HsaINT0180008 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000038427 | VCAN
Description
versican [Source:HGNC Symbol;Acc:2464]
Coordinates
chr5:82779332-82786291:+
Coord C1 exon
chr5:82779332-82779407
Coord A exon
chr5:82779408-82785916
Coord C2 exon
chr5:82785917-82786291
Length
6509 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TTATTTTCTCTTTCCTCTAGTCA
3' ss Score
10.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCAAGATGTTCATAAATATAAAGAGCATCTTATGGATGTGTTCAACCTTAATAGTAACCCATGCGCTACATAAAG
Seq A exon
GTGAGTGTGCTAACAATTTCTTTGGTGTTAATTGAAATAAAAATGTAAGTGCTGGAGGATGAAATGGCAATGTGGAATCACTGGAATAAAAGATTGATTTTTAAAATCTATTAAGTGCTGAAAACTATCAGTTAAAATATTATTGGACCAAAAACATTAGTTTTAAATAAATAAGTCAAAACAAAATAATAAGTAGGATGCTAAAGATGCAAGTGAGCTTTTAGTAACTTCCCTGATTACTTTCAGGCTTTGCAAAAAAGCTCATATATGGTATTGGGCATATTTTAAAATTCTAACACTATTTCTCAAAAACTTTCCTATGCAAAAAAAGAAACACTATTAAACACCCAGTGGGCTAGAATTTGAAAAGAATTGAGAAGATAAAGAGAAAGCTGACAGCCATGTTTTTGCCCTTAGTTCCTTTTCTTTTCTTTTTTAAAAAAGCAGTTGGATATGCATATGCCCTAGTTTTTTAATTTGAAATTTTATATTCTTCCAATGAGGGCTCTATAATTCCAAATTTATTATTTAATATATTCAAGGAATTTGAAGAAAGATGCTATCCAAGAGTTTCACTCATCTGCTTCTGTCTGTCTAGTGTACCTCTCCAGACTCAGATTCCATTTCTTCCTCACACTTATATTATGCATCAGACTCACCTTTTATGATTTTCCAGATGAATTCCTTTTGCTAAAGTTTAAGTCATCCATCTATTCATTACCCCTCCATCCATCCATCATCTATCTATTCATCCATCCATACCTCCAGCCATCCATTCATCTGTCCAAAATCTTTCCATCTGTTTGCTTATCAACATCTATCCGTGTATTCATCCATCCATCCATCCTTCCATCTGTCCAAAATCTTTCCATCTGTTTGCTTATCAACATCTATCCATGTATTCATCCATCCATCCATCCTTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATTCATCCATCCATTTTTCCCACTCACCCATTCATCTGTTCACCCATTGATGATATTTTTTGAATACCTTCTTTGTGCCAGATATTATTCTGGGTGTCTGGGAATATACCCATGGATGACTCATAACTGGCCTATCGTTCTTTAAACTTACTTCTCTAGTTATGGGAGACCAGCAATAAACAAGTAAACAAACAATCCAGGTACTTTCAAATTGATGAACATAAAACAGAGTGACATCATAGAGAGTGGCTTGAGTTGGGGGAAGTTGATAAGACCTCCTTGAGAAAGTGAAATTTAAAGTGAGATGAGAATGATAATGAGGAACCAGCCAGCCAAGACCTGTCTGTAAGTTAGGAAGAAACATCGTGTGTTTGAATAGCAGAAAGGTCACTATAGTTGGAGAGCAGTGATCAAGGGGAAAGTAGGAGACATGAACAGAGAGATTAGCAGAAACCAGCTCATCTAAATAATAATAACACCCAAAACTTGAATAGAACTCCCTATGATCCAGGAACTGTTTTAAGTGCTTAACACTAACTCACTGAAACATCCATTACCCCTGTATTCTATTGAGGAAACTGTGGTACCAAGAGAGGCTAAGCAGCTTGCTCGAACGCCCATACCCAGTAAGAAGCAAAGCTTGGAGATGAACCAATTCATAGGAGTGTGTGCTCTTTACCACCATGTTATACTTCTTATCTACATGGAACACTGTAGGCTTTAAAAAGTCTAGAATTTTTACTCAGGAGGCTGAGACAGGAGAATTGTTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTTGTGGTGAGCCGGGATTGCATCATTGCACTCTAGCCTGGGCAACAAGAGCTAAACTCCATGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTAGATTTTATTCCAAGTGCAGTAGGAAGTATTGAAGGGTTTCAGCAAAGAAAGATATGAGTTGATGAATGTTTTGAAAATTCAGTTTTTGATAATCTATGCAGATTTGATTGTAGGAAAGCAAGGGTAGCAGCAGAGATATCATTTAGGAGGTTATTGTAGTAGCCTGTGCATGAAATGGGGTGGGGAGTAGTTTAGATCAGGTAGCAGTGGAGATGAAGAGAAGTGAATTGGATATGTGGAGATGGAGGAGTCAGTCCATCCACTGATGGATTGGATGGGGTGTGTAGTGAGGACATGAGAGGAGTCAAGAATAAATTGACTCCTGGGATGGCTCTCTTTCCCCTTTTCACCTCCAGATTCCCCTTTCTAACCAATTTAAAAGCTCCTCCTTGGGTGGGTGCAGTGGATCATGCCTGTAATCCCAGGACTTTGGGAGGCCAAGGTCGGAGGAGTGATTGAGCCCAGTAGTTCAAGACCAGTCTGGGCAACACAGTGAGACCCTATCTCTACAAACATTTTAAAAAATTAGCCGGGGGTGGTGGCTTGGGCCTGTAGTAGCTTGGGCCTGTAGTAGCCCAGTAGCTGGAACTCCACCTACTGGGAGGGCTGAGGCAGGAGAATTGTTGATCACAGGGGGTCGAGGCTGCAGTGAGTCATGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGATGTCAAAGTGAGATCCTATCTCAATAACTGGTAAATAAATAAATAAATAAATTCCTCCTCCATGTTCCCCTTGTCCCCTGTGCTGTTGCAGATATAATAACATCTTCCATGCTCTTGGGATAAGTTATTGTTTTTCTTCCCAAGTAGGCTACTATAAGCTGCAAAAAGGCCTTTCATCTTCTAGCAAAGTGCCTGACACACTGACAGCACTTAGTCATTTTGTGTGTTGACTAAATGAGTGAATAAATAAATAAATGCCACAGTGGACCACCTGGATAGTTTTTAGAGTCTAGGTTCCACCAATTGGATCATGAAGACATGCTAATCAGATGGTGAAGCCTAGGAGCTGTCTTCCTCAAAGTTTTTGGGAGGTGAAGGTGAAGGTCACAGAGAGGAAAGGACAACAGCAACCAGTGAAGATGGAGAAAGGGATATGAAAAGGGGAGTGGTATTTGGATGGGCTGTATTGGAAGGGAATTTACAGGGAAAGTAGTAGGCGACCATCCTTCAGCTGAAATTTAGACTTTCCACTTAAAGAAAGAACTCATGCAATGAAAAACAACTTGTGTTGTACCTCCTTTACAGTATTTACAACAATAATTTTGATAGCCAACAACATTGAGTAATTTCTGCATGTCTTTACCTATTCTTTGTAAATCCATGATCACTATTATTAGATGTAATTAGTTTGGGGCTAATTTCAGGAGAATTTTTTTATATCAGAGGTGAAAGTTACAAATATACGATCCACATAAAACAGATTTTCTGGATTTATAGTGGAAAACACAGTAGTAACTTGTTGAGTCAAGACAAGTACTTTCATCTTAAGGTTTTTTTCTGTTTATTCCCAGTCACTGATGAGGTCAACGACTAACATAAATGAACACCTTGTCTATTGTTATGGGCTTTATTTTAACCCAAGAAGAACTATTTCCTTTAACAATACACATTATATTATCTTACAAACTGTCCTAATCGTTGATTATCTACCATTGGCCTAGTTATTTTGATGTTCCCCTTATAGTAGGAAAAGGAGTCATGCACAGTCGTGAATAAGTGAATGAACTAGATAGTGATATTTGTCACTTGAAAGAGTGATAAATTCCCATATTCTCAATTTGACATTTATTTGGCCAAGGTCTGTGTGTGTGTGTTTGCTCAAATTGTGCAGATGGAATTTACATCATCTTTACTCTAAGGAATCTGCTGACAGAGAATGAGGGGTAATTGGTTATTCATTATTTAGTGATTTCTCCCTCACTGTACTCATTTGGACCACAAACCATCTGGTAACAGCCAATGTTTTGTTAGGATTCATTTTTATTACTTGAATTGTCAGCATTTCAGACAAATTCCTGTAGGTAGCAGATTTCTTTTAAACATGCATACTCTGTAAACATTATACTCTGAACTACTGAATTTCTTTCTTAAAATATTTAGATTTAGTGAATTTCGTTTTTGTGACCCAGTGCATTAAGACCGAAGATTTAATACACAAAAGATTTGACCACACAGCTTTTTGTTAATCTTGTTAAGTTTGTATTCACATCAATATATTATTTATATCCAACCAAAGCTTTTAATTTTCTTATATATATAAACATCTAGAACAGTAAACAACCCTTGGGAAATTGCTTTTTAAAGTTATTTTTTTCCAACATACCTTTTCTTTACAGCACAGCTGTTTAGCAATGCTCTATGTTTCAGAAACCTCCCTATTGGATAGATTGGGTTGAATCTCATGTCTGTCCCTATATACTTCAAATTGTGAAGAGAAATATAATTTGTAAGAAATATTGAAGAATTGGAAGACATATATTTTAAACTAATTTTAAAAGACATGATAAAGAGTTTCAAAATTCATACCAGAATTAAAGTTGATGATAAAGCTGTTTATTTTTGCATTTGAAAATAGTACTTTATTTGTGGCAAAGTTAGTCATCTAAATAATTCTTCAGGAAGGAAGATGAGATTTTCTGGAACATATGATGAATATAAATTTGGAGATTTTTAGAGCACAAAATTCTCACCCTTTCTCTTCTCAGAACAATATCTTTGTGTTATCATCATCTCCCTAATTAGGTCCAAATTAAAGGAATGTGAAATAGGTAGAAGGTACTTTCAGAGAGTCCTCTGTGAACCTTACGGATTTATTAAAAAGATCATGAAATTACTAAAATATTTCAGTTCAGATAGTAATTAAATACTTATAGAAATAGGATGCATCTAGACTTTGAAAAGGAACTGAAAAGAACACTTCTTTTACTTCATTTAGGGGCAGAGGAAGCACACCAGAGCTAAAAGATTCCTTGATTAGGTGTCAGGAGACATGTGTTCTGACTCAGGTCTCTCACCAGCCATCTGGGAGCTTATCCTTCCTCTCAGTGGAGGATCCTTTGTAAGGAATTCGACCAGTTTTACTTTAAGGTTGAGCTAAGTTAGAGAATTTACTTTGTAAGCCAAGGAGGCCATTAAAAGTGGAATTATTCCCTTGCAATTTTATTCCAAAATGATAATAGTCTTAGCAATATTTCAAAGGATAATTTAGTATAGCTAATAGCACACTTCACTTTGTTTTTATTTAATTTCATTAAGTGCCTTAAGTCTGCTTTGGATAAGCTACATGTAGATTAATAAAATAATAAACAAATGCATAACAGCAATGGTTATTATACATTTGAAATAAATTAGTGATTTATATTGTAAGTACATTAAATATGATACTATATTAATTATTTTGGATTTATTTGCATCACATGAAATGTTTTATAGGCCAATCTCTTTTTAGGTTAAAATTTTAATCTTTAGCAAGACAGTATTTTTTTCTTAAAGGATATATCTCCATAGTATCTTCTTGCAATTTTCAAAATGCTTTTCTCCAACTGTGTTTACATTGAGAATCCACAGTGTTTACATTGAGAGTGATATCATTTCCAATGCATGCCCATGTTGAGATGTGTGTTTCCAATATGTTTGACCACTAGCAGAGTGTTAGATATACATCATTTTGTTGGTTAAAAAATCATTATTTCATTTCACCTAGAGGCTACTATTAACTTGTTGACCATATTTTCATGAAGTAAGCATTGTTTGTGCATTATCAACAACTTCCATTATTACTAACATATTGTCTAGCCTAATTAATAGAGGCTGGAAGATAGAGAGGAGAGTGGGAGAGAAAGGGATGGATTCCTCTAAGAGTGAAAAAACATTTATTTTGCAGGTAATGGTGTTAAACTGTAGTCAATATATTCTTTATCATTAAAAGTTTAAAAGTTTAAACAGAAGGACATTCTGCAGATAAATATTTTAGGACGGTTAGGTGAACAGAAACCAACCTTTCCCCATTATATAATTGAAGGTAATGTCTCACTGCAAAGTGATGGTAGCTGGATTTGTTATAATTATGAAAGCCTTTGGTTCCAACACAGGACCAAAGTGCATCCTTCAAATGTTAGGCTTTCCCTGGTTCCAGTCCTATGAAGCACTTTTTTATTTTCACTTCATCTTTGAATTTTGTTTTCATTTCCTCTAAGGTAATGTGGCAGTTATTGTAACAAACATTTTTTGTCTTTCGACCTGTAGACATAATTTTCATCTTTCAGCTGCTCTTCCTAATGTTGGTCCAGTCCTTTAAACCTGCCCTACGGATTCTAGTCTGCCCTTCTTTGCCCTTAATTGCTTGACCTCTTATGCTTGCCTTTTTTTTTTTTATCACTTATTTTGTTCATGTTAAACACTAAGTTAAAAAATTTTAAAATGAATGATGCCACATTTCTATATAAAGAAATGAGCATTATTAATCCCTGTTGTTGTAAAACATCATTGAAATTGTATGCTATTCTCTTTATATAAAGTCATTCTAATTATGTCACATGTTGAAGATGTAACCAAACTATTATAAAGGCTGCTTATCCATTCACATATTGAATAGATTAAGTTTGGGTTTTTTAAGATTGTTAATTTGTTATTTTCTCTTTCCTCTAG
Seq C2 exon
TCAAAGTGGGAAAAAGCCCACCGGTGAGGGGCTCCCTCTCTGGAAAAGTCAGCCTACCTTGTCATTTTTCAACGATGCCTACTTTGCCACCCAGTTACAACACCAGTGAATTTCTCCGCATCAAATGGTCTAAGATTGAAGTGGACAAAAATGGAAAAGATTTGAAAGAGACTACTGTCCTTGTGGCCCAAAATGGAAATATCAAGATTGGTCAGGACTACAAAGGGAGAGTGTCTGTGCCCACACATCCCGAGGCTGTGGGCGATGCCTCCCTCACTGTGGTCAAGCTGCTGGCAAGTGATGCGGGTCTTTACCGCTGTGACGTCATGTACGGGATTGAAGACACACAAGACACGGTGTCACTGACTGTGGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000038427-VCAN:NM_001164098:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.001
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0768612=V-set=PU(0.8=4.2)
A:
NA
C2:
PF0768612=V-set=PD(98.4=97.6),PF0019312=Xlink=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)