GgaINT0066894 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015624 | VCAN
Description
versican core protein precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_990118]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
18055 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
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Exon sequences
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
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C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]