACGTGTGCGTAAGCAGTGTGGAAGGAGGTTCACTTGCACCATTTTCCAATCTTGCTCCTCTTTCCTTGGAGATCTATATTACCTCTATGCTCAGCTCCATGGCTTATTGATGAGAGTGCTTAGTCTGCAGCTGCAAAGCATTATTACAAGAGAGCACTGTGAAAAACTAACTAGAATTAAATAGTAAAATTTTTGACTTCAGTAGTTGCTCTGCAACTGTGAATGAGTTCAGTAACACCATTACTGAACTCTAAGCTAATGACTGTGCTGGAAAAAGAAATGTTTTTGTTCTCAGTGAAGACCTCCAAATCACATACAGTTCCCTGTTTTTATTTTCTTTCTTTAGTGATACTTCTTTAGAAGTACTGGGTCTGCTGCAGGATAATGTTTTGTACAGTAAAATCAGTCTAACGTGTTTTTTGTTAAAGAAATATGCTCTGGGTTCTGCCCATTTCTAGGATTGCTTGCTTCAAGCTAGTATTTTGTTTTCAATCTTAGCCTTTTTGTAGAGTTGGATTGCGCTTTGAAACTTGCTGATTCAGCCCACTGCAAGGCCTGTACCTAATAGGTATTGATGTATGCAAAGCTAACAGGAATACTCTGTTGAGATCAGAATGCACTGCTCATATGTGCCTCTGTTATTTCCTGTAGCTATCCATTTCACCATATTGCCATATACAGATGAAATTATTGTTATGTTGTTTGTTTTGCAGAATGCGAGTTGCAAAGCTGAGAGGTTAATTGTATGGTCTACCCACTAATACTTGACAAATGTGAATCAGCATCTTGGTGTAGGAAGATTCCTGGCAGGAAAGTGAAGCCAGAGACAGTCACTCTGGAAATCAAAAATACTAGATTTATTAGTCTAACATCAGTTGCACTGTCTTCTGTGTCCTAAGCCAGTAACTAAACCTTTTTAATTATGGTCTAACTGAAAATTCCGTTATGCTTTTCCACAAATTCCACATGCTTTTCCATGTATTATTTATTTATTTATTCATTTTTGCACAGGGCTGTGCACAAAACTCATCTAAATATGTTTTGATATTCTTGGGTTGATTATGGGAAAATTTTGATAGTGGTGAACAAGCTTGTTCAAAACATGGACTAAG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Seq C2 exon
TGAGCTTAGGTGCAAGGACATCAGAATACAGTCTGGAAGAAATTGATGAAAAGGAAGAGATGAGTGTGCAAGAGGGAGAGGAAAGTGGAAGTACAGGTACCTCTCTCAGGACAGGAGAGGCTACTGCAGCCTTCAGCTCTATGGAGGTACCTCTGGAAACTGAAAGAAATGATTGTGCTTCATCAGTTCCTGTTCCTGGCACTGTTTCTGTAGACAACTCACAAAGCTTCAAGGAAGAAAAACAAGAAAATATGAGCACAGATGGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011068:ENSGALT00000018021:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]