GgaINT0076240 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012044 | Q90716_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr4:58331409-58343477:-
Coord C1 exon
chr4:58343374-58343477
Coord A exon
chr4:58331634-58343373
Coord C2 exon
chr4:58331409-58331633
Length
11740 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
AATTTTTCCTGATTTTTCAGCTT
3' ss Score
8.51
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012044:ENSGALT00000019661:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.083 A=NA C2=0.001
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079115=ZU5=PU(1.0=2.9)
A:
NA
C2:
PF0079115=ZU5=FE(89.3=100),PF0079115=ZU5=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]