GgaINT0049689 @ galGal4
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr7:34783788-34790024:-
Coord C1 exon
chr7:34789959-34790024
Coord A exon
chr7:34783992-34789958
Coord C2 exon
chr7:34783788-34783991
Length
5967 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
TTTTTCCCCTCTATTCCCAGGTG
3' ss Score
11.82
Exon sequences
Seq C1 exon
TGAGACGGGGAGAGACAGAAGAATACACTCAAAATGGAGGAAGAAGAATATGAGGAAGTTGTAGAG
Seq A exon
GTAAGAAGAAAATCTGAGAGCAGAATTTATTGTTTTCTGCCTCATGAGTGGAAATATTAATTACTTCTCCAAAATGCTGCTCGTGAACATAAATGGTTACTCGTCGTTTGCTATTTGATGACTAGGGTATGATTAGATATTTATTAAATGATTTGATAAGTAAAAGAAAACAACAACAAAAAATACTTGCTATCAGCAGAGCAAAATCTCTCTGGTTCCTGTCATGGTTTCTATGTTTTAATAGGGATTGTAGCCATTTCACACCCCCATCACAAGGTTCTGTGGTTACTCTCCTGCATAATTATAGATGCAGGGGGCCATCTCTTTCCCCCTTGGCTTGCCCTCTGTCATCCAATCCATGGATGACTTTGGAAGCCCCTCTCTGGCCCGGCTTCTGCCTCTTCCCAGTGCAGTTTTCTCCTACCAACGTATCAGATGCCAAAATGGAGCTACACCTAAACCTGCAGATGTCTGTGGAGCCATGTCAGGCATTAATTCGTTGACTGGGCATTTAAACTAAGTTTTATGACTAATTACTTAGTCTCAGTGACTGAATTAAAGGAATTCCCAAGAACTAGGGAAACTATAGCTTTCTGTGTCATTGGAATAAAGAGTTTACTATTGAAAGAGTATATAACATTAACAAAGACTTGTTACTTTGTTATGAAATGAAATTTTGTATTTATGAAATGATTAGGTGGTTGTAATGAACTGCTCAGCGCTTGTTTGAGGAAAGAAATGAGATATTGCAAACAGCCACCACACAACTCTTCCCTCCACACCAAACCCACTGGACTGCTCATTTCAGGCAACATTACAGCACTGGGTCCTGGCTGCCAACTTCCAAAACTTATGAATTAATTAAGATTAATTAAGTCAAACACTTTAGCAGCTAAACGCGTGTTGAGAAACAAGCATTACTGCTCATAACATCCACTTTAGCACACACTGCACAGCCCAGTCAAAAAGACAGCAGCCCTTCGTTGCTTCGCATTACGAGGTTACTTGGGATTGGCTTCATGATTTCTATTATGTGATCTCTGTGACAAAATACTTATTTATTTCTGCCAATGCTTGTTTGTTGATGCTTGAATTTTGACAAGCTGGGCTTTGTTAGCCTGCTTCGTTTTTCCTTTATTATTATTATATTATTATTATTCTTTTATTTCCAATGACTGCCTTCCTGTAAGCAGGTTCCTTGGGTCAACCCCACACTGCCATGGCGCCCTCACAGTGAGAATTAGGGGAAACGAGGATGAGAACGTTTGGTGCAATTTCAAGGCAGCTTAAGAATTTGCTGTTTGTTTTAAATGAGGGCTCTTCTTTTATGTGTATGCCCTGTTTTAAAACTATGAGTGCTCTTATCAGAAATCTATCTTCTGAAAGGATACCTCTGGTGAATAAGAGACAACGTGGAGGATTTTTAAGACCTTTTTTCCTTCTCTGGAGCTCTTAACGTGCACTGAGCATTGCAGCTATTTGTGAGGTGAACGATGTACCAGTGAACGATGCTGACCTGTTACAGATGAATAGCGGCCAGCGTGCAGAAATTACCTCAGAACAGCCAAACGAGAGGTGAATTTACAAACACGGACGACTTCTCTGCTGCTTACCGCGGCACTCGGAGCGCACCTTCACGTGTTTTTGAGGCAGCGAAGCAGGGCGGCACATCAATCCCGGCCCGCGCGCCTCAGCGCCGCCGCCATTTCCCGCCAGGGGGCTGCCCAGGTGTCGGCATGGCGCCACCGCGTGGCCGCCATGTTCGGGGTGGCCTCGGCAGGTGGCGGGGCGGGGCGGGGCGGCCGCGCGCTCCCGGTTGTGAAGAGGCGGCTGCTTCGTGTACAGTCGGTTTCTGACTGCGACGGGGAAATGCGGAGAGCGAAACTGCTGTCCGCAATGCTGTAACCGTCGTCGCCTGTCTTGTGGGACATTTGCTCTGGGCAGGTGGCGCTGCAGGTTGCTTGGGTAAGAGTCGAGAGCATGCCTTGTGCTGTGAGGGCTGACAGTGCCTTTGTGATGAGAGTCTGAGCCATGGGTGGCAAGAGTGGAGTGCCAGCTGGAAACCCTGCTTAAACGATGGAGAAGGGAAAAGCTGCTGGCAAAAGGAGGAAGGCTAATAATTCACCTGCAGATCTGCTTCAGAGCTCTGCCTTATTTAGGCAGCTGGAGAAAGCCACACAGGTGGCTTTAATCACCCCCCAGTGTCTGCTGGGAGGGCCGTGTGGCTGTGCACAATGATCTTGGAAGCTTCTGGAACGTGCTGAAGACAAACTTCTCGGTGCACATGGCTGATGAACTATCTAGGGGAGATGCTCTGCTTGAACATGCTACTTGAACAGGAAAGAACGGGTGGAAGGTGAAAAGGTTGATGGCAGCCTGGGCTGCAGAAACCACAAGGCTGTGGAGTTGAAGATTTGAGAGAAGCAAGCGAGGCAAAGGGAATTATAATCACTGATTTCAGAGGGGCAAATAAGAGCCTGTTCAGGGCTCTGCTTGGGAAGATCTCTTGAGAAAAGCCCAAGAGAGTTGGGTAATCCCTTAGAACAATTTCCTCAGAGTAAAAGATATGTTCATTCCAGCGTGCAGAAATTAAGTGAAAGCTGGTATGGATCAACAAGCAGCTCCTGGCTGAGTTCAGACACAAAAGAAGGTGAGAATAGGAGTGCTTGGGAGGAATGTAGATGGAGATGTAAGATGTTACAAAGTGCATTCCTGGATGCATGGGCAAACCAACAGGGGATGAACAGAGCAGCAGGAATGTGTTATTGTTGGTAGTGAGAGGGAAGCTAAGAGTGTGGGAATAGTTTCAGTGGTCAGAGAACCTCAACGTATTCCTTAAAGGGGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTGAGTTGTTTGTTTGTTTGTTTCATCAATTTTTGTAAGCTTTATTCTGTGGTCTTCCAGGTCTCTGATTTCTAGCAGGGACCTTGGAGTGCTGTAGTATCCACAGTAGAGGAAGATGGAGTTAGGGGTGACTTACCCCACTGGGATGTGTATGGTTCCAGGAGGCCAGAGGGGATGGGTCAGGGGTGCTGATGTCAAAGAAGGGCTGTTTGTCATCTTCAGAAGTTCATTGTATTGTGGGAAAGTTCCTGACAATTGGAAAAAGCCTTGTTATACCCATCCTCAGGAAAGGCAAGAAAGAGGATCCAGGGATAAACAGGCGGTGAACTCCAATCCTTAAGAAGGCTATGGAGAAAATCACCTTAGAAGCCATTTTTAAACACATGGAGAGCAAAGTGGGGGGGAGCGGTGAATATTTGTTTATCAAGGGCCGATCATGGCTGACTAGACTTGGTGCTTTTCATGGTAATTTTACTGTGGCTGTTGATGAAGAAAGAACAGCAAATGGTCCGTACCTGGACTACAGGAAGAGTGCTGAAACAGATTCGTGTAATCTCACTAAATTGATGAGATACGAGCTGGATAAGTGGAGAATAAAGTGGGTAGAAAATTGGCTGACTACAGAGCTCTGAATTCTGATTAGTAGAAGGAAGTCTGACTGGCAGCCAGTAACGGCTGAGGTCCGTCGAGGATCTGTGGAGATACTCATCTGTAGGTAGGAGCAACTCTGAAGGCAGCAGCCTTGGAGGGAGAATTCTCTTACAGTCCTTTTGGCACACTGCCTAACATTTGGGAAGCCCTGTTCTATTGAGTGCTTTCTTTCAGTGTGGTCATCACTCGCCTTTCTTATGGATTGTTAGGTAATGGTCCTTCATTAACTACTTAAGAGGAAGATCAACAAAGGAACATAAGGAAAAAATCCAATCAATGCAAAAAAATAACAACAGATCTTCAGGACTTGATAATGTCTTTACAAACTGCTGTCTTGTTTCTCCTGAGGTGTGTTTTTAAAACAGTCTTTCTAAGGGAGAGTACGGTTTGCTATTCTGTATGATTTGTCCTAACAATGACTTTTTTTTTTCTCCTTTCTTTAATAGTACTACATTGAGGAGACAATTGTTGAGGAGGGTGAACCATATGAGGTAAAGGTTCCTGTGAAGTTGAATGCGATTGATATATGCATTAATTACATTATACATGTAATTAATGTGTAATACTAAACTAGTGGCCTTTTGCATTCTGAGGATCAGTTTTTCCATAGTAAGCGCATAGGTATCAGTGAACAATTGCTTTCAATATTCTTTATTTCCTCTTCAAGACCTTGTTGTGGGCTGACCAAGAGGACTTCTAGCTTTTTTTTGGGGTGTCTGTCCCATCTGTTTATTAGATTTGCATTTGGGATTCAACCTGGATGTGCAACTACTGTTTGCCACTGCTTTCCATCAGAAGGAGCTGAGGATGTGCCTGACAGAAAAGGACTATGCCGATTTCCATTTCCTAATACCATTTGAGTAAATAATTGAAGACTGCACTTTTGAAGAAAGCCTGTCGTGTTATTTTTAACCGCTGCATTCATCAGGTGTTTTAAATTCCATAGCCAGACTGGATTTAAGGGGAGCAATAGCATGGCTATTTCTTTGTCAGATTTGCCTCAGATTTTGAAAACAGTACTGTGGAGTGAAGAATCACATATGAGTATGGATGTCTTTTTAGCTAACGTGATTGGATGTATTTCCACCAGCTGTAAGTGCAGTCTGTGGCATTAGCATCATGCAGGCCTACGAGTTATCATATGAAGATAAAAGAGAGGGTTGGGTTTTTTTTTGCATTAAATACTGTATTTTCAGAAGGAAGCCTCTCCAAGCTTTAGAAATACAGTACAGCTTCACAGTACAGTACAGTACAGCAAGAAAGTGTGTAGCTTCACTACTTTGTTATAAACCTAACATCAAGTAATGCTTTTCTGAGTCTTGCCTAGGCAGGTTTCAAACTCTGCTGTGCTTTCAGTGCCAGAACTTAAACGAACACTTACTTACTTGAAATGAGTTGTAAGAGATTAATCTGTTGTGGTGCAGAAGTAACTATTAACATCCTGACACGTCATTAGTGAAATGTAGTTAATGTTCACATAATAAAC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Seq C2 exon
GTGGTCACTGAGATCACTGACAGCACTAGCACAGAATTCACAGGTCCTACAACCATCACCCGTACGATTGAGTATGAAAAAACTTCTGGTGAGGGTGCAGCAACTCCAGTCAGGAAGAAGACGATACGGACAAAAATGGACACTTCCAAGTTCTTGACACCTTACCTGCAGCACAGTAATAAAATGAAGGACCTGTTCAGTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000028654:ENSGALT00000020410:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.588
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0088013=Nebulin=PU(53.6=22.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]