MmuINT0169546 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000044308 | Ubr3
Description
ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1861100]
Coordinates
chr2:69841411-69847263:+
Coord C1 exon
chr2:69841411-69841516
Coord A exon
chr2:69841517-69847159
Coord C2 exon
chr2:69847160-69847263
Length
5643 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
CCATGCCGTTTTTCTTTTAGGGT
3' ss Score
11.71
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCAGCTGTTCCATGTATTAGCCTTGCACATGCGGCTTTATACCATTGATTCTGAATATAATCCATGGAAAAAACTCACCCAGTTAGTGGAAGATATGAATTCACA
Seq A exon
GTAAGTATTATTGAAAGAATTAAAACAGTTAAAATCCTTTTTAGAAAGATAGTTGTTAAATTTAAAAATGGTATTAAATTTGTACATGAATATATTTCCCCTTGAAACATTAAGTGTACAATAAAATTTAAAACAATTCACCATAATCCTCTTTAAAAATCATACAGAAGTTTCTGAGAAGTGAGACAATCTTTTGAAGAATCCTATTGGCTTTATGCAAGTGAAGCACTCAACTAGAAGTACGTAGAGACTGGCTGCTACTTTATGTCACAGTTTGATCAGTGGGTTCACTTAGCCTTTCATGCTTCCTTGTAAGATCCTTATTACTCTTCATCTGATGGTTTGTAAACCGCTGGTGGTCCTTGCTGAGTCTTTTATTTCATTAGGTTTCATAAAATAGTAATAGAGAAGAATCTGCTCATCTGATTAGCCGGATTGTTTCTATAAAGAACTTTCTTATATGGACTGGTTGTTGGCTCATATATTATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTGATTGATTGATTGATTGATTGGCAGGATGAATGTTTGATTCTTTCCCAGTTTATAAACTTTGAAAGTAATGAGTTAGTGCTCTGGCAACTGCCATTGATTACCAGTAAGTTCCACTTGCTTGGTTATTTTATGATGTTATAATTTTACATATGTAATGTGTTTCATTTCATTCTGGTCATTCTTTTTAGCTCACACTCTTCCTTTCTAGCTCACAGAGAATCCTTCTAGGTTGGCTGGTACGCATTTGACATGTTGCATATAGTATTTCATAAGATCTTTGTTTCCTGGTTTGAACACAGTTCACTTTAGATATGTAATTGCCCCTTCTCTGTGTAATTCTCTAATAATACTTAGAAATCATGGACTGGGTCTTAAGGGGCCTCATTGTTTGTAGGCCATCCCGGCCTGCTTATCTGCCTAGCTGCCTGCCTGCCTGTCCATCCATCCACCTACCCACCTACCTATCCATCCTTCCTTTCTTTGTAAGATTTACTTTCTTCCTTTATAAGGGTTTGAGTGAATACATGCCTTGTGTGTGTACTCATGGAGTCAGAAGAGGGCATCAGATTCCCCGCAGCGAGAGTTAAGGGAGGGGAGTGCGCTGCCTGATGCAGGTGCTGGGAACCAGCCTGGGTCCTCTGGAAGAAAGGCCAGTGTTCATAACTATTGAGCCATCTCTCCAGCCCTCTCTTTTCATTTTTTCTTTTTTAAGGATTAAAGATCTTGAGTTCTTACTGGTATTTCTAATTCAGGCACATTGTAATATTGCAAAGCTTTTAAGTTATAACATTTTGTTATGTTCTTAAAAACCTTTATTTATATTAATGTAATTACTCATTTGCATAACTATTTGTTGACTTTAAACATCACTATTAACTGCTAAACATAAATTAGTTACTTCATTGGCATAAACAAGTAACTTCAAGCTAAGTTGCTGGACAAAAGCAACTTGAAAGTTTATTTCCCTTGTAGTTTAAGGGCATAGCTTGTCCTGTGGGAGTGGCAGGAGCAGGAGGTAGCTCACTGTAGTGCATGCGCAGACAGGACTCCCATACTGTTGGTATCTCCTTTTTCCTTTTTATTATGTCTGGGACTATGGGTTGGTGCCATGTACATTGAAGGTGGGTCTTCCCAGCTCATGGGACCCAAACTAGAAACTCCCTCAGAGGCACATCCAGAGGGCTGTCTCTGTGATCCTAGAGCCTATCAAGTATAATCACTAAATCAGACATTCCCCTTGCTCTTAGAACATGTGTCATTAGGAGTATATCATAAAAAAAGAAACAGGAAACAGTTTTAAAATAACTTTGAAGGTTTGTTTTACTATCTCATCAGCATGATGTATGCTTCACTTTAGTTCTCCTAACTATTTAACAACTGACCTTTCTTCCCATGTGTTTTGCTATATGAACATTTTCTAAGTAAAAAAAAAATCAGGTAAATTTAGGTACATTTGTCTTCCATCCACATGGACTATTTGTTGTGATCCTCTTACCTATTAACTAGTTGTAAAGACTAGGAGGTCAGTTTTCTCATTTCCAGCCATGCTTATATAGTATCGAGCCTGGTCCCTGTGCAATGAGTTGAAAATATATCCCACCAGATTCTCAGATGTCTGTTTACCTGATATTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTCAAGTTTTAAAATTAGCAATTTACTAGTTATTCCTTTTGGGTCAGCGAACTTTGCTTCACTCTGTCCTCACAAAGCAGTTGACTCACAGTTTCTTCCAGCACCTGCGTGGTTTTACTTTTTACAGTAAGGGTTTTCAGTTTAACTTGTTTGGGATTTATTATAGAGTATAGTATAGGTCAACACAGAATTTTATTTTAGTTCTCTCTATAACTGTAAATATCTTACCATTTACCTTTACACAGTAGCAAAGTGCATGTGGAGACCAGAGAAGAAACTCAGATATTATTCCTCGGTACCTTCCTTGTGGGCTTTGTTTTATTTGAGACAAGGTCTCTCACTGGCCTCGGGCTTGCTGGTCTTCTATGCCTCTCCAGGTCTGGAATTATAAGCACGTACCACTAGTATTCTTTACATGGGTGGATTTTGCTATCCCCCCCACCAGTCTACTTTTAGAGTTTAGTTTTAAATTACTACTTAAAAGTGCTGAGATAGAAACAATCTTTTTTGTTGTTTGGAAATTTTATACAAGATGTAGTCCTTTTTAATCAGTTGTACCTCTCTTCCTCCCTACTTCAGTTTCTCCCCTAGGCTCACTACCATTTCCCCTCCCAACTCACTGAGACCCCTGATGGTGCCTGTATGTGCAGGGTGTACATGTTGTGCACCCACTCAGTGTTTTGTAGCTTCTCAGGGCCACCTTGCCAAAGAGAATTGATTGTTCCTGCCCCATAGCCATCAGTTACCAATAGCTCCTCATCTAGGGACAGAACTTGATGTGTTCCCTGTCCACGCTGGGATGATTGCTGCAGATCTTGGACATGGCGTTAAAGCCACTGAATTTATGTGTACAGTGGGGCTGTCACCATATACTGCCTCTGTGATGCCCACTACCAGGCACTCACACTCTTCCTGCTCCTGTTTCCATGGTGATCCCTGAGCCTTAGGGAGAGCATGAGGTATAGCTGTCTAATTTAGAGGTGGGCATGCTGCAGTCTTGTCTTCTCTGCACCCTGACCAGGTGCTAGTGTCTATATCAGTCACCGTCTACTATAAAAAGAAGCTAATTTGGTGAGGAAACCAAACCTGGGTCCTCTACAAGAGCAGTAAGAGCTCTTAACTACTGAGCCATCTCTCCAGGTAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCATATATATTATATGATATTTAAAATATATTTTAAGATTGATTTATTTTATGGTTGTGAGCTACCATGTGGTTGCTGGGGATTGAATTCAGGACCTCTAGAAGGGCAATCAGTGTTTCCAGCTGCTGAGTTATCTCTGCAGCCCCCTTCTTTTATATTTTGAAAGGATAGTGTAGCTCACTGTAGTAAAGGCTGTCCTTGAACTAATAGATCTCCTGCTTCAGAAACCCAGTACTAGGATTATAAGGCATACACTGTTTTGCCTGGCTGTGAGTTCTTTGTGAATCATGTTTTCAAGATCTCCTTCCATTTTTCTGTTCCCGTCTTACTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGAAGGGTCTTACTGTGCTGTTTTGGCTGTCCCAAAACTCAGAAACCCACCTCCCTCTGCCTAAAGGCATGTGCCACTACTGCCTAGCTGGCATCTTATTATTTAAAGTATATGAATAATTATTTATGATTTAAGATACTAAATTTTATTTTGTCACGGTTAGGCTTGGAGATAAATGTCAAGGTCTGGTTTATGCTGTTTTGTTTTTTGTTTTTCATTCTTGTAGAAAAATTTCCACAAAGGATAATTTGCCTTTTGACTTTAATTACTTTGCTTACCATTTAAAAAAAAGAAATTCTTATGACACAAGTTTGAACTTGGTCTTTATCTTTTTATTGTTTTTAAACTTTGAATTTCCACTCCATCCAATATCTGTTAAATACTTTCATAAGGCATAGTCTGTTCCCAGCCTTAAGATTTTTTTAGTATTTATCTCTATTTTCTTCTTGGAGATTTCTCATGGAATTATATACATAATGTATAATATTATATATGCATAGACACATATAATATTATATATTCACATACACAAATATATAAACATATAAATATATACATACATGTATATATAACTTGGAATTTATTTTCATCTGCAGTAGCAGATAAAGATAAAAATATTTCCAGGTAGTTGTATTCAAGTATATCTAAAGTCAAGGGGCAATGAGATGAGAATTTAGAAAGTCCACTAAACCTTGTAATTAAGAGATTATTATTGATCATATGGAAAATTATTCACATGAGGGATTTTGACACTTAAATGGTGCTCCTCCTTCCCTTCCCAGTTTTGGTCTTAGAAAATAAGGGGCTAGGAGCATAGAAATCGGAAACACGCGATAATGGGCGCCTTGGCCTCAGAGAGGACTATAAATAAGTACAGTATTTGAGAAGTATTTTAGGGAATGGTGAAATTTAAAGAGCTATCTTTCATCAGTAGTCATAAGAGTCACAGAAGCAGGAATCAACTCATCCAGCTGTTTGTCCAGTGCCTGGCACATAGTAGGTGCCAGCATTTACTGATTTCTTTGCTGGGTATTAGAGCCTAATGACAAGCTTAAACAATATTGCTCAAGCCTGGTCAGAAATAGAGTTTCAGAACTTAGCAACTTTTGGAAGCTTGAGATTTACTTTTATTGACATGAAAATTTGAATGTATAATAAAAATAATTAACTTTCTAATATTAAGACTGTACTTGGTGGTAGAGTGCTTGTTAGATATATAGAATGTATGAGATTCTGAGTTCAGTTCCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGTGTGCGCTCTTTTCATGTGAGCCCTGCTTGAGGTCTGTATTTTCATAGTGCTGCCCATCTCTAGCTTTGATACCTTTTGTGGTGTGTGAGTTCTTCTTTGATTATCCTGTGTTAAAAATCCAAATGTTAAGGCTTTTGTTAGAATTTGTGTCAGCAATAAAATCTTAACAAGTTCTAATGAGAATATTAAGCAGTCCAGATTTCGGCTCTGTGCCTGTGCTTTTTCATAAGGTGAGTATTTATTTATCTTGAGCTCGCTGTGATTGATCTATGAGCTGCCTTATCTGACTTGTTTCCTTAGTCTCTGTGATCTCAGTGATCCAAAAGACTCAGTGTCATGTTAATGTAGTGCAGGTATTTAACTTTAGTAAGGCTTAATAAAGTTCTTATGTAAAGTTTTCAAGTTAAGACAAAAGAAATGTATGCATTACTAAAATAATTACAGTATTAGTAAAGCGAAATATGGCCATCAAGCATTTCTGTTAAGATTCCTTTCTTGTTTTTGTTTCTGTTTTGTAGACATACATGTTAGATGTGAAATGAATTAGAAAGATATGCAGTGCTCTAGAACGTGACCATGCCGTTTTTCTTTTAG
Seq C2 exon
GGTGGGGAATGAAGACCAGCAGCCAGAAGTTCCAATTCTTTATCATGATGTGACATCCCTTCTGCTCATCCAGATCTTAATGATGCCACAACCCTTACGTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000044308-Ubr3:NM_001081548:31
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.083 A=NA C2=0.088
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: