HsaINT0180013 @ hg38
Intron Retention
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Description
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Seq C2 exon
GTCGAATGAGTGATTTGAGTGTAATTGGTCATCCAATAGATTCAGAATCTAAAGAAGATGAACCTTGTAGTGAAGAAACAGATCCAGTGCATGATCTAATGGCTGAAATTTTACCTGAATTCCCTGACATAATTGAAATAGACCTATACCACAGTGAAGAAAATGAAGAAGAAGAAGAAGAGTGTGCAAATGCTACTGATGTGACAACCACCCCATCTGTGCAGTACATAAATGGGAAGCATCTCGTTACCACTGTGCCCAAGGACCCAGAAGCTGCAGAAGCTAGGCGTGGCCAGTTTGAAAGTGTTGCACCTTCTCAGAATTTCTCGGACAGCTCTGAAAGTGATACTCATCCATTTGTAATAGCCAAAACGGAATTGTCTACTGCTGTGCAACCTAATGAATCTACAGAAACAACTGAGTCTCTTGAAGTTACATGGAAGCCTGAGACTTACCCTGAAACATCAGAACATTTTTCAGGTGGTGAGCCTGATGTTTTCCCCACAGTCCCATTCCATGAGGAATTTGAAAGTGGAACAGCCAAAAAAGGGGCAGAATCAGTCACAGAGAGAGATACTGAAGTTGGTCATCAGGCACATGAACATACTGAACCTGTATCTCTGTTTCCTGAAGAGTCTTCAGGAGAGATTGCCATTGACCAAGAATCTCAGAAAATAGCCTTTGCAAGGGCTACAGAAGTAACATTTGGTGAAGAGGTAGAAAAAAGTACTTCTGTCACATACACTCCCACTATAGTTCCAAGTTCTGCATCAGCATATGTTTCAGAGGAAGAAGCAGTTACCCTAATAGGAAATCCTTGGCCAGATGACCTGTTGTCTACCAAAGAAAGCTGGGTAGAAGCAACTCCTAGACAAGTTGTAGAGCTCTCAGGGAGTTCTTCGATTCCAATTACAGAAGGCTCTGGAGAAGCAGAAGAAGATGAAGATACAATGTTCACCATGGTAACTGATTTATCACAGAGAAATACTACTGATACACTCATTACTTTAGACACTAGCAGGATAATCACAGAAAGCTTTTTTGAGGTTCCTGCAACCACCATTTATCCAGTTTCTGAACAACCTTCTGCAAAAGTGGTGCCTACCAAGTTTGTAAGTGAAACAGACACTTCTGAGTGGATTTCCAGTACCACTGTTGAGGAAAAGAAAAGGAAGGAGGAGGAGGGAACTACAGGTACGGCTTCTACATTTGAGGTATATTCATCTACACAGAGATCGGATCAATTAATTTTACCCTTTGAATTAGAAAGTCCAAATGTAGCTACATCTAGTGATTCAGGTACCAGGAAAAGTTTTATGTCCTTGACAACACCAACACAGTCTGAAAGGGAAATGACAGATTCTACTCCTGTCTTTACAGAAACAAATACATTAGAAAATTTGGGGGCACAGACCACTGAGCACAGCAGTATCCATCAACCTGGGGTTCAGGAAGGGCTGACCACTCTCCCACGTAGTCCTGCCTCTGTCTTTATGGAGCAGGGCTCTGGAGAAGCTGCTGCCGACCCAGAAACCACCACTGTTTCTTCATTTTCATTAAACGTAGAGTATGCAATTCAAGCCGAAAAGGAAGTAGCTGGCACTTTGTCTCCGCATGTGGAAACTACATTCTCCACTGAGCCAACAGGACTGGTTTTGAGTACAGTAATGGACAGAGTAGTTGCTGAAAATATAACCCAAACATCCAGGGAAATAGTGATTTCAGAGCGATTAGGAGAACCAAATTATGGGGCAGAAATAAGGGGCTTTTCCACAGGTTTTCCTTTGGAGGAAGATTTCAGTGGTGACTTTAGAGAATACTCAACAGTGTCTCATCCCATAGCAAAAGAAGAAACGGTAATGATGGAAGGCTCTGGAGATGCAGCATTTAGGGACACCCAGACTTCACCATCTACAGTACCTACTTCAGTTCACATCAGTCACATATCTGACTCAGAAGGACCCAGTAGCACCATGGTCAGCACTTCAGCCTTCCCCTGGGAAGAGTTTACATCCTCAGCTGAGGGCTCAGGTGAGCAACTGGTCACAGTCAGCAGCTCTGTTGTTCCAGTGCTTCCCAGTGCTGTGCAAAAGTTTTCTGGTACAGCTTCCTCCATTATCGACGAAGGATTGGGAGAAGTGGGTACTGTCAATGAAATTGATAGAAGATCCACCATTTTACCAACAGCAGAAGTGGAAGGTACGAAAGCTCCAGTAGAGAAGGAGGAAGTAAAGGTCAGTGGCACAGTTTCAACAAACTTTCCCCAAACTATAGAGCCAGCCAAATTATGGTCTAGGCAAGAAGTCAACCCTGTAAGACAAGAAATTGAAAGTGAAACAACATCAGAGGAACAAATTCAAGAAGAAAAGTCATTTGAATCCCCTCAAAACTCTCCTGCAACAGAACAAACAATCTTTGATTCACAGACATTTACTGAAACTGAACTCAAAACCACAGATTATTCTGTACTAACAACAAAGAAAACTTACAGTGATGATAAAGAAATGAAGGAGGAAGACACTTCTTTAGTTAACATGTCTACTCCAGATCCAGATGCAAATGGCTTGGAATCTTACACAACTCTCCCTGAAGCTACTGAAAAGTCACATTTTTTCTTAGCTACTGCATTAGTAACTGAATCTATACCAGCTGAACATGTAGTCACAGATTCACCAATCAAAAAGGAAGAAAGTACAAAACATTTTCCGAAAGGCATGAGACCAACAATTCAAGAGTCAGATACTGAGCTCTTATTCTCTGGACTGGGATCAGGAGAAGAAGTTTTACCTACTCTACCAACAGAGTCAGTGAATTTTACTGAAGTGGAACAAATCAATAACACATTATATCCCCACACTTCTCAAGTGGAAAGTACCTCAAGTGACAAAATTGAAGACTTTAACAGAATGGAAAATGTGGCAAAAGAAGTTGGACCACTCGTATCTCAAACAGACATCTTTGAAGGTAGTGGGTCAGTAACCAGCACAACATTAATAGAAATTTTAAGTGACACTGGAGCAGAAGGACCCACGGTGGCACCTCTCCCTTTCTCCACGGACATCGGACATCCTCAAAATCAGACTGTCAGGTGGGCAGAAGAAATCCAGACTAGTAGACCACAAACCATAACTGAACAAGACTCTAACAAGAATTCTTCAACAGCAGAAATTAACGAAACAACAACCTCATCTACTGATTTTCTGGCTAGAGCTTATGGTTTTGAAATGGCCAAAGAATTTGTTACATCAGCACCAAAACCATCTGACTTGTATTATGAACCTTCTGGAGAAGGATCTGGAGAAGTGGATATTGTTGATTCATTTCACACTTCTGCAACTACTCAGGCAACCAGACAAGAAAGCAGCACCACATTTGTTTCTGATGGGTCCCTGGAAAAACATCCTGAGGTGCCAAGCGCTAAAGCTGTTACTGCTGATGGATTCCCAACAGTTTCAGTGATGCTGCCTCTTCATTCAGAGCAGAACAAAAGCTCCCCTGATCCAACTAGCACACTGTCAAATACAGTGTCATATGAGAGGTCCACAGACGGTAGTTTCCAAGACCGTTTCAGGGAATTCGAGGATTCCACCTTAAAACCTAACAGAAAAAAACCCACTGAAAATATTATCATAGACCTGGACAAAGAGGACAAGGATTTAATATTGACAATTACAGAGAGTACCATCCTTGAAATTCTACCTGAGCTGACATCGGATAAAAATACTATCATAGATATTGATCATACTAAACCTGTGTATGAAGACATTCTTGGAATGCAAACAGATATAGATACAGAGGTACCATCAGAACCACATGACAGTAATGATGAAAGTAATGATGACAGCACTCAAGTTCAAGAGATCTATGAGGCAGCTGTCAACCTTTCTTTAACTGAGGAAACATTTGAGGGCTCTGCTGATGTTCTGGCTAGCTACACTCAGGCAACACATGATGAATCAATGACTTATGAAGATAGAAGCCAACTAGATCACATGGGCTTTCACTTCACAACTGGGATCCCTGCTCCTAGCACAGAAACAGAATTAGACGTTTTACTTCCCACGGCAACATCCCTGCCAATTCCTCGTAAGTCTGCCACAGTTATTCCAGAGATTGAAGGAATAAAAGCTGAAGCAAAAGCCCTGGATGACATGTTTGAATCAAGCACTTTGTCTGATGGTCAAGCTATTGCAGACCAAAGTGAAATAATACCAACATTGGGCCAATTTGAAAGGACTCAGGAGGAGTATGAAGACAAAAAACATGCTGGTCCTTCTTTTCAGCCAGAATTCTCTTCAGGAGCTGAGGAGGCATTAGTAGACCATACTCCCTATCTAAGTATTGCTACTACCCACCTTATGGATCAGAGTGTAACAGAGGTGCCTGATGTGATGGAAGGATCCAATCCCCCATATTACACTGATACAACATTAGCAGTTTCAACATTTGCGAAGTTGTCTTCTCAGACACCATCATCTCCCCTCACTATCTACTCAGGCAGTGAAGCCTCTGGACACACAGAGATCCCCCAGCCCAGTGCTCTGCCAGGAATAGACGTCGGCTCATCTGTAATGTCCCCACAGGATTCTTTTAAGGAAATTCATGTAAATATTGAAGCGACTTTCAAACCATCAAGTGAGGAATACCTTCACATAACTGAGCCTCCCTCTTTATCTCCTGACACAAAATTAGAACCTTCAGAAGATGATGGTAAACCTGAGTTATTAGAAGAAATGGAAGCTTCTCCCACAGAACTTATTGCTGTGGAAGGAACTGAGATTCTCCAAGATTTCCAAAACAAAACCGATGGTCAAGTTTCTGGAGAAGCAATCAAGATGTTTCCCACCATTAAAACACCTGAGGCTGGAACTGTTATTACAACTGCCGATGAAATTGAATTAGAAGGTGCTACACAGTGGCCACACTCTACTTCTGCTTCTGCCACCTATGGGGTCGAGGCAGGTGTGGTGCCTTGGCTAAGTCCACAGACTTCTGAGAGGCCCACGCTTTCTTCTTCTCCAGAAATAAACCCTGAAACTCAAGCAGCTTTAATCAGAGGGCAGGATTCCACGATAGCAGCATCAGAACAGCAAGTGGCAGCGAGAATTCTTGATTCCAATGATCAGGCAACAGTAAACCCTGTGGAATTTAATACTGAGGTTGCAACACCACCATTTTCCCTTCTGGAGACTTCTAATGAAACAGATTTCCTGATTGGCATTAATGAAGAGTCAGTGGAAGGCACGGCAATCTATTTACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000038427:ENST00000265077:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.672 A=NA C2=0.781
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains