GgaINT0066889 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015624 | VCAN
Description
NA
Coordinates
chrZ:61396270-61406137:-
Coord C1 exon
chrZ:61406068-61406137
Coord A exon
chrZ:61396642-61406067
Coord C2 exon
chrZ:61396270-61396641
Length
9426 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
ACTCTCTTCCATTCTTCTAGTTA
3' ss Score
8.44
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTTGTTAAACATAAAAAGCATCATATGGATGTGCTCTACGTTAGCTATAACATATATGCTACCTAAAG
Seq A exon
GTAAGTCTGTTATACTTGGAATAATTTATTAAAATTCATTCCAGTGACAGCAGGACGCAGCATGGTCCAACTGATAAAGTATTTCCCAGGACTGGGGAAATGCGTTTTCTGATTTTATCTCTGCCACTCTGCTGTGCTGTGTAACTAACTTTGTCCCTGTTTTCTCCCTTTTGCCTGCTGATTTACATAGAAAACTTTTGGCGGGTGAGCATGTTTTTGGCAAGGTTTTTGCACATCTATTTGTGTCTCCTGTGGTTTGTCAGTGACATTACCATAATTCAAGTAATGATAAAGACAGTGTGATAACGTGATAAAGACATTACAAAGCATAGAACGAAACAGCTTGCCTTCTTCAAATGTTCAGGAATGTGACTTAACTGCTTTAACCTCTGCTTGTGAAATGTTGGACCTGTTCATCAGATATGTCTCACACCTTCATTTGGCATGGCCCACAGAGGAGTTCCCCTGCATGGATGAAGTGGAGACTCCAGGGGGAGAATAATTTTGGTGAAAGGAAAACAGCTTTCATGAGGGCTTCAGCAGTGAGCAGTGCCAGCGCATGAGAACAAGAGCAGTTTGCTGCTACAGACCTAGTCATAGAATCATAGAATCATAGAATCGCTAAGGTTGGAAAAGACCCACAGGATCATCCAGTCCAACCATTCACCCTTCACCAGTGGTTCCCGCTAAACCATGTCCCTCAACACAACATCCAAACGCTCTTTGAACACCACCAGTCTCGGTGACTCCACCACCTCTCTGGGCAGCCCATTCCAGTGCCTGACCACCCTTTCAGAGAAGTAGTATTTCCTAACGTCCAGCCTGAATCTTCCCTGGCGCAGCTTGAAGCCATTCCCTCTAGTCCTATCACTAGTCACCCGAGAGAGAAGAGGCTGACCCCCAGCTCACTACAACCTCCCTTCAGGAAGTTATAGAGAGCAATGAGGTCTCCCCTGAGCCTCCTCTTCTCTAGACTGAACAATCCCAGCTCCTTCAGCCGCTCTTCATAAGGTCTGTGCTCCAGACCCCTCACCAGCTTTGTTGCCCTCCTCTGGACACGCTCCAGGGCCTCGATGTCTTTCTTACAGTGAGGGGCCCAAAACTGGACACAGTACTCGAGGTGTGGCCTCACCAGTGCTGAGTACAGGGGGACAATTACTTCCCTGTTCCTGCTGGCCACACTATTTCTGATACAAGCCTGGATGCCATTGGCCTTCTTGGTCATCTGGGCACACTGCTGGCTCATGTTCAGTCTAGCGTCAATCAACACCCCCAGGTCCATTTCCTCTACACAGTCTTCCAGCCACTCTGCCCCAAGCCTGTAGCGTTGCCTGGGGTTATTGCAGCCAAAGTGCAGGACCCGGCATTTGGTCTTGTTGAATCCCATCCCACTGGCTTCAGCCCAGCTATCCAACCTACCAGATCCCTCTGTAGGGCCTTGCTACCCTCAGGCAGATCAACACTTCAAGCCAGCTTGGTGTCATCTGCAAACTTACTGAGGGTACACTCAATGCCCTCATCCAGGTCATCAATAAAGATATTAAACAGGACAGAGCTGACCCCTGGGGAACACCACTCGAGACTGGTCGCCAGCTGGATTTAACTCCATTCACCACCACTCTCTGGGCCCGGCCCTCCAGCCAGTTCCTTACCCAGCCAAGAGTGTATCTGTCCAAGCCACGATCTGCCAGCTTCTGCAGGAGAATACTGTGGGAGACAGTGTAAAAGGCTTTGCTGAAGTCTAGGTAGACCACATCAACAGCCTTTCCCTCATCCACCAGATGGGTCACTAGATCATAGAAGGAGATCAGGTTGGTCAAGCAGGACCTGCCCTTCATGAACTCATGCTGGCTAGGCCTGATCCCCCGGTTGTCCTGCACGTGCCGCGTGATCTCCCTCAAGACAATCTGCTCCATAATCTTCCCCGGCACCAAGTCAAGCTGCAGAGGTGGCAAATTAAGTGCAGGAGTCCTGGGTCTACAGGAACAGCAGTTCTGCACACCAACCAGTCAGATCCCAATGCATGCACTCATGTAATTGATGCAACAGCAGCCCTATGAGTTTGTATGTCTCTGACACTCTATATTCGGGGTGAAAAAAGTGCCACATACAAGTGAGATATGGAGGAACCAAGAGCCCCAGACTCTGCCTGCCTCTGTGACAACTGAAGAATGATCCTAAGGAGGCATGCTTTTGGGGTGGGCAGTGTATCTGCCAGACCCTCTGCTGTGGGGGGGCTGTAGGCCAAGCTCGTTGGAAGCTGTGGCAAGCTCCTGGCTGCTGGGGCCTGGAACAGGAACATCTTAAAGCAGCTGCAGGTCTTAGCTTTGGGTAGAAAGTAGGAGCCCTATTTACTTCTCATGGTGATTACATGTTAACACCGAAATATATATCCATGTATGATTGCTATGGTTTGAAACTTTTGACTCAAAATTAGTAGGGAGCAGGTCCCTACAGCAGCTGCAGACTCTGAAAATTGGGATGATAGTTTTCCCAAGCCTCAAATCAAGACAATTATTATTCTACTTTCTTCTTCTCATGAGCCTTTGGAAAATCAAATATACTCTATACTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTGGTAGCTCTTATACTGTGTCTAGCAAAGTTCTTTCTTAGGTAGTTCTTCCTGTAAGATAAAAACTGTTCTGCTTAGAGTTGACTTTAGAAGAAAAGATGGTGGGCTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTCTTCACTCAGGTTGGGAGCACTATCCTTCACTGTTTCCTGTCATCACTTCCTCCTTCAGTTTCATTTCTCCATTCTTTACTAAACACACAGCAGACCAAGACAAGTAGAAGACATTCTCAGAGACAAAAGACTCAAAGCTTCCGGGAGGGGCAAGGTGCTGAAACTAAGCTTCCATTTTCTCATTTATTGAGGGCTGAGATTCTTTTGGTTATTAAATGTCAAGCTTTTTCTTTTTCCCCCCTTGCCCCCCCATTTTTTTTTACTCAGTAAAATGTCTGTGAGTGTACACTGATGTACAGCTCTTGGATCTGCAGGCATTTAATTATTTGTTCATATGAAGTATTCTGCAAGGCAAAGCAAGTGATTTTCAGAAGAGGTCATGGACTAACAATGTCAGTTTATGTAGGGAACTTAAAAATTTTTATTTACTAAGTTGTAGCATGATTAGTCAGCTTTAAAATGGAGTAAATGCTAATACATCACTCACCTGATGAGAGGTATGAAGTTAAGATTTTAGCTGATAATCAGCCTTTGGGTGGAGAGCATGTAAGAAGAGAATAAGCAAGACAAATGAATCTGACATTATATGTAATGCTGACATTTCTGTTACAACCTATTGAAAATCTGATCATGCTTATTTAGGGCATAATTCAGTGGTCAGTCTAATCTCACATACATCATTTAACACTACATGGGGTAGTTGTGCCCCTTCTCCGTACCCTAGTGTTGGCTGACATGTTTTTCTTTGTGTTGACAGTATTTATGGGGATATACGTCCAGCTCAGTCAGGTAAATGACTTGTCTGAAAGACATCAGATAACCCTTTTTGCAAGTTAGTTTTCAGCTGGATCAGATCTTTGATCTGCCTCTCTGATTTATGCAATTGCTTGAGCTGATAGAATTAGGGGATTGGGAGTGCATCAGTGTCTGTGGAGAGGTGAGGCTGACTGGTAGAACAAGGGATGACACCATTAGGTGCCCCTGAACTTACTCCACCTTTCATCACCTCTGAAATGGTTTATAAATGGTTCGTGTAACTTCCAGAACACAAGCAAGATTTCTGTGAGTGTGCTGGTGTGGTCATCTCAGGAATATAGACAAGTTCTGACCTGTCCTTATTCACTTGAAACTTTTGGAAGAAGTGCAGAAAAATCCTTGTGTTCCTAGAAGTACATTGTGGACTTCATGGGTTTTATTTTTGAAGTTGAAGATCATATGTTAGCCACAGAGGCTCTCAAATGTGAAATTCTTCAGAATACAGCCATGCTGATGAGGACAAAAATGAGGTAAACTTTAATGTGAATCAATCCAATAGAGTCTGGGCTTGATCCATATATTTCTGTTTTGTAGAAATATTAGTAAGTTTATGTAATAACTCTTCTGAGGATGAATATTACAAGGTCACAGACAAACCTTTCCAGTCCTGCTGTTTAGAACAAAGAGAAGGAAAAAACACCTTTAAAATAAAATCTGTGCTTGCATTTTGAAAAGTTAGACAGGAATTTCTTACATTTCATTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTAATCAGGAATTTGAATGTAAAATTGATGCCTTGAAATCTTTTGTGAAACACAGATTCCCATGCTTCTGTTCCCCAAATGGGTTTGGTTAACCATAAGGGTTAACTGAATAGTCATTTGCCTATGATTAATGGCAGTGTTGCCTTTTGGGCAAAAGTGTTCTGATATCTTAGAATCATTCTTTTGAAACTCATATGGGAAATTTGTCAAAATCAACAATTATTTTATGAAAGAAATAAGCTTTGGCAGTTGTCATTTTCTGCTAGGAAAAATGTTGTGTTGAAAACTTTAAACATCAGTTGAGACTACGAATGTTGAAAAATGTGTACTGTTTAAAAGCTAACCTTACTGTCCAGTCTGCACAGCAGCGTTCTCTAATCATCTGTCATTCAGTCTGATGTTTGATTTTGGCATCATTGATTCAGTTGTTTCCTGGAGCGTCTTCCTAAGCACTTCCTTTCCTCTTCCACTATCTCCAAAAGGCTTTCATTGGATGTTCCCCCAAGCACCCCTTTTTGAAAAAAAAGCAAACAAATTTGTTAATTTCGGAATCCAAGAAAAGTTTTAGGTTATTGAATTGTAGAATCATCAAGGTTGAGAATTCCTCCAAGGTTATCTAGACCAACCATCCACCTACCACCAATATTGCCTCACTAAAGCGTGCCCCTTTAGTACAATGTCTAAACGTTTCTTGAACACATCTGGGGCCGTGACTCTGCCACCTCCCTGGGCAGTCTGTGCTAGCACCTGACCACGCTTTGATAGAAGTCTTTCCTGATATCCAACCTAAACCTTCTCTGACACAACTTGAGGCCGTTCCCCCTTGTCCTACTGCTTGTTATGTGGGAGAAAAGGCTGACCCCCATCTTGCCACAGCCTCCTTTCAGGCAGCTGTAGAGAGCGTTAAGGCCTTCCCTGAGCCTGCTCTTCTCCAGACTGAACAATCCCAATTTCCTCAGCCACTCCTCATGAGACTTGTGCTCCAGAGCCCTCTCCAGTTTTACTGCCCTTCTCTTGACACTTCAAAGCCTTGATGTCTTTCTTGTAGTGAGGTGCCCAAAACTGAACACAGGGAGATGATAACCTCCCTGCTCATTCTGGCACAAAACTGAAGCTTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAGATTATAAGCACAAAGTGTTCTGCGTTCACCACTAAGTATTATTCCTGCCTTTGTTTTCTCTTTCACTCTCATCTCCTTGAATGGTCACATTCATAAATATCTAGCATATTTGCCTGGCTTGCTCCTTAGATTTTATGTAGCAACAGAAGTATTTTTCCTTAGAGAACTGAGAATGCTTTTGCATGACTTGTTTAAGGCTTGAAATACTCAGAAAGTGTTTTTTGAATAGGAGGGCAGCAGGAAATACGGTGTAAGCTTCTGGGGTTGCAGGAGTGCCTTTCCATAAGACCGTTGCTATTTACTGTGGTGCATGTGAAAGATTAATGACAGAAGTTCATGAGCGAGGTTTATGCCTGCTCCTAGCCTGCCATTTACTCACTTTGAACTAGCTGGTGTTACAGTTCTGTAGTTCACAAGCTGGACCTGTGATTATGATCATTGTTGAAGTTTACCTCACTCATTATAAGCTACTATTTATTATGTCATGGATAAGCGTGCTTTCATGAAAGCCCTATAATCCAAAAGAGAATACAAACACCCTAGGTTACAGTATGTGATAATGTCCTTTTGAAGGTATATGAATAATATACATCAATTTAGCATATCATGTTAATGTTATATATGTGCTGTAAAACATGTGTGCTTTGCTTATAATGTTTGCACATCTGTATGCATGTTACACTGAGTTCAGCAGCTGGGATTTATGCTTTTCTGGCAGATTTTCTTGCAGAATATGATGATGATTGTTTTTTCATTATTATGCCTCCTTCTCTTACTCTGTTTCTTAAGACTGCAGGGAATGTATGGGAAAGGTCCTCATTCTGCTCCTGCTTCTTATTCTAATATTGAAGCTATTTGATATTTAAATTAAGGAAGACACAAAAACCCAGCTGCTAAGACACAGAGACTCTGCTGGTAACCTGACTGCATGTCATACTTTGGGCTTGAATCTGCTGTCCCATCATTTAGTACAAAGCTCCCACTGATTTTATTGGCAGTTCTGGAAAGATAGATCTGTAGCCAGGTTACTTGGACTTAACTGTGTATTTTGTTTCTTTATTGTCTGTGTATTTTCCCTAAGGTCTTAAATATGCTCAAGAGTGATGCATTTTACTTAGCAACAGAAAAGAATGCTCATATTAATTGCCAGCCAGTTTAGTCATATCAAAACAATATCTCATTTAAGAATGTTATCAGTGTTTGAGGTTTTACTTGGGTAGGTGAAGATGTGGTATGAAACAGTGATTGGGTAATCACTGTTTCATGTGGTGATTGGGTAAATATCTGCTTTTCTCAGTTCGTATTCAAATTTACAAACAGTCACAAAATATTTTGTTTGCATTTTGTTGGCTGCATCCCTTCTAAGGTAGGGTTTGTCTCAGCTAGCTTGCACTACTGCAAGAAACCAAGTTTTTTGAAACTGCACAGGAATATCTCCTAATCTTCAATGCAAAACTTTTTTTTTCAGTAAAGTGTATTTTCTCCCCTTTTCTCCTCATCTACTAGTCAAAACAGATTGCTTTTTAAAAGCACTTCATAGTGCTTTCTACAGCTAAATGAGTCTGTTTGTAGGTACATAGTTTTCCCTTATTCTGGGATGTAATCCAGTTTAGGGTAGATCTAATTTGCATATCATTATGATACGTGTTTGCTGTCGAGGGTTTCATTCTACTGATGAGAAGACATGAATTCTAAAGAGGAAATTTCCTCAGGGTTTGATCACACATAACCAAAAACAACTCTTGAAAGTTTATTAAAATTCTGTCAGTCAGCGTAATTATAACTAGATCATTTTTCATTTAAGAAGTTCCTGTAATGTATATAGATGACAAGAGATCATAATAAAAACTAAATATTTTGAAACTGATTTTAATCTCCCACCTGTGCGATTTGGCAGTTTTTCCATCACAACTGATAGGATTGAGTATTCATTCTACTTCTTTAGCTCTTCCCAACTGTAATTAAATAAAGTTCCAAAGAATTAAAGGTGATATAAGAGTCAGTGATGTTTTCCTACTATAAATCTTGGGATAAAACCAGCCCATTACAGTTTTTAGCAATCAGGTGGCTCTAAGGAAGTCAAGTTTTTATTCCTTTTTAAACAATATCAGATGACTTCCCCAAATTCTTGTTTCAGTATTTTTTTTCAAAGAAATGTGTTTGCAATCAAAGCTTTTGAGCTAGTCTGTAGTCTGTAGGCCTGTCTTAAAGCTTTGTTAATTGCCCAGACTTAGTTATATGTTGGTCCTGTTTTTGTCATTCACTGTTTTATAAGCACATCCTTGCTAGATCGTGCTCAGGTTGTGTGAAACAGTTAGGTTGTGTTTGTTGAACATGAGATGTAGTATCTCACCAGTCTTTGCTTGTAAGACTGAAAATCTCACTACATGCTTGAATCAGAGTGAAGAATCTTGCTGGTAAATCAGCTCAGTTCTGTGTGAACTTTTCATTTGAGCTTTGGATGCAGTGCAGCTGTATTGGCAGAGTGCTACACCATTGTTGTTAGACTCTCTGTGGTCTAATCAGTTCTCATAGAGCTAGCTCGAGTGTTTCTGCATTGAGTTCCCAAGAATCTTAACTTAGGTAGGCATGAATGGAAATGATTTGAGGACTTCCGTTCCAACATCTTGGTCATCCTTGGCTGGGCCAGTATTTTTCTGGTTAGGACTTTTTTGTAAAAATGCATGGCTGTCGTACTGGTCGTTATTGAATATCTTTGTAGATGTTTCTATTAACGTTTTATCTCTGTGTGATGCGCATATGTTAAAATACATGTCAGCTTAATAAAGAGTTTTAAGTTTTTTTCCCCTTTTCTCATTCCCTCCTGTTTTTCCTTCAAAATATTCTGCTCGTTATAGTGTGATGATATTTTTGATGGTAGATAAATATCTAGATAACTTTTCAAGTACTGGTATCTCATATTTCCTGCTGGTGCCTGGTATTTGAAGTCATTTTGTTTCTAAACTTTATGAATCCTTGATGACTTCAAATTAATGATTAGCATTTTCAGCCTTTGAAAAAATGTTTGATTGCAGGTCAGTGAAACAGGAGATATGGATTCTATTATATGTCAGCCTTTAATCTTCATTAAGCCATTAAATATGGTGAAATAACATCACGTGACAACATAAATCTAACAGAAATCCTGTTTTCAGACAGTTGTTGTGTGCAGGTTGGATGAACAGTAGTCAACTTTCCCCTTGGGATATTGTCAGATGGAAGCATTTCACTGTAAAGTGTTTGCAGCTGGAGATGTCATAAAAATGATAAAGGTCCTATCAAGTCAAGTTTGAGCCAAGCAGGGACTTTCTGTGTGCTTTGCTTCTTTTTTGCTTTAACATCCTAAAATACCCCATTTCTGTAATGTGTTAAAGGCCCCTGGGCTACAAGGAAATAATTTCAAAAGAATGACAATTTAGGATAATCTCACTGAAAAGGCTTTTGTTTCAGCATGTATACAATAAAAAGAGTTAACCCTTGAAAGAGAAATGGAGTAAGGGATGCAACGTATGCAAAGTCCTAGGCTGTGTTTTACTTCTGGGACGTGAGCACATGAACAGGCTGCTGTAAGGTAAAATAAGGTGTAAGCATCACTAGCTCCCTGAAGTGCCTAGTTTTGGCCGGCAACAAATGTGAGGTAGCTGGTTGTCTTTCATCAAATGGTTTTAGTCTGGTGAAGTTTGAAAATGTAGCTCTTACAATTCAGCTGTCATCTGTAACCTTCAAAACAGTTTCCAAAGGAAGCCAATATTCATCCATGTTACAGTCAATGACTCCAACAAATGGAAAAAAACAAATCAAAGAGCAGGGAATTAATTTACCCAGACAGGAAAGGGCTCAGTCAAGGGCCGAGGATCTGCTTTGGCTTACTCTGGTCAGACCTGTTGTGAACCAGCTAGGGTTCATAGAGTTCAGGTCTTAAAAGTCTGTTAATCATTAAATAGTGATGAAATGTAACTGTTTCTGATTTTGCTGGTCGCTAATGTGATATATCCTTTCTCTTCTACTCTCTTCCATTCTTCTAG
Seq C2 exon
TTAAAGCAGAAAAAAAAACCCTGGTGAAGGGATCCCTCTCTGGAACGTCAGTCCTTCCATGCTTCTTTTCAACCACACCCACCATAGCCTCCAGCTATGCAGCCGAATATCTTCGAATCAAATGGTCAAAGGTTGAACTGGATAAAAGCGGAAAAGATGCAAAAGAAACCACAGTCCTTGTGGCCCAGAATGGGAACATCAAAATAGGCCAGAACTACAAGGATAGGGTGTCTGTTCCAACCCATTCAGAGGAGACCGGTGATGCTTCACTGACTTTCTCTAGGCTGCGTGCAAGTGATGCAGGGGTGTACCGCTGTGATGTGATGTATGGAGTTGAGGACACACAAGGCATTGTATCGCTGGCTGTTGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015624:ENSGALT00000025190:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.040
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0768612=V-set=PU(0.8=4.2)
A:
NA
C2:
PF0768612=V-set=PD(98.4=97.6),PF0019312=Xlink=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]