GgaINT0048890 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011131 | TANK
Description
NA
Coordinates
chr7:23050687-23059914:-
Coord C1 exon
chr7:23059802-23059914
Coord A exon
chr7:23050764-23059801
Coord C2 exon
chr7:23050687-23050763
Length
9038 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
CTTTCATGTTTTACTTCAAGGTG
3' ss Score
9.26
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAATATGCATCCCTACATTCTGAGGCATGAAGATATTGAAACCTCCAACTTATCTTTTAGCCAGCTCTCTGAAAAACTGAATGTAGCAAAGCGAAGAGAAAGACTCCTAAAG
Seq A exon
GTATGGTCATCTGCAACGTGCTGAGTGTAAGATTACATTTGTTCTGTGATTATACTGTGAGAACCTAAGGACAGGTGTCTTTGAACTGTTCTTCCAAAACAAGATCCTTATCTGAACTGCGTGAGTGTTGTGCCCTGTAGTCTAGTTAGTTGAACTAAGCATCTGTCTTTGAAACTTCCCAGTGTAGTTGTCGTTTGCTCCGGCTCCCTAGAATAATTTTGATTAGAAAGTAGGAATTTGCTTATTTTTTTCTTTACCTGCCCAAACCAGCGGTCAAGAAGGGGTTTCTTCATTCTCTCAGAAGAGTTTTCAGACTACAGCCAGTTTGTGTGTTTTTGCAAGAAGTGGAGAATGTGCACTCAAAGAGTGATGGGGTGTTAAATAAACTACCCATTGCTCTGGAGACACGGATGATTTGTCTGATTTTAAGCAGACAATTTTAATATAGTGTCTCTTTTTCCCTATTCACTGAAATAACACGGAAGTTTTCAGTACAGCCTGTTTAGACTAACAGGAATAGGAATAAATCAGTTCTGTAGAATAGACAGTAAATACTGTGGGTGGATTTTGTATGTTCAGTAAAGACAGTGACAGAGATACAAAGTTGGATTGTTCTTATTCTAAGTCATTCTATTGTGTTTTTGAGAGCTTCCATGTAATGCAGGAATCTCATGATTTAGAGTATGAAGCTCCCTGACAGAGACAGGGAGCTGTAAGGCAGCCTTAAAAAGACCTATAACTGTCATGTCCTGGATTTAAAAATAGTTAATTTCAGAATTTGTTTCCTAAGCTATAGCTATGAACATACTATGCTAAATTCACAGAAATGCAGTTTTCAAATCAGAAATGTTAATTAATAATTGTATTAGATTACTGATGCTTATTTAATTATCTTGAAGGAACCTCCTTTAAAACTAAGCCTTTGCTAACATTTTAAATTTATTATTGTTGAAAATTTATATACATTACTTTTTTAAATAAAAAGGAATCCTTACAGATTTTAACATAGAAAAATATATAATCACAAGCTGCCATTTCTTTCCTAAACTTTACATTTATTTGTAGTACAATGTAGTTGAAGGGTTAATTCTTTGATGGAGCACCTTTGCTTATTTTTGCATTTCTCTGTCTTGAATTGGATAATTATTCAGCTTTACAATTGCATATGGAGATGTGACCAAGGCTAATATTCCATGTTCTTGTTTCTGAGCTCTCCAAGATGGTAGCTTCACTTAGCAACTTAGTTGTATAATGACTGAAAGTGAGGGCTGTGTTATCTACTCTTCTCATATGGGAAAACACTGAGAAATTACGTGATCTATACAGTACATTACAGTCAGTGCATGAGAGTCAGGAGTCATTGTTTCAGGTGTTTTTCTTAATGGAATATGTTATTTCTATTTGTCTGCATTTTGGTTTAGCCAGTTATTATGGTTGCCTCTCAGCCAGTTCATCTGGATTTTGGTTCATCTGTGCCACCAATGGTAAGATTTCTGATAAAACTCCATGCGAAATAAACTATATGTAGTCCCTGCGCACTTATGTCAGGCGCAGTCCCTGTCTTTCTGAACAAATGAAGTACAAATAATAATCATTATGGGCCAGGTTAACGGAAGAAAAAAAAGAGAGAGAGAATTCTTCATGTGGTAAGCAGTCACCCAGTAGAGCTTCATGTTTCCAGGGAAAACTGGGCAACTTCTTGGAAGATAAATCTATTAAGTTAATAAAAACATGGGAACTATGGCTATGAAAATCTGGGAATTTATTAAGGGATGCATCATGAATGCCTCCTCCTTTATTGCATTCTTCTCTAGACATCATCTTTTGACTTCTGTTAGACAAAAAAAAAAAATCTTGCCACTGATTCAGTGTAGTTACCTTGTATCTAATTCAATAAATTGTTGGCCTTTTTTAGGTATTCAAATTTGTAAGTTTATATATTTTATTTGAAAGCCTATATTTTTCTAACCGTATTCCATCCCCATTTTGCTCTAAATCAAATAAATGATGTCTACAAATACTGTCCTCTATTGTATTAAGTCCTTTATTCTGCTTTTCCACTGAAATTTTCAGGCTTGCAAAATGTTCAATTCTGGATAGTAAACTAGGTTTACCCATACCCACTGAAACTGTCTTCTGCTAAGTCCAATATAGTTTCTCTGGAGAACTATAATCTGTCTTCCAGTACAGTTAACAGAAGTGCTGGGTTGATTGTAAGAGGTACATGGCTAGTCCTTAAATTTCAGTTCAAAATGAGGTAGGGATTAACTTTTCTGTCTTCCAGCTTCAAAAACTTGGCCAGACTTGTCCATTTTATCTGTCAAATGTTGTTGCCAGCATGTCGTAAAACGTTTTCCTTGTTCACATTTATCCTCATTGGTGGTCAGTACCAGACCACATACAAAATTACCATATTTCTTCAGTCCCCTGCTTGAGGAGGCCAAAGGCACCTGAATTGCTGGTTTTTCTGAGGCTGTTTTTAGGTACTACCAGGTTCAACTTTATTAAGTAGGAAGAATGTGTCTCTAGTTACTGTACCAGAGTCAAAGCTCTCCAGGAGATATGTCAATTAACCAGTGTCAAGCAAAGCTTCTTCTGTGTGCTATTTTTAGTAGAGTTGGACATACAGTGTCCATAAATCATGAAGCTAAAATCAATACCTGTGGCAAGAAGACGTGCTCATGTTCATATTTTCCTTGGTCAGAAGCTTTAGTATTAAATGCTATGTGGAGCTTGATTATCAGGATTTCCTGTGCAAGCCATTGTGTATCAGGAATGACTGATGCACATAAGATACATATTTTTTCATTCTGCAGTAAATGTTTGTCTTGCAAGCTGTTAGCATAATAAAAAGAACGGCAATGTATGGTAGTCTTCTTTGTGCTCAAAATTGTGGGAATAAAATGACTTAGATATCTAAGAGCAGCTACTATGTCAATCTCATAGAGTCAGTATCACCTTCTCTAGTGTCGCTGTTTCCTGTCTTTGATGCAAAGAAAGCTGTACATTAAGATTTTTATGGTAGTCTATGCATTTAGCTTAGTGTTAAGATGCATTTTGTAACCTTAATTAGACCCTGCTTTGTGATTTATGAAATTAGTGTACTGATAGCCTATTTCCTTATTTCTTTACCTGTTTAGTGTATCTCTGCCCAAAAATAATGAATGTGGTTAAGCTGTTGAAAGTCATTACCAATAATATTCTCTGAAATCACTTAGAGTAGTTTGTAAGCTGAGTAACATTTTCCATTGAAATTATTTGAAAGTTAATTTATCCTAGGAATTCATGGCGGGGAAAAAAAAAGCCATTATAACACACTTCAGGGGAACAGTAAAGGGACCAGTCTTTGCAGCAGTACAGTTCGGGGGCTGTGCTTTGGAGCAGCTCTGCTGGAAAGGATCTGGAATGTTCTTAGACAGTAAGATGAGCATGAGCCAGCAGTGAGCCCCAGAAGCAAAGGAAGGCAGCAGCTTCCTGGGAGCACAGATAGCAAACCCAGGGAAGTGAGTATCTCCCTCTATTCAGCATTCACTGGACTGCATCTGGAATACCATATCCAGCTTGGATGCCTCCCATACAGGAAGGGCAATGAATAAAATAGAGTTCAGCAAAGGACCCAACAAAGTAGTCAGGGGCTTGAGAAGCCCCATAAGAAGAAGATGCAGAAACTGGACTTGTTCAGTGTGGAGAAGAAGTGGCTTTAGAGAAAGCTAATAGCTCTCCATAGAGGTTATCTTCATGGTTGTGCATGGCAAGAGGGCTAGAGACAATAGGCATTTGAAGTGTGAAAGGTTCAAACTGAACACAAGGGAAAACTTTTCACCACAAGGACAGACAGACATTGGAAAAGGTTGTCAAGAAAGGTTGTTCCATCTCCATCCTTCGAGGAATTCAAGACCTGGTCAAACATCATAACTGACTGCTGCTTTGATTAGTAGGTTGATTTGGAGAACCTTTTGAGATCCCTTCCAACTTGAATGTTCTGTGAGATAAACCTCCCCAAAAGAAGTGTCATGGTTTGAAGAGATAATCTTTTCATAGTGAAGATATAACCTCTTTGCTGTGTGCTAATTCAAGCATTCTTAAAAGATATATTGTGCAGCCAAGTACTTAACTGAGCAGGTATCACCTATGTGGCATACCTGTCATGGCACTAACCTAAAACTTAGCACACTTTATAATACCACATTGTTTGCAAAATCCAAACTCTGACAGTATAAGAAACTGTAAGATGATTGGGCTGTGAAGGCTTGTATTACTACAAGATCCCCAAAAGCAATCTCTGGTCTTTTTCCTGGCATGATATCCCAAAGTTGCACAAAAATGGTGACTTAAACCTGATATATTTTCATTGAAACATGTTGAAAGGCTCTTCCAACATTGATTCCCACATAGCTTATCTTCATCTCTTAAAACTTGTCCCTGCTGCCTGCAGGAGAAAATGGAAGAAATGGAAGAAAGCTACTGGCCGTTACTGCAATGCTCCTAGCAGTCCAGAAGCTTTTGAAAGTCCACATTTTTTGGAGCTGTAATAGTTCCAAATGGATAAATGCTGTGTGCAGATCAATGCTATATCACAGGCTCAGTGAAAGAGTTAATTTATTGTCATTAATTTTGTCATTATTATCGTTAAGGGCAAGTGTTGTGTTTCACGTAAGCTTTTTCCAAGGTGTTTGGGTTTCCAAGGAGCTTATTTTCAAAGGAAAATACCAAAGAAGCTGGTATTGTGTGCCATTACTTTGTGGGTGTTTTGTTCTGTTTTGTTTTGTTTTGTTGTTGTTTGTTTTCTGTTTTTGTTTTTTATGGAAATTGAATTTGACCAGGGATTGTTTGGGAACTCAGTGACCAAACAATGGCTCTGCGGTGGCTTGGTGCTTGTGAACTTGCACCATGGGATGTTACTGCCCTCCTATTACTGAAACAGCAAAAATCAGTTCCTCATACCATATCTCATGTTTGTTTTGTGTTGTCTTAGATGACCAGAGCACTCCCTGGTACCTCCTGGTAACTATTTCTGATTTAGTCTGTATTACTCAGGTAGAAGAATAACAGTGTAGCCCTGTTCATATTTAACTGTGGCTAGAGGTGTTAAGTAAACAGGTCATAAGCTGAGCTGCTCTATGCTTTTGTGTTTCTTTCATACACAAAACAATACTGAAGTCTTCTTTGTAGCTATGATTTTATTTCTATTCTCATGCTGCATGATGTTTTTCAGACTTTTGTAGTCTTTAAATAACATAGAAAAGTATATAGTTGTAAAACAATGTCCCGCTTTTGGCTCTGCTTTTTCTTCAAAGTATTTTCACATCTCCTGAAAATGCTTTTATGCATGCCTCCATCTCCTCTTAACAGAAGCTATATTTTTCCCCACATTGATAAATATGATTTCTTTTGTCATTCATCAGATATTTTCTTTATGTGCTCTGAACTTTCTGTGCCTTTAATGTTTTCATGCCTCTTGAAGAAATTAAATATAGCTGCTGTAGCATCAATTATAGACATATTATATTTATATTCTTTAGGATTCATTGGCCTAAAGTCTTCAGACACCTTGTTCTTTTCAGAACAAAAATCTTTCTCATTTTTTCTTCTTTTGCTGCTATTTGATTCACACACTTCCCTGGATTCTTACCTACTATGATGCAGTGTACAGATTCTACATTAGAAGACTATAGAAAGTGTTTGATCTGTCCTGTAAGTTCTATATATTCCTCCAAAAGTGGAATATATTCCCCCAAAAGTGCAAAATGTGGAAGGAAGAGTCATTCAGCCTTAGGAATTAGGAGGTTTGCAATACCTAAAGCAGAAATACCTTATCACTTCAGAGGTGTTTGAATGAATGGATTTGTAATATCTGCAAATTGTGGTGAGAGAGGATTTTTTCTAGGATAGGAACAGCTTACTTTTAGACAATGTTTTGAACCCCCTGAGAAGAAGTTTAATCTGAATCTCTGAGATTCCAGCAAGTCCAGAATTGCTCTGAAGCTCTGACCTTAAGTTTACTGTATAAAGTCACAAGTGATACTAAAGGAAAAACTGTCTTCAATACTATTTTTCTGACTTTATTTAGGTAGGTAGAATAGCTACTTGGCACATAACTGTTGTTTCAGCTGTACATGCACGCATCCATGCTTAACCACCTGATGTGTGTGAGTAGACTAACTATGGATCCATCACTATACGGCTGTTATTGTCTCATTTTGGTTGTCTCACTGATAATATGTCATATCTTATAGTTTAGGTTAACCTTTACCTATCTAATCTCCAAACGGACAACCTCAATCTATTTAGATCCTATTTGTAAAAAAACAAACATTCTTCTCAAAAGGACACTTATTTTCTTCTTTCCTCTTCACCTTGCATGACCTTTTTACAGACTGTTGATGACCTATTATAATATCATCAATAAAGATGTTGAAAAAGACCAGACCCAGCATCAATCGCTGGGAAACACCATTAGCTACAAGCCTCCAACTAGACTCTGTGCCACTGATCACAACCCTCTGAGCTCTGCCAGCCAGCCAGTTCTTAATCCACTTCACTGTCCAATCATCTATCCCATACTTACAAGACTTACCTACAAGGATGTAATGGGAGACAGTGTCAAAAGCCTTGCTGAAGTCCAACCATACAAACATCCACTGCTTTCCTCCCATCTACTCAGCCAGTCATGACATCATAGAAGGTTAACAGATTGGTAAAGCATGATTTCCCCCGGTGAATTCATATTGACTATTCTTGATGACCTACTTTTCTTCCACTTGCTTGGAGATGACATCGAGAATAAGCTATTCCATCACCTTCCCACAGATGGAGGTGAGGTTGACTGCCTTGTAGCTTCCCTGCTCACTCTTCTTGCCCTTTTTGAAGACGGGAGTGACACTGGCTTTCCTCCAGTTTGCAGGCATATCTCCCTTTCACCGTGACTTCTCAAAGATGATAGAGGGCGGCTTGGCAATCACTTCTGCCAGCTCCATCAGCACTTGTGGGTGCATCCCATTGGAGCCCATGGATTTGTGTGTATCAAGTTTGCATAGACATTCTCTGACCGGATTCCCCTCAACCGAAGGAAATAATTCCTTTCCCCTGACTCTTCCGTAGCATATCCTGCATTGGAAGGGACCCGTAAGGATCCTGAGTCCAACTCCTGGCTCCACACAGAACCACACAAAAATCTGACCATTCATCTGAGAGTGTTGTCCAGATGCTTCTTGAACTCCAGAAAGCTCGGTGTCATGACCGCTTCTCTGGGGAGTCTATTCCAGTGCCCAACTGCCTTCTCAGTGAAGAACCTCCTTCTGATATCCAAATTCTCTCTTACAGCAGGGTCTGGGATTCCTCAGGGGCACTCTCAGCAGTAAAATGACTAACAACATTAATATGACTGTCATAAATTCAGAAAATTCAATTGTTCTGATTAATCATATATGATCAGATACATCTATGTTTAGCAGTAGAGGGTCTTTACTATCAGTTCAAAATTAATACAGTAGTAAATAAGACTGTCCCTTACTTTAGTTGGAGAAGCTTAATTTAGCTTTTTCTGGACTGCTGAATATTGACATTCCACAAACCTCAGTTCTAGTAAATATACTGGACTTTCTAAAATTGTTTTTTAGGAACAGTTAGAAAATGAGAGCATGAAGTTGAAGCAACTTGAGGACAGAAACAGTGAAAAGGAAAGGAGGCTTATGTCTATTGTTTCCAACCAAGAAGATAAAATACGAACTCTGAAAAACAAATTGAAAGAATTAAGTGACGCCCAAAAGGGTACACAGATGCCAACATACAAAATAGAGGTAAGATAAGAAACCAAGTGGAGATGAAATGTAAAAAACAATCTGTAAAATACAACTCTTTTCAAACACATTTATACTAATTATTCTAAGAAAATGATTTTAAATTTCAACATTATATCATTACTAGGAAATTGTTAAAGTGTGTAAAGCATGTAGGAAACTCTGAACTATTCGATACATTGGTTGGTTTATATGTTAGTTATTTTTACAGTCTATCATCATTATAGTAGCATTTGCAAAAACTGGAGATCAGCATTTCAGTTTTATAATCTTCCATTGGGGGTTTTCATCAAGATTGAGTTGATTTTTTTGCAGTTACCCCACTCTATTTTTGTTACAGAATAGCATCTAGAGTGAAATACAGTTTGGGGATAGCTGCACTGCAGTCACTGGTGGAAATGTAATCTTGTAAATGCCTTTTAGCTAGCTAATTTGAATTGAATACAGGTAAGAGGATGAGCACAGCAACACATAACTTGTTGCTGTCAGACTTTCCAAGCACAGTAAGACATTTGTAACCAATGCTGTTAGGAATAAAGCGGCTCAAATGTTCCAGTAGGAGCCGCAGTTGCACTTTAACACCAGGTAGGCTACGAGTCAGTGATTATAAGCAATGTATCACTGAAATCAGCTAATTTGACAGACGGATGATCATGTCATGAGTCTGATGTGGAGCACATATGAACATATCCAGGCCATCTGGTAATGTAGATCTAGTGGAACTGCAACTTAATGGCTGTTTATTGTAAAAACTTTTAATACCTTGCCTTGACTTAAAGCTACGTAATACTAGAATGAACCACAAGGTGGTAGTCAAAGCTAAGAACATCTTGACACATTCACTTTTGATGTCTTCATTGATTTTTTTTATGAATAAATTGATTATTTTTTTTTCCTAAGAGCTGGAATTTCTGGGTGCCTCAGTAACAAACTTATACATAATACATAATCTGAATCTTATATATGATTGAAACAGACTTACAGTGAAGCAAGATTCTTAGAACCAGTTTCCTTTTAAGGAAGCATGAGCAGAGGAATGCCATCCTGAGTTGCTAAAAACTAAACTAAAAATAGGGATTTCACAAAAACAGTAAAAAAATTTATTTGTCATTTTGTGAATGTTTTGAGTGCTTCCAGAAGGAGTAGATGAAGGGTACTGCGGCGTTTGTAATCATATCAGGGTGAAGAGCAAAATGAATACGCTAACCTGTGATCCGTACTTTCATGTTTTACTTCAAG
Seq C2 exon
GTGAAAAGTAAGAAAGTTGTTCCAGATAAGCCTGAATTATCTATAGGGATTTCTGGTATTTCACCTTTGCCTGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011131:ENSGALT00000033125:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.151 A=NA C2=0.260
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083176=Spc7=FE(32.5=100),PF0192313=Cob_adeno_trans=FE(32.5=100),PF0246513=FliD_N=FE(37.8=100),PF103924=COG5=FE(34.6=100)
A:
NA
C2:
PF083176=Spc7=PD(6.1=26.9),PF0192313=Cob_adeno_trans=PD(9.6=42.3),PF0246513=FliD_N=PD(7.1=26.9),PF103924=COG5=PD(2.8=11.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]