GgaINT0047428 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr7:19955786-19963111:-
Coord C1 exon
chr7:19963006-19963111
Coord A exon
chr7:19955887-19963005
Coord C2 exon
chr7:19955786-19955886
Length
7119 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGCAAGT
5' ss Score
1.6
3' ss Seq
CCTTTGGGTTTTCTTTCCAGGCT
3' ss Score
9.64
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCAGCTGTTCCATGTGTTGGCCATGCACATGCGCCTCTACAGTATTGACTCTGCATACAATCCCTGGAGGAAACTAACCCAGACGATGCAAGATAAAAATTCAGA
Seq A exon
GCAAGTATTTTAACTTACCAAATACCAGTTTTATCGTATTAACAAAGCATTCTTACAGTGGAATTTTGAGTACCTTTCTGTCTTAGTTTAAATTCTTCGTGAGGTAGGCTTATGAATTTAACATCTGAAATTGTGGGTATATCTTTGTAAAAATAAATTTTACAATTTCTTTTACGTGAAATCAGACACATTCCAGTTTTTAGTTAAAACTTAAATATACCATTTTCAAGCTTAAATATATGCAGATTTCTTGATGTTCGGTAAGTGGATTGAGGTACTTCTTGTTATGGATGCTAGACAAAACGTATGTCTACTAAATTCATAAAGCTGTTACAGAAATAACATAAGTAGGCTGAATACAAGTGAGAAATAATTCTATTATAAGTTAAAAGTCTAATCATGCTTTTTATTTTAAACAAGTTGTTCACCTGAGCTTGTTTTTTGTAACATTAACCTTGCATGGCGTATAGAGCTGTACAAGGATTAACAGCACAATATATAGAGCAGTGTATCCGCCTTATATAAGGACTAGTCTTAACTTTACTTTAGACCCTTTACTTCTCAGATTCTAACTTGACAGGAAGCAGAAGAGCCATGTATTACAGCCTTCCTTCTTTCCTAAAATGAGACTTTTTTTTTTAATTCTTGCCTTAGCCTTAACATCATAGGAGAGCAATATTTTTTTTAATCCTAGCACCTTGCTCAGGTTCTTCAGAGCTAGGATCTCCATAACTTGAAACAACGTTGAAAGCAGTCTTTTTAGTTTCTGTCCTATTGCATGTTTGTTGGTGTGTTTCTAGGATCCTGAAGAGGAGAGCATCATGAGATTTCAAAATTGAATCTAGGATAGCAATGCTGCAGTTCTATTATTCAAATGAGGAAAAAAATCCTGAAACATTGTGCTTCCTTCTAATTTGAGATTTTACTGTTGTGTTTCTTTGTCCCAGGCCTTCTTTGCCATCAGCGTTAGATCATTGCAGTAATTAGATTTGATTAACAGATGAATTCTTTATCTATTAATAAAACAATGAGAATCTGAAAACCCATCTTATTCAACATACATTCAGGCCTCTTTTCAAGTTTGTTTTCATGCAGTTCTTCTCTGACCTATATTTAGCAGTGGAACAAGGTTAATAAATTTGGAGTGTGGTTGCTGAGTTATATCAGGCAAAATTAAGGCCATTTTGATAGACTGTTGACAGTGGCTGTGGGACTGATCCTGCATTTCTCATTTTGGTGTTTGACAGCTTGCTGGCTTTGGAAATACTAACAGAGGGTCTGTTTCTTCTGTAAGTCTTCCAAAACAGCAACTTTCTTCACCCTTAGAAACTTGGTGGAGTTCACCATGCATTGATTGTGTTAAGGTTAGATTGTTGCAGGTAAAATACAGTTAAGTAAGTCGGTATTTAGATATTTCTGTATTTAGAAATGAATGGTAATACGGAACATAACAGTATGCTTGGCTAGGTGTAGTATGTGTTGGGAATGCATTTGAGCAGTCCTGGTTTTTGCACTAGTTTTCAGGAGATTTTGTAATAAGCTTATAGATGCAGGTTTGCCACTATAAAGTCTGCAAAGATTTAGGAAGCTTTACCTGAGAGATCACTTTGCTAGTAAATAGTTACTGTTCAGATGTACAGATGCAATCAAACTGTATTTTCTTCTTCACTTCTTGGAACATTTACTATCTTAGTCTGCAGATCCCAAAAAGCTTGCAGAAGAGAGATATTCATGGATTATTTGAGACTTTTTTATGATACAGATTAAAACATGAGATATCTCTTATGATGTTTTAGAAATCTGAAGTAGTAATTGCACTTCAAGATGGCATTTGTATGACTGGTATGAGTGATCTAATTGCACCCTTCTCAGTGCCAAGGCATTTTGAGAGATCCAGAATAGTGTATACAGGAAGGAGCATTTGAAGGCAATACATTGCTGTAAACTGGAGATTACAAAAGTTGTGGGAGATCTAAAATGTGGATAGTACTTTGCCATTCTGAGGCTAACCAAGTAATCTAAACTGTCAACCTGACCAGTGCTTAAGGCTAAGTAAAGCTCTTGAAAATAAATAAATAATATAGATAGATAAATATACATATCAGGAGAGGAAAATGTCTGTATGGTCTGACAATCACCTTTGTCATTGGTTCTGAACAGTGCAATGTCAAGAAAGTCTCAGGAGCAAGGTAAATTTAAACTAAATACATTAATTTACTCACCTGACATAGAAGCTTTATTTTTCGTTTTTCTTATTAAGTTGAAAATCTTGAAGCATAAGCTTCTCCTTCATAATGAAGATTTCTACCGACACACTATATTTTCTCTTTAGTTCTTACTTAATATTTCAGTTGAAAGTAATTTTCCAAAGAGGTTAGTTGCATCATTGCTTATTTCACAGAGCCACAGAATTGCAGGGCTGGAAGAGACCTCTAGAGGTAGAGCTCACCCCCCTGCTAAAGCAGGTTCCTTACAGCAGGACAGTAAAGAAGTTCTTCCTTGCATTAGTATGGAACTTCTTGTGTTGCAGTCTGCTTGCAGCCCCTTGTTCTATTACATACGTGCTTACTATTAAAAATACCCATATATTGCTAACAGTTTTTGGCTTGGTTATCCACAGCTGTCATAATTCACATTTTGTGCCTTAGATTTCATGTGTCAGGAAGAACCATTTGAAGTAATTTGTAAAGAATTGAAGAATCGCTGTGCTACACTTCTTTAAGTCTCTGTTTTTGCCTAGTGTCAGCTAGGTGTACCTGGATCACACTGTAGTTGACAGCTGAGAAGGAAGAGAGGAAGTAGTTCATGAAGTGACACCAAGGAAAAGGAGAAATTAAGAGTGTTTTTGGACAAGAAGATACTGTATGAGAAATGGCTTTAATGTAAGCTGTTGGAAGGAAGAAGAGGGGAGTAAAAACATAAAGCTAAATCTGATGAACTGTGGAACTCTTGAGAATAGATGGAGTTAGTGCTGGATTTTTTCACACCGTGGTATAGTGGATTCTTTCTCCTATATGGTTCATTCAGTGAAATGTAATATACACTTGGTCCCACAGGCTGTGCTTAAGCAAATAGTTGTATTAGGGATGGATTTGGTTTCAGTGGTGATCAAATAAGCCAACTATTGTGCTGTGAGGAATAACAGCTTCTGGCAGGGGACGAAGGAGGAGCAGCTGGAGGCAATAATTACTAGACCCAGATGTGAATTTAATGGACTAGTCCAAAATAGCCAGAATTTCAGAAACAGCAAACCAGAAATAAGAGGATCTGTATTTCTTTAAATTTACATCTCAATGAAGGATTTTCTTTTTTGTTTGTGTTGACAAAGAACATGTACTAGCAAGAATGATCTGGTAAAGCGTTAAGGGTCTTTGCAGTAGAAGTCATTGGGAAGTGGGTGGGAACTTCACAATGAACTGAAATTCTGAAGCATATGAAGTTGTTTTTACTGAAGTGTTTTGTTGTTTTAAGCTTGATCGCTTCAGTGATTGCTTATAATGTTGTACCAGGGCAATGAACTGCAGCACAGAGATGAGACTGAGCAACTGTGCATTGAAAAGTAACATTGCTATCACAAAAACTGTTGTGAAATGGGAAAAATAAAACTGTTTCTGTGAAGATAGAGGGTAGGATGATGAGACAGTAGGGTTCAGTTAAGGTTTGTGCAAGAGATGGTAATACGCAGCCTGTTCATTATTGCCTGCGACAGACTTCAGTGAACAGACAGTTCTGCCTCAAACCCCAGTGTCTCAGGTCACGTTAAGGCAGTTTCAGCAGTAGCTCACCATCTTCAGCTGCGCTGATGTAACTTGAGCAGGCTGCGTGGTGAACCAAGTCAACGAATTCAACTGTTTTTAGAAAGGTTATTTTTGATATGTTTGGCAGTGGGTGATAGAGGAGTGCCAGGGGCACGGTGGTGAAAGGGAGAATGGGAAATGCCTGATTCAGTACTGTCAGTGAAATCCCATGTTGTGTAATGAGAAAAACTGACCTACCGAAAAATCTGCTGTGACACAGCAACAGCTAAGAACTGTGATCGTATCCTGGAGTCTAGCCAGAATAAATATTAGAATTCTACCTTCTAATTATTAACATCAGTAGCTGTGTATTACTCTGACCTTTCTGCAGGCTGGGATTTGCAGACTGCATCTCACATTATACAAATACCAAAAGATCTAAATTTGCCCTTTTTGATGAAGCCTTTGTTCAGCCATGTCCTTATCCCTGTGTCTCAGGCTTTCTGTTTCTGACAGTTGTTGAGGCCTAAGGTTCATTCAAAGCTTCCACTTTATTTATTGAATTTTTAACTTTGTAATCAGTTGATGTTAGGATCAAACAAAACAGAAGTCTCTCTAGCTGAGAGAAGAGGGAAAGGAGAGGTTATACGTAAGGAAAAGTGTGCTTGTTTGGATGTAGAGTTAAGTTGCTGCTTGTTTCACAGCAGAACAGAGTTTCTTCTTCCTCTGTATACATTCCCAAAGAAGTGACTCTGTCGCTGTGCTGTCAGCATATAGACAGCTCTGATATTGGCTCAGAGGGATGTGCAGCCCAATTACCTTGGACTGGAGCAGAGGTCAGTTCCAGAGAAAATCAAACAATGTGTTTTTTATTTTGGTGCGTTTGTATTTCATCGTGCAGTTCATTTCCCCACCACTTCTTATTTTTAAATGAACACAGATCACAACTGCATCTGGATTCATTTTGCATTACTTTGGTCCCATCTGAAATTGTACTTCATTTTATTCACTGCTTCTGTGGCAGAAGTTTTTGTACAGTCAGATTTATTGAGGTTTCCCACGTGCACTGGGGATTATAGGCAGATGAGTAATTTCCATACTCTAAACACGTTTCAGAAATTCAGTGTGTGTCATAATGAAGAAGTTGCATTGGCTCTTCAACGAATGACAAAGCAGTTTTTAAGTGCTTAATGTGGTGCTGTGCTCAATATAAACTGAAGCAGCTTATGTAAAACCTTGACATTTAATGTGACTTAACTTCTC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Seq C2 exon
GCTGATAAGTGAAGAGCTGCCAGAAGTTCCTGTACTTTACAGAGATGTCTCGTCCCTTTTGCTAATCCAGATTTTAACCATGCCCCAACCATTGCACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009608:ENSGALT00000015660:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.028 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]