GgaINT0066889 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015624 | VCAN
Description
versican core protein precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_990118]
Coordinates
chrZ:62563193-62573066:-
Coord C1 exon
chrZ:62572991-62573066
Coord A exon
chrZ:62563565-62572990
Coord C2 exon
chrZ:62563193-62563564
Length
9426 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
ACTCTCTTCCATTCTTCTAGTTA
3' ss Score
8.44
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCAAGATGTTGTTAAACATAAAAAGCATCATATGGATGTGCTCTACGTTAGCTATAACATATATGCTACCTAAAG
Seq A exon
GTAAGTCTGTTATACTTGGAATAATTTATTAAAATTCATTCCAGTGACAGCAGGACGCAGCATGGTCCAACTGATAAAGTATTTCCCAGGACTGGGGAAATGCGTTTTCTGATTTTATCTCTGCCACTCTGCTGTGCTGTGTAACTAACTTTGTCCCTGTTTTCTCCCTTTTGCCTGCTGATTTACATAGAAAACTTTTGGCGGGTGAGCATGTTTTTGGCAAGGTTTTTGCACATCTATTTGTGTCTCCTGTGGTTTGTCAGTGACATTACCATAATTCAAGTAATGATAAAGACAGTGTGATAACGTGATAAAGACATTACAAAGCATAGAACGAAACAGCTTGCCTTCTTCAAATGTTCAGGAATGTGACTTAACTGCTTTAACCTCTGCTTGTGAAATGTTGGACCTGTTCATCAGATATGTCTCACACCTTCATTTGGCATGGCCCACAGAGGAGTTCCCCTGCATGGATGAAGTGGAGACTCCAGGGGGAGAATAATTTTGGTGAAAGGAAAACAGCTTTCATGAGGGCTTCAGCAGTGAGCAGTGCCAGCGCATGAGAACAAGAGCAGTTTGCTGCTACAGACCTAGTCATAGAATCATAGAATCATAGAATCGCTAAGGTTGGAAAAGACCCACAGGATCATCCAGTCCAACCATTCACCCTTCACCAGTGGTTCCCGCTAAACCATGTCCCTCAACACAACATCCAAACGCTCTTTGAACACCACCAGTCTCGGTGACTCCACCACCTCTCTGGGCAGCCCATTCCAGTGCCTGACCACCCTTTCAGAGAAGTAGTATTTCCTAACGTCCAGCCTGAATCTTCCCTGGCGCAGCTTGAAGCCATTCCCTCTAGTCCTATCACTAGTCACCCGAGAGAGAAGAGGCTGACCCCCAGCTCACTACAACCTCCCTTCAGGAAGTTATAGAGAGCAATGAGGTCTCCCCTGAGCCTCCTCTTCTCTAGACTGAACAATCCCAGCTCCTTCAGCCGCTCTTCATAAGGTCTGTGCTCCAGACCCCTCACCAGCTTTGTTGCCCTCCTCTGGACACGCTCCAGGGCCTCGATGTCTTTCTTACAGTGAGGGGCCCAAAACTGGACACAGTACTCGAGGTGTGGCCTCACCAGTGCTGAGTACAGGGGGACAATTACTTCCCTGTTCCTGCTGGCCACACTATTTCTGATACAAGCCTGGATGCCATTGGCCTTCTTGGTCATCTGGGCACACTGCTGGCTCATGTTCAGTCTAGCGTCAATCAACACCCCCAGGTCCATTTCCTCTACACAGTCTTCCAGCCACTCTGCCCCAAGCCTGTAGCGTTGCCTGGGGTTATTGCAGCCAAAGTGCAGGACCCGGCATTTGGTCTTGTTGAATCCCATCCCACTGGCTTCAGCCCAGCTATCCAACCTACCAGATCCCTCTGTAGGGCCTTGCTACCCTCAGGCAGATCAACACTTCAAGCCAGCTTGGTGTCATCTGCAAACTTACTGAGGGTACACTCAATGCCCTCATCCAGGTCATCAATAAAGATATTAAACAGGACAGAGCTGACCCCTGGGGAACACCACTCGAGACTGGTCGCCAGCTGGATTTAACTCCATTCACCACCACTCTCTGGGCCCGGCCCTCCAGCCAGTTCCTTACCCAGCCAAGAGTGTATCTGTCCAAGCCACGATCTGCCAGCTTCTGCAGGAGAATACTGTGGGAGACAGTGTAAAAGGCTTTGCTGAAGTCTAGGTAGACCACATCAACAGCCTTTCCCTCATCCACCAGATGGGTCACTAGATCATAGAAGGAGATCAGGTTGGTCAAGCAGGACCTGCCCTTCATGAACTCATGCTGGCTAGGCCTGATCCCCCGGTTGTCCTGCACGTGCCGCGTGATCTCCCTCAAGACAATCTGCTCCATAATCTTCCCCGGCACCAAGTCAAGCTGCAGAGGTGGCAAATTAAGTGCAGGAGTCCTGGGTCTACAGGAACAGCAGTTCTGCACACCAACCAGTCAGATCCCAATGCATGCACTCATGTAATTGATGCAACAGCAGCCCTATGAGTTTGTATGTCTCTGACACTCTATATTCGGGGTGAAAAAAGTGCCACATACAAGTGAGATATGGAGGAACCAAGAGCCCCAGACTCTGCCTGCCTCTGTGACAACTGAAGAATGATCCTAAGGAGGCATGCTTTTGGGGTGGGCAGTGTATCTGCCAGACCCTCTGCTGTGGGGGGGCTGTAGGCCAAGCTCGTTGGAAGCTGTGGCAAGCTCCTGGCTGCTGGGGCCTGGAACAGGAACATCTTAAAGCAGCTGCAGGTCTTAGCTTTGGGTAGAAAGTAGGAGCCCTATTTACTTCTCATGGTGATTACATGTTAACACCGAAATATATATCCATGTATGATTGCTATGGTTTGAAACTTTTGACTCAAAATTAGTAGGGAGCAGGTCCCTACAGCAGCTGCAGACTCTGAAAATTGGGATGATAGTTTTCCCAAGCCTCAAATCAAGACAATTATTATTCTACTTTCTTCTTCTCATGAGCCTTTGGAAAATCAAATATACTCTATACTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTGGTAGCTCTTATACTGTGTCTAGCAAAGTTCTTTCTTAGGTAGTTCTTCCTGTAAGATAAAAACTGTTCTGCTTAGAGTTGACTTTAGAAGAAAAGATGGTGGGCTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTCTTCACTCAGGTTGGGAGCACTATCCTTCACTGTTTCCTGTCATCACTTCCTCCTTCAGTTTCATTTCTCCATTCTTTACTAAACACACAGCAGACCAAGACAAGTAGAAGACATTCTCAGAGACAAAAGACTCAAAGCTTCCGGGAGGGGCAAGGTGCTGAAACTAAGCTTCCATTTTCTCATTTATTGAGGGCTGAGATTCTTTTGGTTATTAAATGTCAAGCTTTTTCTTTTTCCCCCCTTGCCCCCCCATTTTTTTTTACTCAGTAAAATGTCTGTGAGTGTACACTGATGTACAGCTCTTGGATCTGCAGGCATTTAATTATTTGTTCATATGAAGTATTCTGCAAGGCAAAGCAAGTGATTTTCAGAAGAGGTCATGGACTAACAATGTCAGTTTATGTAGGGAACTTAAAAATTTTTATTTACTAAGTTGTAGCATGATTAGTCAGCTTTAAAATGGAGTAAATGCTAATACATCACTCACCTGATGAGAGGTATGAAGTTAAGATTTTAGCTGATAATCAGCCTTTGGGTGGAGAGCATGTAAGAAGAGAATAAGCAAGACAAATGAATCTGACATTATATGTAATGCTGACATTTCTGTTACAACCTATTGAAAATCTGATCATGCTTATTTAGGGCATAATTCAGTGGTCAGTCTAATCTCACATACATCATTTAACACTACATGGGGTAGTTGTGCCCCTTCTCCGTACCCTAGTGTTGGCTGACATGTTTTTCTTTGTGTTGACAGTATTTATGGGGATATACGTCCAGCTCAGTCAGGTAAATGACTTGTCTGAAAGACATCAGATAACCCTTTTTGCAAGTTAGTTTTCAGCTGGATCAGATCTTTGATCTGCCTCTCTGATTTATGCAATTGCTTGAGCTGATAGAATTAGGGGATTGGGAGTGCATCAGTGTCTGTGGAGAGGTGAGGCTGACTGGTAGAACAAGGGATGACACCATTAGGTGCCCCTGAACTTACTCCACCTTTCATCACCTCTGAAATGGTTTATAAATGGTTCGTGTAACTTCCAGAACACAAGCAAGATTTCTGTGAGTGTGCTGGTGTGGTCATCTCAGGAATATAGACAAGTTCTGACCTGTCCTTATTCACTTGAAACTTTTGGAAGAAGTGCAGAAAAATCCTTGTGTTCCTAGAAGTACATTGTGGACTTCATGGGTTTTATTTTTGAAGTTGAAGATCATATGTTAGCCACAGAGGCTCTCAAATGTGAAATTCTTCAGAATACAGCCATGCTGATGAGGACAAAAATGAGGTAAACTTTAATGTGAATCAATCCAATAGAGTCTGGGCTTGATCCATATATTTCTGTTTTGTAGAAATATTAGTAAGTTTATGTAATAACTCTTCTGAGGATGAATATTACAAGGTCACAGACAAACCTTTCCAGTCCTGCTGTTTAGAACAAAGAGAAGGAAAAAACACCTTTAAAATAAAATCTGTGCTTGCATTTTGAAAAGTTAGACAGGAATTTCTTACATTTCATTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTAATCAGGAATTTGAATGTAAAATTGATGCCTTGAAATCTTTTGTGAAACACAGATTCCCATGCTTCTGTTCCCCAAATGGGTTTGGTTAACCATAAGGGTTAACTGAATAGTCATTTGCCTATGATTAATGGCAGTGTTGCCTTTTGGGCAAAAGTGTTCTGATATCTTAGAATCATTCTTTTGAAACTCATATGGGAAATTTGTCAAAATCAACAATTATTTTATGAAAGAAATAAGCTTTGGCAGTTGTCATTTTCTGCTAGGAAAAATGTTGTGTTGAAAACTTTAAACATCAGTTGAGACTACGAATGTTGAAAAATGTGTACTGTTTAAAAGCTAACCTTACTGTCCAGTCTGCACAGCAGCGTTCTCTAATCATCTGTCATTCAGTCTGATGTTTGATTTTGGCATCATTGATTCAGTTGTTTCCTGGAGCGTCTTCCTAAGCACTTCCTTTCCTCTTCCACTATCTCCAAAAGGCTTTCTTTGGATGTTCCCCCAAGCACCCCTTTTTGAAAAAAAAGCAAACAAATTTGTTAATTTCGGAATCCAAGAGATTAATTAGGTTATTGAATTGTAGAATCATCAAGGTTGAGAAAACCTCCAAGGTTATCTAGACCAACCATCCACCTACCACCAATATTGCCTCACTAAAGCGTGCCCCTTTAGTACAATGTCTAAACGTTTCTTGAACACATCTGGGGCCGTGACTCTGCCACCTCCCTGGGCAGTCTG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Seq C2 exon
TTAAAGCAGAAAAAAAAACCCTGGTGAAGGGATCCCTCTCTGGAACGTCAGTCCTTCCATGCTTCTTTTCAACCACACCCACCATAGCCTCCAGCTATGCAGCCGAATATCTTCGAATCAAATGGTCAAAGGTTGAACTGGATAAAAGCGGAAAAGATGCAAAAGAAACCACAGTCCTTGTGGCCCAGAATGGGAACATCAAAATAGGCCAGAACTACAAGGATAGGGTGTCTGTTCCAACCCATTCAGAGGAGACCGGTGATGCTTCACTGACTTTCTCTAGGCTGCGTGCAAGTGATGCAGGGGTGTACCGCTGTGATGTGATGTATGGAGTTGAGGACACACAAGGCATTGTATCGCTGGCTGTTGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015624:ENSGALT00000025190:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]