DreINT0103433 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000032630 | neb
Description
nebulin [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041111-216]
Coordinates
chr9:23074113-23080650:-
Coord C1 exon
chr9:23080588-23080650
Coord A exon
chr9:23074230-23080587
Coord C2 exon
chr9:23074113-23074229
Length
6358 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
TTAATTGTTATTTTCCTAAGCCT
3' ss Score
3.66
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGACTGAATCTGTTTGAAGATGGCATCGGAAGAAGAGTATGATGATGATGTTGTGGAGGAG
Seq A exon
GTAAGATCGATCCAACTTGTATTGGTTTTTTAGTTTATCCCCTCGTTCATCGAGGAACACTGCGCTACATTATTTGCTCTGCCCCTTCAGTAGCTTATATAGGCTTTTCACATTAACGCCCCATAGATCTCAGCCCTATAGGTATACTGGTGAACCCTATGAATAGTGATCTGGTATACTTCCAGCGTCAGCAGTTCAGTATGAGCTGCCATGTCGTATATATGATTAGCATTGGATCCCATTTCAAATGACCTCTTCCTTGGAGGCTCCAGTGCAGTAAATTCCATTTAATATGTGTTACATTCCCAGTAATGAATGCATCAGTGTGGTCTTTTCAGTGCACACAACTCATTTAATACTTTAATGAAATCTCATTTAGCCTATGCGGCAAGTCATCTTGACCGCTTTTTAATGACCCCTGCAGCAGTTTGTCATAACCTGATGATAAGATTGTATTACGAACATGCTAATGTGATGTTTTCCTGATCAAACCTGAATGGAAATAACCATTGTTAGATATAATACTCTAATTTTTATACTAACAGTGGGATTATGTTCTGTTCAGAGCTGCTAATTTGGCTGCAAGCTTCATTATGAGTGGGAAAATGTTATTTTAAATCAAATATACCATTTTTAGAGGGAGTTTTCAAGCTCCTTTTGAAGCTTCCAGCATGTTTTGTTTACATCATTGTGTTTTTGTCATGTTATTGACTGAAATGCTATCTGTGTGAATGATAATTGTGTCTGTCTGAGTGTTCAATGGAAGAGTGAAAGCAGAAGGTCCAACTTTAATTCAGTATTTCCTAGAGAAATAGAGTTAAAGTAGACTTTGTATACTTTCATGTTCATTTCTGTTGCAGATATCTTATAGGGGTCTCCCCAAACTATTCCATATACTTATGTTCATTTTAAGCAAACAAATTATGTGAATTATTTGGGTTCCCCTGTAACATATCCAGGAAATGGAGATTTGATATAATGTACTTTGAGAAGACGGAAATCTCAATGCAATATTCTGGAATAAACACTACCGGTCAAAAGTTTGGGGTCAGTAAGATTTTTAAATGTTTTAAAATGAGCTTCTCCTGCTTACCAAGGCTGCATTTATTTAATCAAAAATACAGTACAAATTGTAAAATTGTGAAATGTAATAATAATTGCACTATAAAATAACTGTTTAAAAGTAGTTTATCATTTTATTTTTATCATTTATTCCAGTGGTTTTAATTATGAATTTTCAGCTTCGCTATTCCAGTCTTCAGAGTCACATGATCCTTCAGAAATCACTCTAATATTAATTATTAATATTATTGGTAATAGTAATAAAAGCAATAATGACTGTAGTAATAATTTCATTTGAAACTACATACAATAAGAAAGCAGTTATTTAAATATTTATTATTATTTATTCTCTCTTTATTATTTAAATATTTAACAATTTAACCATTTTTTACATTTAATAAATGAGTACATTGAACAATTTGCAAAAAAAAAAAAAAAACTGACCCCAAACATTTGAGCGGTAGTGTATACTTGATACGCTCTGATTTCACTACTACTTTCATCCACACTTAGAATAGGATATGTGACAGGCATCAGCATTATTAAGAGGGCCTCCTTCATTGGATCTGGAAAAAGCAGAGAGTTACATTTTGTTCTGTAATTTATTGTTGGTTTTTCAGATGACCCTGAAGCACAAATCTGTTTTCAAGTTACAGAAGTATAGGTTTGCCATTTTATAGGTCAAAAGATTTCCTACTATGTATATATATATATATATATATATATATAAACTAAATTTTGTATTAGTTATGTGCATTGCAAAACATTTAGAAAGCTTTAAAGGTAATTTTCTCAATATGTCGATAAATAAATAAAAAAAACATATTCCAGATTTTTTAATAATCGTACGTTTGCTAAATATTGTCATACCCTAACAAACCATATATCAGTTTTATTCAGCTTTCAGGTGATTTCATTTAATTTCATACCTTATGACTAATTTTGTGGTCCAGGGTCACAATATAAAGTGCTCAGCATAATTGAGCACACCCTAATTAGAAAATATTTGTATACATTTCTCAGTAAATATATGGGCAATGTTTTTTGGTGCATTTAAAACGAAACAGATTTATTAAACAGATATAATTATTACAATAATATTTTAGTCACCAAACATATTGGTGACTAAATTATTATATATTTGAATAATTTTTTAAGTGTTAAATGTAGCAATTATAGAAAATAAATCTCAAAATGATCTACATTTCTGAGATTTTATTAATATATATACTCCCCATTAATGGAAAAGTGGCCTTCAGCTTTGGCTGAGTTGTTCTTTCATGAGCTACAAATATAGCAGTGGACATCTATGGCTGACTCGCAGAGAGGCAAATGAGACGAGCTGTGCTGTAAATTACACTACTTGTGCTGTTAACGTCATGCTGTTAAAATGCTTTGGGGGGGCAGGAACTATGGAAAAAAAACACCTGTAAGTGTAGAAGAGGGAAAGAGATTTTACTGTACATTATATTACGTTAGATGTTCACCACTTTCCATGTCCCACATCTTGATTGATAAGTTAAATGTATCTAAAGCCCATGGTAATAAAACTCAGTGTATTCTGCTTTCTCCTGATCCAATTAAAGAATCTAGCTGTTAAGTATTTTTCCTGCTCTGGTTTCTTAGTTGGTCCTTATATTCGAAATCTTAGGCCCTCAAGATGGTTCTGTTTGAGAGCGTTTTGCCTTGATATTTGGTATGGTCCAGTGCATTCTCCAAAAAGTTTGGTAGTCACATGTGTGGCTTAATGTGCTACACTGCATTCAGATATTTTATATTTGAGTGTTTGTGTTGGAATTTGTTCCCTGACCCGCTGTTTCTATTTACTACCATGACAATAACATAAGCTGCAAATAATAATAGTGGTGAGGTCATTGGGGCACTAAAATGTTCTTAGCACAGCCTGTCATAAGCCTCTGTCAGTCTGAGCCCGGCTGGGAAAACAGCCTATGATGATATTTGTATTCCATAAACTACTGAGATATTCACCAGTGTAATGGCAGATGAAAATAAGAAATTTTAATACTGAAGCACAATGTAGTAAGTAAGATTTAATGACCAACAACATGTTTGTGGTTTCTATGTCAAATTAAAGTGATTTTATATACATAAAGATAACATTAGATGAAAGAAAAGTGTTTACTCTAAAGTTTCAAATAACTTTAATAAAATGTCAAAATGTTGATGGAAATTTGATTTAGCATAACTGATGTATGTAAAACTGACAGCACACTTAATTTCACATGTAATGTAATGTGTGTATTTATATAGTGCATTTATTGTGTATGGCCATACACTCAAAGCGCTTCACAATCATGAGGGGGTCTCTCCATACCACCACCAGTGTGCAGCATCCACTTCTTAGATGATGCGACGGCAGCCACAGGACAACGGCGCCAGTGCGCTCACTAAACACCAGCTATAGGTAAAGGGCATAGACAGTGATAGAGCCAACTTGGTAGATGGGGATGATAGGGACGTCAGGATGGTAGGGGCTGATGGAGGAAATTTGGCCAGGACACTGGGGTTACACCCCTACTCTTTACGAGAAGTGCTATGGGATTTTTAAAGACCACAAGGAGGGAGATTCTCTGTTTAACCTCTCATTTAAAAGACAGTGCTCACTGACAGTATGGTGTCTCCTTCACTATACTGGGGCATCAGGACTCACACAGACTGCAGGCTAAGCGCCCCCTGCTGGCCTCACTAACACCATTTCCAACAACTAAATTTTCCCATATGGTCTCTTATCCAGGTACTGACCAGGCTCAGCCTTGCTTAGCTTCAATGAGTAACCGGTCTTGGGTTGCAGGGTGATATGGCTGTGACAAGTAGTTATTAAAATATATATAATAGTAAGTGATCGTACTATATTTTTTGTATTTGAAATGATTGAAAACTTGTTGATCAACCTGTTTTGAAGGATTATTGCACAATTCAAATGATAATTAATTAGCATTCGATGGCTGCTGCCCTTAAATATCCTTCTATATGTCACTTTATATCATTAAATAGTGATTATATGTCCAGTAAGATTGTTTTGGTATTTTAATGATTTTTCTCTTTTAAAGATTTATTTTTGTCCTTTATTAAGTGGATAGGACAGTATTTCAGACAGGAAGCAAAGTGGGAGAGAGAGAAGGGGTAGAAACAGGAAATGTCCTCAAGCCGAGATTTGAACTCAGGATGTCCTGAAGTGCTACTGCACCATATGTCAGCATGCATATGTCACCATGCCTTTGGTAGATCATTTTAAAATTGTATGGTAGTTATTAGTTATTACACTTTTATTACAGTTTAGTTTACTTTTAAAAGTTAAGTAAAGTATTTTAAAAGTGTTTGATTGACTTTTTTTTTTAAAGTGACTAAAGCCATTGCTTTAAAATTATGAAGTGAATTAACTAAGGTCATAATCCCAAAAAATAGTCAACTTTTTACTCACTTCTTTTAAGTAAAGACAACTTGTCACTTTAAATTACCCTTTTTAAGGTAAAGTCACTTTTTACTGTGTGGTTGGTATTCTTTAGAGACCCGTTATATATCCAATGACCAATATATCATGACATTAAAAATAACCTTAATAACCTAAAAAGTGAATGCAATAAAGAATTAGCTCTTCTAATGGAGTGAAAAACGTGTTTTGCTGCTTGTTCAAGTTACTTATTCAAAATAAGTTGAAGCAACACAATTCCTATGTTGTTTGGAATAACTTAATTGTTTTTTGATCAATTCACTTAAATTTGTAAAAAAATAAATAAATAAATAAGTTAACTTAATTTGTGTTTGTGAAGAAATTGTCAAGAACCCAGCACTAATTCAAGACTGGCTATTAGATAATTTCACAATTATGTAAACCTAATAACTGATAGAACAGTGACTTAAAGAGGAGCCATCTACAAGCAAATGTTATTTTGGTCATAATGTGATTATTTTTTGCA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Seq C2 exon
CCTGGACCTGGTGGTCTTCCTAGGTGCTCAGTCAGGAAGAAAGTGAAGGTGGACACCTCCAAGTTCATGACTCCTTACCTGGCACACAGCCAGAAGATGCTGGACCAGTACAGCCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000032630:ENSDART00000143888:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.908 A=NA C2=0.304
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0088013=Nebulin=PU(55.2=41.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]